单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-07-12	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627834 PMID:39763937	研究论文	开发了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于挖掘scRNA-Seq数据并推断ECM组分之间以及不同细胞群与ECM之间的通讯系统	MatriCom基于独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过筛选的涉及基质组分的相互作用，覆盖约80%的哺乳动物基质组基因	NA	阐明不同细胞群在ECM-ECM和细胞-ECM相互作用中的作用及其在癌症或纤维化等疾病中的失调	ECM组分和细胞群	生物信息学	癌症或纤维化	scRNA-Seq	NA	scRNA-Seq数据	整合了46个scRNA-Seq数据集
502	2025-07-12	Evaluating the role of IER3+ macrophages in the prognosis of liver fibrosis by bulk and single-cell transcriptional analyses 2024-Dec, ILIVER.. DOI:10.1016/j.iliver.2024.100132 PMID:40635861	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，评估IER3+巨噬细胞在肝纤维化预后中的作用	建立了一个包含四个基因（IER3、AKR1B10、ADCY1和PGM1）的肝纤维化相关预后模型FMSig，并发现IER3在髓样细胞中高表达，与抗炎和脂质代谢功能相关	研究依赖于公开数据集，可能缺乏临床样本的直接验证	探索肝纤维化的复杂发病机制并识别能预测肝纤维化预后的关键遗传标记	肝纤维化患者和健康对照	数字病理学	肝纤维化	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	FMSig（纤维化巨噬细胞相关预后特征）	RNA测序数据	数据集GSE84044、GSE130970和GSE15654
503	2025-07-12	The generation of stable microvessels in ischemia is mediated by endothelial cell derived TRAIL 2024-10-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8760 PMID:39365855	research paper	本文揭示了内皮细胞衍生的TRAIL在缺血条件下稳定微血管生成中的作用	发现了TRAIL在促进新生血管形成和血管稳定中的新作用，并提出了重新利用TRAIL-R2激动剂治疗缺血性疾病的潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床应用的可行性和安全性需要进一步验证	探究TRAIL在缺血条件下微血管生成和稳定中的作用机制	内皮细胞、周细胞及其相互作用	血管生物学	外周动脉疾病(PAD)	单细胞RNA测序	小鼠缺血模型	基因表达数据	小鼠模型和患者动脉样本
504	2025-07-12	Loss of synovial tissue macrophage homeostasis precedes rheumatoid arthritis clinical onset 2024-09-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj1252 PMID:39321281	研究论文	该研究深入探讨了类风湿关节炎（RA）患者、RA风险个体和健康对照者滑膜中的髓系细胞景观	发现了一种表达CD40的CD206CD163巨噬细胞群体在RA炎症滑膜中占主导地位，并揭示了其在疾病活动性和治疗反应中的作用	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的RA亚型	探索RA发病前滑膜组织巨噬细胞的稳态变化及其在疾病发生中的作用	类风湿关节炎患者、RA风险个体和健康对照者的滑膜组织	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术、RNA测序、代谢分析、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	67,908个RA和健康对照的滑膜组织细胞
505	2025-07-12	Skewed epithelial cell differentiation and premature aging of the thymus in the absence of vitamin D signaling 2024-09-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9582 PMID:39321290	研究论文	本文研究了维生素D信号缺失对胸腺上皮细胞分化和胸腺早衰的影响	揭示了维生素D信号在维持胸腺上皮细胞正常分化和功能以及延缓胸腺衰老中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究维生素D信号对胸腺上皮细胞分化和胸腺功能的影响	Cyp27b1基因敲除小鼠的胸腺上皮细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
506	2025-07-12	A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.614002 PMID:39372792	研究论文	本研究探讨了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在抗肿瘤免疫中的作用	揭示了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的高频率但功能耗竭的现象，并发现了SPP1+巨噬细胞与CD8+ T细胞的相互作用在肝脏纤维化区域中的富集	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，可能无法完全反映人类疾病的全貌	探究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的功能及其对免疫检查点抑制剂治疗的影响	小鼠肿瘤模型和患者的肝脏转移瘤及原发性结肠癌	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学CODEX、高维多组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠肿瘤模型和患者样本（具体数量未提及）
507	2025-07-12	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-09-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	本文利用SNCA三倍体iPSC衍生的皮质类器官模拟路易体病，并筛选潜在治疗药物	首次在人类iPSC衍生的皮质类器官中重现α-突触核蛋白病理，并筛选出四种FDA批准药物可抑制α-SYN聚集	研究仅针对SNCA三倍体突变导致的LBD，可能不适用于其他类型的LBD	探究α-突触核蛋白在皮质神经元中的病理机制并寻找潜在治疗药物	路易体病患者的iPSC衍生的皮质类器官和兴奋性神经元	神经退行性疾病研究	路易体病	单细胞RNA测序、实时震动诱导转化实验	iPSC衍生的皮质类器官模型	基因表达数据、分子功能数据	来自SNCA三倍体LBD患者的iPSC系
508	2025-07-12	Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn0597 PMID:39141739	研究论文	通过基因组学、蛋白质组学、单细胞和空间转录组学揭示了蜘蛛主要壶腹丝纤维的起源、结构和组成	鉴定了18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质，并揭示了腺体分泌上皮的六种细胞类型及其在三个不同腺体区域中的分布	NA	理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成	蜘蛛主要壶腹丝纤维	生物材料	NA	基因组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据、图像数据	NA
509	2025-07-12	Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado0424 PMID:39151009	研究论文	本研究通过转基因报告基因和单细胞转录组学技术，在海葵中鉴定出表达生殖系相关标记的细胞群体，并发现Nanos2对生殖系形成不可或缺	揭示了Nanos2在刺胞动物体细胞和生殖系干细胞中的保守作用，为刺胞动物干细胞系统的共同进化起源提供了证据	研究仅针对海葵Nematostella vectensis，未涵盖其他刺胞动物物种	表征刺胞动物中保守的干细胞标记基因	海葵Nematostella vectensis	发育生物学	NA	转基因报告基因、单细胞转录组学、基因敲除	NA	基因表达数据	NA
510	2025-07-12	RAS/RAF landscape in monoclonal plasma cell conditions 2024-07-11, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022295 PMID:38643494	research paper	该研究分析了超过10,000名不同浆细胞疾病患者的RAS/RAF通路突变情况，揭示了其在多发性骨髓瘤中的分子异质性	首次在大规模浆细胞疾病患者队列中描述了RAS/RAF突变景观，并通过单细胞测序证实突变主要发生在不同亚克隆中	研究主要基于诊断或复发时的突变情况，对疾病进展过程中的动态变化缺乏长期追踪	阐明浆细胞疾病中RAS/RAF通路的突变特征及其临床意义	10,000多名不同浆细胞疾病患者	肿瘤基因组学	多发性骨髓瘤	NGS, 单细胞测序	NA	基因组测序数据	>10,000例患者（包括29例进行单细胞测序）
511	2025-07-12	Exploring the immune landscape and drug prediction of an M2 tumor-associated macrophage-related gene signature in EGFR-negative lung adenocarcinoma 2024-07, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15375 PMID:38886907	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于M2型肿瘤相关巨噬细胞的预后特征，以揭示EGFR阴性肺腺癌的免疫景观并筛选药物	构建了一个基于M2-TAM的预后特征，探索了EGFR阴性LUAD的免疫景观，并预测患者对免疫治疗的反应	研究仅基于RNA测序数据，未考虑其他可能的分子机制	提高EGFR阴性肺腺癌患者的免疫治疗效果	EGFR阴性肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LASSO回归分析	RNA测序数据	NA
512	2025-07-12	Unleashed monocytic engagement in Sézary syndrome during the combination of anti-CCR4 antibody with type I interferon 2024-05-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023010043 PMID:38489234	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和高通量T细胞受体测序，揭示了Sézary综合征（SS）中恶性CD4+ T细胞的免疫学转变及其与单细胞功能失调的关系	发现I型干扰素与抗CCR4抗体联合使用可激活单细胞吞噬作用并清除Sézary细胞，为SS治疗提供了新的靶向联合疗法	研究主要基于体外实验和小规模患者数据，需要更大规模的临床试验验证	探索Sézary综合征的发病机制及优化治疗方案	恶性CD4+ T细胞和功能失调的单细胞	免疫学	Sézary综合征	单细胞转录组分析, 高通量T细胞受体测序	NA	转录组数据, 临床数据	未明确说明患者数量
513	2025-07-12	High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation 2024-Apr, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01815-7 PMID:37291427	研究论文	介绍了一种名为MAS-ISO-seq的高通量RNA异构体测序技术，通过编程方式连接cDNA以提高长读长测序的通量	提出了一种新的技术MAS-ISO-seq，能够将cDNA编程连接成适合长读长测序的分子，使测序通量提高了15倍以上	NA	提高RNA异构体测序的通量，以更高效地捕获完整的转录异构体	互补DNA（cDNA）和肿瘤浸润T细胞的单细胞RNA测序	基因组学	肿瘤	MAS-ISO-seq，长读长测序	NA	RNA测序数据	每次测序运行产生近4000万cDNA读取
514	2025-07-12	Thyroid hormone receptor α1: a novel regulator of thyroid cancer cell differentiation 2023-10, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-023-02815-2 PMID:37634007	研究论文	研究甲状腺激素受体α1（TRα1）在甲状腺癌细胞分化中的新调控作用	首次发现TRα1通过调控PAX8基因表达，促进未分化甲状腺癌（ATC）细胞向分化状态转变	研究仅基于两种ATC细胞系和小样本TCGA数据分析，未进行体内实验验证	阐明TRα1在甲状腺癌中的功能机制及其治疗潜力	未分化甲状腺癌（ATC）细胞系THJ-11T和THJ-16T	癌症生物学	甲状腺癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、TCGA数据分析	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	2种ATC细胞系（THJ-11T和THJ-16T）的多个克隆
515	2025-07-12	Single-cell transcriptome analysis reveals a cancer-associated fibroblast marker gene signature in hepatocellular carcinoma that predicts prognosis 2023-Mar, ILIVER.. DOI:10.1016/j.iliver.2022.12.002 PMID:40636406	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞的标记基因特征，该特征可预测预后	创建了一个预后相关的CAF标记基因特征（CAFMGS），为CAFs作为预后因素和治疗靶点的效用提供了新视角	CAFs在癌症发展过程中动态变化，当前针对CAFs的治疗策略大多失败	研究CAFs作为肝细胞癌预后因素和治疗靶点的效用	肝细胞癌（HCC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（Sc-RNA-seq）	CAFMGS模型	基因表达数据	使用GEO和TCGA数据库的数据，ICGC数据集用于验证
516	2025-07-11	Comparison of single-cell long-read and short-read transcriptome sequencing via cDNA molecule matching: quality evaluation of the MAS-ISO-seq approach 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf089 PMID:40630932	研究论文	比较单细胞长读长和短读长转录组测序方法，评估MAS-ISO-seq方法的质量	通过cDNA分子匹配比较长读长和短读长测序方法，揭示了两种方法在转录本恢复和基因表达分析中的偏差	研究仅基于10x Genomics 3' cDNA样本，可能不适用于其他类型的样本或测序平台	评估长读长和短读长单细胞RNA测序方法的可比性及其在转录本恢复和基因表达分析中的偏差	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），长读长测序（Pacific Biosciences），短读长测序（Illumina）	NA	转录组数据	相同10x Genomics 3' cDNA样本的长读长和短读长测序数据
517	2025-07-11	Identify critical genes of breast cancer and corresponding leading natural product compounds of potential therapeutic targets 2025-Aug, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-024-11035-z PMID:39656376	研究论文	通过多组学研究识别乳腺癌的关键基因及潜在天然产物治疗靶点	采用多组学方法（WGCNA、差异基因表达分析、ChIP-seq、scRNA-seq和空间转录组学）综合识别乳腺癌关键基因，并通过大规模虚拟筛选发现靶向SQLE的天然产物化合物	未提及具体样本量及临床验证阶段的局限性	识别乳腺癌的关键基因、治疗靶点及潜在天然产物疗法	乳腺癌细胞系及天然产物化合物	生物信息学	乳腺癌	WGCNA, ChIP-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 虚拟筛选	NA	基因表达数据、表观遗传数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	NA
518	2025-07-11	RNA binding proteins PCBP1 and PCBP2 regulate pancreatic β cell translation 2025-Aug, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102175 PMID:40451383	研究论文	研究RNA结合蛋白PCBP1和PCBP2在调节胰腺β细胞翻译中的作用	揭示了PCBP1和PCBP2在维持β细胞mRNA翻译和葡萄糖稳态中的关键作用，特别是通过结合和稳定核心翻译起始因子和核糖体mRNAs	研究主要基于小鼠模型，结果在人类β细胞中的适用性尚需进一步验证	探究PCBP1和PCBP2在β细胞稳态和翻译调控中的关系	胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、qRT-PCR、western blot、RNA免疫沉淀、CRISPR-Cas9、shRNA、嘌呤霉素标记	NA	RNA序列数据、蛋白质数据	小鼠β细胞特异性缺失Pcbp1和Pcbp1/2的小鼠模型
519	2025-07-11	METRNL represses beta-to-alpha cell trans-differentiation to maintain beta cell function under diabetic metabolic stress in mice 2025-Aug, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06459-7 PMID:40495021	研究论文	本研究探讨了METRNL蛋白在糖尿病代谢压力下维持β细胞功能和防止β细胞向α细胞转分化中的作用	首次揭示了METRNL在维持β细胞完整性和功能中的关键作用，特别是在代谢压力下防止β细胞向α细胞转分化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究METRNL在糖尿病中维持β细胞功能和身份的作用	小鼠β细胞	糖尿病研究	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)测定	基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	未明确说明具体数量，但使用了多种小鼠模型(正常饮食、高脂饮食、db/db小鼠)
520	2025-07-11	FAM83A Promotes the Progression and Metastasis of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma via PKM2-Mediated Aerobic Glycolysis 2025-Jul-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500989RR PMID:40637278	研究论文	本研究首次探讨了FAM83A与PKM2在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的关系，揭示了FAM83A通过PKM2介导的有氧糖酵解促进HNSCC的进展和转移	首次发现FAM83A通过激活Wnt/β-catenin信号通路促进PKM2的转录激活，进而调控HNSCC的糖代谢重编程	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究FAM83A在HNSCC代谢中的作用及其与PKM2的调控关系	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）	肿瘤代谢	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、RNA测序分析	NA	基因表达数据、临床样本数据	HNSCC临床样本及小鼠模型