单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-06-10	Single-cell transcriptional profiling reveals cellular senescence and inflammatory persistence as key features of type 1 diabetes partial remission 2025-Jul, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16384 PMID:40183401	研究论文	通过单细胞RNA测序研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制	揭示了1型糖尿病部分缓解期未被认识的免疫失调特征，包括单细胞亚群的分子特征和动态变化	研究仅基于外周血单个核细胞，未涉及其他免疫细胞或组织	探究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制	健康对照者、新诊断的1型糖尿病患者和处于部分缓解期的患者	单细胞转录组学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康对照者、新诊断T1D患者和PR阶段患者的PBMCs样本
502	2025-06-10	A survey of the methodological process of modeling, inference, and evaluation of gene regulatory networks using scRNA-Seq data 2025-Jul, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2025.105464 PMID:40409400	综述	本文综述了利用scRNA-Seq数据建模、推断和评估基因调控网络的方法学过程	揭示了scRNA-Seq技术在基因调控网络推断中的技术和方法学挑战，并提出了更稳健的方法学过程建议	缺乏关于真实网络的知识以及评估指标的非标准化，导致算法性能比较困难	探讨scRNA-Seq数据在基因调控网络推断中的方法学挑战和改进方向	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
503	2025-06-10	CD44 Deficiency Induces Combinatory NRF2 Inhibition and Endoplasmic Reticulum Stress-Associated Dyserythropoiesis 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500228R PMID:40488748	research paper	本研究探讨了CD44在终末红细胞生成中的作用及其功能机制，发现CD44缺失会导致骨髓红细胞生成异常并加剧苯肼诱导的溶血性贫血	揭示了CD44通过调节PI3K/AKT/NRF2和p62/NRF2通路维持红细胞生成过程中的氧化还原稳态和蛋白质稳态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类红细胞生成中的CD44功能需要进一步验证	阐明CD44在终末红细胞生成中的具体作用和分子机制	CD44敲除小鼠和其红细胞前体细胞	分子生物学	溶血性贫血	单细胞测序分析	CD44敲除小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	CD44敲除小鼠及其红细胞前体细胞
504	2025-06-10	Loss of ARNTL Enhances ER Stress and Apoptosis in CKD Through Disruption of NRF2 Signaling 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403398RRR PMID:40489010	研究论文	本研究揭示了ARNTL通过调控NRF2信号通路在慢性肾病(CKD)中对抗内质网(ER)应激和细胞凋亡的关键保护作用	首次发现ARNTL-NRF2轴在肾小管细胞中的保护机制，并证实其可作为CKD治疗的潜在靶点	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体进行临床验证	探究CKD中ER应激导致肾小管细胞凋亡的分子机制	慢性肾病患者和小鼠模型的肾小管细胞	分子病理学	慢性肾病	单细胞测序、蛋白质相互作用分析	HK2细胞系和小鼠CKD模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	CKD患者样本和CKD模型小鼠
505	2025-06-10	Transcriptional landscape of pleural mesothelioma patients in relation to NF2 gene mutational status 2025-Jun-09, Journal of the Egyptian National Cancer Institute IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s43046-025-00284-0 PMID:40484892	研究论文	本研究探讨了NF2基因突变状态对胸膜间皮瘤患者转录组景观的影响	首次全面分析了NF2突变对胸膜间皮瘤肿瘤生物学、免疫浸润、细胞因子信号传导和治疗反应的影响	样本量相对较小（82例），且为回顾性研究	了解NF2基因突变在胸膜间皮瘤中的作用机制及其临床意义	胸膜间皮瘤患者（82例）及其肿瘤组织	癌症基因组学	胸膜间皮瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、xCell算法、Cytosig分析、pRRophetic预测	逻辑回归模型	转录组数据	82例胸膜间皮瘤病例
506	2025-06-10	Advancements in single-cell techniques for examining the HIV reservoir: pathways to a cure 2025-Jun-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00655-25 PMID:40488537	综述	本文综述了单细胞技术在研究HIV病毒库中的应用及其对治愈HIV的潜在贡献	强调了单细胞测序、染色质可及性分析和多组学技术在揭示HIV病毒库异质性和持久性中的创新应用	未提及具体实验样本量或研究中的具体技术限制	探索HIV病毒库的特性以设计靶向干预策略	HIV病毒库中的静息CD4 T细胞和巨噬细胞等长寿命细胞	病毒学	HIV感染	单细胞测序、染色质可及性分析、多组学技术	NA	单细胞基因表达数据、染色质可及性数据	NA
507	2025-06-10	Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal Functional and Spatial Heterogeneity of Atrial and Ventricular Cardiomyocytes in the Heart 2025-Jun-09, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01443-3 PMID:40488964	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了心房和心室心肌细胞在心脏中的功能和空间异质性	首次结合scRNA-seq和空间转录组学技术，系统解析了心房和心室心肌细胞的空间分布及细胞间通讯网络	研究主要基于小鼠模型，结果在人类心脏中的适用性需要进一步验证	探究心脏中心房和心室心肌细胞的空间分布特征及其细胞间通讯机制	心房心肌细胞(aCM)和心室心肌细胞(vCM)	空间转录组学	心血管疾病	scRNA-seq, 空间转录组学	t-SNE聚类分析	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量，使用分离的心脏细胞
508	2025-06-10	Single-cell transcriptomic profiling reveals dysregulation of B-cell subset function in patients with chronic hepatitis B 2025-Jun-09, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10846-y PMID:40489024	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了慢性乙型肝炎患者B细胞亚群功能的失调	首次在单细胞水平上分析了HBV感染不同阶段B细胞亚群的免疫学特征及其临床意义，并鉴定了与体液免疫相关的潜在机制	样本量相对较小，特别是某些HBV感染阶段的样本数量有限	研究乙型肝炎病毒(HBV)感染不同阶段B细胞亚群的免疫学特征及其临床意义	25名个体的46个肝脏和血液样本中的23,967个B细胞(包括1,677个浆细胞)	免疫学	乙型肝炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	25名个体(6名健康对照，19名HBV感染者)，46个样本，23,967个B细胞
509	2025-06-10	Principles of synaptogenesis: Insights from Caenorhabditiselegans 2025-Jun-07, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103056 PMID:40483740	review	本文综述了基于秀丽隐杆线虫模型的突触形成、组织和精细化的当前理解	利用秀丽隐杆线虫的基因编辑、显微镜技术、单细胞转录组分析和计算分析等最新进展，深入探索突触形成和调控的机制	NA	探讨突触形成的原理及其在神经系统连接中的作用	秀丽隐杆线虫的神经系统	神经科学	NA	基因编辑、显微镜技术、单细胞转录组分析、计算分析	NA	NA	NA
510	2025-06-10	High-throughput differentiation of human blood vessel organoids reveals overlapping and distinct functions of the cerebral cavernous malformation proteins 2025-Jun-06, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09985-5 PMID:40478324	research paper	通过高通量分化人类血管类器官，揭示了脑海绵状血管畸形蛋白的共同和独特功能	结合高通量血管类器官分化、单细胞RNA测序和高内涵成像技术，揭示了CCM蛋白在神经元、间充质和内皮细胞群体中的特异性基因表达模式	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	探究CCM1、CCM2和CCM3基因突变导致不同临床表型的分子机制	人类诱导多能干细胞分化的血管类器官	生物医学研究	脑海绵状血管畸形	高通量类器官分化、单细胞RNA测序、高内涵成像	类器官模型	基因表达数据、图像数据	使用96孔板格式进行高通量实验
511	2025-06-10	A spatially organized Cd24a+/Pax9+ stem cell core governs postnatal tooth establishment 2025-Jun-06, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu5653 PMID:40479070	research paper	本研究揭示了Cd24a+/Pax9+干细胞核心在哺乳动物牙齿后生建立中的空间组织作用	发现了Cd24a+/Pax9+干细胞核心在牙齿发育过程中的空间组织模式及其对牙根形成的调控作用	未详细探讨Cd24a+/Pax9+干细胞核心在其他矿化组织中的作用	探究牙齿后生建立过程中干细胞的空间组织模式及其调控机制	小鼠和人类的牙齿发育过程	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CUT&Tag, 空间定位分析	NA	基因表达数据, 空间定位数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠和人类牙齿组织
512	2025-06-10	Deficient FANCL Predisposes Endothelial Damage: A New Therapeutic Target for Pulmonary Hypertension 2025-Jun-06, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 PMID:40479584	research paper	该研究探讨了FANCL缺陷如何促进肺动脉高压（PAH）的发展，并提出靶向修复FANCL作为治疗PAH的新策略	首次揭示了FANCL缺陷通过影响BMP和TGF-β信号通路促进PAH的机制，并验证了AAV-Fancl基因补充和药物干预的有效性	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体临床试验中验证治疗效果	阐明FA通路、DNA损伤与PAH之间的相互作用机制	FANCL基因缺陷小鼠模型、PAH患者肺标本和肺动脉内皮细胞、野生成纤维细胞	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、腺相关病毒基因治疗	基因敲除小鼠模型（Fanclkf/kf）	基因表达数据、细胞功能实验数据	PAH患者肺标本和内皮细胞、野生成纤维细胞、基因改造小鼠
513	2025-06-10	Cathepsin C correlates with M2 macrophage infiltration and regulates the tumor growth and metastasis in non-small cell lung cancer 2025-Jun-05, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14341-3 PMID:40474091	研究论文	探讨组织蛋白酶C（CTSC）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用及其与M2巨噬细胞浸润的关系	首次系统分析了CTSC在NSCLC中的表达及其与M2巨噬细胞浸润的关联，并验证了CTSC对肿瘤生长和转移的调控作用	研究主要基于体外和动物实验，临床样本验证仍需进一步扩大	阐明CTSC在NSCLC进展和转移中的分子机制及其潜在治疗价值	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞系、临床样本及动物模型	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、基因集富集分析（GSEA）	NA	基因表达数据、临床样本数据	临床NSCLC队列（具体数量未明确说明）及体外细胞系实验
514	2025-06-10	Targeting CD39 boosts PD-1 blockade antitumor therapeutic efficacy via strengthening CD8 + TILs function and recruiting B cells in cervical cancer 2025-Jun-03, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03500-0 PMID:40462160	research paper	该研究探讨了靶向CD39如何通过增强CD8+TILs功能和招募B细胞来提高PD-1阻断在宫颈癌中的抗肿瘤疗效	发现CD39在耗竭的CD8+T细胞中高表达，并验证了CD39抑制不仅能增强CD8+TILs的细胞毒性，还能通过增加CXCL13分泌促进B细胞浸润，从而放大PD-1阻断的抗肿瘤免疫	样本量较小（仅10名宫颈癌患者），且研究主要基于体外实验和皮下肿瘤模型，未涉及临床试验	寻找增强免疫检查点阻断（ICBs）对宫颈癌患者疗效的新型联合治疗策略	宫颈癌患者和皮下肿瘤模型	肿瘤免疫治疗	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据和临床数据	10名宫颈癌患者及TCGA数据库中的队列
515	2025-06-10	PSMB10 maintains the stemness of chemotherapeutic drug-resistant leukemia cells by inhibiting senescence and cytotoxic T lymphocyte-mediated killing in a ubiquitinated degradation manner 2025-Jun-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03420-9 PMID:40462177	研究论文	本文研究了PSMB10在化疗耐药白血病细胞中通过抑制衰老和细胞毒性T淋巴细胞介导的杀伤作用来维持其干性的机制	首次揭示了PSMB10通过泛素化降解方式调控耐药白血病干细胞的干性维持，并提出了PSMB10作为消除耐药白血病干细胞的新靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	探索耐药白血病干细胞通过衰老和免疫调控维持干性的分子机制	急性髓系白血病(AML)患者样本、人AML异种移植模型和PSMB10敲除同源小鼠骨髓移植模型	肿瘤生物学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、RT-qPCR、流式细胞术、免疫共沉淀、荧光素酶报告基因检测、多核糖体分析、定量蛋白质组学等	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据	AML患者临床样本、人AML细胞系和小鼠模型
516	2025-06-10	A resource for whole-body gene expression map of human tissues based on integration of single cell and bulk transcriptomics 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03616-4 PMID:40462185	研究论文	本文通过整合单细胞和批量转录组学数据，提供了人体各主要组织和器官中蛋白质编码基因的全基因组表达图谱	结合单细胞和批量转录组学数据，首次实现了对人体各主要组织和器官中蛋白质编码基因的全基因组表达图谱的扩展分析	研究仅关注了蛋白质编码基因，未涉及非编码RNA等其他基因类型	构建人体各组织和器官的全基因组基因表达图谱	人体31种主要组织和器官	基因组学	NA	单细胞转录组学、批量转录组学、抗体标记分析	NA	转录组数据	31种人体组织
517	2025-06-10	Transcriptional landscape of aniridia-associated keratopathy through single-cell RNA sequencing 2025-Jun-03, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.05.008 PMID:40473205	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示无虹膜相关角膜病变的转录组景观	首次使用单细胞RNA测序技术分析无虹膜相关角膜病变患者的角膜上皮细胞基因表达谱	研究仅基于一个病例样本，结果可能不具有普遍性	阐明无虹膜相关角膜病变的分子机制	先天性无虹膜患者的角膜上皮细胞	数字病理学	角膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例48岁女性先天性无虹膜患者的角膜上皮组织
518	2025-06-10	Tumor-associated Schwann cells promote salivary adenoid cystic carcinoma stem-like reprogramming via IGF2/IGF1R induced histone H3 lysine 18 lactylation 2025-Jun-02, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217847 PMID:40466903	研究论文	研究探讨了唾液腺腺样囊性癌（SACC）中肿瘤相关雪旺细胞（TA-SCs）通过IGF2/IGF1R诱导的组蛋白H3赖氨酸18乳酸化促进肿瘤干细胞样重编程的机制	揭示了TA-SCs通过IGF2/IGF1R-H3K18la轴促进SACC进展和干细胞样重编程的新机制，并提出了潜在的治疗靶点	未明确TA-SCs重编程的具体分子机制是否适用于其他类型的癌症	探究TA-SCs在SACC进展和干细胞样重编程中的作用及分子机制	唾液腺腺样囊性癌（SACC）及其肿瘤微环境中的雪旺细胞（SCs）	肿瘤生物学	唾液腺腺样囊性癌	组织透明化三维成像、单细胞RNA测序	NA	图像数据、转录组数据	NA
519	2025-06-10	Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis 2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC PMID:39642371	research paper	该研究揭示了表观遗传调节因子CBX5在肺纤维化中的作用，通过调控成纤维细胞的代谢重编程影响纤维化进程	首次发现CBX5在肺纤维化中作为连接表观遗传改变与代谢异常的关键调节因子，并证明其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究CBX5在肺纤维化发病机制中的作用及其作为治疗靶点的可能性	肺成纤维细胞和特发性肺纤维化(IPF)组织	分子病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫组织化学分析、RNA测序分析	NA	基因表达数据、组织样本	IPF患者肺组织样本和体外培养的成纤维细胞
520	2025-06-10	Exploring the Molecular Mechanisms of Fisetin in Treating Periodontitis Through Multiomics and Network Pharmacology 2025-Jun, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.12.012 PMID:39755534	research paper	本研究通过网络药理学分析确定了非瑟酮治疗牙周炎的分子靶点，并在动物模型和体外实验中验证了其治疗效果，同时利用单细胞和空间转录组学技术鉴定了牙周炎中的关键细胞群及其空间分布	首次结合网络药理学、动物模型、体外实验以及单细胞和空间转录组学技术，全面探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制	研究尚未在临床环境中验证非瑟酮的疗效	探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制及其潜在治疗效果	牙周炎动物模型和人牙周膜成纤维细胞(PDLFs)	分子生物学与药理学	牙周炎	网络药理学分析、单细胞转录组学、空间转录组学	动物模型	转录组数据	NA