单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-04-25	Helicobacter pylori induces GBA1 demethylation to inhibit ferroptosis in gastric cancer 2025-Mar, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-024-05105-x PMID:39283563	研究论文	本研究探讨了幽门螺杆菌通过诱导GBA1去甲基化抑制胃癌细胞铁死亡的机制	揭示了幽门螺杆菌感染通过调控GBA1基因的甲基化状态和表达水平来抑制胃癌细胞铁死亡的新机制	研究主要基于细胞模型和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探索胃癌治疗的新靶点，特别是与铁死亡相关的基因	胃癌细胞系和小鼠皮下移植瘤模型	肿瘤生物学	胃癌	NGS、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、EdU、FerrOrange、GSH、MDA、C11-BODIPY、质谱分析	细胞模型和小鼠模型	基因组数据、蛋白质数据、代谢数据	未明确说明具体样本数量，使用了TCGA-STAD数据库和单细胞数据集
502	2025-04-25	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.18.576317 PMID:38328105	研究论文	介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于提高单细胞数据中细胞类型和状态检测的统计显著性	CHOIR通过随机森林分类器和置换测试框架在层次聚类树上统计确定不同细胞群，解决了现有聚类工具缺乏统计推断测试的问题	NA	开发一种更有效的单细胞数据聚类方法，以准确识别生物学相关的细胞群	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学分析	随机森林	单细胞数据	100个模拟数据集和4个真实数据集
503	2025-04-25	A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.636192 PMID:40027755	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术，构建了一个发育中抑制性神经元的转录组图谱，揭示了其多样化的扩展和收缩模式	开发了一个计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并构建了包含超过51,000个SST+神经元的Dev-SST-Atlas资源	稀有细胞类型在单细胞RNA测序数据集中代表性不足，可能限制了对它们发育轨迹的深入理解	研究大脑皮层中抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制	小鼠和人类胎儿的SST+抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	超过51,000个SST+神经元
504	2024-10-12	Correction to: Single-cell RNA sequencing comparison of CD4+, CD8+ and T-cell receptor γδ+ cutaneous T-cell lymphomas reveals subset-specific molecular phenotypes 2025-Feb-18, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae374 PMID:39392468	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
505	2025-04-25	Integrated analysis reveals that EGR1 promotes epithelial IL33 production in T2 asthma 2025-Feb-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06116-y PMID:39966984	研究论文	通过整合生物信息学分析和转录分析，揭示了EGR1在T2型哮喘中促进上皮细胞IL33产生的机制	首次发现EGR1作为上皮细胞来源的基因，直接调控IL33的转录，为T2型哮喘的发病机制提供了新的见解	研究主要基于体外细胞系和小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证EGR1与IL33的直接关系	探究过敏原暴露触发气道上皮细胞释放IL33的分子机制	BEAS-2B细胞系和屋尘螨诱导的小鼠哮喘模型	生物信息学	哮喘	bulk RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-PCR, 双荧光素酶报告基因检测	NA	RNA-seq数据	NA
506	2025-04-25	LMNA R482L mutation causes impairments in C2C12 myoblasts subpopulations, alterations in metabolic reprogramming during differentiation, and oxidative stress 2025-02-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88219-6 PMID:39948343	研究论文	本研究探讨了LMNA-R482L突变在转基因小鼠C2C12肌母细胞系中的特异性改变及其对代谢重编程和氧化应激的影响	首次使用单细胞RNA测序技术研究LMNA-R482L突变对C2C12细胞转录多样性的影响，并揭示了该突变与氧化应激和代谢异常之间的关联	研究仅基于体外培养的C2C12细胞系，未涉及动物模型或人类样本	探究LMNA-R482L突变对骨骼肌功能特性的影响机制	转基因小鼠C2C12肌母细胞系	分子生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序，bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	转基因小鼠C2C12细胞系
507	2025-04-25	Immune-responsive gene-1: The mitochondrial Key to Th17 Cell Pathogenicity in CNS Autoimmunity 2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.24.573264 PMID:38234838	研究论文	本研究探讨了免疫反应基因1（IRG1）在中枢神经系统自身免疫性疾病中对致病性Th17细胞的调控作用	首次揭示了IRG1通过NLRP3/IL-1β轴调控致病性Th17细胞极化的分子机制	研究主要基于动物模型，人类样本验证不足	阐明IRG1在自身免疫性疾病中对Th17细胞致病性的调控机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型小鼠的免疫细胞	免疫学	多发性硬化症	RNA-seq，单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠模型
508	2025-04-25	Congestion Enriches Intra-hepatic Macrophages Through Reverse Zonation of CXCL9 in Liver Sinusoidal Endothelial Cells 2025-Feb-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101475 PMID:39923846	研究论文	研究探讨了肝脏充血如何通过CXCL9的反向分区影响肝窦内皮细胞，从而富集肝内巨噬细胞，导致充血性纤维化和门静脉高压	揭示了CXCL9在肝窦内皮细胞中的反向分区及其在巨噬细胞募集中的作用，为充血性肝病和Fontan相关肝病的治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	探究肝脏充血对肝窦免疫细胞空间分布的影响及其在充血性纤维化和门静脉高压中的作用	肝窦内皮细胞和肝内巨噬细胞	肝脏病理学	充血性肝病和Fontan相关肝病	成像质谱流式细胞术(IMC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA原位杂交(RNAish)	小鼠模型	组织图像和RNA测序数据	患者肝组织样本和小鼠模型
509	2025-04-25	SCEMENT: scalable and memory efficient integration of large-scale single-cell RNA-sequencing data 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf057 PMID:39985442	research paper	提出了一种名为SCEMENT的可扩展且内存高效的大规模单细胞RNA测序数据集成方法	SCEMENT通过扩展线性回归模型至无监督稀疏矩阵设置，实现了对大规模单细胞RNA测序数据的高效集成，显著提升了运行时间和内存使用效率	未明确提及具体限制，但暗示现有工具在处理大规模数据时可能因计算负担而牺牲准确性	开发一种能够高效集成大规模单细胞RNA测序数据的算法	大规模单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	线性回归模型	单细胞RNA测序数据	数十至数百个真实单细胞RNA测序数据集
510	2025-04-25	Single-cell transcriptomic sequencing analysis of mechanistic insights into the IFN-γ signaling pathway in different tumor cells 2025-Feb, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03574-6 PMID:39090422	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析，探讨了IFN-γ信号通路在不同肿瘤微环境中的作用机制及其与患者预后的关系	揭示了IFN-γ通路在泛癌组织中的双重功能，即抑制肿瘤细胞增殖和增强其免疫原性，并发现HMGB2在T细胞中作为肿瘤细胞增殖的潜在关键调控因子	研究主要基于公共数据库的RNA-seq和scRNA-seq数据，缺乏实验验证	探究IFN-γ通路在不同肿瘤微环境中的调控机制及其与预后的关系	不同肿瘤类型的微环境中的IFN-γ信号通路	生物信息学	泛癌	RNA-seq, scRNA-seq	单变量Cox回归模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的大量肿瘤样本
511	2025-04-25	Single-cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation 2025-Feb, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02651-0 PMID:39103533	研究论文	本研究利用MERFISH空间转录组学技术，分析了Trem2R47H突变对阿尔茨海默病风险基因在小鼠大脑不同区域细胞类型中的影响	首次在单细胞水平上揭示了Trem2R47H突变对神经元和非神经元细胞的转录组调控异常模式，并发现该突变独立于淀粉样蛋白病理对神经元BDNF信号通路的调控作用	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究Trem2R47H突变如何影响阿尔茨海默病相关脑区特定细胞类型的转录调控	野生型、Trem2突变、5xFAD及Trem2;5xFAD复合突变小鼠的19个脑切片样本	空间转录组学	阿尔茨海默病	MERFISH空间转录组学	小鼠疾病模型	空间转录组数据	19个小鼠脑切片（包含4种不同基因型）
512	2025-04-25	Arming AAV9 with a Single-Chain Fragment Variable Antibody Against PD-1 for Systemic Glioblastoma Therapy 2025-Feb, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04406-y PMID:39138760	研究论文	本研究开发了一种利用AAV9载体系统递送抗PD-1单链抗体片段(scFv-PD-1)的新型靶向免疫治疗方法，用于治疗胶质母细胞瘤	首次将AAV9载体与抗PD-1单链抗体片段结合，实现系统性递送和局部表达，用于胶质母细胞瘤的靶向免疫治疗	研究仅在免疫活性小鼠模型中进行，尚未进行临床转化研究	开发针对胶质母细胞瘤的新型靶向免疫治疗方法	胶质母细胞瘤的肿瘤微环境(TME)和T细胞	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序分析，AAV9载体递送系统	免疫活性GBM小鼠模型	RNA测序数据，免疫组化数据	未明确说明具体样本数量，使用免疫活性GBM小鼠模型
513	2025-04-25	LIM domain only 7: a novel driver of immune evasion through regulatory T cell differentiation and chemotaxis in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Feb, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01358-7 PMID:39143228	研究论文	本研究发现了LIM domain only 7 (LMO7)在胰腺导管腺癌(PDAC)中通过调节Treg细胞分化和趋化作用驱动免疫逃逸的新机制	首次发现LMO7通过其LIM结构域直接结合并促进Foxp1的泛素化和降解，进而调控TGF-β和CCL5表达，促进Treg细胞富集并抑制CD8 T/NK细胞功能	研究主要基于单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据，需要进一步临床验证	揭示PDAC免疫微环境异质性并鉴定驱动免疫逃逸的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)的免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、空间蛋白质组学	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明样本数量，涉及体外和体内实验
514	2025-04-25	Progress in toxicogenomics to protect human health 2025-Feb, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-024-00767-1 PMID:39223311	review	本文回顾了毒理基因组学在保护人类健康方面的进展，特别是转录组学在毒理学研究和风险评估中的应用	介绍了转录组学生物标志物、网络推断分析、模式匹配方法和人工智能在预测毒理学危害中的创新应用，以及单细胞转录组学和多组学在毒理学机制研究中的新兴方法	NA	探讨毒理基因组学在理解和预测环境和药物暴露的毒理学效应中的应用	分子特征（如转录本、蛋白质、代谢物和表观基因组修饰）	毒理学	NA	转录组学、单细胞转录组学、多组学	人工智能	分子数据	NA
515	2025-04-25	Single-cell sequencing delineates T-cell clonality and pathogenesis of the parapsoriasis disease group 2025-Feb, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.09.004 PMID:39278361	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究副银屑病疾病谱中T细胞克隆性及其发病机制	首次描述了副银屑病病变中一种未被报道的先天淋巴细胞群，并提出了新的疾病分类术语	样本量较小（8个大斑块和7个小斑块病变），可能影响结果的普遍性	表征副银屑病疾病谱的细胞和分子特征	副银屑病至早期蕈样肉芽肿谱系患者的皮肤活检组织	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	15例皮肤活检（8个大斑块和7个小斑块病变）
516	2025-04-25	Single-cell transcriptome analysis of the early immune response in the lymph nodes of Borrelia burgdorferi-infected mice 2025-Feb, Microbes and infection IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.micinf.2024.105424 PMID:39306236	研究论文	通过单细胞RNA测序分析Borrelia burgdorferi感染小鼠淋巴结早期免疫反应的转录组特征	揭示了Borrelia burgdorferi感染早期淋巴结淋巴细胞免疫景观的关键特征，包括B细胞增殖、免疫球蛋白类别转换至IgG3和IgG2b亚型、浆母细胞分化以及通过免疫组织化学鉴定的滤泡外B细胞的存在	研究仅关注感染后四天的早期免疫反应，未涵盖感染全过程	探究Borrelia burgdorferi感染早期淋巴结免疫反应的特征和机制	Borrelia burgdorferi感染的小鼠淋巴结淋巴细胞	免疫学	莱姆病	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	转录组数据	Borrelia burgdorferi感染的小鼠模型
517	2025-04-25	Breaking new ground: Unraveling the USP1/ID3/E12/P21 axis in vascular calcification 2025-Feb, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.002 PMID:39326697	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了血管钙化过程中的细胞动态变化，并发现USP1/ID3/E12/P21轴在其中的关键调控作用	首次揭示了ID3基因在血管平滑肌细胞功能调控中的关键作用，并发现了USP1/ID3/E12/P21这一新的调控轴	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中得到验证	探究血管钙化的分子机制并寻找潜在治疗靶点	血管平滑肌细胞(VSMCs)和血管钙化过程	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	动物模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及体外培养细胞和动物模型
518	2025-04-25	Dynamic transcriptomic and regulatory networks underpinning the transition from fetal primordial germ cells to spermatogonia in mice 2025-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13755 PMID:39329203	研究论文	本研究通过分析小鼠雄性生殖细胞和性腺细胞发育的转录组图谱数据集，揭示了从胎儿原始生殖细胞（PGCs）到精原细胞（SPG）转变过程中的转录组动态和调控网络	首次全面解析了PGCs到SPG转变过程中的转录组动态，并鉴定出315个高度活跃的调控因子，其中非转录因子TAGLN2被验证对精原干细胞（SSCs）的维持和分化至关重要	研究仅基于小鼠模型，结果在人类或其他物种中的适用性尚需验证	阐明雄性生殖细胞发育过程中从PGCs到SPG转变的分子机制	小鼠雄性生殖细胞和性腺细胞	生殖生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
519	2025-04-25	Dysfunction of Endothelial Cell-Mediated Intercellular Communication and Metabolic Pathways in Age-Related Macular Degeneration 2025-Feb, Current eye research IF:1.7Q3 DOI:10.1080/02713683.2024.2407361 PMID:39329213	research paper	通过整合单细胞RNA测序数据，研究年龄相关性黄斑变性(AMD)中内皮细胞介导的细胞间通讯和代谢通路的异常	首次在AMD中揭示了内皮细胞介导的细胞间通讯网络的严重损伤，并发现了萎缩性和新生血管性AMD中不同的信号通路和代谢状态	未发现疾病特异性细胞类型或差异细胞比例	探索AMD的发病机制和潜在治疗靶点	视网膜和视网膜色素上皮/脉络膜组织中的细胞	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq, CellChat, GSVA	NA	RNA sequencing data	整合了6个项目的scRNA-seq数据
520	2025-04-25	Evidence of Alveolar Macrophage Metabolic Shift Following Stereotactic Body Radiation Therapy -Induced Lung Fibrosis in Mice 2025-Feb-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2024.09.018 PMID:39278419	研究论文	研究通过精确的立体定向体放射治疗模型，探讨了肺泡巨噬细胞在辐射诱导肺纤维化中的代谢变化及其作用	揭示了肺泡巨噬细胞从脂肪酸代谢向胆固醇生物合成的代谢转变，及其可能的促纤维化表型	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且样本量有限	探讨巨噬细胞在辐射诱导肺损伤中的作用及其代谢变化	小鼠模型中的肺泡巨噬细胞	放射生物学	肺纤维化	组织学、流式细胞术、单细胞RNA测序	CCR2 KO小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	野生型和CCR2 KO小鼠，具体数量未明确说明