单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28588 篇文献，本页显示第 5181 - 5200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5181 | 2025-03-05 |
Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.13.638196
PMID:40027653
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和基因敲除实验，研究了Yap和Taz在嗅鞘细胞（OECs）和施万细胞发育中的作用，发现它们对GnRH-1神经元迁移无影响 | 揭示了Yap和Taz在OECs和施万细胞发育中的不同作用，并首次证明这些变化不影响GnRH-1神经元的迁移 | 研究仅限于小鼠胚胎模型，未涉及人类或其他哺乳动物 | 探究Yap和Taz在嗅鞘细胞和施万细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响 | 小鼠胚胎鼻部组织中的嗅鞘细胞、施万细胞和GnRH-1神经元 | 神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序、基因敲除 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎鼻部组织 |
| 5182 | 2025-03-05 |
Powerful and accurate case-control analysis of spatial molecular data with deep learning-defined tissue microniches
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637149
PMID:39975274
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研究论文 | 本文介绍了一种结合深度学习和统计原理的方法VIMA，用于发现与疾病相关的空间特征 | VIMA方法通过变分自编码器提取组织小块的生物内容，定义大量微环境，并使用严格的统计学方法识别与病例对照状态相关的微环境 | NA | 识别与疾病相关的关键空间结构 | 空间分子数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病、溃疡性结肠炎、类风湿性关节炎 | 空间转录组学、CODEX、免疫组织化学 | 变分自编码器 | 空间分子数据 | 140基因空间转录组数据集、54标记CODEX数据集、7标记免疫组织化学数据集 |
| 5183 | 2025-03-05 |
Cross-tissue multi-omics analyses reveal the gut microbiota's absence impacts organ morphology, immune homeostasis, bile acid and lipid metabolism
2025-Feb, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.272
PMID:40027481
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研究论文 | 本文通过比较无菌小鼠和特定病原体自由小鼠，利用空间转录组学、单细胞RNA测序和靶向胆汁酸代谢组学，系统地评估了肠道微生物群缺失对器官形态、免疫稳态、胆汁酸和脂质代谢的影响 | 揭示了肠道微生物群缺失对多个器官的形态、免疫细胞、胆汁酸和脂质代谢的显著影响，特别是发现了无菌小鼠中自噬驱动的脂滴分解和ZBTB20-LPL轴在血浆脂质稳态中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨肠道微生物群缺失对宿主器官形态、免疫稳态和代谢的影响 | 无菌小鼠和特定病原体自由小鼠 | 代谢组学 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序、靶向胆汁酸代谢组学 | NA | 转录组数据、代谢组数据 | 无菌小鼠和特定病原体自由小鼠 |
| 5184 | 2025-03-05 |
Role of pericytes in regulating penile angiogenesis and nerve regeneration
2025-Jan-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202455
PMID:39162179
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综述 | 本文综述了周细胞在调节阴茎血管生成和神经再生中的作用，特别是在糖尿病性和神经性勃起功能障碍（ED）中的具体机制 | 本文通过综述2000年至2023年PubMed上的研究成果，深入探讨了周细胞功能障碍在ED发病机制中的重要作用，为未来研究提供了新的方向 | 本文主要基于文献综述，缺乏原始实验数据支持，且对周细胞在ED中的具体机制仍需进一步研究 | 分析周细胞在勃起功能障碍（ED）中的具体作用，特别是糖尿病性和神经性ED | 周细胞及其在ED中的作用 | 生物医学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | NA |
| 5185 | 2025-03-05 |
Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis Explored Changes in Midnolin-Related Immune Microenvironment and Constructed Combined Prognostic Model for Pancreatic Cancer
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S503326
PMID:40026303
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研究论文 | 本文通过单细胞测序和转录组分析探索了与midnolin相关的免疫微环境变化，并构建了胰腺癌的联合预后模型 | 首次结合MIDN表达、10个midnolin相关基因的预后模型和M1细胞浸润构建联合预后模型，为胰腺癌的免疫治疗提供了新视角 | 未明确说明样本量及具体实验细节 | 探索midnolin相关基因及免疫浸润细胞在胰腺癌预后中的价值，并构建联合预后模型 | 胰腺癌 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序, CIBERSORT, Cox回归, LASSO | 联合预后模型 | 单细胞数据, 转录组数据 | NA |
| 5186 | 2025-03-05 |
Integration of Single Cell and Bulk RNA-Sequencing Reveals Key Genes and Immune Cell Infiltration to Construct a Predictive Model and Identify Drug Targets in Endometriosis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S497643
PMID:40026309
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，探索子宫内膜异位症的免疫机制和分子差异，并构建诊断和预测模型 | 首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别关键基因和免疫细胞浸润，构建高精度的预测模型并预测潜在药物靶点 | 研究样本量有限，且仅针对增殖期子宫内膜，未涵盖其他疾病阶段 | 探索子宫内膜异位症的免疫机制和分子差异，构建诊断和预测模型 | 子宫内膜异位症患者的增殖期子宫内膜和健康对照 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）、RT-qPCR | LASSO回归 | 基因表达数据 | 子宫内膜异位症患者和健康对照的基因表达数据 |
| 5187 | 2025-03-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Peripheral Immune Cell Senescence and Inflammatory Phenotypes in Patients with Premature Ovarian Failure
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S496130
PMID:40026314
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了早发性卵巢功能不全（POF）患者外周免疫细胞的衰老和炎症表型，并探讨了外周与卵巢局部免疫反应之间的相互作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术详细描绘了POF患者的外周免疫微环境，并识别了与疾病相关的关键基因和细胞类型 | 样本量较小，仅包括3名健康个体和4名POF患者，可能限制结果的普遍性 | 探讨POF患者外周免疫微环境的复杂性及其与卵巢局部免疫反应的相互作用 | 早发性卵巢功能不全（POF）患者的外周血单核细胞（PBMCs） | 单细胞组学 | 早发性卵巢功能不全 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 3名健康个体和4名POF患者的外周血单核细胞 |
| 5188 | 2025-03-05 |
HIV-SEQ REVEALS GLOBAL HOST GENE EXPRESSION DIFFERENCES BETWEEN HIV-TRANSCRIBING CELLS FROM VIREMIC AND SUPPRESSED PEOPLE WITH HIV
2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.17.629023
PMID:39763963
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研究论文 | 本文开发了一种名为HIV-seq的新技术，用于更有效地捕获HIV转录本，包括非多聚腺苷酸化的转录本，以便对HIV感染者（PWH）的细胞进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析 | 开发了HIV-seq技术，显著提高了在HIV感染者中检测HIV RNA+细胞的效率，并揭示了在病毒血症和抗逆转录病毒治疗（ART）抑制期间HIV RNA+细胞的转录特征差异 | 由于HIV转录细胞的低频率和低水平的HIV转录本，研究这些细胞仍然具有挑战性 | 研究HIV转录细胞在病毒血症和ART抑制期间的转录特征差异，以更好地理解这些细胞在ART期间持续存在的机制 | HIV感染者的细胞 | 基因组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），CITE-seq | NA | RNA测序数据 | 配对的血液样本，来自HIV感染者在ART抑制前后的样本 |
| 5189 | 2025-03-05 |
Pseudo-Label Guided Structural Discriminative Subspace Learning for Unsupervised Feature Selection
2024-Dec, IEEE transactions on neural networks and learning systems
IF:10.2Q1
DOI:10.1109/TNNLS.2023.3319372
PMID:37796670
|
研究论文 | 本文提出了一种新的无监督特征选择方法，名为伪标签引导的结构判别子空间学习（PSDSL） | 该方法将概率图的构建引入特征选择学习过程，作为一个统一的通用框架，并设计了伪标签引导的学习机制，结合基于图的方法和最大化类间散布矩阵的思想，构建了一个能提高所选特征判别性的目标函数 | NA | 提高无监督特征选择的效果 | 九个真实世界的数据集和三个生物单细胞RNA测序基因数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | 基因数据 | 九个真实世界的数据集和三个生物单细胞RNA测序基因数据集 |
| 5190 | 2025-03-05 |
Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics
2024-Nov-08, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66849
PMID:39584693
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研究论文 | 本研究提出了一种方法，利用快速冷冻的非人灵长类胎儿胰岛组织进行单核RNA测序和ATAC测序，以及批量代谢组学分析 | 该方法能够避免多批次组织收集中的批次效应，并最大化从不易获得的样本中提取信息 | NA | 研究目的是开发一种方法，用于大规模多组学实验，如单细胞RNA测序和代谢组学的结合 | 非人灵长类胎儿胰岛组织 | 生物信息学 | NA | 单核RNA测序, ATAC测序, 毛细管电泳-质谱 | NA | RNA序列数据, 代谢物数据 | 两年内收集的非人灵长类胎儿胰岛组织 |
| 5191 | 2025-03-05 |
Enhancing Single-Cell RNA-seq Data Completeness with a Graph Learning Framework
2024-Nov-06, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384
PMID:39504287
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研究论文 | 本文提出了一种基于图学习的框架VAImpute，用于增强单细胞RNA测序数据的完整性，通过变分图自编码器技术预测并填补数据中的缺失值 | 开发了VAImpute，一种基于变分图自编码器的填补技术，利用细胞/基因之间的copula相关性来学习scRNA-seq数据中的固有分布，从而预测并填补缺失值 | 未提及具体的数据集规模或实验条件的限制 | 提高单细胞RNA测序数据的完整性，减少由于RNA量低导致的缺失事件 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分图自编码器（VAE） | 单细胞RNA测序数据 | 未提及具体样本数量 |
| 5192 | 2025-03-05 |
Genetic variation and molecular profiling of congenital malformations of the female genital tract based on whole-genome sequencing
2024-11, World journal of pediatrics : WJP
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s12519-024-00839-6
PMID:39251565
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序分析了590名中国个体的数据，揭示了女性生殖道先天性畸形（CM-FGT）的遗传变异和分子特征 | 首次在全基因组范围内识别出与CM-FGT相关的7个新发拷贝数变异、12个罕见单核苷酸变异和10个罕见3'UTR突变，并特别强调了ASH1L作为致病基因的重要性 | 样本主要来自中国人群，可能限制了结果的普遍性 | 探索女性生殖道先天性畸形的遗传变异和分子机制 | 590名中国个体，包括95名患者、442名病例对照和53名家族对照 | 基因组学 | 女性生殖道先天性畸形 | 全基因组测序，单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 590名个体（95名患者，442名病例对照，53名家族对照） |
| 5193 | 2025-03-05 |
Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation
2024-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339
PMID:39303666
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了甲氨蝶呤（MTX）和TNF抑制剂对类风湿性关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）的影响 | 揭示了MTX通过促进免疫细胞浸润、Th17激活和纤维化加剧肺炎症，而TNF抑制剂则改善这些特征并抑制ILD进展 | 研究主要基于SKG小鼠模型，人类数据仅来自一个RA-ILD队列，样本量有限 | 探讨MTX和TNF抑制剂对RA-ILD的影响 | SKG小鼠模型和人类RA-ILD患者 | 数字病理学 | 间质性肺病 | 单细胞转录组学 | SKG小鼠模型 | 转录组数据 | SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列 |
| 5194 | 2025-03-05 |
Joint trajectory inference for single-cell genomics using deep learning with a mixture prior
2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2316256121
PMID:39226366
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研究论文 | 本文介绍了一种名为VITAE的统计方法，通过结合潜在层次混合模型和变分自编码器来推断单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹 | VITAE方法通过整合潜在层次混合模型和变分自编码器，提高了轨迹推断的准确性和可解释性，并提供了细胞投影的不确定性量化 | 尽管VITAE在多种轨迹拓扑结构上表现优异，但其在更广泛的数据集和应用中的通用性仍需进一步验证 | 研究目标是开发一种能够同时进行轨迹推断和数据整合的统计方法，以提高单细胞测序数据分析的准确性和鲁棒性 | 研究对象是单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器（VAE） | 单细胞测序数据 | 三个不同的小鼠新皮层单细胞RNA测序数据集 |
| 5195 | 2025-03-05 |
Acyl-coenzyme a binding protein (ACBP) - a risk factor for cancer diagnosis and an inhibitor of immunosurveillance
2024-Sep-06, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02098-5
PMID:39242519
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研究论文 | 本文研究了酰基辅酶A结合蛋白（ACBP/DBI）在癌症诊断和免疫监视中的作用 | 发现ACBP/DBI水平升高是癌症发展的风险因素，并证明其中和可以增强化疗免疫疗法的效果 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模临床试验 | 探讨ACBP/DBI在癌症发展和免疫监视中的作用 | 癌症高风险个体、携带TP53或BRCA1/2突变的患者、非综合征健康个体以及小鼠模型 | 癌症研究 | 肺癌、乳腺癌、肉瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 血浆样本、小鼠模型数据 | 癌症高风险个体、携带TP53或BRCA1/2突变的患者、非综合征健康个体以及小鼠模型 |
| 5196 | 2025-03-05 |
Emerging advances in defining the molecular and therapeutic landscape of small-cell lung cancer
2024-Aug, Nature reviews. Clinical oncology
DOI:10.1038/s41571-024-00914-x
PMID:38965396
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综述 | 本文综述了小细胞肺癌（SCLC）的分子和治疗领域的最新进展，特别是基因组和转录组特征的研究，以及转化为新治疗方法的潜力 | 提出了SCLC的四种转录因子表达状态定义的分子亚型，并探讨了MYC同源基因的过表达和扩增对SCLC生物学和治疗脆弱性的影响 | 快速发展的治疗耐药性和缺乏有效的患者选择生物标志物是当前的主要挑战 | 改善小细胞肺癌患者的治疗效果 | 小细胞肺癌（SCLC） | 肿瘤学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组和转录组数据 | NA |
| 5197 | 2025-03-05 |
Letter to editor: single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells of published cases
2024-Apr-02, Neurosurgical review
IF:2.5Q1
DOI:10.1007/s10143-024-02375-3
PMID:38561568
|
comments | 本文对最近关于ECM重塑脑膜瘤细胞的单细胞转录组分析研究进行了细致评估 | 强调了在肿瘤异质性和微环境影响方面更全面的研究视角的重要性 | 数据解释和验证存在挑战，且ECM重塑的研究焦点可能忽视了肿瘤生物学的其他关键方面 | 评估单细胞转录组分析在ECM重塑脑膜瘤细胞研究中的应用及其局限性 | ECM重塑的脑膜瘤细胞 | digital pathology | 脑膜瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 5198 | 2025-03-05 |
Single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells
2024-Mar-16, Neurosurgical review
IF:2.5Q1
DOI:10.1007/s10143-024-02349-5
PMID:38491247
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性 | 首次在单细胞水平上对ECM重塑脑膜瘤细胞进行了全面的转录组分析，揭示了其与细胞粘附和细胞外基质组织相关的基因表达特征 | 研究样本量未明确说明，可能限制了结果的普遍性 | 研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性 | 脑膜瘤细胞 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 未明确说明 |
| 5199 | 2025-03-05 |
Brain-wide correspondence of neuronal epigenomics and distant projections
2023-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06823-w
PMID:38092919
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研究论文 | 本文通过单细胞分析技术，将小鼠大脑中的神经元与其远程投射联系起来，揭示了神经元表观基因组与细胞类型之间的关系 | 使用epi-retro-seq技术，首次将单细胞表观基因组与远程投射的细胞类型联系起来，提供了全面的神经元投射类型与转录组和表观基因组关系的分析 | 研究仅限于小鼠大脑，未涉及其他物种或人类大脑 | 研究神经元表观基因组与远程投射之间的关系，解析细胞类型及其功能 | 小鼠大脑中的33,034个神经元，来自32个不同区域，投射到24个不同目标 | 神经科学 | NA | epi-retro-seq, 空间转录组学 | NA | 表观基因组数据, 转录组数据 | 33,034个神经元，来自32个不同区域，投射到24个不同目标 |
| 5200 | 2025-03-05 |
Single-cell resolution of MET- and EMT-like programs in osteoblasts during zebrafish fin regeneration
2022-Feb-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.103784
PMID:35169687
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序 | 揭示了成骨祖细胞在再生过程中与上皮-间质转化（EMT）及其反向过程（MET）相关的成分富集，并提供了EMT标记物在去分化细胞和分化成骨细胞中共同表达的证据 | 研究局限于斑马鱼模型，可能不直接适用于其他物种 | 阐明斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序 | 斑马鱼尾鳍再生过程中的成骨细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |