单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-06-09	Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify RNA-Metabolite Correlations 2025-Jun-10, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202502028 PMID:40216587	研究论文	提出了一种结合解吸电喷雾电离质谱成像（DESI-MSI）空间代谢组学和Visium空间转录组学的新方法，用于同一组织切片上的RNA-代谢物相关性研究	首次在同一组织切片上整合DESI-MSI和Visium空间转录组学技术，克服了传统相邻切片间变异性的问题	研究仅应用于人类乳腺癌和肺癌组织，尚未验证在其他癌症类型中的适用性	开发整合空间代谢组学和空间转录组学的方法，以更全面地理解生物问题	人类乳腺癌和肺癌组织	空间组学	乳腺癌, 肺癌	DESI-MSI, Visium空间转录组学	NA	质谱成像数据, 转录组数据	人类乳腺癌和肺癌组织样本（具体数量未提及）
502	2025-06-09	Early transcriptional states of spermatogonia and marker expressions in the prepubertal human testis following chemotherapy-induced depletion 2025-Jun-07, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf103 PMID:40482072	research paper	该研究通过单细胞转录组分析探讨了化疗诱导的精原细胞耗竭后，青春期前人类睾丸中精原细胞的分化状态及标记物表达	首次在青春期前儿童癌症患者的睾丸中确认了精原细胞的未分化状态，并揭示了化疗药物对精原细胞亚群的剂量依赖性影响	研究人群在年龄和治疗暴露方面存在异质性，无法单独评估特定癌症治疗的影响，组织样本有限降低了统计功效	研究青春期前睾丸中精原细胞的分化状态及其在化疗后的变化	青春期前男孩的睾丸组织样本（健康对照和癌症患者）	生殖医学	儿童癌症	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	6个健康男孩的睾丸样本（单细胞RNA测序），14个生物库对照样本和31个儿童癌症患者的睾丸组织样本（免疫荧光分析）
503	2025-06-09	Unlocking novel T cell-based immunotherapy for hepatocellular carcinoma through neoantigen-driven T cell receptor isolation 2025-Jun-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334148 PMID:39832892	研究论文	本研究通过分析肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤、肝冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞反应，探索了基于新抗原的T细胞受体（TCR）分离在HCC免疫治疗中的潜力	首次在HCC免疫抑制微环境中鉴定出新抗原反应性T细胞，并发现肝冲洗液和引流淋巴结中的T细胞可作为免疫治疗的潜在来源	研究样本量较小（仅7名患者），且未进行体内功能验证	探索HCC微环境中新抗原反应性T细胞的特征及其在免疫治疗中的应用潜力	肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤组织、肝冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、T细胞受体（TCR）测序、共培养实验	NA	转录组数据、蛋白质组数据	7名HCC患者的临床样本
504	2025-06-09	Glucocorticoid receptor suppresses GATA6-mediated RNA polymerase II pause release to modulate classical subtype identity in pancreatic cancer 2025-Jun-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334374 PMID:39884837	研究论文	本研究揭示了糖皮质激素受体（GR）激动剂通过抑制GATA6介导的RNA聚合酶II暂停释放来调节胰腺癌经典亚型身份的转录调控机制	发现了GR激动剂通过GATA6调控经典亚型特异性转录的新机制，并利用多种高通量测序技术和基因编辑工具验证了这一机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	揭示胰腺导管腺癌（PDAC）亚型身份的转录调控机制	胰腺导管腺癌的经典和基底亚型	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、HiChIP、PRO-seq、dCas9基因编辑	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	NA（未明确说明样本数量，但使用了患者来源异种移植模型和原发肿瘤样本）
505	2025-06-09	CellNEST reveals cell-cell relay networks using attention mechanisms on spatial transcriptomics 2025-Jun-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02721-3 PMID:40481363	research paper	该文章介绍了一种名为CellNEST的新方法，用于在空间转录组学中检测细胞间通信网络	提出了一种新型的中继网络通信检测方法，能够识别配体-受体-配体-受体的通信模式	未提及具体的技术局限性	开发一种计算模型来解码细胞间通信模式，以解决当前方法的高假阳性率和通信模式单一的问题	人类淋巴结中的T细胞归巢信号、肺腺癌和结直肠癌中的侵袭性癌症通信、胰腺癌中的中继网络通信	空间转录组学	癌症、糖尿病	空间转录组学、单细胞RNA测序	CellNEST（基于注意力机制的神经网络）	空间转录组数据	NA
506	2025-06-09	Spotiflow: accurate and efficient spot detection for fluorescence microscopy with deep stereographic flow regression 2025-Jun-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02662-x PMID:40481364	research paper	该论文介绍了一种名为Spotiflow的深度学习方法，用于荧光显微镜图像中斑点结构的亚像素级精确检测	将斑点检测问题重新定义为多尺度热图和立体流回归问题，支持2D和3D图像，具有更高的时间和内存效率	NA	开发一种准确高效的荧光显微镜斑点检测方法	荧光显微镜图像中的斑点结构	computer vision	NA	深度学习	NA	image	多种数据集（具体数量未提及）
507	2025-06-09	Decoding neuronal diversity: Mechanisms governing neural cell fate in Drosophila 2025-Jun-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103061 PMID:40482397	综述	本文综述了果蝇神经细胞命运决定的最新研究进展，重点探讨了空间模式、时间模式和神经元类型特异性终端选择转录因子三种关键机制	整合单细胞转录组学和全脑连接组学技术，全面解析神经细胞命运决定机制	主要基于果蝇模型的研究，在高等生物中的适用性有待验证	阐明神经干细胞如何产生神经元多样性的机制	果蝇神经细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学、全脑连接组学	NA	转录组数据、神经连接数据	NA
508	2025-06-09	FCGR2A contributes to M2 macrophages polarization in HCC through IL-4/JAK/STAT6 axis 2025-Jun-06, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102429 PMID:40482466	研究论文	本文研究了FCGR2A在肝细胞癌(HCC)中通过IL-4/JAK/STAT6轴促进M2巨噬细胞极化的机制	揭示了FCGR2A通过IL-4/JAK/STAT6轴驱动M2巨噬细胞极化的新机制，为靶向巨噬细胞的HCC治疗提供了理论依据	未明确说明样本量大小及具体实验设计细节	探究FCGR2A在HCC肿瘤微环境中对巨噬细胞极化的调控机制	肝细胞癌(HCC)肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
509	2025-06-09	An erythroid-biased FOShi hematopoietic multipotent progenitor subpopulation contributes to adaptation to chronic hypoxia 2025-Jun-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.010 PMID:40220764	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了模拟长期高海拔缺氧的高海拔红细胞增多症（HAPC）小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞，发现了一种独特的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，并探讨了其在缺氧适应中的作用	发现了一种新的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，其具有独特的干扰素信号响应性，并在缺氧条件下扩增，揭示了HSPCs在更快适应缺氧环境中的记忆功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究缺氧适应和适应不良的细胞和分子机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞	分子生物学	高海拔红细胞增多症（HAPC）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
510	2025-06-09	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-Jun-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	研究论文	利用空间转录组学技术对Carnegie stage 9人类胚胎进行3D重建，揭示了早期身体计划形成的转录组和空间复杂性	首次在空间详细层面上分析了完整的人类CS9胚胎，识别了多种细胞类型，并观察到了后脑发育的两条不同轨迹	研究仅基于一个胚胎样本，可能无法完全代表所有CS9胚胎的变异性	理解人类早期胚胎发育过程中身体计划形成的机制	Carnegie stage 9人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学	3D重建模型	空间转录组数据	1个完整的人类CS9胚胎，75个横断面冷冻切片
511	2025-06-09	Transmembrane emp24 domain-containing protein 3 promotes the malignant progression of glioma by regulating the ZBTB7A signaling axis 2025-Jun-05, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-025-00274-7 PMID:40471367	研究论文	本研究探讨了跨膜emp24结构域包含蛋白3（TMED3）在胶质母细胞瘤（GBM）恶性进展中的作用及其通过调控ZBTB7A信号轴的机制	首次揭示了TMED3通过调控ZBTB7A信号轴促进GBM恶性进展的机制	研究主要基于TCGA数据库和实验模型，临床样本验证有待进一步开展	探索GBM新的治疗靶点	胶质母细胞瘤（GBM）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫共沉淀、体外和体内实验	NA	基因表达数据、实验数据	TCGA数据库中的GBM样本及实验模型
512	2025-06-09	Multi-omics exploration of CAV1+ tumor epithelial subcelltype in oral squamous cell carcinoma and its impact on the immune microenvironment 2025-Jun-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02843-2 PMID:40471478	研究论文	本研究通过多组学方法探索口腔鳞状细胞癌中CAV1+肿瘤上皮亚细胞类型的特征及其对免疫微环境的影响	首次鉴定出CAV1+上皮亚细胞类型(CAV1+EIP)并揭示其通过NECTIN1-CD96信号网络与T细胞相互作用导致免疫逃逸的机制	研究样本量有限，且未在更大规模的队列中验证发现	揭示口腔鳞癌肿瘤上皮细胞亚型的特征及其在肿瘤进展中的作用	口腔鳞状细胞癌(OSCC)肿瘤上皮细胞亚型和免疫微环境	数字病理	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学	NA	单细胞转录组数据和空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，仅提及来自口腔鳞癌患者的样本
513	2025-06-09	Muscle stem cells in Duchenne muscular dystrophy exhibit molecular impairments and altered cell fate trajectories impacting regenerative capacity 2025-Jun-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07755-1 PMID:40473604	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了杜氏肌营养不良症（DMD）中卫星细胞的分子损伤和细胞命运轨迹变化，及其对再生能力的影响	首次使用单细胞RNA测序技术揭示DMD卫星细胞的转录组和细胞组成变化，并发现自噬诱导可以挽救DMD前体细胞的分化能力	研究主要基于小鼠模型，结果在人类DMD患者中的适用性需要进一步验证	探究DMD中卫星细胞功能障碍的分子机制及其对肌肉再生的影响	杜氏肌营养不良症（DMD）小鼠模型中的卫星细胞	分子生物学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用mdx和D2-mdx两种DMD小鼠模型的卫星细胞
514	2025-06-09	Machine learning and multi-omics analysis reveal key regulators of proneural-mesenchymal transition in glioblastoma 2025-Jun-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04862-z PMID:40473799	研究论文	该研究通过机器学习和多组学分析揭示了胶质母细胞瘤中前神经-间质转化的关键调控因子	鉴定了17个与PMT相关的关键基因，并发现这些基因主要在免疫细胞和血管中表达，为胶质母细胞瘤治疗提供了新靶点	PMT的细胞和分子机制仍不完全清楚	探索胶质母细胞瘤前神经-间质转化(PMT)的关键调控机制	胶质母细胞瘤(GBM)及其前神经和间质亚型	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组分析、蛋白组学、单细胞转录组分析	Lasso、Cox、Step机器学习算法	转录组数据、蛋白组数据、单细胞数据	NA
515	2025-06-09	Multi-omics analyses reveal interactions between GREM1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in gastric cancer 2025-Jun-05, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00967-w PMID:40473882	研究论文	通过多组学分析揭示了胃癌中GREM1+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用	整合了bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学技术，首次揭示了GREM1+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞在胃癌中的相互作用及其临床意义	研究主要基于转录组数据，缺乏功能性实验验证这些细胞相互作用的分子机制	探索胃癌微环境中细胞间相互作用的特征及其治疗潜力	胃癌组织中的GREM1+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞	肿瘤微环境研究	胃癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫组化染色	NA	转录组数据, 空间转录组数据	12个独立的胃癌数据集
516	2025-06-09	Dissecting the tumor microenvironment in primary breast angiosarcoma: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-02022-9 PMID:40474296	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析原发性乳腺血管肉瘤的肿瘤微环境，揭示其细胞异质性及潜在治疗靶点	首次利用单细胞RNA测序技术对原发性乳腺血管肉瘤的肿瘤微环境进行深入分析，识别出关键信号通路和细胞间通讯网络	样本量较小（仅3例患者），可能限制结果的广泛适用性	阐明原发性乳腺血管肉瘤的致病机制并改善治疗策略	原发性乳腺血管肉瘤和浸润性乳腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	3例患者（1例双侧原发性乳腺血管肉瘤，2例浸润性乳腺癌）共31,771个细胞
517	2025-06-09	Scalable inference of transcriptional variability with BASiCS 2025-Jun-05, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2025.112157 PMID:40479909	research paper	本文介绍了一种扩展的BASiCS方法，用于单细胞RNA测序数据的可扩展贝叶斯推断	引入了分治推理方案，使BASiCS能够处理大规模数据集，同时保持其解释性和灵活性	未明确提及具体的数据集大小限制或计算资源需求	开发一种可扩展的贝叶斯推断方法，用于分析单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	BASiCS (贝叶斯层次模型), MCMC, ADVI	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
518	2025-06-09	Treatment with senolytic drugs ameliorates steroid-induced osteonecrosis of the femoral head by inhibiting osteoclastogenesis 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114963 PMID:40480005	研究论文	本研究探讨了通过清除衰老细胞来改善类固醇诱导的股骨头坏死（ONFH）的治疗效果	揭示了巨噬细胞中的细胞衰老促进破骨细胞过度活化和ONFH进展的新机制，并展示了使用senolytic药物（Dasatinib和Quercetin）的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中进行验证	探索细胞衰老在ONFH发病机制中的作用及senolytic药物的治疗效果	股骨头坏死（ONFH）患者和小鼠模型，以及骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）	骨科疾病研究	股骨头坏死	单细胞测序、TRAP染色、SA-β-gal染色	小鼠ONFH模型	基因表达数据、细胞染色数据	未明确提及具体样本数量，涉及ONFH患者数据和小鼠模型
519	2025-06-09	Specificity Protein 1 Suppresses Prohibitin 1 to Induce Macrophage M1 Polarization and Impair Phagocytosis, Exacerbating Sepsis-Associated Acute Lung Injury 2025-Jun-05, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.434 PMID:40482976	研究论文	本研究探讨了特异性蛋白1（SP1）和抑制蛋白1（PHB1）轴在脓毒症相关急性肺损伤（ALI）中调控巨噬细胞极化和功能的作用	首次揭示了SP1通过转录抑制PHB1表达，促进巨噬细胞M1极化并损害吞噬功能，从而加剧脓毒症诱导的ALI	未来研究需要探索针对调节巨噬细胞极化和改善脓毒症相关ALI免疫稳态的靶向治疗	研究脓毒症相关急性肺损伤的分子机制及潜在治疗靶点	巨噬细胞极化与功能	分子生物学与免疫学	脓毒症相关急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量测序（HTS）、机器学习（ML）算法、免疫荧光、ELISA、RT-qPCR、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	使用盲肠结扎穿孔（CLP）诱导的小鼠模型
520	2025-06-09	SPaSE: Spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data 2025-Jun-03, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101301 PMID:40480226	research paper	提出了一种基于最优传输的空间转录组数据分析算法SPaSE，用于量化疾病组织中的病理影响	SPaSE算法通过最优传输方法比较疾病和对照组织的空间转录组数据，为每个点计算病理评分，创新性地量化了病理影响	NA	开发一种能够量化空间变异病理影响的分析方法	小鼠心肌梗死后的心脏组织、人类心肌梗死后的数据、创伤性脑损伤和杜氏肌营养不良小鼠模型	digital pathology	cardiovascular disease	spatial transcriptomics (ST)	optimal transport-based algorithm	spatial transcriptomics data	小鼠和人类的心肌梗死后数据、创伤性脑损伤和杜氏肌营养不良小鼠模型数据