单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-05-08	Single cell transcriptome profiling reveals pathogenesis of bullous pemphigoid 2025-Feb-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07629-4 PMID:39922909	research paper	通过单细胞转录组分析揭示大疱性类天疱疮的发病机制	首次在BP患者中进行了单细胞转录组分析，揭示了免疫和非免疫细胞的功能变化及其在疾病进展中的作用	样本量可能有限，且未涉及所有相关细胞类型的功能验证	探究大疱性类天疱疮的发病机制及潜在治疗靶点	大疱性类天疱疮患者的皮肤和血液样本	digital pathology	bullous pemphigoid	single-cell transcriptome analysis	NA	RNA-seq	BP患者的皮损和非皮损皮肤样本以及血液样本
502	2025-05-08	ANO7 expression in the prostate modulates mitochondrial function and lipid metabolism 2025-Feb-08, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02081-7 PMID:39923095	研究论文	本研究探讨了ANO7在前列腺中的表达如何影响线粒体功能和脂质代谢	揭示了ANO7在前列腺细胞中调控代谢途径的新功能，特别是对氧化磷酸化和脂质代谢的影响	ANO7在前列腺中的具体作用机制尚未完全阐明	探索ANO7在前列腺细胞中的功能及其与前列腺癌的关系	RWPE1细胞、前列腺组织单细胞RNA测序数据集和前列腺组织RNA测序数据	分子生物学	前列腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, 氧化磷酸化测量, 糖酵解测量, 靶向代谢组学, 线粒体形态图像分析, 脂质组学	NA	基因表达数据, 代谢组学数据, 图像数据	工程改造的RWPE1细胞和前列腺组织样本
503	2025-05-08	IL-4 induces CD22 expression to restrain the effector program of virtual memory T cells 2025-Feb-07, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk4841 PMID:39919198	research paper	该研究揭示了IL-4通过诱导CD22表达来调控虚拟记忆CD8 T细胞的效应程序	首次发现CD22作为IL-4诱导的T细胞选择性表面标志物，并阐明其内在调控机制	研究主要关注IL-4诱导的T细胞，未涉及其他细胞因子的影响	阐明IL-4依赖性T细胞活化和扩增的调控机制	虚拟记忆CD8 T细胞	免疫学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
504	2025-05-08	Retrotrans-genomics identifies aberrant THE1B endogenous retrovirus fusion transcripts in the pathogenesis of sarcoidosis 2025-Feb-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56567-6 PMID:39920152	研究论文	通过逆转录基因组学方法，研究发现THE1B内源性逆转录病毒融合转录本在结节病发病机制中的异常表达	首次识别出19种THE1B融合转录本，其中15种为先前未发现的，并发现其在结节病中的表达模式与结核病不同	样本量相对较小，仅包括16名结节性肌病患者和400名其他肌肉疾病对照	探究THE1B内源性逆转录病毒融合转录本在结节病发病机制中的作用	结节性肌病患者和其他肌肉疾病对照	基因组学	结节病	RNA-seq（短读长和长读长），单细胞或单核RNA-seq	NA	RNA-seq数据	16名结节性肌病患者和400名其他肌肉疾病对照
505	2025-05-08	Mechanistic elucidation of human pancreatic acinar development using single-cell transcriptome analysis on a human iPSC differentiation model 2025-Feb-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88690-1 PMID:39920294	研究论文	通过单细胞转录组分析人类iPSC分化模型，阐明人类胰腺腺泡细胞的发育机制	发现REG4作为胰腺腺泡祖细胞的候选标记物，并揭示cAMP相关信号通路在hiPSC来源的胰腺腺泡细胞分化中的作用	研究依赖于小鼠模型，可能不完全反映人类胰腺发育的全部复杂性	阐明胰腺外分泌腺泡细胞的发育机制，建立从hiPSCs定向分化胰腺腺泡细胞的方法	人类诱导多能干细胞(hiPSCs)分化的胰腺腺泡细胞	干细胞生物学	胰腺外分泌疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
506	2025-05-08	Multiomics identify the gene expression signature of the spinal cord during aging process 2025-Feb-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07475-4 PMID:39920442	研究论文	该研究通过多组学方法鉴定了衰老过程中脊髓的基因表达特征	结合批量RNA测序和空间转录组学揭示了衰老脊髓的转录特征，并发现Fth1基因在衰老混合胶质细胞中对铁死亡的抵抗作用	研究主要基于小鼠模型，人类脊髓衰老的适用性需要进一步验证	探索衰老过程中脊髓的分子变化机制	年轻和衰老的脊髓组织	生物医学	老年疾病	批量RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、CCK-8检测、siRNA和慢病毒实验	NA	基因表达数据	年轻和衰老的脊髓样本（具体数量未明确说明）
507	2025-05-08	Single-cell analysis reveals cellular heterogeneity, gene expression profiles, and pathway dynamics in acne vulgaris 2025-Feb-07, Archives of dermatological research IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s00403-025-03894-9 PMID:39920471	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析痤疮患者的皮肤组织，揭示细胞异质性、基因表达谱及代谢通路动态变化	首次在痤疮研究中应用单细胞RNA测序技术，识别了8种不同的细胞簇，并发现了与痤疮相关的特定配体-受体对及代谢通路异常	样本量较小（仅6名患者），且数据来源于公共数据库，可能缺乏临床治疗反应的关联分析	探究痤疮的细胞和分子机制，为治疗策略提供新见解	痤疮患者的皮肤组织（病变与非病变部位）	数字病理学	痤疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6名痤疮患者的皮肤组织样本（来自GEO数据库GSE175817）
508	2025-05-08	Transcriptomic profiles of single-cell autophagy-related genes (ATGs) in lung diseases 2025-Feb-07, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-09990-w PMID:39920481	研究论文	利用单细胞测序技术研究自噬相关基因(ATGs)在肺部疾病中的转录组图谱	首次在单细胞水平上全面解析了ATGs在不同肺部疾病中的表达谱，并揭示了其与疾病相关的关键基因和信号通路	研究主要关注肺上皮细胞和淋巴细胞，可能未涵盖所有相关细胞类型	阐明ATGs在肺部疾病发生发展中的作用机制	健康人群和不同肺部疾病患者的肺组织	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	包含健康对照和多种肺部疾病患者(COVID-19相关急性肺损伤、IPF、COPD、SSC、LUAD)的样本
509	2025-05-08	Mural cell dysfunction contributes to diastolic heart failure by promoting endothelial dysfunction and vessel remodelling 2025-Feb-07, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-025-02623-w PMID:39920783	研究论文	该研究探讨了壁细胞功能障碍如何通过促进内皮功能障碍和血管重塑导致舒张性心力衰竭	首次探索了壁细胞在HFpEF中的作用，并揭示了壁细胞通过TNFα依赖性旁分泌信号传导诱导内皮细胞生长停滞的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	研究壁细胞功能障碍在HFpEF发病机制中的作用	糖尿病db/db小鼠和PDGFRβtg/tg-CreERT2-EYFPtg/tg小鼠	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、NicheNet分析、组织学分析	小鼠模型	转录组数据、组织学数据	未明确说明具体数量，使用db/db小鼠和PDGFRβtg/tg-CreERT2-EYFPtg/tg小鼠
510	2025-05-08	Decoding SFRP2 progenitors in sustaining tooth growth at single-cell resolution 2025-Feb-07, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04190-z PMID:39920788	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究小鼠和人类牙齿中Sfrp2hi成纤维祖细胞在维持牙齿持续生长中的作用	首次识别出小鼠切牙和人类磨牙发育牙根中特有的Sfrp2hi成纤维祖细胞群，并揭示其通过Twist1转录因子调控Wnt信号通路维持干细胞特性的机制	将小鼠牙齿的研究结果应用于人类疾病的研究仍显不足	探索牙齿持续生长的细胞机制，为牙齿组织再生和修复提供转化方法	小鼠切牙和人类磨牙的牙髓细胞	单细胞生物学	牙科疾病	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	多个单细胞数据集（具体数量未明确说明）
511	2025-05-08	ELLIPSIS: robust quantification of splicing in scRNA-seq 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf028 PMID:39936571	research paper	介绍了一种名为ELLIPSIS的工具，用于在单细胞RNA测序中稳健地量化剪接事件	利用局部观察到的读取覆盖率和细胞类型内相似性特性，能够量化新型剪接事件，特别适用于癌症细胞	未明确提及具体限制	开发一种工具以在单细胞RNA测序中稳健地量化剪接事件，并检测细胞类型间的差异剪接	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟数据和胶质母细胞瘤scRNA-seq数据
512	2025-05-08	Human Single-Cell RNA-Sequencing Data Supports the Hypothesis of X Chromosome Insensitivity but Is Ineffective in Testing the Dosage Compensation Model 2025-Feb-03, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf004 PMID:39932018	研究论文	本研究利用人类单细胞RNA测序数据评估了X染色体与常染色体基因剂量补偿模型的假设，并探讨了scRNA-seq数据在此类分析中的潜在偏差	揭示了scRNA-seq数据在计算X:AA表达比时的固有偏差，并首次利用该数据检测到X染色体与常染色体间表达噪声的微小差异（10%-15%）	研究仅基于Smart-seq2平台数据，未涵盖其他单细胞测序技术；模拟数据集可能无法完全反映真实生物复杂性	验证基因剂量补偿模型的适用性并评估scRNA-seq数据在此类分析中的可靠性	人类X染色体与常染色体的基因表达模式	基因组学	NA	scRNA-seq（Smart-seq2平台）和bulk RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	模拟数据集和人类Smart-seq2实证数据（具体样本量未明确说明）
513	2025-05-08	Single-cell sequencing reveals the mechanisms of multiple myeloma progression: clarity or confusion? 2025-Feb, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06241-0 PMID:39918600	review	本文总结了单细胞测序在多发性骨髓瘤（MM）进展研究中的新见解，包括克隆进化、微环境转变、表观遗传变化及新的预后和治疗策略	利用单细胞测序技术解析MM的克隆进化、微环境转变和表观遗传变化，为MM的预后和治疗策略提供新方向	研究范围和技术的持续扩展与优化仍需进一步探索	探讨单细胞测序在解析多发性骨髓瘤进展机制中的应用	多发性骨髓瘤（MM）及其微环境	digital pathology	multiple myeloma	single-cell sequencing	NA	genomic data	NA
514	2025-05-08	Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA 2025-Feb, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012747 PMID:39919147	research paper	本文提出了一种名为广义对比主成分分析（gcPCA）的新方法，用于比较高维数据集中的低维模式	gcPCA是一种无需超参数调整的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）的局限性，能够对称比较两个实验条件	虽然gcPCA在多种高维生物数据中展示了实用性，但未提及其在其他领域或更大规模数据集上的表现	开发一种能够有效比较高维数据集中低维模式的通用方法	高维生物数据集，包括神经生理学记录和单细胞RNA测序数据	machine learning	type II diabetes	single-cell RNA sequencing	gcPCA	high-dimensional biological data	NA
515	2025-05-08	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	research paper	该研究利用单细胞转录组学技术，解析了小鼠肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子的细胞类型特异性及区域分布	首次系统性地表征了肝脏不同细胞类型和区域中重要药物处理基因的基线mRNA富集情况	研究基于已发表的单细胞和细胞核转录组数据集，可能受限于原始数据质量和覆盖范围	解析肝脏中药物处理基因的分布特征	小鼠肝脏中的不同细胞类型（肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、库普弗细胞、星状细胞、肌成纤维细胞等）和三个肝区（门静脉周围区、中区和中央静脉周围区）	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组学	Seurat V5	单细胞转录组数据、空间转录组数据	基于已发表的小鼠肝脏单细胞和细胞核转录组数据集
516	2025-05-08	ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis 2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225778 PMID:39919897	research paper	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了ITGA5+滑膜成纤维细胞在类风湿性关节炎（RA）炎症反应中的关键作用	发现了一种新型的ITGA5+滑膜成纤维细胞亚群，该亚群通过分泌TGF-β1诱导CXCL13hiPD-1hi外周辅助T细胞（TPHs）的分化，重塑促炎微环境	研究结果主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更大规模的临床样本中进一步验证	探究滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在RA炎症反应中的作用	滑膜成纤维细胞、CXCL13hiPD-1hi外周辅助T细胞（TPHs）	digital pathology	rheumatoid arthritis	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics, immunohistology, multiplex immunofluorescence, flow cytometry, bulk RNA sequencing	NA	transcriptomics data, imaging data	来自骨关节炎、持续缓解期和活动期RA患者的滑膜组织样本，以及胶原诱导性关节炎（CIA）小鼠模型
517	2025-05-08	Cell and transcriptomic diversity of infrapatellar fat pad during knee osteoarthritis 2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225928 PMID:39919907	研究论文	本研究采用多组学方法，揭示了膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性，并探讨了IFP在KOA、性别和肥胖状态中的差异	首次全面绘制了人类IFP的细胞和转录组多样性图谱，并确定了IFP成纤维细胞作为与KOA疾病、性别或肥胖相关的转录组和代谢差异的关键细胞	样本量相对较小（21个IFP），且未探讨不同治疗干预对IFP细胞和转录组的影响	探究膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性及其与KOA、性别和肥胖状态的关系	21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA供体）	生物信息学	膝骨关节炎	单核RNA测序、空间转录组学、代谢组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、代谢组数据	82,924个核（来自21个IFP样本）
518	2025-05-08	Revealing the core suppression effects of various Di (2-ethylhexyl) phthalate exposure on early meiosis progression in postnatal male mice via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117866 PMID:39923572	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了DEHP暴露对雄性小鼠早期减数分裂进程的核心抑制作用	首次全面证明DEHP通过Trp53介导的p38-MAPK通路抑制雄性生殖细胞的早期减数分裂进程	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究DEHP暴露对雄性生殖系统早期减数分裂进程的影响机制	出生后雄性小鼠的睾丸细胞	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（10X Genomics）	NA	RNA测序数据	42,000个细胞
519	2025-05-08	Single Cell RNA-Seq Identifies Cell Subpopulations Contributing to Idiopathic Pulmonary Fibrosis in Humans 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70402 PMID:39928535	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序技术，识别了特发性肺纤维化（IPF）患者肺部细胞亚群的变化	首次通过单细胞RNA测序全面揭示了IPF患者肺部多种细胞亚群的比例变化及其相互作用	未深入探讨细胞亚群比例变化的具体分子机制	探究特发性肺纤维化的发病机制	IPF患者肺部的细胞亚群	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	IPF患者肺部组织样本
520	2025-05-08	Dynamic Activation of NADPH Oxidases in Immune Responses Modulates Differentiation, Function, and Lifespan of Plasma Cells 2025-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350975 PMID:39931760	研究论文	本研究探讨了NADPH氧化酶（NOX）在B细胞免疫应答中的动态激活及其对浆细胞分化、功能和寿命的影响	首次结合单细胞转录组学和单细胞NOX活性检测，揭示了NOX1和NOX2在B细胞亚群中的动态表达及其与代谢途径、乳酸产生、IgG分泌率和细胞寿命的关系	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类B细胞中进行验证	探究NOX活性及ROS产生在B细胞活化过程中的作用机制	小鼠B细胞在二次免疫后的反应	免疫学	NA	单细胞转录组学、单细胞NOX活性检测	NA	单细胞转录组数据、NOX活性数据	NA