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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2026-04-17 |
Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease
2025-Jan-29, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298
PMID:39879321
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研究论文 | 本研究利用非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型,结合多参数流式细胞术、群体转录组分析和单细胞RNA/TCR测序,揭示了肺和肝脏中浸润T细胞在转录程序和克隆扩增方面的器官特异性差异 | 首次在aGVHD模型中系统揭示组织微环境信号如何独立于抗原特异性驱动T细胞的器官特异性转录程序和克隆进化 | 研究基于非人灵长类动物模型,临床转化需进一步验证;单细胞测序样本量相对有限 | 探究组织特异性T细胞免疫应答在急性移植物抗宿主病中的机制 | 非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型中的组织浸润T细胞 | 系统免疫学 | 移植物抗宿主病 | 多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列数据、流式细胞数据 | 非人灵长类动物模型样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 502 | 2026-04-17 |
CD4+ T cells reactive to a hybrid peptide from insulin-chromogranin A adopt a distinct effector fate and are pathogenic in autoimmune diabetes
2024-10-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.07.024
PMID:39214091
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研究论文 | 本研究探讨了在非肥胖糖尿病小鼠中,针对胰岛素衍生表位的CD4 T细胞反应的动态性和致病性,揭示了InsC-ChgA特异性CD4 T细胞的独特致病作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析了胰腺中胰岛素特异性CD4 T细胞的命运异质性,并发现InsC-ChgA特异性CD4 T细胞偏向于独特的Th1效应表型且具有致病性 | 研究仅基于非肥胖糖尿病小鼠模型,结果可能不完全适用于人类自身免疫性糖尿病 | 探究自身免疫性糖尿病中胰岛素特异性CD4 T细胞的反应异质性和致病机制 | 非肥胖糖尿病小鼠的胰腺CD4 T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 503 | 2026-04-17 |
Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment
2024-Sep-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553
PMID:38885318
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研究论文 | 本研究揭示了致癌性钙网蛋白通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增,在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制 | 首次在骨髓增殖性肿瘤中鉴定出ERK/Sp1/TGFβ1轴作为免疫抑制机制,并证明靶向该轴可增强T细胞活性和糖酵解能力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化效果需进一步验证 | 探究致癌性钙网蛋白突变如何影响骨髓微环境并促进免疫逃逸 | 骨髓增殖性肿瘤患者和小鼠模型中的骨髓细胞及T细胞 | 肿瘤免疫学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 四个独立患者队列及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 504 | 2026-04-17 |
CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia
2024-09-12, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021680
PMID:38776511
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研究论文 | 本研究通过多模态方法揭示了急性髓系白血病中CD8+ T细胞分化状态、功能障碍与治疗反应之间的关联 | 首次发现早期记忆CD8+ T细胞在AML治疗反应中的关键作用,并揭示其分化为激活状态与NK样/衰老状态两种终末状态的动态过程 | 研究主要基于观察性数据,需要进一步实验验证CD8+ T细胞衰老与治疗抵抗的因果机制 | 探究急性髓系白血病中CD8+ T细胞分化状态与治疗反应的关系 | 急性髓系白血病患者的CD8+ T细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 高维流式细胞术,单细胞转录组测序 | NA | 流式细胞数据,单细胞RNA测序数据 | 整合多个独立数据集的AML CD8+ T细胞单细胞图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 505 | 2026-04-17 |
Tumor immune microenvironment of NSCLC with EGFR exon 20 insertions may predict efficacy of first-line ICI-combined regimen
2024-09, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2024.107933
PMID:39191079
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和多重免疫荧光染色,探讨了EGFR外显子20插入突变非小细胞肺癌的肿瘤免疫微环境特征及其与免疫检查点抑制剂联合方案疗效的关联 | 首次在单细胞水平上比较了EGFR外显子20插入突变、L858R突变和野生型非小细胞肺癌的免疫微环境差异,并揭示了ex20ins患者中更抑制性的免疫微环境特征 | 样本量相对有限(scRNA-seq仅15例,mIF分析共62例),且为观察性研究,需要更大规模的前瞻性研究验证结论 | 探究EGFR外显子20插入突变非小细胞肺癌的肿瘤免疫微环境特征,并分析其与免疫检查点抑制剂联合方案疗效的相关性 | 非小细胞肺癌患者,包括EGFR外显子20插入突变、L858R突变和野生型三种亚型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据, 组织图像数据 | scRNA-seq分析15例初治NSCLC样本,mIF分析62例(ex20ins 28例,L858R 30例,野生型4例) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 506 | 2026-04-17 |
Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease
2024-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07493-y
PMID:38987604
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了人类大脑血管系统在发育、成年和疾病状态下的分子图谱 | 首次大规模单细胞水平揭示了人类大脑血管系统的分子异质性,并识别了疾病血管中动脉静脉分化改变、胎儿基因重新激活以及保守的失调通路 | 样本来源包括胎儿和成人患者,但可能未覆盖所有疾病亚型或种族多样性,且为观察性研究,机制验证需进一步实验 | 解析人类大脑血管系统的细胞和分子结构,以理解其在发育、健康和疾病中的作用 | 人类胎儿和成人患者的大脑血管内皮细胞、血管周围细胞及其他组织来源细胞 | 单细胞组学 | 脑肿瘤、脑血管畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 117个样本,来自68个人类胎儿和成人患者,共606,380个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 507 | 2026-04-17 |
Differences in microenvironment of lung cancer and pleural effusions by single-cell RNA sequencing
2024-07, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2024.107847
PMID:38889499
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研究论文 | 本研究首次通过单细胞RNA测序比较了匹配的肺癌组织活检与胸腔积液微环境的差异 | 首次对同一患者的匹配肺癌活检组织和胸腔积液进行单细胞RNA测序直接比较 | 样本量较小(10例患者),未明确说明使用的具体单细胞测序平台 | 理解肺癌肿瘤微环境在组织与胸腔积液中的生物学差异 | 肺癌患者匹配的肿瘤组织活检和胸腔积液样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10例患者的匹配肺癌活检和胸腔积液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 508 | 2026-04-17 |
Large-scale neurophysiology and single-cell profiling in human neuroscience
2024-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07405-0
PMID:38898291
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综述 | 本文探讨了大规模单细胞神经生理学、单细胞RNA测序和空间转录组学等技术在人类神经科学研究中的整合应用及其前景 | 提出了将清醒脑手术中切除的功能映射人脑组织进行体外培养,并进行多模态细胞与功能分析的工作流程,为理解人脑功能细胞架构提供了统一框架 | NA | 为人类神经科学研究提供一个统一框架,探索网络水平活动背后的细胞基础 | 人脑组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 神经像素技术, 体外组织长期培养 | NA | 神经生理学数据, 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 509 | 2026-04-17 |
Proteomic and single-cell landscape reveals novel pathogenic mechanisms of HBV-infected intrahepatic cholangiocarcinoma
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106003
PMID:36852159
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学和单细胞测序揭示了HBV感染的肝内胆管癌(ICC)的新致病机制,包括细胞间连接减少和上皮-间质转化(EMT)程序增强 | 首次结合全外显子测序、蛋白质组分析和单细胞RNA测序,系统探究HBV感染对ICC的致癌效应,发现细胞间连接水平降低与EMT程序激活的关联 | 样本量相对较小(32例HBV-ICC和89例非HBV-ICC),且为观察性研究,需进一步实验验证机制 | 探究HBV感染在肝内胆管癌(ICC)中的致癌机制和免疫微环境变化 | HBV感染的肝内胆管癌(ICC)患者和非HBV感染的ICC患者 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 全外显子测序, 蛋白质组分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 121例患者(32例HBV-ICC, 89例非HBV-ICC) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 510 | 2026-04-17 |
Molecular Computational Anatomy: Unifying the Particle to Tissue Continuum via Measure Representations of the Brain
2022, BME frontiers
IF:5.0Q1
DOI:10.34133/2022/9868673
PMID:37206893
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研究论文 | 本文提出了一种基于几何测度表示的分子计算解剖学理论,用于统一大脑映射中空间转录组学和细胞尺度组织学与组织尺度的计算解剖学 | 引入几何varifold测度和统计力学方法,首次将分子尺度的确定性粒子描述与组织尺度的统计集合统一起来,实现从分子到组织尺度的无缝过渡 | 未明确说明实验验证或具体应用案例,理论框架的实践可行性有待进一步探索 | 统一大脑映射中的分子尺度(如空间转录组学)和组织尺度(如计算解剖学)表示,以理解大脑的结构和功能特性 | 大脑的分子、细胞和组织尺度结构,包括蛋白质、转录组功能身份、电生理学、分子组织学等 | 计算解剖学 | NA | 空间转录组学、数字病理学、分子组织学、电生理学 | 几何varifold测度、统计力学模型 | 分子数据、图像数据、功能状态数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 511 | 2026-04-17 |
STtools: A Comprehensive Software Pipeline for Ultra-high Resolution Spatial Transcriptomics Data
2022, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbac061
PMID:36284674
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研究论文 | 本文介绍了STtools,一个用于处理超高清空间转录组数据的综合软件管道 | STtools能处理新兴技术生成的亚微米分辨率数据,计算可扩展性强,且不牺牲分辨率,相比现有方法提供数倍更高的分析分辨率 | NA | 开发一个能处理多种分辨率空间转录组数据的软件工具,以解决现有工具无法有效处理超高清数据的问题 | 空间转录组数据集,包括Seq-Scope、Slide-seq和VISIUM生成的数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Seq-Scope, Slide-seq, VISIUM | Seq-Scope(<1μm分辨率), Slide-seq(10μm分辨率), VISIUM(100μm分辨率) |
| 512 | 2026-04-17 |
Preclinical safety studies of human embryonic stem cell-derived retinal pigment epithelial cells for the treatment of age-related macular degeneration
2020-08, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/sctm.19-0396
PMID:32319201
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研究论文 | 本研究对人胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮细胞进行了临床前安全性评估,以支持其用于年龄相关性黄斑变性的治疗 | 采用无外源成分的明确分化方案生成功能性hESC-RPE细胞,并通过全基因组测序、单细胞RNA测序等多层次分析评估细胞安全性和基因组稳定性 | 研究主要基于体外和临床前模型,未涉及长期临床疗效或人体内安全性数据 | 评估人胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮细胞在治疗年龄相关性黄斑变性中的安全性 | 人胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮细胞 | 干细胞治疗 | 年龄相关性黄斑变性 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组测序 | NA | NA |
| 513 | 2026-04-17 |
A Single-Cell Transcriptomics CRISPR-Activation Screen Identifies Epigenetic Regulators of the Zygotic Genome Activation Program
2020-07-22, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2020.06.004
PMID:32634384
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研究论文 | 本研究结合单细胞转录组学与CRISPR激活技术,在小鼠胚胎干细胞中鉴定了调控合子基因组激活程序的表观遗传因子 | 首次将CRISPR激活筛选与单细胞转录组学结合,系统识别ZGA样转录的调控因子,并揭示其分子机制 | 使用小鼠胚胎干细胞作为早期胚胎的体外模型,可能无法完全模拟体内胚胎的复杂性 | 识别调控合子基因组激活程序的表观遗传因子 | 小鼠胚胎干细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA-seq, CRISPR激活 | MOFA+ | 单细胞转录组数据 | 约200,000个单细胞转录组,包含230个CRISPR激活扰动 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 514 | 2026-04-17 |
Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment
2018-08-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.05.060
PMID:29961579
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,绘制了乳腺癌肿瘤微环境中多样免疫细胞表型的图谱,揭示了T细胞的连续激活模型 | 开发了SEQC预处理流程和Biscuit贝叶斯聚类归一化方法,以解决单细胞数据固有的计算挑战,并结合单细胞RNA和T细胞受体测序数据,揭示了TCR利用对表型多样性的组合影响 | 研究仅基于8个乳腺癌样本,样本量相对较小,可能限制了结果的普遍性 | 旨在理解肿瘤微环境中免疫细胞表型,以阐明癌症进展和免疫治疗响应的机制 | 乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞,包括来自肿瘤、正常乳腺组织、血液和淋巴结的细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq, 单细胞T细胞受体测序 | 贝叶斯聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 约45,000个免疫细胞来自8个乳腺癌样本,以及匹配的正常组织、血液和淋巴结;额外27,000个T细胞用于配对分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 515 | 2026-04-17 |
Single-cell RNA-seq supports a developmental hierarchy in human oligodendroglioma
2016-11-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature20123
PMID:27806376
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类少突胶质细胞瘤,支持其存在发育层级结构,并验证癌症干细胞模型 | 首次在人类少突胶质细胞瘤中通过单细胞RNA测序无偏地揭示癌症干细胞的存在及其在肿瘤生长中的主导作用 | 需要完整的系统发育树来明确遗传进化对推断层级结构的影响 | 探究人类少突胶质细胞瘤的细胞架构和发育层级,验证癌症干细胞模型 | 六例IDH1或IDH2突变的人类少突胶质细胞瘤样本 | 数字病理学 | 少突胶质细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 4,347个单细胞来自六例肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 516 | 2026-04-16 |
Spatial transcriptomics analysis of uterine gene expression in enhancer of zeste homolog 2 conditional knockout mice†
2021-11-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioab147
PMID:34344022
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析子宫特异性Ezh2条件性敲除小鼠的子宫基因表达变化 | 首次应用空间转录组学方法探究Ezh2在子宫上皮和间质细胞中的特异性基因调控作用 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类子宫内膜疾病中直接验证 | 阐明EZH2在子宫组织中对基因表达的空间特异性调控机制 | 子宫特异性Ezh2条件性敲除小鼠的子宫组织 | 空间转录组学 | 子宫内膜疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 成年去势野生型和Ezh2cKO小鼠子宫组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 517 | 2026-04-16 |
TRUST4: immune repertoire reconstruction from bulk and single-cell RNA-seq data
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01142-2
PMID:33986545
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研究论文 | 介绍TRUST4开源算法,用于从RNA-seq数据重建αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | TRUST4支持FASTQ和BAM格式,速度更快、灵敏度更高,能组装更长甚至全长的受体库,且能从单细胞RNA-seq数据中调用库序列而无需V(D)J富集 | NA | 开发一种算法以重建免疫受体库 | αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Genomics平台 | SMART-seq和5' 10x Genomics平台 |
| 518 | 2026-04-16 |
Expression of Amyloidogenic Transthyretin Drives Hepatic Proteostasis Remodeling in an Induced Pluripotent Stem Cell Model of Systemic Amyloid Disease
2020-08-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2020.07.003
PMID:32735824
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研究论文 | 本研究利用诱导多能干细胞模型探索系统性淀粉样变疾病中肝细胞样细胞对淀粉样蛋白原性转甲状腺素蛋白分泌的贡献 | 首次结合诱导多能干细胞和单细胞RNA测序技术,揭示肝细胞在淀粉样蛋白原性转甲状腺素蛋白分泌中的蛋白稳态重塑作用 | 研究基于体外诱导多能干细胞模型,可能无法完全模拟体内肝细胞的复杂生理环境 | 探究系统性淀粉样变疾病中合成器官对疾病发病机制的贡献 | 遗传性转甲状腺素蛋白淀粉样变性患者的诱导多能干细胞及其衍生的肝细胞样细胞 | 单细胞组学 | 系统性淀粉样变疾病 | 单细胞RNA测序 | 诱导多能干细胞模型 | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 519 | 2026-04-16 |
IL-2 production by self-reactive CD4 thymocytes scales regulatory T cell generation in the thymus
2019-11-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20190993
PMID:31434685
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研究论文 | 本研究揭示了胸腺中调节性T细胞(T reg细胞)生成的关键调控机制,即自身反应性CD4单阳性胸腺细胞通过产生IL-2来调节胸腺T reg细胞的生成规模 | 首次发现胸腺中IL-2的主要来源是成熟的CD4单阳性胸腺细胞,并证明这些自身反应性细胞通过IL-2产生来调节胸腺T reg细胞的生成规模,建立了胸腺T reg细胞池大小与成熟胸腺前体细胞整体自身反应性之间的调控关系 | 研究主要基于小鼠模型,人类胸腺中是否存在相同机制尚需验证;IL-2产生的具体调控机制和信号通路细节有待进一步阐明 | 探究胸腺中调节性T细胞(T reg细胞)生成和维持的调控机制,特别是IL-2在其中的作用 | 小鼠胸腺中的CD4 T细胞亚群,包括调节性T细胞(T reg细胞)及其前体细胞、成熟的CD4单阳性胸腺细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 520 | 2026-04-16 |
Genetic and phenotypic difference in CD8+ T cell exhaustion between chronic hepatitis B infection and hepatocellular carcinoma
2019-01, Journal of medical genetics
IF:3.5Q2
DOI:10.1136/jmedgenet-2018-105267
PMID:29666149
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研究论文 | 本研究探讨了慢性乙型肝炎和肝细胞癌中CD8+ T细胞耗竭的遗传和表型差异 | 首次系统比较了慢性感染与癌症中CD8+ T细胞耗竭的差异,并利用单细胞测序数据进行再分析 | 样本来源有限,仅基于已发表数据集和部分组织样本,未涉及动态过程或治疗干预 | 探究慢性乙型肝炎与肝细胞癌中CD8+ T细胞耗竭的异同 | 从慢性乙型肝炎和肝细胞癌组织中分离的CD8+ T细胞 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量,但使用了已发表数据集GSE98638 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |