单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-05-11	scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer 2025-Feb-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06061-z PMID:39994539	研究论文	提出了一种结合FFT和Transformer的新型单细胞注释方法scFTAT，用于解决单细胞RNA测序数据的高稀疏性和大规模手动注释的挑战	整合FFT和增强型Transformer进行自动特征学习，通过LDA减少数据稀疏性，并采用核近似、位置编码增强和注意力增强模块优化训练性能	未提及具体局限性	开发高效且鲁棒的单细胞RNA测序数据自动注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	六个典型数据集（包括人类和小鼠组织）
502	2025-05-11	Comprehensive analysis and experimental validation of disulfidptosis-associated prognostic signature and immune microenvironment characterization of gastric cancer 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03883-3 PMID:39998563	研究论文	通过综合分析二硫化物凋亡相关基因（DPAGs）在胃癌中的表达特征，建立预后模型并验证其在胃癌个体化治疗中的潜在指导意义	首次基于二硫化物凋亡相关基因（DPAGs）建立胃癌预后模型，并通过单细胞测序分析和体外实验验证其可靠性	研究主要基于生物信息学分析，体外实验验证的基因数量有限	探索二硫化物凋亡在胃癌发生发展中的作用，并建立基于DPAGs的预后模型	胃癌组织和正常组织中的二硫化物凋亡相关基因（DPAGs）	数字病理学	胃癌	单细胞测序分析、siRNA、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、Transwell实验	LASSO回归和Cox回归分析	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及正常和胃癌组织样本
503	2025-05-11	Spatial transcriptomics reveals prognostically LYZ+ fibroblasts and colocalization with FN1+ macrophages in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03968-7 PMID:39998673	研究论文	该研究通过空间转录组学等多组学方法，识别并描述了弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）肿瘤微环境中的成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞亚型，揭示了LYZ+成纤维细胞和FN1+巨噬细胞的预后相关性	首次在DLBCL中识别出具有预后意义的LYZ+成纤维细胞亚型及其与FN1+巨噬细胞的共定位关系，并发现相关hub基因可作为潜在生物标志物	样本量相对有限（空间转录组仅11例），且部分验证在非小细胞肺癌患者中进行，可能影响DLBCL特异性结论的普适性	探索DLBCL肿瘤微环境中成纤维细胞和巨噬细胞亚型的预后价值及其分子特征	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者和非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	空间转录组学、批量转录组学、免疫组织化学（IHC）、多重免疫荧光（mIF）	随机森林分析	转录组数据、蛋白质表达数据、影像数据	空间转录组11例、批量转录组2499例、IHC37例、mIF56例、血浆样本240例
504	2025-05-11	Th1-poised naive CD4 T cell subpopulation reflects anti-tumor immunity and autoimmune disease 2025-Feb-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57237-3 PMID:40000667	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术在小鼠和人类幼稚CD4 T细胞中鉴定出一个表达超高水平IL-7R的亚群，该亚群具有Th1极化特性，并在抗肿瘤免疫和自身免疫疾病中发挥作用	首次在幼稚CD4 T细胞中发现了一个具有Th1极化特性的亚群，并揭示了其在抗肿瘤免疫和自身免疫疾病中的重要作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更大规模的人类队列中验证这些发现	探索幼稚CD4 T细胞的异质性及其在疾病中的作用	小鼠和人类的幼稚CD4 T细胞	免疫学	癌症和多发性硬化症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	B16F10肿瘤小鼠模型和人类癌症患者样本
505	2025-05-11	Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns 2025-Feb-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03479-9 PMID:40001084	研究论文	提出Crescendo算法用于校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，以改善基因表达模式的可视化和检测	开发了Crescendo算法，能够在基因表达水平上校正批次效应，支持跨样本的基因表达模式准确可视化	未提及算法的计算效率或在不同类型批次效应中的表现	改进空间转录组数据的分析，以检测基因共定位和配体-受体相互作用	单细胞空间转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	Crescendo算法	基因表达数据	三个数据集，涵盖17万至700万个单细胞
506	2025-05-11	Revolutionizing the treatment of intervertebral disc degeneration: an approach based on molecular typing 2025-Feb-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06225-8 PMID:40001145	研究论文	该研究开发了一种基于分子分型的椎间盘退变精准风险分层系统，并通过体外实验验证了特定抑制剂的效果	首次利用单细胞RNA测序和多组学数据开发了椎间盘退变的分子分型系统，并验证了特定药物的治疗效果	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验和临床试验验证	开发椎间盘退变的分子分型系统，实现精准治疗	椎间盘退变患者	分子生物学	椎间盘退变	单细胞RNA测序、多组学数据分析	ConsensusClusterPlus分析	基因表达数据	NA
507	2025-05-11	Targeting RECQL4 in hepatocellular carcinoma: from prognosis to therapeutic potential 2025-Feb-25, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02107-6 PMID:40001159	研究论文	评估RECQL4在肝细胞癌（HCC）中的临床效用，探讨其作为预后标志物的潜力及其与多种生物过程、血管生成相关因子、免疫细胞浸润、免疫检查点和药物敏感性的关联	首次全面评估RECQL4在HCC中的预后价值，并揭示其与血管生成、免疫细胞浸润及药物敏感性的潜在关联	研究主要基于TCGA和TISCH数据库的回顾性分析，需要进一步的前瞻性研究验证	评估RECQL4作为HCC预后标志物的潜力及其在肿瘤生物学中的作用	肝细胞癌（HCC）患者及HCC细胞系（Hep3B和Huh7）	肿瘤学	肝细胞癌	qPCR、Western blotting、CCK-8 assay、EdU assay、克隆形成实验、伤口愈合实验、transwell实验	NA	基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、药物敏感性数据	TCGA数据库中的HCC患者数据及HCC细胞系
508	2025-05-11	Disruption of GPSM1/CSF1 signaling reprograms tumor-associated macrophages to overcome anti-PD-1 resistance in colorectal cancer 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010826 PMID:40010765	研究论文	本研究探讨了GPSM1/CSF1信号在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用，并提出了一种新的治疗策略	揭示了GPSM1通过调控巨噬细胞极化促进抗PD-1耐药的机制，并发现ruxolitinib作为潜在治疗药物	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	探究GPSM1在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用机制	结直肠癌患者样本和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、质谱流式细胞术、流式细胞术、ChIP-PCR、免疫共沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据、细胞图像数据	抗PD-1耐药的结直肠癌患者样本和C57BL/6小鼠模型
509	2025-05-11	Association of 5α-reductase inhibitor prescription with immunotherapy efficacy in metastatic renal cell carcinoma: a multicenter retrospective analysis 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011154 PMID:40010773	研究论文	本研究探讨了5α-还原酶抑制剂（5-ARIs）对转移性肾细胞癌（mRCC）患者免疫检查点抑制剂（ICIs）疗效的影响	首次发现5-ARIs使用历史与mRCC患者ICI治疗改善相关，并通过单细胞RNA测序揭示了潜在的免疫调节机制	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，样本量相对较小（185例患者）	评估5-ARIs对mRCC免疫治疗疗效的影响	转移性肾细胞癌（mRCC）患者	肿瘤免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序	Cox比例风险模型	临床数据和RNA测序数据	185例mRCC患者
510	2025-05-11	NKG2D blockade impairs tissue-resident memory T cell accumulation and reduces chronic lung allograft dysfunction 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184048 PMID:39989456	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，识别了慢性肺移植功能障碍（CLAD）中的CD8+组织驻留记忆T细胞（TRMs）及其在气道重塑中的作用	研究发现NKG2D阻断可以减轻气道重塑并减少CD8+ T细胞的积累，为CLAD提供了潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索慢性肺移植功能障碍（CLAD）的潜在治疗靶点	CD8+组织驻留记忆T细胞（TRMs）及其在CLAD中的作用	免疫学	肺移植功能障碍	单细胞RNA测序, TCR测序	小鼠原位肺移植模型	RNA测序数据, TCR序列数据	来自CLAD肺、肺引流淋巴结以及疾病和非疾病对照的T细胞
511	2025-05-11	CD4+ T cell-innate immune crosstalk is critical during Staphylococcus aureus craniotomy infection 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183327 PMID:39989461	研究论文	本研究探讨了CD4+ T细胞与先天免疫系统在金黄色葡萄球菌颅骨切开术感染中的关键交互作用	首次揭示了Th1和Th17细胞通过促炎反应调节先天免疫景观以控制金黄色葡萄球菌感染的作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明颅骨切开术感染中免疫应答机制	CD4+ T细胞与先天免疫细胞的相互作用	免疫学	细菌感染	scRNA-Seq	小鼠感染模型	RNA测序数据	小鼠模型和有限的人类感染样本
512	2025-05-11	Identification of splenic IRF7 as a nanotherapy target for tele-conditioning myocardial reperfusion injury 2025-Feb-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57048-6 PMID:39994192	research paper	该研究探讨了纳米疗法在心血管疾病治疗中的应用，特别是通过靶向脾脏IRF7来远程调节心肌再灌注损伤	研究发现脾脏IRF7在脾脏-心脏通讯网络中起关键作用，并设计了一种靶向脾脏的纳米颗粒STEER来抑制IRF7，从而改善心脏功能	研究仅在雄性小鼠的临床前模型中进行，尚未在人类中进行验证	探索纳米疗法在心血管疾病治疗中的新途径，特别是通过靶向脾脏来远程调节心肌再灌注损伤	脾脏IRF7和心肌再灌注损伤	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA-seq分析	NA	RNA-seq数据	雄性小鼠的临床前模型
513	2025-05-11	CCN2 mediates fibroblast-macrophage interaction in knee arthrofibrosis based on single-cell RNA-seq analysis 2025-Feb-24, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00400-9 PMID:39994205	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了CCN2在膝关节纤维化中介导成纤维细胞与巨噬细胞相互作用的作用	首次发现CCN2通过TGF-β通路介导成纤维细胞与巨噬细胞的相互作用，并促进纤维化过程	研究样本量较小，仅包括6名患者	探究膝关节纤维化的病理机制	膝关节纤维化患者的滑膜组织	单细胞RNA测序分析	膝关节纤维化	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	6名膝关节纤维化患者及对照组的滑膜组织
514	2025-05-11	Comprehensive analysis of lipid metabolic signatures identified CEBPD promotes breast cancer cell proliferation 2025-Feb-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90869-5 PMID:39994306	research paper	该研究通过单细胞转录组和大规模转录组数据分析，识别了与乳腺癌脂质代谢相关的基因特征，并构建了预后风险模型，揭示了CEBPD在乳腺癌细胞增殖中的抑制作用	首次通过单细胞转录组分析识别乳腺癌脂质代谢特征基因，并构建预后风险模型，发现CEBPD作为独立预后基因的抑制作用	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证，且样本来源可能有限	探索乳腺癌中脂质代谢特征及其与肿瘤进展的关系，寻找新的预后标志物和治疗靶点	乳腺癌组织和细胞	肿瘤生物学	乳腺癌	scRNA-seq, bulk transcriptome analysis	预后风险模型	转录组数据	未明确说明数量的原发性乳腺癌样本
515	2025-05-11	FOXO4-DRI induces keloid senescent fibroblast apoptosis by promoting nuclear exclusion of upregulated p53-serine 15 phosphorylation 2025-Feb-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07738-0 PMID:39994346	研究论文	本研究探讨了FOXO4-DRI通过促进上调的p53-serine 15磷酸化的核排斥诱导瘢痕疙瘩衰老成纤维细胞凋亡的机制	首次发现FOXO4-DRI通过促进p53-pS15的核排斥诱导瘢痕疙瘩衰老成纤维细胞凋亡，并揭示了p53-pS15和p16上调在维持瘢痕疙瘩衰老微环境中的作用	研究主要基于体外实验和瘢痕疙瘩器官培养模型，缺乏体内实验验证	探索瘢痕疙瘩中衰老成纤维细胞的分子机制及潜在治疗靶点	瘢痕疙瘩中的成纤维细胞亚群和衰老成纤维细胞	分子生物学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序分析、磷酸特异性蛋白微阵列、Western blotting	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
516	2025-05-11	POU2F2+ B cells enhance antitumor immunity and predict better survival in non small cell lung cancer 2025-Feb-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90817-3 PMID:39994401	研究论文	本研究探讨了POU2F2+ B细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）中对患者生存和免疫细胞浸润的影响	首次揭示了POU2F2+ B细胞在NSCLC中的关键作用，并提出了POU2F2作为NSCLC免疫治疗的新靶点	研究样本量有限，且未探讨POU2F2+ B细胞在不同NSCLC亚型（LUAD和LUSC）中功能差异的分子机制	阐明POU2F2+ B细胞在NSCLC患者生存和免疫细胞浸润中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）患者和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）、CIBERSORT分析	NA	RNA测序数据、免疫组化图像数据	两个NSCLC scRNA-seq数据集和两个NSCLC免疫治疗相关的bulk RNA测序数据集
517	2025-05-11	Single-cell RNA transcriptome uncovers distinct developmental trajectories in the embryonic skeletal muscle of Daheng broiler and Tibetan chicken 2025-Feb-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11363-w PMID:39994525	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了大恒肉鸡和藏鸡胚胎骨骼肌发育中的不同细胞群及其分子机制	首次构建了鸡胚胎骨骼肌的单细胞图谱，揭示了大恒肉鸡和藏鸡在胚胎肌肉发育中的不同轨迹和关键基因	研究仅针对两种鸡品种，可能无法完全代表所有鸡种的发育差异	探究不同鸡品种骨骼肌发育差异的分子机制	大恒肉鸡和藏鸡的胚胎骨骼肌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	29,579个高质量细胞，代表6种不同的细胞类型
518	2025-05-11	THBS1 in macrophage-derived exosomes exacerbates cerebral ischemia-reperfusion injury by inducing ferroptosis in endothelial cells 2025-Feb-24, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03382-x PMID:39994679	research paper	本研究探讨了巨噬细胞来源的外泌体在脑缺血再灌注损伤中的作用及其机制	揭示了THBS1通过OTUD5促进GPX4泛素化从而诱导内皮细胞铁死亡的机制，并筛选出靶向THBS1的小分子化合物SAB	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化仍需进一步验证	阐明巨噬细胞来源外泌体在脑缺血再灌注损伤中的作用机制	巨噬细胞来源的外泌体、内皮细胞、THBS1蛋白	分子病理学	脑缺血再灌注损伤	蛋白质组测序、转录组测序、单细胞测序、RNA干扰、腺相关病毒转染、高通量筛选、分子对接、分子动力学模拟、细胞热位移分析	tMCAO小鼠模型、内皮特异性Gpx4敲除小鼠	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据	AIS患者外周血样本、THP-1和RAW264.7细胞系、tMCAO小鼠模型
519	2025-05-11	Consequences of training data composition for deep learning models in single-cell biology 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639127 PMID:40060416	研究论文	本文系统研究了训练数据集组成对单细胞转录组学深度学习模型行为的影响	首次系统研究了单细胞基础模型中训练数据组成对模型性能的影响	研究主要聚焦于人类造血系统，可能限制了结果的普适性	探索训练数据组成如何影响单细胞转录组学深度学习模型的性能	人类造血系统的单细胞转录组数据	单细胞生物学	NA	单细胞转录组测序	深度学习模型	单细胞转录组数据	包含成体和发育组织、疾病状态和扰动图谱的细胞样本
520	2025-05-11	Targeted delivery of CCL3 reprograms macrophage antigen presentation and enhances the efficacy of immune checkpoint blockade therapy in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-23, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010947 PMID:39988347	研究论文	本研究探讨了CCL3在调节肝细胞癌（HCC）肿瘤免疫微环境（TIME）中的作用，并展示了其通过增强抗原提呈和免疫细胞招募来提高免疫检查点阻断疗法效果的潜力	揭示了CCL3通过CCL3-CCR5通路增强巨噬细胞代谢和抗原提呈能力，从而重塑HCC的免疫抑制微环境并提高免疫治疗效果的机制	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探索CCL3在HCC免疫治疗中的作用机制并提高免疫检查点阻断疗法的疗效	肝细胞癌（HCC）的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多重免疫荧光、共培养系统、共聚焦成像、代谢物检测	临床前HCC模型	基因表达数据、蛋白质数据、代谢数据	来自癌症基因组图谱（TCGA）数据库的人类HCC样本和临床前模型样本