单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27241 篇文献，本页显示第 5181 - 5200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5181 | 2024-12-18 |
Gradient boosting reveals spatially diverse cholesterol gene signatures in colon cancer
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1410353
PMID:39678375
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研究论文 | 本文研究了胆固醇代谢基因在结肠癌中的空间多样性特征，并探讨了其与患者预后的关系 | 使用eXtreme Gradient Boosting (XGBoost)模型结合胆固醇代谢基因，显著提高了结肠癌患者风险分层的准确性 | NA | 探讨胆固醇代谢与结肠癌预后的关系，并寻找潜在的治疗靶点 | 结肠癌患者的肿瘤样本和邻近正常组织样本 | 数字病理学 | 结肠癌 | 空间转录组学 | XGBoost | 基因表达数据 | 来自TCGA结肠癌腺癌项目的配对肿瘤和邻近正常样本 |
| 5182 | 2024-12-18 |
Building a FAIR data ecosystem for incorporating single-cell transcriptomics data into agricultural genome to phenome research
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1460351
PMID:39678381
|
研究论文 | 本文探讨了如何构建一个FAIR数据生态系统，将单细胞转录组学数据整合到农业基因组到表型研究中 | 本文利用人类基因组学基础设施的最新进展，开发了连接不同资源的数据工具，并扩展了功能以实现数据在不同平台间的传输和分析 | 本文仅描述了一个试点项目，未来需要进一步构建更完善的数据资源和分析生态系统 | 构建一个基于FAIR原则的科学家友好的数据资源和分析生态系统，以促进单细胞水平的基因组分析 | 单细胞转录组学数据在农业基因组到表型研究中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 包括植物、原生生物和动物（包括人类）的高通量测序数据集 |
| 5183 | 2024-12-18 |
Spatial transcriptomics and in situ immune cell profiling of the host ectocervical landscape of HIV infected Kenyan sex working women
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1483346
PMID:39687623
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和多表位配体绘图技术，研究了HIV感染的肯尼亚性工作者宫颈外组织的免疫细胞图谱 | 首次结合空间转录组学和多表位配体绘图技术，深入分析了慢性HIV感染下宫颈外组织的免疫景观 | 样本仅来自肯尼亚的性工作者，可能限制了研究结果的普适性 | 研究慢性HIV感染对宫颈外组织免疫景观的影响 | HIV感染和未感染的肯尼亚女性性工作者的宫颈外组织 | 数字病理学 | HIV感染 | 空间转录组学，多表位配体绘图 | NA | 组织样本 | HIV阳性组和阴性组的宫颈外组织样本 |
| 5184 | 2024-12-18 |
Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs
2023-Aug-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3232360/v1
PMID:37609233
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术描述了未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了犬骨肉瘤的细胞和分子异质性，并发现犬和人类骨肉瘤的细胞组成具有高度保守性 | 研究仅限于6只未治疗的犬骨肉瘤样本，样本量较小 | 更好地定义骨肉瘤的肿瘤微环境复杂性，并为转化免疫肿瘤学研究提供细胞和分子路线图 | 未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 6只未治疗的犬骨肉瘤样本，共分析了35,310个细胞 |
| 5185 | 2024-12-18 |
Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain
2023-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.20.549873
PMID:37503039
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了慈鲷鱼端脑的空间解析转录图谱，并比较了慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域 | 本文揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞群之间的显著转录相似性，为脊椎动物前脑的组织和进化提供了新的见解 | NA | 研究脊椎动物前脑的组织和进化 | 慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域 | NA | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 5186 | 2024-12-17 |
Diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia: an overview of the current genomic classification, diagnostic approaches, and future directions
2025-Jan, Histopathology
IF:3.9Q1
DOI:10.1111/his.15338
PMID:39403021
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综述 | 本文综述了B-急性淋巴细胞白血病的当前基因组分类、诊断方法及未来发展方向 | 介绍了下一代测序、全基因组转录组测序、光学基因组图谱、甲基化分析和单细胞测序等新技术在B-ALL诊断中的应用 | NA | 探讨B-ALL的最新诊断标准和技术，以及新技术和生物标志物在提高诊断准确性中的重要性 | B-急性淋巴细胞白血病 | 数字病理学 | 血液疾病 | 下一代测序、全基因组转录组测序、光学基因组图谱、甲基化分析、单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 5187 | 2024-12-17 |
Inhibition of JNK Signaling Overcomes Cancer-Associated Fibroblast-Mediated Immunosuppression and Enhances the Efficacy of Immunotherapy in Bladder Cancer
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0940
PMID:39292817
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研究论文 | 研究揭示了JNK信号通路在癌症相关成纤维细胞中介导的免疫抑制作用，并探讨了通过抑制JNK信号增强免疫治疗效果的策略 | 首次发现JNK信号通路在癌症相关成纤维细胞中通过上调胸腺基质淋巴细胞生成素（TSLP）表达来促进免疫抑制微环境，并提出抑制JNK信号与PD-1阻断联合治疗的新策略 | 研究主要集中在膀胱癌样本，结果的普适性需要进一步验证 | 探讨免疫抑制肿瘤微环境的机制，并寻找提高免疫治疗效果的新方法 | 膀胱癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）和CD8+ T细胞 | NA | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 膀胱癌样本 |
| 5188 | 2024-12-17 |
Targeting SHCBP1 Inhibits Tumor Progression by Restoring Ciliogenesis in Ductal Carcinoma
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1095
PMID:39312205
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研究论文 | 本文研究了SHCBP1在导管癌中的作用，发现SHCBP1的缺失通过恢复纤毛生成抑制肿瘤进展 | 首次揭示了SHCBP1与导管癌中纤毛生成之间的联系，并通过SHCBP1缺失恢复纤毛生成，抑制肿瘤进展 | 研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，需进一步验证在人类患者中的疗效 | 探讨SHCBP1在导管癌中的作用机制及其对纤毛生成的影响，寻找潜在的治疗策略 | 导管癌中的SHCBP1和纤毛生成 | NA | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 小鼠模型和大量导管癌患者样本 |
| 5189 | 2024-12-17 |
A transcriptome-wide association study integrating multi-omics bioinformatics and Mendelian randomization reveals the prognostic value of ADAMDEC1 in colon cancer
2024-Dec-16, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-024-03910-3
PMID:39680087
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学生物信息学和孟德尔随机化方法，揭示了ADAMDEC1基因在结肠癌中的预后价值 | 本研究创新性地使用了scissor算法整合单细胞测序数据和bulk转录组数据，并结合孟德尔随机化方法，首次确定了ADAMDEC1基因作为结肠癌患者的预后保护因子 | 本研究依赖于现有的数据集和分析方法，可能存在数据偏倚和方法局限性 | 研究结肠癌的预后标志物，为临床试验和药物靶点研究提供线索 | 结肠癌患者的预后相关细胞和基因 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序 RNA-seq 孟德尔随机化 | NA | 转录组数据 基因组数据 | 使用了两个独立的外部验证数据集GSE17536和GSE39582，以及一个包含免疫组织化学实验的真实世界组织数据集 |
| 5190 | 2024-12-17 |
Combined Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analysis to Reveal the Potential Influences of Intestinal Inflammatory Disease on Multiple Sclerosis
2024-Dec-16, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02195-z
PMID:39680254
|
研究论文 | 本研究通过结合批量和单细胞转录组分析，揭示了肠道炎症疾病对多发性硬化症的潜在影响 | 首次通过结合批量和单细胞转录组数据，识别出IBD和MS之间的共同差异表达基因（DEGs），并验证了这些基因在两种疾病中的免疫特性 | 研究主要依赖于公共数据集，缺乏对患者的直接实验验证 | 探讨肠道炎症疾病与多发性硬化症之间的共同病理生理机制 | 多发性硬化症（MS）和炎症性肠病（IBD）的共同差异表达基因及其在免疫系统中的作用 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | RNA测序、单细胞转录组测序、质谱流式细胞术（CyTOF） | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 多个公共数据集，包括GSE126124、GSE9686、GSE36807、GSE21942、GSE17048、GSE75214、GSE16879和PRJCA003980 |
| 5191 | 2024-12-17 |
SpatialCVGAE: Consensus Clustering Improves Spatial Domain Identification of Spatial Transcriptomics Using VGAE
2024-Dec-16, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00676-1
PMID:39680300
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SpatialCVGAE的共识聚类框架，用于空间转录组数据分析，以提高空间域识别的稳定性和准确性 | SpatialCVGAE通过结合多个空间图和变分图自编码器（VGAE）学习多个潜在表示，并使用共识聚类方法整合这些结果，从而提高了模型的稳定性和鲁棒性 | NA | 解决空间转录组数据分析中由于数据稀疏和高噪声导致的聚类不稳定问题 | 空间转录组数据的空间域识别 | 数字病理学 | NA | 变分图自编码器（VGAE） | 变分图自编码器（VGAE） | 空间转录组数据 | NA |
| 5192 | 2024-12-17 |
A human forebrain organoid model reveals the essential function of GTF2IRD1-TTR-ERK axis for the neurodevelopmental deficits of Williams syndrome
2024-Dec-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.98081
PMID:39671308
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研究论文 | 本文研究了Williams综合征患者前脑类器官模型中GTF2IRD1-TTR-ERK轴对神经发育缺陷的关键作用 | 首次揭示了GTF2IRD1通过调节TTR-ERK通路在前脑类器官和小鼠模型中调控神经发育的关键功能 | 研究主要集中在体外类器官模型和小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证 | 探讨Williams综合征神经发育缺陷的分子机制 | Williams综合征患者的前脑类器官和小鼠模型 | 数字病理学 | Williams综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 健康对照和Williams综合征类器官的13个细胞集群 |
| 5193 | 2024-12-17 |
Single-cell RNA sequencing reveals the important role of Dcaf17 in spermatogenesis of golden hamsters†
2024-Dec-12, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioae132
PMID:39239833
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研究论文 | 本文研究了Dcaf17在金黄地鼠精子发生中的重要作用，通过单细胞RNA测序分析了Dcaf17缺失对不同精子发生阶段转录水平的影响 | 本文首次通过CRISPR-Cas9技术创建了Dcaf17缺陷的金黄地鼠模型，揭示了Dcaf17在精子发生中的关键调控作用，并提供了新的动物模型用于研究Dcaf17 | 本文仅在金黄地鼠模型中研究了Dcaf17的作用，未来需要进一步在其他物种中验证其普遍性 | 探讨Dcaf17在雄性生殖系统中的作用及其在精子发生中的分子机制 | Dcaf17缺陷的金黄地鼠及其精子发生过程 | NA | 男性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Dcaf17缺陷的金黄地鼠 |
| 5194 | 2024-12-17 |
Evaluating the Utilities of Foundation Models in Single-cell Data Analysis
2024-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.08.555192
PMID:38464157
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研究论文 | 本文评估了基础模型在单细胞数据分析中的性能 | 提出了一个评估框架，用于评估单细胞基础模型的超参数、初始设置和训练稳定性，并提供了预训练和微调的指南 | 单细胞基础模型在所有任务中并不总是优于任务特定方法，这挑战了开发单细胞分析基础模型的必要性 | 评估基础模型在单细胞数据分析中的性能，并提供改进方法开发的指南 | 单细胞测序数据分析中的基础模型 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型（如scGPT、Geneformer、CellPLM） | 单细胞数据 | NA |
| 5195 | 2024-12-17 |
Bgee in 2024: focus on curated single-cell RNA-seq datasets, and query tools
2024-Dec-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1118
PMID:39656924
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研究论文 | 本文介绍了Bgee数据库的更新，重点是整合了经过精心筛选的单细胞RNA测序数据集，并提供了新的查询工具 | Bgee现在能够提供跨物种的基因表达模式比较，直至细胞分辨率，并且扩展了物种数量，增加了对鱼类、农业和兽医重要物种以及非人类灵长类动物的支持 | NA | 更新Bgee数据库，整合单细胞RNA测序数据，并提供新的查询工具 | 跨物种的基因表达模式 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及52个物种的单细胞RNA测序数据 |
| 5196 | 2024-12-17 |
Identification of Key Genes in Fetal Gut Development at Single-Cell Level by Exploiting Machine Learning Techniques
2024-Dec, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400104
PMID:39324223
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研究论文 | 本研究利用机器学习技术在单细胞水平上识别胎儿肠道发育的关键基因 | 首次在单细胞水平上利用机器学习技术对胎儿肠道发育的细胞进行分类，并识别出关键基因 | 研究仅限于特定的单细胞测序数据集，可能无法全面代表所有胎儿肠道发育情况 | 通过机器学习技术增强对胎儿肠道发育的理解 | 胎儿肠道发育中的细胞分类和关键基因识别 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因特征数据 | 62,849个样本，每个样本具有33,694个不同的基因特征 |
| 5197 | 2024-12-17 |
Exploring the Role of EBV Infection in EBV-T/NKLPD With EBV Capture Technology Based on Single-Cell RNA Sequencing
2024-Dec, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70094
PMID:39679761
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5198 | 2024-12-17 |
Inferring single-cell resolution spatial gene expression via fusing spot-based spatial transcriptomics, location, and histology using GCN
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae630
PMID:39656774
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研究论文 | 提出了一种基于Vision Transformer和图卷积网络的多模态信息融合方法scstGCN，用于推断单细胞分辨率的空间基因表达 | scstGCN通过融合组织学图像、基于spot的空间转录组数据和空间位置信息，实现了单细胞水平的空间基因表达超分辨率推断 | NA | 提高空间转录组技术的分辨率，以更准确地推断基因表达水平 | 不同组织类型的空间转录组数据，包括疾病和健康样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | 图卷积网络（GCN） | 图像和文本 | 多种组织的ST数据集 |
| 5199 | 2024-12-17 |
Cell-specific priors rescue differential gene expression in spatial spot-based technologies
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae621
PMID:39679437
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研究论文 | 本文探讨了空间转录组学技术中差异基因表达分析的算法性能，并提出了一种基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案 | 提出了基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案，显著提高了差异基因的恢复率和可靠性 | 本文主要基于模拟数据进行研究，实际应用中的效果需要进一步验证 | 评估现有算法在空间转录组数据中识别差异基因的性能，并提出改进方案 | 空间转录组数据中的差异基因表达 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 模拟数据 |
| 5200 | 2024-10-09 |
Correction to: Single-cell RNA sequencing reveals the important role of Dcaf17 in spermatogenesis of golden hamsters
2024-Nov-11, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioae144
PMID:39376075
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |