单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-05-11	COME: contrastive mapping learning for spatial reconstruction of single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf083 PMID:39992219	研究论文	提出了一种名为COME的对比映射学习方法，用于从单细胞RNA测序数据中恢复空间信息	通过对比映射学习在ST和scRNA-seq数据之间建立联系，有效捕获细胞-斑点关系并恢复scRNA-seq数据的空间信息	未明确提及具体限制	从单细胞RNA测序数据中恢复丢失的空间信息	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组(ST)	对比映射学习	基因表达数据	未明确提及具体样本量
502	2025-05-11	Scupa: single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf090 PMID:39999031	research paper	开发了一种名为Scupa的计算方法，用于全面评估免疫细胞的极化状态	首次提出了一种系统性评估单细胞RNA测序数据中细胞因子驱动极化的计算方法	NA	评估免疫细胞在细胞因子驱动下的极化状态	免疫细胞	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing	Universal Cell Embeddings	single-cell RNA sequencing data	14种免疫细胞类型
503	2025-05-11	Radiation-induced cellular plasticity primes glioblastoma for forskolin-mediated differentiation 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415557122 PMID:40009641	研究论文	研究探讨了辐射诱导的细胞可塑性如何为胶质母细胞瘤（GBM）的分化治疗创造条件，以及forskolin在联合治疗中的作用	利用辐射诱导的多能性状态，结合forskolin改变胶质瘤细胞的命运，提出了一种新的分化治疗方法	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索胶质母细胞瘤的新型治疗方法，提高患者生存率	胶质母细胞瘤细胞和小鼠模型	肿瘤学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	体外胶质瘤细胞和小鼠模型
504	2025-05-11	Erythroid progenitor cell-mediated spleen-tumor interaction deteriorates cancer immunity 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417473122 PMID:40014568	research paper	该研究揭示了红细胞祖细胞（EPCs）在脾脏与肿瘤之间的相互作用中抑制肿瘤免疫并促进肿瘤进展的机制	首次发现EPCs在脾脏与肿瘤之间建立了一种先前未被认识的连接，通过分泌肝素结合生长因子调节PD-L1介导的免疫抑制，并通过CCL5/CCR5轴迁移至肿瘤，削弱局部抗肿瘤免疫	研究主要关注头颈部鳞状细胞癌患者，可能不适用于其他类型的癌症	探索肿瘤发展过程中系统性免疫的动态变化及其对免疫治疗的影响	红细胞祖细胞（EPCs）、脾脏与肿瘤的相互作用	免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但涉及头颈部鳞状细胞癌患者
505	2025-05-11	Astrocyte heterogeneity reveals region-specific astrogenesis in the white matter 2025-Mar, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01878-6 PMID:39994409	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了小鼠前脑灰质和白质星形胶质细胞的异质性，揭示了白质星形胶质细胞的区域特异性分子特性	首次揭示了白质星形胶质细胞与灰质星形胶质细胞的显著差异，并发现白质星形胶质细胞具有区域特异性分子特性，特别是胼胝体白质可能持续产生星形胶质细胞	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证所有发现	探索白质星形胶质细胞的异质性及其与灰质星形胶质细胞的区别	小鼠前脑灰质和白质（特别是胼胝体）的星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠前脑组织样本
506	2025-05-11	Intratumoral Injection of Cytotoxic Drugs Plus Hapten Elicits Significant Immune Responses in Sentinel Lymph Nodes: Implications for Cancer Immunotherapy 2025-Mar-01, Pancreas IF:1.7Q3 DOI:10.1097/MPA.0000000000002439 PMID:39999315	研究论文	研究通过细胞毒性药物加半抗原的瘤内注射在哨兵淋巴结中引发显著免疫反应，对癌症免疫治疗具有重要意义	揭示了靶向治疗如何调节淋巴结微环境以增强局部免疫反应，并可能提高全身抗肿瘤效果	未提及样本量大小和研究的具体局限性	定义哨兵淋巴结中的转移和远隔效应的机制	胰腺癌原发灶治疗前后的哨兵淋巴结	癌症免疫治疗	胰腺癌	scRNA-seq	NA	基因组数据	NA
507	2025-05-11	Targeting Zfp36 to combat cardiac hypertrophy: Insights into ferroptosis pathways 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70247 PMID:40000392	research paper	本研究探讨了锌指蛋白36（Zfp36）在心脏肥大中通过调节铁死亡途径的作用机制	首次揭示了Zfp36通过Ythdc2/SLC7A11/GSH铁死亡途径调节心脏肥大的新机制，为心脏肥大的治疗提供了新靶点	研究主要基于细胞和动物模型，尚未在人体中进行验证	探究Zfp36在心脏肥大中铁死亡的调节作用及其机制	心肌细胞和心肌组织	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序分析	NA	基因表达数据	NA
508	2025-05-11	Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals heterogeneity of human liver progenitor cells 2025-Mar-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000662 PMID:40008906	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组分析揭示人类肝脏祖细胞的异质性	首次在人类肝脏中系统性地描述了肝脏祖细胞（LPCs）的异质性，并鉴定了不同的LPC亚群和细胞模块	LPCs在合并的上皮细胞和LPC群体中占比较低（2.95±1.91%），可能影响部分分析结果的代表性	探究人类肝脏祖细胞的异质性及其在肝脏再生中的作用	人类肝脏祖细胞（LPCs）	数字病理学	肝病	空间转录组测序技术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	超过259,400个人类肝脏单细胞，涵盖4种条件（胎儿、健康、肝硬化和肝癌影响的肝脏）
509	2025-05-11	Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01622-z PMID:40011560	research paper	利用可扩展的单细胞扰动筛选系统重建分子通路特征	引入改进的计算框架Mixscale以解决扰动效率中的细胞变异问题，并优化统计方法以学习差异表达基因列表和保守分子特征	NA	系统识别信号调节因子在不同生物环境中的靶标，增强对信号调节因子及其靶标的理解	六种细胞系和五种生物信号环境中的1500多次扰动	functional genomics	NA	Perturb-seq, combinatorial indexing, next-generation sequencing	Mixscale	single-cell sequencing data	超过1500次扰动，涉及六种细胞系和五种生物信号环境
510	2025-05-11	Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis 2025-Mar-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553 PMID:39991825	research paper	本研究通过两样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析，鉴定了肝细胞癌中的几种因果蛋白质	利用UK Biobank Pharma Proteomics Project的蛋白质组数据，通过两样本MR方法鉴定因果蛋白质，并结合单细胞RNA测序数据进行验证	NA	鉴定肝细胞癌中的因果蛋白质并探索潜在药物	肝细胞癌相关蛋白质	生物信息学	肝细胞癌	两样本孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	NA	蛋白质组数据、转录组数据	UK Biobank Pharma Proteomics Project数据
511	2025-05-11	Single-Cell Landscape of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients With Graves Disease 2025-Feb-27, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf038 PMID:39996309	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了Graves病患者外周血单个核细胞的单细胞景观，发现了细胞组成和功能的显著变化	首次在单细胞分辨率下描绘了Graves病患者外周血单个核细胞的异质性和功能变化，并发现了NK细胞与其他免疫细胞间通讯的减少	样本量相对较小（8名患者和12名健康对照），且仅关注了外周血单个核细胞	探究Graves病患者外周血单个核细胞在单细胞分辨率下的细胞组成和功能变化	Graves病患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	Graves病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	22,680个外周血单个核细胞（来自8名GD患者和12名健康对照）
512	2025-05-11	Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (class Heterotrichea) using single-cell transcriptomes 2025-Feb-27, BMC ecology and evolution IF:2.3Q3 DOI:10.1186/s12862-025-02353-3 PMID:40011795	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据对Spirostomum属纤毛虫的系统发育和物种界限进行了分析	首次在Spirostomum属中应用单细胞转录组测序技术，并开发了从转录组序列重建核糖体RNA基因序列的工作流程	样本来源仅限于韩国和美国部分地区，可能无法完全代表该属的全球多样性	阐明Spirostomum属纤毛虫的系统发育关系并确定物种界限	Spirostomum属纤毛虫（代表6个形态种）	分子系统发育学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多物种溯祖模型(MSC)	转录组数据	37个Spirostomum标本（25个新测序样本和12个来自GenBank的样本）
513	2025-05-11	Single-cell profiling and clinical characteristics analysis of lung squamous carcinoma 2025-Feb-27, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01556-7 PMID:40014154	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺鳞癌的肿瘤微环境和临床特征，并构建预后模型	首次使用单细胞RNA测序技术结合计算算法分析肺鳞癌的肿瘤微环境，并构建基于3个差异表达基因的预后风险评分模型	样本量相对有限（504例），且需要进一步实验验证模型的临床适用性	阐明肺鳞癌的肿瘤微环境特征并开发预后预测模型	肺鳞癌患者肿瘤组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，q-PCR，免疫荧光	COX回归模型	基因表达数据	504例肺鳞癌样本（来自TCGA和GEO数据库）
514	2025-05-11	Single cell analysis identifies distinct CD4 + T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity related asthma 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88423-4 PMID:40000680	研究论文	通过单细胞分析识别与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+T细胞亚型	首次揭示了肥胖哮喘中CD4+T细胞的CDC42上调与Th1炎症及类固醇抵抗的关系，并鉴定了特定的T细胞亚型	研究仅限于儿童肥胖相关哮喘，未涉及其他类型的哮喘或成人群体	探究肥胖相关哮喘中CD4+T细胞的分子机制及其在疾病发展中的作用	儿童肥胖相关哮喘患者的CD4+T细胞	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	肥胖哮喘、健康体重哮喘、单纯肥胖及健康对照组的CD4+T细胞样本
515	2025-05-11	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2025-Feb-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100705 PMID:40009070	研究论文	通过多组学分析和机器学习预测输卵管在配子和胚胎存在时的反应	结合RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学数据，开发了一种基于transformer的新型机器学习模型，用于预测转录因子对蛋白质丰度的影响	研究中发现小鼠输卵管与人类输卵管在炎症反应上存在差异，可能限制结果的普适性	阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用	小鼠输卵管组织	生物信息学	NA	RNA-seq、scRNA-seq、蛋白质组学	transformer	转录组数据、蛋白质组数据	不同交配后时间点采集的小鼠输卵管组织样本
516	2025-05-11	Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells 2025-Feb-26, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08827-9 PMID:40011350	研究论文	本文通过整合多组学数据和单细胞测序分析，全面评估了ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达模式和功能影响，特别关注胶质母细胞瘤	研究发现ANXA2和ANXA4在GBM中主要由M2巨噬细胞表达，并揭示了它们与胶质瘤中巨噬细胞和CD4+静息记忆T细胞的强相关性	分析工具之间存在差异，强调了使用多种方法准确识别差异表达基因的必要性	研究ANXA家族在癌症中的预后意义，特别是在胶质瘤中的作用	ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达和功能，特别关注胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤	癌症研究	胶质母细胞瘤	多组学数据分析、单细胞测序分析	NA	多组学数据、单细胞测序数据	来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)的数据集
517	2025-05-11	Atlas of expression of acyl CoA binding protein/diazepam binding inhibitor (ACBP/DBI) in human and mouse 2025-Feb-26, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07447-w PMID:40011442	research paper	该研究通过蛋白质表达谱、转录组和蛋白质组数据库分析，揭示了酰基辅酶A结合蛋白/地西泮结合抑制剂（ACBP/DBI）在人类和小鼠不同器官中的表达模式及其调控机制	首次系统地绘制了ACBP/DBI在人类和小鼠中的表达图谱，并鉴定了与其共表达的44个mRNA，揭示了线粒体相关蛋白的富集现象	研究主要基于数据库分析，缺乏实验验证部分调控机制	探究ACBP/DBI在哺乳动物特定细胞类型中的表达调控机制	人类和小鼠的组织样本	分子生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序、转录组分析、蛋白质组分析	NA	转录组数据、蛋白质组数据	多种人类和小鼠器官组织样本
518	2025-05-11	ETVs dictate hPSC differentiation by tuning biophysical properties 2025-Feb-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56591-6 PMID:40011454	研究论文	本研究探讨了ETV转录因子在调控人类多能干细胞（hPSCs）生物物理特性和谱系定向中的关键作用	首次确立了ETV转录因子作为生物物理参数和谱系定向的关键调控因子，揭示了ETV1或ETV1/ETV4/ETV5基因敲除对细胞粘附和分化的影响	研究仅基于体外模型（gastruloids和胰腺分化模型），未涉及体内验证	探索转录网络如何调控细胞生物物理特性及其在干细胞分化中的作用	人类多能干细胞（hPSCs）及其在gastruloids和胰腺分化模型中的行为	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用hPSCs及其分化模型
519	2025-05-11	KRT7 promotes pancreatic cancer metastasis by remodeling the extracellular matrix niche through FGF2-fibroblast crosstalk 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84129-1 PMID:40011455	研究论文	该研究揭示了KRT7通过FGF2-成纤维细胞相互作用重塑细胞外基质微环境，促进胰腺导管腺癌（PDAC）肝转移的机制	首次发现KRT7通过FGF2介导的Wnt/β-catenin通路抑制CAF增殖和ECM相关基因转录，从而促进PDAC肝转移	研究主要基于小鼠模型和有限临床样本（24例PDAC样本），需要更大规模的临床验证	探究KRT7在PDAC肝转移中的作用机制	胰腺导管腺癌（PDAC）及其转移过程	肿瘤生物学	胰腺癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	24例PDAC样本的scRNA-Seq数据
520	2025-05-11	Immunological profile of lactate metabolism-related genes in Psoriasis a comprehensive analysis based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91237-z PMID:40011693	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据综合分析银屑病中乳酸代谢相关基因的免疫学特征	首次在银屑病中识别出与乳酸代谢相关的核心基因，并探讨这些基因与免疫细胞浸润的关系	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明乳酸代谢在银屑病发病机制中的作用	银屑病患者和健康对照的皮肤样本	生物信息学	银屑病	批量RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	两个数据集(GSE13355, GSE109248)