单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-04-25	Progress in toxicogenomics to protect human health 2025-Feb, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-024-00767-1 PMID:39223311	review	本文回顾了毒理基因组学在保护人类健康方面的进展，特别是转录组学在毒理学研究和风险评估中的应用	介绍了转录组学生物标志物、网络推断分析、模式匹配方法和人工智能在预测毒理学危害中的创新应用，以及单细胞转录组学和多组学在毒理学机制研究中的新兴方法	NA	探讨毒理基因组学在理解和预测环境和药物暴露的毒理学效应中的应用	分子特征（如转录本、蛋白质、代谢物和表观基因组修饰）	毒理学	NA	转录组学、单细胞转录组学、多组学	人工智能	分子数据	NA
502	2025-04-25	Single-cell sequencing delineates T-cell clonality and pathogenesis of the parapsoriasis disease group 2025-Feb, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.09.004 PMID:39278361	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究副银屑病疾病谱中T细胞克隆性及其发病机制	首次描述了副银屑病病变中一种未被报道的先天淋巴细胞群，并提出了新的疾病分类术语	样本量较小（8个大斑块和7个小斑块病变），可能影响结果的普遍性	表征副银屑病疾病谱的细胞和分子特征	副银屑病至早期蕈样肉芽肿谱系患者的皮肤活检组织	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	15例皮肤活检（8个大斑块和7个小斑块病变）
503	2025-04-25	Single-cell transcriptome analysis of the early immune response in the lymph nodes of Borrelia burgdorferi-infected mice 2025-Feb, Microbes and infection IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.micinf.2024.105424 PMID:39306236	研究论文	通过单细胞RNA测序分析Borrelia burgdorferi感染小鼠淋巴结早期免疫反应的转录组特征	揭示了Borrelia burgdorferi感染早期淋巴结淋巴细胞免疫景观的关键特征，包括B细胞增殖、免疫球蛋白类别转换至IgG3和IgG2b亚型、浆母细胞分化以及通过免疫组织化学鉴定的滤泡外B细胞的存在	研究仅关注感染后四天的早期免疫反应，未涵盖感染全过程	探究Borrelia burgdorferi感染早期淋巴结免疫反应的特征和机制	Borrelia burgdorferi感染的小鼠淋巴结淋巴细胞	免疫学	莱姆病	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	转录组数据	Borrelia burgdorferi感染的小鼠模型
504	2025-04-25	Breaking new ground: Unraveling the USP1/ID3/E12/P21 axis in vascular calcification 2025-Feb, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.002 PMID:39326697	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了血管钙化过程中的细胞动态变化，并发现USP1/ID3/E12/P21轴在其中的关键调控作用	首次揭示了ID3基因在血管平滑肌细胞功能调控中的关键作用，并发现了USP1/ID3/E12/P21这一新的调控轴	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中得到验证	探究血管钙化的分子机制并寻找潜在治疗靶点	血管平滑肌细胞(VSMCs)和血管钙化过程	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	动物模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及体外培养细胞和动物模型
505	2025-04-25	Dynamic transcriptomic and regulatory networks underpinning the transition from fetal primordial germ cells to spermatogonia in mice 2025-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13755 PMID:39329203	研究论文	本研究通过分析小鼠雄性生殖细胞和性腺细胞发育的转录组图谱数据集，揭示了从胎儿原始生殖细胞（PGCs）到精原细胞（SPG）转变过程中的转录组动态和调控网络	首次全面解析了PGCs到SPG转变过程中的转录组动态，并鉴定出315个高度活跃的调控因子，其中非转录因子TAGLN2被验证对精原干细胞（SSCs）的维持和分化至关重要	研究仅基于小鼠模型，结果在人类或其他物种中的适用性尚需验证	阐明雄性生殖细胞发育过程中从PGCs到SPG转变的分子机制	小鼠雄性生殖细胞和性腺细胞	生殖生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
506	2025-04-25	Dysfunction of Endothelial Cell-Mediated Intercellular Communication and Metabolic Pathways in Age-Related Macular Degeneration 2025-Feb, Current eye research IF:1.7Q3 DOI:10.1080/02713683.2024.2407361 PMID:39329213	research paper	通过整合单细胞RNA测序数据，研究年龄相关性黄斑变性(AMD)中内皮细胞介导的细胞间通讯和代谢通路的异常	首次在AMD中揭示了内皮细胞介导的细胞间通讯网络的严重损伤，并发现了萎缩性和新生血管性AMD中不同的信号通路和代谢状态	未发现疾病特异性细胞类型或差异细胞比例	探索AMD的发病机制和潜在治疗靶点	视网膜和视网膜色素上皮/脉络膜组织中的细胞	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq, CellChat, GSVA	NA	RNA sequencing data	整合了6个项目的scRNA-seq数据
507	2025-04-25	Evidence of Alveolar Macrophage Metabolic Shift Following Stereotactic Body Radiation Therapy -Induced Lung Fibrosis in Mice 2025-Feb-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2024.09.018 PMID:39278419	研究论文	研究通过精确的立体定向体放射治疗模型，探讨了肺泡巨噬细胞在辐射诱导肺纤维化中的代谢变化及其作用	揭示了肺泡巨噬细胞从脂肪酸代谢向胆固醇生物合成的代谢转变，及其可能的促纤维化表型	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且样本量有限	探讨巨噬细胞在辐射诱导肺损伤中的作用及其代谢变化	小鼠模型中的肺泡巨噬细胞	放射生物学	肺纤维化	组织学、流式细胞术、单细胞RNA测序	CCR2 KO小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	野生型和CCR2 KO小鼠，具体数量未明确说明
508	2025-04-25	Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals Cancer-associated Fibroblast Signature for Prediction of Clinical Outcomes and Immunotherapy in Gastric Cancer 2025 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000539 PMID:39206772	研究论文	通过单细胞RNA测序分析胃癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs），建立CAF评分（CAFS）以预测患者预后和免疫治疗效果	首次利用单细胞RNA测序技术对胃癌中的CAFs进行分型，并开发CAFS评分系统预测免疫治疗效果	研究样本量未明确说明，且未提及外部验证队列的结果	发现能够预测胃癌免疫治疗效果的生物标志物	胃癌患者肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
509	2025-04-25	Single-cell RNA sequencing comparison of CD4+, CD8+ and T-cell receptor γδ+ cutaneous T-cell lymphomas reveals subset-specific molecular phenotypes 2025-Jan-24, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae313 PMID:39133553	研究论文	通过单细胞RNA测序比较CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤，揭示亚型特异性分子表型	首次使用单细胞RNA测序技术对CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤进行全面的分子特征比较	样本量较小（18例皮肤活检），且仅针对特定亚型的皮肤T细胞淋巴瘤	比较不同亚型皮肤T细胞淋巴瘤的分子特征及其对肿瘤生物学和皮肤病变形成的影响	CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤的恶性克隆	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	18例皮肤活检（包括CD4+晚期蕈样肉芽肿、TCR-γ/δ+蕈样肉芽肿和CD8+侵袭性表皮性细胞毒性T细胞淋巴瘤）
510	2025-04-25	Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.24.554649 PMID:37662229	研究论文	通过单细胞表达分析对肠嗜铬细胞进行分层	整合单细胞转录组学和空间图像分析，识别出14个沿肠道拓扑组织的EC细胞簇，并发现具有不同转录因子和激素表达的亚型	EC细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未充分定义	解析肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道稳态中的作用	肠嗜铬细胞（EC细胞）	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学、空间图像分析、遗传学、化学遗传学和药理学方法	NA	单细胞转录组数据、空间图像数据	NA
511	2025-04-25	Microbiota-induced S100A11-RAGE axis underlies immune evasion in right-sided colon adenomas and is a therapeutic target to boost anti-PD1 efficacy 2025-Jan-17, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332193 PMID:39251326	研究论文	本研究揭示了右侧结肠腺瘤中微生物群诱导的S100A11-RAGE轴在免疫逃逸中的作用，并提出了针对该轴的潜在治疗策略	首次发现右侧结肠腺瘤中S100A11+上皮细胞群体的存在及其在免疫逃逸中的作用，并验证了靶向S100A11-RAGE轴的治疗潜力	研究主要基于单细胞和空间转录组学数据，需要更多临床样本验证治疗策略的有效性	阐明右侧和左侧结肠腺瘤的差异特征及其免疫逃逸机制	右侧和左侧结肠腺瘤	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	转录组数据、临床样本数据	未明确说明具体样本数量，包括单细胞数据集、动物模型和临床标本
512	2025-04-25	The loss of dNK1/2 and EVT1 cells at the maternal-fetal interface is associated with recurrent miscarriage† 2025-Jan-14, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae136 PMID:39303127	研究论文	通过单细胞测序技术，研究发现复发性流产患者母胎界面中dNK1/2和EVT1细胞的缺失与疾病相关	发现了一个新的自然杀伤细胞亚群dNK1/2，并揭示了其在复发性流产中的缺失及其与EVT1细胞的相互作用机制	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	探究复发性流产的细胞学特征和潜在机制	复发性流产患者和健康捐赠者的母胎界面组织	生殖医学	复发性流产	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明
513	2025-04-25	Toll-like receptor agonists promote the formation of tertiary lymphoid structure and improve anti-glioma immunity 2025-Jan-12, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae167 PMID:39188155	research paper	本研究探讨了通过Toll样受体激动剂在小胶质瘤微环境中诱导三级淋巴结构形成，以改善抗胶质瘤免疫反应的策略	首次在小胶质瘤微环境中成功诱导三级淋巴结构形成，并揭示了其对抗胶质瘤免疫的促进作用	临床研究仅为初步结果，需要更大规模的验证	探索改善胶质瘤免疫微环境的治疗策略	胶质瘤微环境和免疫细胞	免疫治疗	胶质瘤	scRNA-Seq, BCR/TCR测序	NA	基因表达数据、免疫组化数据	胶质瘤小鼠模型和初步临床研究样本
514	2025-04-25	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Hearts in Patients with Fetal Tetralogy of Fallot 2025, Cardiology IF:1.9Q3 DOI:10.1159/000540406 PMID:39097963	research paper	通过单细胞RNA测序分析胎儿法洛四联症患者心脏的细胞学特征和差异基因	首次在胎儿法洛四联症中应用单细胞RNA测序技术，识别出异常心肌细胞的六个不同细胞簇	样本量较小，仅包括一个健康胎儿心脏样本和一个TOF胎儿心脏样本	探索法洛四联症的细胞学特征和可能的疾病标志物差异基因	健康胎儿心脏和法洛四联症胎儿心脏的右心室样本	digital pathology	cardiovascular disease	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq data	2个样本（1个健康胎儿心脏和1个TOF胎儿心脏）
515	2025-04-25	Identification of a Novel Activated NK-Associated Gene Score Associated with Diagnosis and Biological Therapy Response in Ulcerative Colitis 2025, Digestion IF:3.0Q2 DOI:10.1159/000540939 PMID:39182484	research paper	本研究建立了一个新型的激活NK相关基因（ANAG）评分，用于精确诊断溃疡性结肠炎（UC）并区分生物治疗的疗效	首次提出ANAG评分系统，用于UC的诊断和生物治疗反应的预测	研究样本来源有限，主要依赖公共数据库数据，未进行大规模临床验证	探究ANAG评分在UC诊断和生物治疗反应预测中的价值	溃疡性结肠炎患者组织和生物治疗反应数据	生物信息学	溃疡性结肠炎	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 免疫荧光	LASSO回归	基因表达数据	公共数据库中的bulk RNA-seq和scRNA-seq数据集，具体样本量未明确说明
516	2025-04-25	CD14+ monocytes: the immune communication hub in early vasculitis symptoms of Kawasaki disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557231 PMID:40207219	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了川崎病（KD）血管炎早期免疫细胞通讯的动态变化，发现CD14+单核细胞在细胞间通讯中起核心作用	首次通过单细胞测序技术揭示CD14+单核细胞在KD血管炎早期免疫通讯中的核心作用，并鉴定出关键信号基因SELPLG和ITK	样本量较小（仅7例儿科患者），需要在更大队列中验证发现	研究川崎病病程中免疫细胞通讯的变化并寻找潜在生物标志物	川崎病患者的PBMCs（外周血单个核细胞）	免疫学	川崎病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	7名川崎病儿科患者
517	2025-04-25	Cancer-associated fibroblasts gene signature: a novel approach to survival prediction and immunotherapy guidance in colon cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1532306 PMID:40264753	research paper	该研究通过单细胞测序分析识别结肠腺癌中成纤维细胞相关标记基因，开发了一个与成纤维细胞相关的基因特征，用于预测结肠腺癌患者的生存和指导免疫治疗	开发了一个包含11个CAFGs的预测特征，能够有效区分结肠腺癌患者的生存差异，并指导免疫治疗和化疗反应预测	研究依赖于RNA-seq和scRNA-seq数据，未涉及更多临床样本验证	研究结肠腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性，寻找生物标志物以预测生存和指导治疗	结肠腺癌患者和HCT116、HT29细胞系	digital pathology	colon cancer	single-cell sequencing analysis, bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA-seq data	结肠腺癌患者队列和HCT116、HT29细胞系
518	2025-04-25	Expression of innate immunity genes in human hematopoietic stem/progenitor cells - single cell RNA-seq analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1515856 PMID:40264766	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类造血干细胞/祖细胞中先天免疫基因的表达	首次在单细胞分辨率下研究造血干细胞/祖细胞中complosome元素的表达，揭示了complosome作为造血新调节因子的作用	研究仅关注了特定基因的表达，未全面探索所有免疫相关基因的功能	探究人类造血干细胞/祖细胞中complosome系统元素及其他免疫相关蛋白的表达	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs），包括CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+两个群体	生物医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两个人类HSPC群体（CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+）及其亚群
519	2025-04-25	Stimulation of regulatory dendritic cells suppresses cytotoxic T cell function and alleviates DEN-induced liver injury, fibrosis and hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565486 PMID:40264769	研究论文	研究通过口服激活TLR2的乳酸菌混合物刺激调节性树突状细胞，从而抑制细胞毒性T细胞功能，减轻DEN诱导的肝损伤、纤维化和肝细胞癌	首次证明通过口服特定乳酸菌混合物可以刺激调节性树突状细胞，进而抑制细胞毒性T细胞功能，减轻肝损伤和肿瘤发生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探索调节性树突状细胞在肝损伤和肝细胞癌中的作用及其潜在治疗策略	野生型和TLR2敲除小鼠	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、组织学分析	小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	野生型和TLR2敲除小鼠，具体数量未明确说明
520	2025-04-25	Single-cell transcriptomic analysis identified resistant MDSCs and a stress-tolerant gene co-expression network as common MDSC features across multiple disease settings 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565211 PMID:40264770	研究论文	通过单细胞转录组分析，鉴定了在多疾病环境中常见的耐药性MDSCs和耐压基因共表达网络	首次结合炎症信号和细胞压力（血清饥饿）诱导出具有保留MDSC特征的细胞群（rMDSCs），并鉴定出特定的基因共表达模块（黄色模块）	研究主要基于体外实验和已有数据集验证，缺乏更多体内实验的直接证据	鉴定MDSCs的共同分子特征，以帮助细胞分类	人源单核细胞性MDSCs（M-MDSCs）	单细胞转录组学	癌症	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	GM-CSF+ IL-6诱导的人MDSCs及血清饥饿处理的PBMCs，外加已发表的批量及单细胞转录组数据集