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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5181 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals shared clonal signatures in nonmalignant B and tumor cells in T-prolymphocytic leukemia
2025-May, Blood neoplasia
DOI:10.1016/j.bneo.2025.100076
PMID:40453149
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示T细胞前淋巴细胞白血病中非恶性B细胞与肿瘤细胞共享的克隆特征 | 首次在单细胞水平证实T-PLL中非恶性B细胞与克隆性T细胞存在共享突变 | 样本量有限(16例患者),仅对9例患者获得复发样本 | 阐明T细胞前淋巴细胞白血病的克隆起源和进化动力学 | 16例T-PLL患者的非恶性细胞和肿瘤细胞 | 单细胞基因组学 | 白血病 | 靶向二代测序, 液滴数字PCR, 单细胞多组学分析 | NA | 基因组DNA, 细胞表面蛋白标记 | 16例T-PLL患者,其中9例有配对的诊断和复发样本 | Mission Bio | 单细胞多组学 | Tapestri Platform | Mission Bio Tapestri单细胞分析平台 |
5182 | 2025-10-06 |
In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.10.579748
PMID:38405728
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研究论文 | 研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生 | 首次证明离散气味能特异性加速对其敏感的嗅觉神经元亚型的生成速率 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在其它哺乳动物中验证 | 探究嗅觉刺激如何影响特定嗅觉感觉神经元亚型的神经发生 | 小鼠嗅觉感觉神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 亚型特异性神经元出生日期标记 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5183 | 2025-10-06 |
A tumor cornification and immune-infiltration-based scheme for anti-PD-1 plus chemotherapy response in advanced squamous cell lung carcinoma
2025-Feb-14, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2024.09.005
PMID:39395411
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研究论文 | 本研究基于肿瘤角质化和免疫浸润特征建立了一个预测晚期肺鳞癌患者抗PD-1联合化疗疗效的新方案 | 首次提出基于肺鳞癌免疫浸润和角质化特征分类(LICC)的方案,并发现SPRR3+肿瘤细胞通过CD24-SIGLEC10轴介导免疫逃逸的新机制 | 研究样本量相对有限,需要更大规模的前瞻性研究验证LICC方案的临床适用性 | 探索预测肺鳞癌患者抗PD-1免疫治疗联合化疗疗效的生物标志物 | 晚期肺鳞癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肺鳞癌 | RNA测序,流式细胞术,多重免疫组织化学,单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据,流式细胞数据,免疫组化数据 | 349例来自ORIENT-12临床试验的肺鳞癌样本,外加其他临床队列验证 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq,流式细胞术,多重免疫组织化学 | NA | NA |
5184 | 2025-10-06 |
Early downmodulation of tumor glycolysis predicts response to fasting-mimicking diet in triple-negative breast cancer patients
2025-Feb-04, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2024.11.004
PMID:39694040
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研究论文 | 本研究探讨模拟禁食饮食联合化疗对三阴性乳腺癌患者的治疗效果及机制 | 首次发现高糖酵解癌细胞在治疗早期出现糖酵解通路下调可预测三阴性乳腺癌患者对模拟禁食饮食的治疗反应 | 样本量较小(30例患者),需更大规模临床试验验证 | 评估周期性模拟禁食饮食联合术前化疗对早期三阴性乳腺癌患者的疗效 | 30例早期三阴性乳腺癌患者 | 肿瘤代谢研究 | 三阴性乳腺癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 30例早期三阴性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
5185 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Profiling of Ocular Adnexal Sebaceous Carcinoma Reveals a Complex Tumor Microenvironment and Identifies New Biomarkers
2025-Feb, American journal of ophthalmology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.ajo.2024.10.001
PMID:39393421
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析眼附件皮脂腺癌的肿瘤微环境并鉴定新的生物标志物 | 首次在单细胞分辨率下对眼附件皮脂腺癌进行深入转录组分析,揭示了复杂的肿瘤微环境组成 | 样本量较小(仅6例患者标本),属于回顾性观察研究 | 探索眼附件皮脂腺癌的肿瘤组成和转录特征,为开发保留眼球的免疫疗法和靶向治疗提供依据 | 眼附件皮脂腺癌患者肿瘤组织(包括原发性肿瘤和Paget样扩散肿瘤)及正常组织 | 数字病理学 | 眼附件皮脂腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 组织切片图像 | 6例患者标本(3例原发性肿瘤,2例Paget样扩散肿瘤,1例正常组织),另加28例OaSC存档病例进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5186 | 2025-10-06 |
Cross-cellular analysis of chromatin accessibility markers H3K4me3 and DNase in the context of detecting cell-identity genes: An "all-or-nothing" approach
2025-02, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720025400025
PMID:40169369
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研究论文 | 通过分析染色质可及性标记H3K4me3和DNase,提出跨细胞染色质开放度(CCO)水平来预测细胞特异性基因 | 首次提出跨细胞染色质开放度(CCO)概念,并证明其与基因必需性状态的相关性 | 仅使用两种分化实验进行验证,数据来源可能有限 | 研究染色质可及性标记与细胞特异性基因检测的关联 | 不同细胞系中的染色质可及性标记(H3K4me3和DNase) | 表观遗传学 | NA | 染色质可及性分析,scRNA-Seq,bulk RNA-Seq | NA | 表观基因组数据,基因表达数据 | 多个细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,染色质可及性分析 | NA | NA |
5187 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial characterization of plasmablast-like lymphoma cells in primary central nervous system lymphoma
2025-Feb, Blood neoplasia
DOI:10.1016/j.bneo.2024.100058
PMID:40454408
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研究论文 | 通过单细胞和空间多组学分析揭示了原发性中枢神经系统淋巴瘤中浆母细胞样淋巴瘤细胞的异质性和微环境特征 | 首次在PCNSL中鉴定出具有浆母细胞特征的淋巴瘤亚群,并揭示了其空间分布异质性和与微环境的独特相互作用 | 样本量相对有限,需要更大规模的研究验证发现 | 阐明PCNSL的细胞和空间异质性及微环境特征 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤患者样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞测序, 空间多组学分析, B细胞受体分析, 免疫组织化学染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | PCNSL患者队列(扩展研究中约40%患者具有PBL特征亚群) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间多组学 | NA | NA |
5188 | 2025-10-06 |
Functional profiling of murine glioma models highlights targetable immune evasion phenotypes
2024-11-27, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-024-02831-w
PMID:39592459
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研究论文 | 通过功能遗传筛选、单细胞转录组学和机器学习方法,系统性评估小鼠胶质瘤模型作为人类胶质母细胞瘤临床前模型的价值 | 首次通过CRISPR全基因组共培养杀伤筛选鉴定出胶质瘤三种关键免疫逃逸机制,并利用机器学习识别出与临床相关的免疫逃逸基因程序 | 研究基于小鼠模型,虽然部分重现了人类GBM特征,但仍存在物种差异 | 探索胶质瘤免疫逃逸机制并建立临床前模型与人类疾病的桥梁 | 小鼠胶质瘤模型(GL261和CT2A)及人类胶质母细胞瘤 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | CRISPR全基因组筛选、单细胞转录组学、机器学习 | 机器学习方法 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 两个小鼠胶质瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5189 | 2025-10-06 |
In vivo CRISPRi screen identified lncRNA portfolio crucial for cutaneous squamous cell carcinoma tumor growth
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.16.618774
PMID:39464078
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研究论文 | 通过CRISPRi筛选和单细胞测序分析鉴定出调控皮肤鳞状细胞癌肿瘤生长的关键lncRNA组合 | 首次通过整合单细胞测序分析和体内外CRISPRi筛选系统鉴定lncRNA在cSCC中的功能,发现LINC00704和LINC01116等新型调控因子 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型,需要在更多临床样本中验证 | 探索长链非编码RNA在皮肤鳞状细胞癌发生发展中的作用机制 | 人类正常和cSCC皮肤组织、角质形成细胞亚群、cSCC癌细胞系 | 功能基因组学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞测序、CRISPR干扰筛选、假性批量分析、异种移植模型 | CRISPRi、xenograft | 单细胞测序数据、功能验证数据 | 正常和cSCC人类皮肤组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5190 | 2025-10-06 |
Transcriptional profiling in microglia across physiological and pathological states identifies a transcriptional module associated with neurodegeneration
2024-09-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06684-7
PMID:39294270
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研究论文 | 通过整合分析人类小胶质细胞的转录组数据,识别出在神经退行性疾病中共享的转录特征 | 整合多个神经退行性疾病的单细胞RNA-seq数据集,发现跨疾病共享的小胶质细胞转录特征,并将遗传变异与转录特征相关联 | 基于公开数据集进行二次分析,可能受原始数据质量和样本来源限制 | 识别小胶质细胞在生理和病理状态下的转录特征,探索其在神经退行性疾病中的作用 | 人类小胶质细胞 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 基因组关联分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据, 基因组数据 | 多个公开数据集,涵盖阿尔茨海默病、多发性硬化症和帕金森病 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5191 | 2025-10-06 |
SPRR1B+ keratinocytes prime oral mucosa for rapid wound healing via STAT3 activation
2024-09-16, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06864-5
PMID:39300285
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研究论文 | 本研究通过整合分析口腔黏膜和皮肤伤口愈合过程中的单细胞测序数据,揭示了STAT3激活的SPRR1B+角质形成细胞在促进口腔黏膜快速愈合中的关键作用 | 首次发现STAT3激活的SPRR1B+角质形成细胞在正常口腔黏膜中固有存在,而在正常皮肤中缺失,这一细胞亚群通过促进角质形成细胞迁移来加速伤口愈合 | 研究主要基于小鼠模型验证,在人类临床样本中的验证仍需进一步深入 | 探究口腔黏膜快速伤口愈合的细胞机制 | 口腔黏膜和皮肤伤口愈合过程中的角质形成细胞 | 单细胞生物学 | 伤口愈合障碍 | bulk mRNA测序, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 小鼠模型和人类口腔/皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
5192 | 2025-10-06 |
Vaccines combining slow delivery and follicle targeting of antigens increase germinal center B cell clonal diversity and clonal expansion
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.19.608655
PMID:39229011
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研究论文 | 本研究分析了结合磷酸丝氨酸标记抗原与铝佐剂及皂苷纳米颗粒佐剂的联合佐剂策略对生发中心B细胞反应的影响 | 首次证明两种作用机制互补的佐剂(缓释抗原递送和改变淋巴结摄取的佐剂)可协同增强生发中心B细胞克隆多样性和克隆扩增 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证 | 探索联合佐剂策略增强体液免疫应答的机制 | 小鼠模型中的生发中心B细胞和HIV Env三聚体抗原 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序 | NA | 单细胞测序数据, 抗原分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序 | NA | NA |
5193 | 2025-10-06 |
Enhanced microglial dynamics and a paucity of tau seeding in the amyloid plaque microenvironment contribute to cognitive resilience in Alzheimer's disease
2024-08-05, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-024-02775-1
PMID:39102080
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研究论文 | 本研究探讨无症状阿尔茨海默病患者大脑中淀粉样斑块微环境特征及其对认知韧性的保护机制 | 发现无症状AD患者斑块微环境中存在增强的小胶质细胞动态活动和减少的tau蛋白播种活性 | 基于死后脑组织研究,无法观察动态过程;样本量有限 | 揭示阿尔茨海默病病理条件下认知韧性的神经保护机制 | 无症状阿尔茨海默病患者和典型AD患者的死后脑组织 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 脑组织样本,转录组数据 | 一组无症状AD受试者队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5194 | 2025-10-06 |
Dominant dystrophic epidermolysis bullosa is associated with glycolytically active GATA3+ T helper 2 cells which may contribute to pruritus in lesional skin
2024-07-16, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljae110
PMID:38477474
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示显性营养不良性大疱性表皮松解症瘙痒与糖酵解活性GATA3+ Th2细胞的关联 | 首次在DDEB病变皮肤中发现糖酵解活性增强的GATA3+ Th2细胞亚群,为理解疾病瘙痒机制提供新视角 | 样本量较小(6例患者),且仅针对瘙痒亚型患者进行研究 | 鉴定DDEB皮肤转录组特征以寻找减轻瘙痒的治疗靶点 | 显性营养不良性大疱性表皮松解症患者皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 定量PCR | NA | 转录组数据 | 6例DDEB患者(瘙痒亚型)和4例健康个体,共13个皮肤活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
5195 | 2025-10-06 |
Somatic mutations associate with clonal expansion of CD8+ T cells
2024-06-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj0787
PMID:38848368
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研究论文 | 本研究通过分析90名血液和免疫疾病患者的CD4和CD8 T细胞,揭示了体细胞突变与CD8+T细胞克隆扩增的关联 | 首次在非恶性T细胞中系统研究体细胞突变谱,发现CD8+T细胞突变负荷更高且非同义突变具有非随机性特征 | 样本仅来自血液和免疫疾病患者,未包含健康对照组 | 探究体细胞突变在T细胞中的分布特征及其与克隆扩增的关系 | 90名血液和免疫疾病患者的CD4和CD8 T细胞 | 免疫基因组学 | 血液和免疫疾病 | T细胞受体测序, 单细胞测序 | NA | 基因组测序数据, 单细胞测序数据 | 90名患者 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
5196 | 2025-10-06 |
Gene regulatory landscape of cerebral cortex folding
2024-06-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn1640
PMID:38838158
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研究论文 | 本研究揭示了大脑皮层折叠的基因调控机制,通过表征雪貂大脑发育过程中的基因表达和表观遗传动态 | 首次揭示了H3K27ac表观遗传景观在定义大脑皮层折叠模式中的关键作用,并证明通过操纵转录因子表达可改变皮层折叠模式 | 研究仅限于雪貂模型,未在其他哺乳动物中进行验证 | 探索大脑皮层折叠模式的基因调控机制 | 雪貂大脑皮层发育过程中的基因表达和表观遗传变化 | 发育神经生物学 | 神经系统发育障碍 | 单细胞RNA测序,H3K27ac染色质免疫沉淀 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据 | 雪貂胚胎发育不同阶段的脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5197 | 2025-10-06 |
Gene representation bias in spatial transcriptomics
2024-06, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720024500070
PMID:39036848
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研究论文 | 本研究通过比较Visium空间转录组和bulk RNA-seq数据,识别在Visium中频繁低检测的基因并探索其潜在机制 | 首次系统性地发现空间转录组数据中存在基因表示偏倚,并揭示poly(T)基序可能通过形成发夹结构影响mRNA捕获效率 | 样本量相对有限(28个人类样本和19个小鼠样本),需要更多实验验证poly(T)基序形成发夹结构的假设 | 识别空间转录组数据中频繁低检测的基因并探究其潜在分子机制 | 人类和小鼠组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序,bulk RNA-seq,基序分析 | NA | 基因-点计数矩阵,序列数据 | 28个人类样本和19个小鼠样本,涵盖多种组织来源 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组技术 |
5198 | 2025-10-06 |
NDMNN: A novel deep residual network based MNN method to remove batch effects from scRNA-seq data
2024-06, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S021972002450015X
PMID:39036845
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研究论文 | 提出一种基于深度残差网络的NDMNN方法,用于消除单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 将密集深度残差网络(NDnetwork)与MNN方法相结合,设计出新的批次效应校正方法 | NA | 开发更有效的单细胞RNA测序数据批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度残差网络 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
5199 | 2025-10-06 |
Rejuvenation of peripheral immune cells attenuates Alzheimer's disease-like pathologies and behavioral deficits in a mouse model
2024-05-31, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl1123
PMID:38809977
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研究论文 | 本研究通过年轻骨髓移植 rejuvenate 老年小鼠免疫系统,探索其对阿尔茨海默病病理和行为缺陷的改善作用 | 首次证明通过年轻骨髓移植 rejuvenate 外周免疫细胞可改善阿尔茨海默病样病理和行为缺陷 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索免疫 rejuvenation 作为阿尔茨海默病治疗策略的潜力 | 老年小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,年轻骨髓移植 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,行为数据,病理数据 | 老年小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5200 | 2025-10-06 |
Unagi: Deep Generative Model for Deciphering Cellular Dynamics and In-Silico Drug Discovery in Complex Diseases
2023-Dec-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3676579/v1
PMID:38196613
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研究论文 | 介绍UNAGI——一种用于分析时间序列单细胞转录组数据的深度生成神经网络工具 | 开发了专门针对时间序列单细胞转录组数据的深度生成模型,能够捕获疾病进展中的复杂细胞动态并增强药物扰动建模 | NA | 开发计算工具用于详细疾病进展分析和靶向计算机药物干预 | 特发性肺纤维化(IPF)患者和COVID-19患者 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序 | 深度生成神经网络 | 时间序列单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |