单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-07-23	Intraocular Immune Response in Human Uveitis: Time to Look Beyond Animal Models 2024-Oct, American journal of ophthalmology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.ajo.2024.04.026 PMID:38703799	综述	本文回顾并探讨了当前及未来研究人类葡萄膜炎眼内免疫反应的方法	提出超越动物模型，利用人类组织样本和眼内液体进行免疫学研究的新方法，特别是scRNAseq技术的应用	当前技术成本高且劳动密集，人类样本获取受限	探索人类葡萄膜炎眼内免疫反应的多样性并开发新型治疗方法	葡萄膜炎患者的眼内组织、液体及外周血样本	免疫学	葡萄膜炎	流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNAseq)、组织病理学	NA	组织样本、液体样本、血液样本	未明确说明具体样本数量
502	2025-07-23	Monocytes Reprogrammed by 4-PBA Potently Contribute to the Resolution of Inflammation and Atherosclerosis 2024-Sep-27, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325023 PMID:39224974	research paper	本研究探讨了4-PBA如何重编程单核细胞，使其具有抗炎特性，从而有效缓解动脉粥样硬化的炎症过程	发现4-PBA能通过减少过氧化物酶体应激和减弱SYK-mTOR信号通路，降低ICAM-1表达，并通过促进PPARγ的neddylation增强CD24的表达，从而重编程单核细胞	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索通过重编程单核细胞来治疗动脉粥样硬化的新方法	单核细胞和动脉粥样硬化小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、免疫学方法、共培养实验	ApoE-/-小鼠模型	基因表达数据、免疫学数据	高脂饮食喂养的ApoE-/-小鼠
503	2025-07-23	Spatial multi-omics reveal intratumoral humoral immunity niches associated with tertiary lymphoid structures in pancreatic cancer immunotherapy pathologic responders 2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.22.613714 PMID:39386736	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了胰腺癌免疫治疗病理应答者中与三级淋巴结构相关的肿瘤内体液免疫微环境	首次构建了胰腺癌免疫治疗患者的空间多组学图谱，并利用机器学习方法鉴定了与生存改善相关的TLS特异性空间基因表达特征	样本量相对较小（26例PDAC肿瘤），且仅针对特定免疫治疗方案的患者	探究三级淋巴结构(TLS)在胰腺癌免疫治疗中的作用及其空间特征	26例接受联合免疫治疗的胰腺导管腺癌(PDAC)患者的肿瘤样本	数字病理学	胰腺癌	空间多组学（包括空间转录组学、空间蛋白质组学和BCR分析）	机器学习图像分类模型和无监督基因表达矩阵分解方法	H&E图像、基因表达数据、蛋白质组数据	26例PDAC肿瘤样本
504	2025-07-23	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-09-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52490-4 PMID:39294132	研究论文	提出了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的实验框架，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	开发了一种新的实验方法，结合了高度多重化的扰动和单细胞RNA测序技术，能够识别细胞类型特异性的CRISPRa响应元件	未明确提及样本量是否足够大或是否覆盖了更多细胞类型	识别细胞类型特异性的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元	基因编辑与调控	自闭症谱系障碍(ASD)和神经发育障碍(NDD)	CRISPRa, sc-RNA-seq	NA	基因表达数据	493个gRNA靶向候选顺式调控元件
505	2025-07-23	Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment 2024-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553 PMID:38885318	研究论文	该研究揭示了致癌性钙网蛋白（CALRdel52）通过刺激TGFβ1表达和调节性T细胞扩增，在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制	发现了CALRdel52通过ERK/Sp1/TGFβ1轴介导免疫抑制的新机制，并证明靶向该轴可增强T细胞活性和糖酵解能力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探索致癌性CALR突变如何影响骨髓微环境并导致免疫逃逸	骨髓增生性肿瘤（MPN）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠MPN模型	RNA测序数据、流式细胞术数据	四个独立患者队列的骨髓样本
506	2025-07-23	STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity 2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.26.600782 PMID:38979296	research paper	介绍了一种名为STAN的计算框架，用于推断空间信息转录因子活性	提出了一个线性混合效应计算方法STAN，整合了TF-靶基因先验、mRNA表达、空间坐标和形态学特征，预测特定点的空间信息转录因子活性	未明确提及	系统估计调控细胞身份的转录因子活性	淋巴结、乳腺癌和胶质母细胞瘤的空间转录组数据集	computational biology	breast cancer, glioblastoma	spatial transcriptomics (ST)	linear mixed-effects model	mRNA expression, spatial coordinates, imaging data	未明确提及
507	2025-07-23	A distribution-free and analytic method for power and sample size calculation in single-cell differential expression 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae540 PMID:39231036	research paper	提出了一种名为scPS的无分布分析方法，用于单细胞差异表达分析中的统计功效和样本量计算	scPS方法不假设数据分布，并考虑了样本内细胞间的相关性，提供了一种快速且强大的实验设计工具	未提及方法在特定类型单细胞数据上的适用性或验证范围	开发一种更准确和高效的单细胞差异表达分析实验设计方法	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	广义估计方程(GEE)	单细胞RNA-seq数据	未明确说明具体样本量，但涉及单细胞样本
508	2025-07-23	Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01915-9 PMID:39112630	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学、谱系追踪和先进成像技术，揭示了与年龄相关的胸腺上皮细胞缺陷如何限制胸腺功能和再生	发现了两种与年龄相关的非典型胸腺上皮细胞状态（aaTECs），这些细胞形成高密度的髓质周围上皮簇，缺乏胸腺细胞，并表现出上皮-间质转化的特征	研究未明确aaTECs的具体分子机制及其在免疫衰老中的确切作用	探究年龄相关的胸腺上皮细胞变化及其对胸腺功能和再生的影响	非造血基质细胞，特别是胸腺上皮细胞（TECs）	免疫学	免疫衰老	单细胞转录组学、空间转录组学、谱系追踪、先进成像	NA	转录组数据、成像数据	NA
509	2025-07-23	Fc-engineered antibodies promote neutrophil-dependent control of Mycobacterium tuberculosis 2024-Sep, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01777-9 PMID:39174703	research paper	研究通过工程化抗体的Fc区域，探索了抗体在结核病控制中的潜在机制及其治疗应用	通过设计52种Fc变体，构建了能够增强结核分枝杆菌限制能力的抗体，并发现了几种依赖中性粒细胞的Fc工程化抗体	可能不存在单一Fc特征能够普遍驱动结核分枝杆菌的控制	探索抗体在结核病控制中的机制及其治疗潜力	结核分枝杆菌（Mtb）	免疫学	结核病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
510	2025-07-23	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	本研究通过血浆蛋白质组学分析，识别与急性肾小管损伤（ATI）严重程度相关的生物标志物	首次使用SomaScan蛋白质组学平台在434名经活检确诊的肾病患者中识别ATI相关血浆生物标志物，并结合多种组学技术探索其表达及生物学通路	样本量在部分验证队列中较小（如KPMP队列仅44例），且未明确说明标志物的临床转化潜力	开发非侵入性ATI生物标志物以实现早期检测和药物开发	肾病患者（活检确诊）的血浆样本及ATI相关分子机制	蛋白质组学	肾脏疾病	SomaScan蛋白质组学平台、区域转录组学与蛋白质组学、单细胞RNA测序、通路分析	NA	蛋白质组数据、转录组数据	主队列434例（活检确诊肾病），验证队列KPMP 44例/ARIC 4610例/CHROME 268例
511	2025-07-23	PanIN and CAF transitions in pancreatic carcinogenesis revealed with spatial data integration 2024-Aug-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.07.001 PMID:39116880	研究论文	本研究介绍了一种新的成像、空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序整合流程，用于描述肿瘤发生过程中的肿瘤细胞状态转变	开发了一种半监督分析流程，结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，首次在FFPE样本中实现了对人类胰腺上皮内瘤变（PanINs）及其微环境的单细胞水平研究	研究依赖于FFPE样本，可能影响单细胞数据的质量	解析胰腺癌发生过程中肿瘤细胞状态转变的时空动态	胰腺上皮内瘤变（PanINs）和胰腺导管腺癌（PDAC）	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序、高维成像蛋白质组学	半监督学习框架	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、成像蛋白质组数据	一组匹配的低级别（LG）和高级别（HG）PanIN病变样本
512	2025-07-23	cytoKernel: Robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.16.608287 PMID:39229233	研究论文	提出了一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞RNA测序和高维流式或质谱流式数据的差异表达	利用核嵌入方法，通过计算受试者分布之间的成对差异/距离，能够检测包括聚合变化在内的更难以捉摸的变异	NA	开发一种稳健的方法来评估单细胞数据的差异表达	单细胞RNA测序和高维流式或质谱流式数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式	核嵌入	单细胞数据	模拟和真实数据集（来自质谱流式数据和单细胞RNA测序）
513	2025-07-23	Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery 2024-Aug-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943 PMID:38861365	研究论文	本文开发了一种新的计算模型，用于预测肝细胞癌（HCC）免疫治疗反应并发现生物标志物	结合数学模型、计算机模拟和高通量空间多组学数据，提出了一种新的患者结果预测和生物标志物发现方法	模型参数基于文献数据，可能需要进一步实验验证	促进免疫治疗剂量方案设计和潜在生物标志物识别	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间多组学分析、成像质谱流式细胞术、Visium空间转录组分析	空间定量系统药理学模型	空间多组学数据	来自新辅助HCC临床试验和独立抗PD1单药治疗研究的样本
514	2025-07-23	aKNNO: single-cell and spatial transcriptomics clustering with an optimized adaptive k-nearest neighbor graph 2024-Aug-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03339-y PMID:39090647	research paper	本文介绍了一种名为aKNNO的方法，用于单细胞和空间转录组学聚类，通过优化的自适应k近邻图同时识别丰富和稀有细胞类型	aKNNO方法通过优化的自适应k近邻图，能够同时准确识别丰富和稀有细胞类型，超越了现有通用和专用方法的性能	NA	开发一种能够同时识别丰富和稀有细胞类型的单细胞和空间转录组学聚类方法	单细胞和空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	自适应k近邻图	基因表达数据	38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组学数据集
515	2025-07-23	A robust model for cell type-specific interindividual variation in single-cell RNA sequencing data 2024-Jun-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49242-9 PMID:38898015	研究论文	开发了一种名为CTMM的新模型，用于检测和量化单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性个体间变异	提出CTMM模型，首次系统地建模和量化单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性个体间变异	模型在scRNA-seq样本量较小的情况下校准测试具有挑战性	阐明细胞类型特异性生物学并识别与复杂性状相关的基因和细胞类型	人类诱导多能干细胞分化为内胚层过程中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CTMM (Cell Type-specific linear Mixed Model)	基因表达数据	未明确说明样本数量，但提到样本量较小
516	2025-07-23	Dysfunction of infiltrating cytotoxic CD8+ T cells within the graft promotes murine kidney allotransplant tolerance 2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179709 PMID:38888968	研究论文	本研究探讨了小鼠肾脏同种异体移植耐受性中浸润性细胞毒性CD8+ T细胞功能失调的作用	揭示了细胞毒性CD8+ T细胞在移植肾内被重编程为耗竭/调节样表型的机制，并提出了一种称为'防御性耐受'的新概念	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索肾脏同种异体移植耐受性的机制	小鼠肾脏同种异体移植模型中的CD8+ T细胞	免疫学	肾脏移植	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 细胞过继转移	小鼠移植模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠移植模型
517	2025-07-23	A pathologically expanded, clonal lineage of IL-21-producing CD4+ T cells drives inflammatory neuropathy 2024-Jun-11, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178602 PMID:39087473	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，研究了炎症性神经病变中IL-21产生的CD4+ T细胞的克隆扩增及其在疾病发展中的作用	发现IL-21表达的CD4+ T细胞在炎症性神经病变中克隆扩增，并揭示了IL-21信号通路、Tfh/Tph分化及CXCR6介导的细胞定位作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索炎症性神经病变中致病性CD4+ T细胞的关键特性及其作用机制	炎症性神经病变小鼠模型中的CD4+ T细胞	免疫学	炎症性神经病变	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-Seq)	IL-21受体敲除(IL-21R-KO)小鼠模型	单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据	炎症性神经病变小鼠模型的周围神经组织
518	2025-07-23	Self-regulating CAR-T cells modulate cytokine release syndrome in adoptive T-cell therapy 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221988 PMID:38607370	研究论文	本文报道了一种自调节CAR-T细胞，通过分泌与CRS相关的细胞因子抑制剂来降低CRS的严重程度	开发了能够分泌托珠单抗衍生单链可变片段（Toci）的自调节CAR-T细胞，不仅降低了CRS相关毒性，还显示出优于传统CAR-T细胞的体内抗肿瘤效果	研究主要基于人源化NSG-SGM3小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	提高CAR-T细胞治疗的安全性和有效性	CAR-T细胞和细胞因子释放综合征（CRS）	细胞治疗	癌症	scRNA-seq分析	人源化NSG-SGM3小鼠模型	基因表达数据	人源化小鼠模型中的免疫细胞
519	2025-07-23	Vascular restoration through local delivery of angiogenic factors stimulates bone regeneration in critical size defects 2024-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.07.003 PMID:39100886	研究论文	本研究通过局部递送血管生成因子促进临界尺寸骨缺损的血管修复和骨再生	创新性地结合电纺PCL纤维与电喷雾PLGA微球递送Spp1和Cxcl12因子，首次在单细胞水平揭示临界骨缺损中血管生成障碍的核心机制	目前仅在小鼠模型中进行验证，尚未开展临床研究	解决临界尺寸骨缺损修复中的血管生成障碍问题	临界尺寸骨缺损的再生组织	组织工程	骨缺损	单细胞RNA测序、电纺/电喷雾技术	小鼠临界尺寸骨缺损模型	单细胞转录组数据	未明确说明实验动物数量
520	2025-07-23	Integrated Single-cell Multiomic Analysis of HIV Latency Reversal Reveals Novel Regulators of Viral Reactivation 2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae003 PMID:38902848	研究论文	通过整合单细胞多组学分析，研究HIV潜伏期逆转的新调控因子	首次采用整合的单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序方法，同时分析约125,000个潜伏感染的CD4+ T细胞的转录组和表观基因组特征	样本仅限于使用三种不同的潜伏逆转剂处理的CD4+ T细胞，可能无法涵盖所有HIV潜伏调控机制	理解HIV潜伏机制并识别新的病毒再激活调控因子	潜伏感染HIV的原代CD4+ T细胞	生物信息学	HIV感染	scRNA-seq, scATAC-seq	机器学习模型	单细胞转录组和表观基因组数据	约125,000个潜伏感染的CD4+ T细胞