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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2026-06-04 |
A temporal and spatial atlas of adaptive immune responses in the lymph node following viral infection
2026-Feb-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504742123
PMID:41587309
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研究论文 | 提出AIR-SPACE方法,结合高分辨率空间转录组学与配对长读长测序,构建病毒感染后淋巴结适应性免疫应答的时空图谱 | 同时分析细胞转录组和适应性免疫受体库在其天然空间背景下的状态,揭示感染早期干扰素-γ产生的异质性激活生态位,以及抗体产生浆细胞通过生发中心暗区分化和迁出的新证据 | 该研究仅在鼠后膝窝淋巴结中对牛痘病毒感染进行分析,可能需在其他模型或人类样本中验证普遍性 | 理解病毒感染后淋巴结中适应性免疫细胞的空间组织和动态过程 | 小鼠后膝窝淋巴结(在牛痘病毒足垫感染后的五个时间点) | 数字病理学 | 病毒感染 | 空间转录组学, 长读长测序 | NA | 空间转录组数据, 免疫受体库测序数据 | 多个小鼠后膝窝淋巴结,在感染后五个时间点采集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 502 | 2026-06-04 |
Integrated immune profiling of chordomas reveals spatially organized niches and functional heterogeneity
2026-Feb-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf213
PMID:41586579
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序、TCR分析和多重免疫荧光技术,对脊索瘤的免疫景观进行整合分析,揭示了其空间组织生态位和功能异质性 | 首次整合空间、转录组和TCR数据,揭示脊索瘤中肿瘤相关巨噬细胞和T细胞的功能状态及相互作用,并发现纤维隔作为免疫相互作用枢纽 | 样本量较小(35个脊索瘤样本和6个配对肿瘤-PBMC样本),可能限制结果的普适性 | 阐明脊索瘤的免疫微环境特征,为开发个性化免疫治疗提供基础 | 35例脊索瘤组织和6例配对的外周血单核细胞样本 | 数字病理学 | 脊索瘤 | 单细胞RNA测序, T细胞受体分析, 多重免疫荧光, 加权基因共表达网络分析 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 35个脊索瘤样本和6个配对肿瘤-PBMC样本 | NA | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光 | NA | NA |
| 503 | 2026-06-04 |
GCSH promotes colorectal cancer progression by inhibiting Cuproptosis through the PI3K/AKT-FDX1 axis
2026-Jan-27, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01808-6
PMID:41591502
|
研究论文 | GCSH通过PI3K/AKT-FDX1轴抑制铜凋亡促进结直肠癌进展 | 首次发现GCSH是铜凋亡的新型调节因子,并揭示其通过PI3K/AKT-GCSH/FDX1轴抑制铜凋亡以促进结直肠癌进展的机制 | 文章摘要未明确提及局限性 | 探究GCSH在结直肠癌中的作用及其对铜凋亡的调控机制 | 结直肠癌组织、血液样本及结直肠癌细胞系 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | TCGA数据集689例,4个独立GEO数据集共709例,以及临床组织、血液样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 504 | 2026-06-04 |
Kynurenine mediates the chemotherapy-induced intestinal toxicity through modulation of gut microbiota
2026-Jan-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68741-5
PMID:41593057
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研究论文 | 该研究揭示了犬尿氨酸在化疗诱导的肠道毒性中的关键作用,通过调节肠道菌群导致肠道损伤 | 首次发现髓系细胞来源的犬尿氨酸通过导致肠道菌群失调(特别是约氏乳杆菌减少)激活TNFα/JNK通路,加重化疗引起的肠道毒性 | 尚未充分探讨其他肠道微生物群体的变化及其与犬尿氨酸的相互作用,需要进一步动物模型和临床验证 | 阐明化疗诱导肠道毒性中系统性代谢与局部肠道损伤之间的联系机制 | 化疗后出现严重肠道毒性的患者、髓系细胞特异性基因敲除小鼠模型 | 数字病理学 | 化疗相关性肠道毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 化疗后出现严重肠道毒性的患者样本及髓系细胞特异性基因敲除小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 505 | 2026-06-04 |
A spatially resolved atlas of gastric cancer characterises a lymphocyte-aggregated region
2026-Jan-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68612-z
PMID:41593079
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学,识别胃癌微环境中的四个空间区域,并重点描述了一个淋巴细胞聚集区域 | 首次以空间分辨率绘制胃癌微环境图谱,并识别出淋巴细胞聚集区域及其与不同淋巴细胞亚群和转录组类型相关的分布模式 | 未明确提及限制 | 探究胃癌肿瘤微环境的细胞组成和空间组织 | 胃癌组织中的肿瘤微环境细胞 | 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习, 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 未提及 | 单细胞数据, 空间转录组数据 | 未提及 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 506 | 2026-06-04 |
SCITO-seq2: ultra-high-throughput single-cell transcriptome and epitope sequencing
2026-Jan-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03954-x
PMID:41593779
|
研究论文 | 介绍SCITO-seq2,一种超高通量单细胞转录组与表位测序技术 | 结合探针基础RNA检测与超高通量蛋白分析,共享池条形码策略确保多液滴分子图谱精准匹配 | 未在摘要中明确提及 | 开发可扩展、高效、经济的下一代单细胞多组学工作流程 | 自身免疫疾病患者样本,包括儿童系统性红斑狼疮和CTLA4单倍体不足伴自身免疫浸润 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序,表位测序 | NA | 单细胞转录组及蛋白数据 | 超过100,000个细胞 | NA | 单细胞多组学 | SCITO-seq2 | SCITO-seq2技术,整合探针RNA检测和超高通量蛋白分析,使用共享池条形码策略 |
| 507 | 2026-06-04 |
Deciphering stromal cell interactions in osteosarcoma highlights CDKN2A and MMP14 as novel diagnostic and therapeutic biomarkers
2026-Jan-27, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-026-03902-2
PMID:41593799
|
研究论文 | 通过单细胞和转录组分析解析骨肉瘤基质细胞相互作用,发现CDKN2A和MMP14作为新型诊断和治疗生物标志物 | 首次整合单细胞RNA测序和转录组数据,利用高维WGCNA和CellChat分析解析骨肉瘤基质细胞网络,并筛选出CDKN2A和MMP14作为潜在诊断和治疗靶点,同时预测白藜芦醇能稳定结合MMP14 | 依赖公开数据集,缺乏大规模临床样本验证;体外实验限于细胞系,未进行体内动物模型验证 | 揭示骨肉瘤基质细胞相互作用网络,识别新型诊断标志物和治疗靶点 | 骨肉瘤基质细胞、巨噬细胞等其他细胞亚群 | 机器学习和数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | Seurat, CellChat, hdWGCNA, DESeq2 | 单细胞转录组数据、转录组数据 | 公开数据集的样本量未具体说明,但包含来自GEO的数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 508 | 2026-06-04 |
omnideconv: a unifying framework for using and benchmarking single-cell-informed deconvolution of bulk RNA-seq data
2026-Jan-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03955-w
PMID:41582216
|
研究论文 | 提出omnideconv框架,用于使用和基准测试基于单细胞信息的大规模RNA-seq数据解卷积方法 | 首次全面基准测试第二代解卷积工具,区分不同变异和偏差来源 | 未提及具体限制 | 评估和优化基于单细胞RNA-seq数据的细胞类型解卷积方法 | 多种第二代解卷积工具 | 机器学习和生物信息学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 使用真实和模拟数据构成的多样本面板 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 509 | 2026-06-04 |
Identification and characterization of fibroblast-related biomarkers and pro-inflammatory subpopulations in periodontitis by integrated transcriptomic and single-cell analysis
2026-Jan-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-37385-2
PMID:41588193
|
研究论文 | 通过整合转录组学和单细胞RNA测序数据,鉴定牙周炎中成纤维细胞相关生物标志物和促炎性亚群 | 首次通过整合批量转录组和单细胞RNA测序数据,利用LASSO回归鉴定出六个成纤维细胞相关基因(FRGs)并构建诊断模型,同时发现CXCL13⁺成纤维细胞为促炎性亚群 | 未提及 | 探索牙周炎中成纤维细胞相关生物标志物和促炎性成纤维细胞亚群,为诊断和治疗提供新策略 | 牙周炎组织样本中的成纤维细胞 | 机器学习 | 牙周炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫组化, 荧光原位杂交, LASSO回归 | LASSO回归, 诊断模型 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 三个数据集(GSE10334, GSE16134, GSE173078) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 510 | 2026-06-04 |
Exosome RAB10 inhibits JAK1/STAT1 to hinder macrophage M1 polarization and promote tumor immune escape
2026-Jan-26, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-026-02681-x
PMID:41588435
|
研究论文 | 研究发现乳腺癌细胞通过外泌体传递RAB10至巨噬细胞,结合IFNAR1抑制JAK1/STAT1通路,阻碍M1极化并促进M2极化,从而促进肿瘤免疫逃逸 | 首次揭示外泌体RAB10通过结合IFNAR1抑制JAK1/STAT1通路调控巨噬细胞极化的新机制,并发现联合靶向RAB10与PD-L1可协同抑制肿瘤生长 | 未提及 | 探究外泌体RAB10对巨噬细胞极化和肿瘤生长的影响及机制 | 乳腺癌细胞系、巨噬细胞、单细胞RNA测序数据、荷瘤小鼠模型 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 乳腺癌细胞系及单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 511 | 2026-06-04 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Crosstalk Between MuSCs and FAPs in Ruminant Skeletal Muscle Development
2026-Jan-22, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15020206
PMID:41597280
|
研究论文 | 首次构建山羊骨骼肌发育全过程的单细胞转录组图谱,揭示肌肉干细胞与纤维脂肪祖细胞间的互动机制 | 首次创建涵盖从胚胎30天至出生后11年共14个发育阶段的山羊骨骼肌单细胞RNA测序图谱,鉴定出胚胎早期特有的MuSCs__high亚群和衰老相关的MuSCs__high亚群,并发现DLK1-NOTCH3配体-受体对在调控细胞互作中的关键作用 | 未提及具体局限性,但作为单细胞图谱研究,可能受限于样本数量、测序深度及功能验证实验的缺乏 | 揭示山羊骨骼肌发育过程中肌肉干细胞与纤维脂肪祖细胞的细胞异质性及互作机制 | 山羊背最长肌组织中的肌肉干细胞和纤维脂肪祖细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 120,944个细胞,覆盖14个发育阶段(胚胎第30天至出生后11年) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 512 | 2026-06-04 |
Analysis of cranial tenocyte heterogeneity reveals a role for Wnt signaling in tendon attachments
2026-Jan-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205047
PMID:41582829
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研究论文 | 通过斑马鱼胚胎头部结缔组织的单细胞RNA测序,揭示肌腱细胞和韧带细胞在发育过程中的异质性,并发现Wnt信号在肌腱附着中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序识别出发育中肌腱细胞和韧带细胞的不同亚群,揭示了肌腱细胞在空间和功能上的异质性,并明确了经典Wnt信号通路在肌腱附着模式形成中的新作用 | 主要基于斑马鱼模型,可能无法完全代表人类肌腱发育;仅聚焦于胚胎阶段,未涉及成年或老化过程 | 探究肌腱和韧带发育过程中细胞异质性的遗传机制,以及Wnt信号在肌腱附着中的作用 | 斑马鱼胚胎头部的结缔组织,包括发育中的肌腱细胞和韧带细胞 | 单细胞生物学 | 肌腱损伤及年龄相关退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎头部结缔组织样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 513 | 2026-06-04 |
Network Hypoactivity in ALG13-CDG: Disrupted Developmental Pathways and E/I Imbalance as Early Drivers of Neurological Features in CDG
2026-Jan-14, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15020147
PMID:41597222
|
研究论文 | 通过人多能干细胞来源的皮质类器官研究ALG13-CDG导致的脑特异性低糖基化对神经发育和网络功能的影响 | 首次整合多组学分析和MEA电生理记录,揭示ALG13-CDG中早期网络低活跃性、神经元成熟时序错乱及E/I失衡随疾病进展向补偿性过度兴奋转变的机制 | 未明确说明 | 探究ALG13功能异常对人类大脑糖基化和神经发育的影响,以及皮质网络功能障碍的机制 | ALG13-CDG患者来源的iPSC分化的人皮质类器官 | 数字病理学 | 先天性糖基化障碍 | RNA-seq, 蛋白质组学, 糖蛋白质组学, N-糖成像, 脂质组学, 代谢组学 | NA | 图像, 文本 | ALG13-CDG个体来源的iPSC和hCO样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学, 糖组学 | NA | NA |
| 514 | 2026-06-04 |
Integrative Network Analysis of Single-Cell RNA Findings and a Priori Knowledge Highlights Gene Regulators in Multiple Myeloma Progression
2026-Jan-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27020793
PMID:41596441
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研究论文 | 整合单细胞RNA测序发现与先验知识网络分析,揭示多发性骨髓瘤进展中的关键基因调控因子 | 通过将单细胞RNA测序数据与多发性骨髓瘤先验知识整合,构建合成基因网络图谱,并利用综合影响力指标识别跨疾病阶段的关键调控因子 | 未提及具体限制 | 揭示多发性骨髓瘤从癌前阶段进展为活动性疾病过程中的关键调控因子 | 多发性骨髓瘤患者CD138阳性浆细胞的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 515 | 2026-06-04 |
Integrated Analyses Identify CDH2 as a Hub Gene Associated with Cisplatin Resistance and Prognosis in Ovarian Cancer
2026-Jan-10, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27020713
PMID:41596365
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研究论文 | 通过整合分析识别CDH2为卵巢癌顺铂耐药和预后相关的关键基因 | 首次通过加权基因共表达网络和单细胞RNA-seq数据整合分析,鉴定CDH2为卵巢癌顺铂耐药的核心枢纽基因,并探讨其与免疫细胞浸润的关联 | 研究主要基于公开数据集和体外实验验证,缺乏大规模前瞻性临床队列的外部验证 | 识别与卵巢癌顺铂耐药相关的关键基因并探究其临床意义 | 卵巢癌顺铂耐药的分子机制和生物标志物 | 机器学习 | 卵巢癌 | 转录组测序, 单细胞RNA-seq, qPCR, 免疫组化 | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | GSE73935数据集(具体样本量未说明), GSE211956单细胞RNA-seq数据(具体样本量未说明) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 516 | 2026-06-04 |
Single-Cell Transcriptomic Landscape of Cervical Cancer Cell Lines Before and After Chemoradiotherapy
2026-Jan-08, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15020115
PMID:41597190
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析宫颈癌细胞系在放化疗前后的转录组景观,揭示化疗耐药机制 | 首次建立来自同一宫颈癌患者在放疗前后的等基因原代细胞系对(AdMer35和AdMer43),并进行单细胞转录组比较分析,揭示了多层面细胞适应性在化疗耐药中的作用 | 仅基于一对患者来源的细胞系,样本量有限,需在更多样本和临床队列中验证 | 阐明宫颈癌化疗耐药的细胞和分子机制 | 一对等基因的原代宫颈癌细胞系(AdMer35和AdMer43),分别来自同一鳞状细胞癌患者放疗前后的组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 一对细胞系(AdMer35和AdMer43),来自一名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 517 | 2026-06-04 |
Plant bZIPs in Root Environmental Adaptation: From Single-Cell Expression Atlas to Functional Insights
2026-Jan-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27020568
PMID:41596219
|
综述 | 本文综述了植物bZIP转录因子在根系环境适应中的作用,从单细胞表达图谱到功能见解,探讨了bZIP如何通过整合单细胞组学与功能遗传学来协调转录重编程以适应复杂环境 | 从组织整体分析转向单细胞RNA测序,创建了高分辨率的根bZIPs表达图谱,揭示了bZIP在单个细胞类型中的具体功能,并整合了光照、激素、营养和胁迫信号的调控模块 | 主要基于现有研究总结,可能缺乏新实验数据验证;对bZIP在作物中的同源基因功能理解尚有限 | 阐明bZIP转录因子在植物根系环境适应中的调控机制,并为其在培育气候适应性作物中的应用提供理论依据 | 植物bZIP转录因子家族成员及其在根系细胞中的表达调控 | 数字病理学、自然语言处理 | 不适用 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞组学、功能遗传学 | 不适用 | 单细胞基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 518 | 2026-06-04 |
Chronic Kidney Disease in Metabolic Disease: Regulation of SGLT2 and Transcriptomic-Epigenetic Effects of Its Pharmacological Inhibition
2026-Jan-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27020589
PMID:41596241
|
综述 | 综述SGLT2在代谢疾病相关慢性肾病中的表达调控及其抑制剂转录组-表观遗传效应 | 聚焦SGLT2抑制剂的分子机制,特别是转录组和表观遗传层面的影响,并首次整合人类单细胞转录组数据揭示SGLT2抑制剂对肾脏代谢重编程的作用 | 人类单细胞RNA测序数据仅有单一研究来源,缺乏大规模验证;分子机制在临床转化中仍需进一步确认 | 探讨SGLT2在健康与代谢疾病中的表达调控及其药理学抑制的转录组-表观遗传机制 | 肾近端小管细胞,代谢疾病相关慢性肾病模型 | 转录组学,表观遗传学 | 慢性肾病,代谢疾病(2型糖尿病) | 单细胞RNA测序,单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 人类单细胞RNA测序数据集(样本量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 519 | 2026-06-04 |
IPO9 Promotes Ovarian Cancer Progression by Suppressing HMOX1-Dependent Ferroptosis
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/8545131
PMID:41584724
|
研究论文 | 该研究整合多组学数据,发现MALAT1上皮细胞是卵巢癌核心细胞亚群,并揭示IPO9通过抑制HMOX1依赖性铁死亡促进肿瘤进展 | 首次将单细胞RNA测序、scPagwas、BayesPrism和WGCNA相结合,鉴定出MALAT1上皮细胞作为卵巢癌免疫抑制的关键驱动亚群,并发现IPO9作为治疗靶点调控铁死亡机制 | 未说明具体限制 | 探索卵巢癌的新型治疗靶点及免疫微环境动态 | 卵巢癌细胞、MALAT1上皮细胞亚群、IPO9基因 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | 基因表达数据, 突变数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 520 | 2026-06-04 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Correlation Between Immune Cell Composition and Gene Expression in Cervical Cancer
2026-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70998
PMID:41588920
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析揭示宫颈癌免疫细胞组成与基因表达之间的相关性 | 首次通过单细胞RNA测序全面描绘宫颈癌肿瘤微环境中免疫细胞亚群的分布模式,并揭示TNFRSF18等关键基因表达与免疫细胞比例的直接或反向关系 | 局限在于样本量可能有限,且单细胞RNA测序数据分析方法的选择可能影响结果的鲁棒性 | 基于单细胞RNA测序数据研究宫颈癌患者免疫细胞亚群的分布模式及其与某些基因表达的相关性 | 宫颈癌患者的单细胞RNA测序数据及免疫细胞亚群 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫组化,GO富集分析 | UMAP聚类,t-SNE聚类 | RNA测序数据,图像数据 | 宫颈癌样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |