单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-07-23	Enhancing ovarian cancer prognosis with an artificial intelligence-derived model: Multi-omics integration and therapeutic implications 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102439 PMID:40580871	研究论文	本研究通过整合多组学数据和人工智能技术，开发了一种名为AIDPI的卵巢癌预后预测模型，并探讨了其治疗意义	开发了基于多组学数据和机器学习算法的AIDPI预后预测模型，识别了MFAP4基因作为潜在治疗靶点	需要进一步临床验证模型的普适性，MFAP4基因的功能机制还需深入研究	提高卵巢癌的预后预测准确性并探索潜在治疗靶点	卵巢癌患者的多组学数据	数字病理学	卵巢癌	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA-seq）	机器学习集成算法	转录组数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多中心数据集
502	2025-07-23	Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102457 PMID:40580873	研究论文	通过单细胞转录组学和深度学习识别并验证针对三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的协同药物策略	开发了一个基于巨噬细胞分化的分类器（MMDCSS），并发现了非那雄胺作为ZBTB20调节剂能够逆转肿瘤诱导的M2巨噬细胞极化	研究样本量较小，仅包括24名TNBC患者	探索针对三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的治疗策略	三阴性乳腺癌患者的巨噬细胞极化	数字病理学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, 机器学习, 伪时间轨迹映射	深度学习	单细胞转录组数据	24名TNBC患者
503	2025-07-23	Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459 PMID:40582068	研究论文	通过机器学习和单细胞多组学技术揭示了GDF15驱动的免疫抑制微环境在NSCLC中的作用，并提出了克服抗PD-1耐药性的转化框架	开发了Accelerated Oblique Random Survival Forest模型，在预测准确性上优于传统的Cox回归和深度学习方法，并首次将GDF15定位为预测ICB耐药的生物标志物	研究样本量相对较小（n=156），且功能研究仅限于Lewis肺癌细胞，未涵盖其他NSCLC亚型	探索非小细胞肺癌（NSCLC）中免疫检查点阻断（ICB）耐药的机制，并寻找预测ICB疗效的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者样本和Lewis肺癌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、机器学习、非负矩阵分解	Accelerated Oblique Random Survival Forest	单细胞RNA测序数据、临床数据	156例NSCLC患者样本和外部验证的黑色素瘤队列（GSE91061）
504	2025-07-23	Integrated single-cell sequencing for the development of a GJA4-based precision immuno-prognostic model in melanoma 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102450 PMID:40639089	研究论文	该研究通过整合单细胞测序技术，开发了一个基于GJA4的精准免疫预后模型，用于黑色素瘤的个性化治疗	首次将单细胞测序技术与GJA4基因表达相结合，构建了黑色素瘤的精准免疫预后模型	研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本可能有限	探索肿瘤相关内皮细胞与肿瘤的相互作用及其分子机制，开发黑色素瘤预后模型	黑色素瘤患者和胶质瘤患者的RNA-seq、微阵列数据及单细胞RNA测序数据	数字病理学	黑色素瘤	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	风险预测模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的公共数据集，具体样本量未明确说明
505	2025-07-23	Novel multi-omics analysis revealing metabolic heterogeneity of breast cancer cell and subsequent development of associated prognostic signature 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102444 PMID:40639090	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和临床数据，研究乳腺癌细胞的代谢异质性，并开发相关的预后特征	揭示了乳腺癌细胞中与糖酵解重编程和免疫调节相关的代谢异质性，并构建了一个具有强大预后能力的代谢风险特征	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于PDCD1基因的功能研究	改善乳腺癌的预后预测和治疗策略	乳腺癌细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, WGCNA, OncoPredict工具	机器学习算法	RNA测序数据, 临床数据	多个队列的乳腺癌患者数据
506	2025-07-23	In-depth patient-specific analysis of tumor heterogeneity in melanoma brain metastasis: Insights from spatial transcriptomics and multi-region bulk sequencing 2025-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102468 PMID:40669378	research paper	该研究通过整合空间转录组学和多区域批量外显子组、蛋白质组和转录组分析，对黑色素瘤脑转移（MBM）患者的肿瘤异质性进行了深入分析	结合空间转录组学和多组学方法，首次在个体MBM患者水平上详细分析了肿瘤异质性及其与免疫微环境的关联	样本量较小（仅4例患者），可能限制结果的普适性	探究黑色素瘤脑转移瘤的肿瘤异质性特征及其分子机制	黑色素瘤脑转移患者肿瘤组织	digital pathology	melanoma	spatial transcriptomics, bulk exome sequencing, proteomics, transcriptomics	NA	omics data	4例MBM患者样本
507	2025-07-23	Identification of hemocyte types and characterization of their immune function in the house fly based on morphological observation and single-cell RNA sequencing 2025-Aug, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104358 PMID:40617446	研究论文	本研究结合形态学观察和单细胞RNA测序技术，对家蝇幼虫的血细胞类型及其免疫功能进行了分类和功能分析	首次在家蝇幼虫中鉴定出五种血细胞类型，并基于形态学、流式细胞术和基因表达谱分析了它们的免疫功能	研究仅针对家蝇幼虫，未涉及其他发育阶段或其他昆虫物种的血细胞比较	深入了解家蝇的免疫机制	家蝇幼虫的血细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 形态学观察, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 图像数据	家蝇幼虫血细胞样本
508	2025-07-23	Resolvin D1-mediated cellular crosstalk protects against MASH 2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101454 PMID:40671835	研究论文	本研究探讨了resolvin D1（RvD1）在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）中的作用及其机制	揭示了RvD1通过减轻内质网应激介导的细胞凋亡，减少肝细胞死亡和DAMP产生，从而抑制Kupffer细胞、T细胞和肝星状细胞的激活，为MASH治疗提供了新的机制见解	研究中使用的样本量相对较小（小鼠n=4-6，人类n=9-10），可能影响结果的普遍性	确定RvD1介导的细胞间通讯在MASH中的作用和机制	小鼠和人类MASH模型中的肝细胞、Kupffer细胞、T细胞和肝星状细胞	肝脏疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、共培养实验	NA	RNA测序数据、细胞培养数据	小鼠n=4-6，人类n=9-10
509	2025-07-23	Lymphoma B cells remodel bone marrow stromal cells into extracellular matrix-producing cancer-associated fibroblasts 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015616 PMID:40305664	研究论文	本研究揭示了淋巴瘤B细胞如何重塑骨髓基质细胞，使其转变为产生细胞外基质的癌症相关成纤维细胞	首次发现淋巴瘤B细胞与骨髓基质细胞之间的双向交互作用，导致基质细胞重编程为类似癌症相关成纤维细胞的表型	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人体内验证仍需进一步研究	探究B细胞淋巴瘤中骨髓基质微环境重塑的机制	滤泡性淋巴瘤患者的骨髓样本和淋巴瘤B细胞小鼠模型	肿瘤微环境研究	淋巴瘤	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	RNA测序数据	滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和小鼠模型
510	2025-07-23	Novel Copper-Responsive Cell Subtypes in Oyster Gills: scRNA-Seq Uncovers Detoxification Strategy and Intraspecific Accumulation Variation 2025-Jul-22, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.5c05244 PMID:40639921	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了牡蛎鳃的首个细胞图谱，揭示了铜积累差异的细胞调控网络	首次在牡蛎鳃中鉴定出铜特异性积累的嗜铜细胞，并确认了嗜铜细胞丰度与铜含量的直接相关性	研究仅关注铜积累机制，未涉及其他重金属的积累过程	研究牡蛎鳃对金属的吸收和解毒机制	牡蛎鳃细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	高铜积累和低铜积累牡蛎的鳃组织
511	2025-07-23	Ripk1 is critical for preserving effector regulatory T cells and the suppressive transcriptional program in regulatory T cells 2025-Jul-22, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01550-3 PMID:40691281	研究论文	本研究揭示了Ripk1在维持调节性T细胞（Treg）数量和功能中的关键作用，及其在免疫稳态中的重要性	发现Ripk1特异性缺失会导致Treg细胞数量系统性减少，进而引发全身性病理变化，并揭示了Ripk1在维持效应Treg细胞转录特征中的必要性	嵌合小鼠模型中细胞数量较少，可能影响部分实验结果的可信度	探究Ripk1在调节性T细胞功能和免疫稳态中的作用机制	调节性T细胞（Treg细胞）	免疫学	免疫失调	单细胞RNA测序、他莫昔芬诱导型基因敲除系统	嵌合小鼠模型	基因表达数据	嵌合小鼠和诱导型基因敲除小鼠的Treg细胞
512	2025-07-23	Spatial transcriptomics mapping of immune cell and TGFβ signalling pathway heterogeneity in testicular germ cell tumours 2025-Jul-22, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70100 PMID:40693358	research paper	该研究利用空间转录组学技术分析了睾丸生殖细胞肿瘤（TGCTs）中免疫细胞和TGFβ信号通路的异质性	首次在TGCTs中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤及其周围区域的免疫细胞和TGFβ信号通路的异质性	样本量较小（仅4例患者），且仅针对特定类型的TGCTs	探索TGCTs的异质性及其潜在的诊断和治疗靶点	睾丸生殖细胞肿瘤（TGCTs）及其前体细胞（GCNIS）	digital pathology	testicular germ cell tumours	NanoString GeoMx spatial whole transcriptomics workflow, RNA-Seq	NA	spatial transcriptomic data	4例TGCT患者样本（3例非精原细胞瘤，1例精原细胞瘤），超过90个感兴趣区域（ROIs）
513	2025-07-23	Differentiation Trajectory of Virus-Induced Tumour Cells in Rice Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-22, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.70267 PMID:40693410	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了水稻黑条矮缩病毒（RBSDV）感染引起的水稻叶片鞘细胞转录异质性及肿瘤细胞分化轨迹	首次构建了植物对病毒感染的细胞类型特异性转录组图谱，并鉴定了RBSDV诱导肿瘤细胞分化的关键基因模块和通路	研究仅针对RBSDV一种病毒，未涉及其他植物病毒的类似机制	解析病毒诱导的植物细胞异常分化和发育的分子机制	RBSDV感染的水稻叶片鞘细胞	植物病理学	病毒性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间分析（pseudotime analysis）	单细胞转录组数据	106,973个细胞
514	2025-07-23	Hybrid identity and distinct methylation profiles of incomplete intestinal metaplasia in the stomach 2025-Jul-21, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335793 PMID:40691053	研究论文	本研究通过空间转录组学和DNA甲基化分析，揭示了不完全肠化生（Inc IM）在胃癌发生中的分子特征和潜在作用	首次发现Inc IM具有混合转录组特征和双谱系潜能，并证实其作为胃癌真正前体病变的分子基础	样本来源和数量可能限制结果的普遍性，且机制研究主要基于体外器官模型	阐明Inc IM的分子特征、分化潜能及其与胃癌发生的相关性	胃不完全肠化生组织和胃癌组织	数字病理学	胃癌	空间转录组学、DNA甲基化分析、单细胞RNA测序	器官模型	转录组数据、甲基化数据	未明确说明具体样本数量，但包含GIM和GC组织样本
515	2025-07-23	Single-cell and spatial transcriptomics reveal mechanisms of radioresistance and immune escape in recurrent nasopharyngeal carcinoma 2025-Jul-21, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02253-8 PMID:40691404	研究论文	通过单细胞和空间转录组学分析揭示了复发性鼻咽癌的放射抵抗和免疫逃逸机制	揭示了MCAM癌症相关成纤维细胞通过胶原IV-ITGA2-FAK-AKT轴促进肿瘤放射抵抗，以及胶原IV抑制T细胞浸润的机制	样本量相对较小（39个肿瘤来自24名患者），可能影响结果的普遍性	研究复发性鼻咽癌的放射抵抗和免疫逃逸机制	复发性鼻咽癌（rNPC）的肿瘤微环境	数字病理学	鼻咽癌	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	39个肿瘤样本来自24名患者
516	2025-07-23	Human fetal kidney organoids model early human nephrogenesis and Notch-driven cell fate 2025-Jul-21, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00504-2 PMID:40691416	研究论文	本研究建立了一种化学定义、无血清的长期培养人类胎儿肾脏来源类器官（hFKOs）的体外方案，用于模拟人类肾脏发育和疾病	开发了一种新的hFKOs培养方案，能够自我组织成极化的肾上皮，重新启动NCAM1祖细胞，并重现肾单位和输尿管芽谱系	NA	模拟人类肾脏发育和疾病，推动干细胞生物学和再生医学领域的发展	人类胎儿肾脏来源的类器官（hFKOs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序、假时间分析、免疫染色	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
517	2025-07-23	GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis 2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662625 PMID:40672304	研究论文	介绍了一种名为GatorST的新型框架，用于空间转录组数据分析，结合图建模和先进学习策略以提高下游任务性能	GatorST结合图建模与对比元学习，能同时捕获局部和全局空间背景，并通过伪标签和对比学习框架增强泛化能力	依赖伪标签可能引入噪声，且模型性能受限于空间邻域图构建的质量	开发一个多功能框架，用于改进空间转录组数据的下游分析任务	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	图神经网络(GNN)与对比学习结合	空间转录组数据	14个空间转录组数据集
518	2025-07-23	Single-cell analysis reveals CD34+CD90+ endothelial cells promote tumor metastasis in gallbladder cancer 2025-Jul-18, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01040-2 PMID:40681742	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究发现CD34+CD90+内皮细胞在胆囊癌转移中起关键作用	首次在胆囊癌中鉴定出CD34+CD90+内皮细胞亚群，并揭示其通过TGF-β信号通路促进肿瘤转移的机制	未明确CD34+CD90+内皮细胞与其他肿瘤微环境成分的具体相互作用机制	探究胆囊癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤转移中的作用	胆囊癌患者样本中的内皮细胞	肿瘤生物学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确样本数量（胆囊癌患者组织样本）
519	2025-07-23	Using machine learning to discover DNA metabolism biomarkers that direct prostate cancer treatment 2025-Jul-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11457-1 PMID:40681784	研究论文	通过机器学习发现指导前列腺癌治疗的DNA代谢生物标志物	整合多组学数据和先进计算模型，揭示了DNA代谢基因在前列腺癌进展和免疫动态中的关键作用，并提出了新的预后生物标志物和治疗靶点	研究依赖于TCGA队列和外部验证数据集，可能存在样本选择偏差	探索DNA代谢基因在前列腺癌中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	前列腺癌(PC)中的DNA代谢基因	机器学习	前列腺癌	转录组数据分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CoxBoost算法	转录组数据	TCGA队列和外部验证数据集中的536个差异表达基因(DEGs)
520	2025-07-23	SCNT: an R package for data analysis and visualization of single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06209-x PMID:40681987	研究论文	介绍了一个名为SCNT的R包，用于单细胞和空间转录组数据的分析与可视化	SCNT包整合了Seurat和ggplot2等工具，支持高效的数据处理和高质量的可视化，简化了单细胞和空间转录组数据分析流程	目前支持的ST平台有限，未来需要扩展更多平台支持并增强多组学数据整合功能	开发一个高效且用户友好的工具，以处理、分析和可视化单细胞及空间转录组数据	单细胞（SC）和空间转录组（ST）数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组测序	NA	单细胞和空间转录组数据	公开可用的PBMC数据集、Visum和Visium HD人类肾脏组织数据