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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2026-07-08 |
Integration of bulk RNA-seq and scRNA-seq reveals cell subsets and gene signatures associated with Glaesserella parasuis infection
2026-Jul-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-13146-3
PMID:42410501
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研究论文 | 整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq揭示了与副猪嗜血杆菌感染相关的细胞亚群和基因特征 | 首次在单细胞分辨率下对副猪嗜血杆菌感染中的巨噬细胞异质性进行多组学解析,识别了与疾病严重程度相关的保护性和致病性细胞程序 | 未明确提及局限性,但研究基于猪肺泡巨噬细胞模型,可能无法完全反映体内复杂免疫环境 | 理解副猪嗜血杆菌感染中不同临床结果(从无症状携带到致死性疾病)的分子机制 | 猪肺泡巨噬细胞 | 机器学习和生物信息学 | 副猪嗜血杆菌感染 | 批量RNA-seq和单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据(bulk和单细胞) | 超过98,000个猪肺泡巨噬细胞,来自对照、轻度和严重感染组 | NA | 单细胞RNA-seq和批量RNA-seq | NA | NA |
| 502 | 2026-07-08 |
Single-cell and spatial omics in plants: from cellular atlases to regulatory mechanisms
2026-Jul-07, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/erag328
PMID:42411279
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综述 | 综述单细胞与空间组学技术在植物研究中的应用,从细胞图谱构建到调控机制解析的进展与挑战 | 系统总结了植物单细胞研究的技术现状,并提出了未来在木本多年生植物和能源作物中的应用方向 | 未提及具体实验验证的局限性,主要基于文献综述,可能缺乏对某些新兴技术的深入讨论 | 概述植物中单细胞与空间组学技术的现状,讨论实验与分析挑战,并展望未来应用 | 植物(包括草本植物、木本多年生植物和能源作物) | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序,空间组学,染色质可及性分析,蛋白质组学,代谢组学 | 网络分析与基因调控网络重建框架 | 单细胞转录组数据,空间组学数据,多组学整合数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序微流控与文库制备平台 |
| 503 | 2026-07-08 |
Pleural Fluid Cytology Detects Small Cell Carcinoma Transformation in EGFR-Mutant Lung Adenocarcinoma: A Case Report
2026-Jul-07, Diagnostic cytopathology
IF:1.0Q4
DOI:10.1002/dc.70177
PMID:42411651
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病例报告 | 通过胸腔积液细胞学检测发现EGFR突变肺腺癌向小细胞癌转化 | 首次通过胸腔积液细胞学结合分子分析,以微创方式监测EGFR突变肺腺癌对EGFR-TKIs获得性耐药后的小细胞转化 | 仅为一例病例,需要更多研究验证 | 展示胸腔积液细胞学在检测EGFR突变肺腺癌小细胞转化中的应用价值 | 一名65岁EGFR突变肺腺癌女性患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 细胞学, 免疫组织化学, 分子检测, 单细胞测序 | NA | 图像, 文本 | 1例患者 | NA | NA | NA | NA |
| 504 | 2026-07-08 |
Single-cell Transcriptomic Atlas of Ovarian Endometriosis Patient's Follicular Fluid: Unraveling Novel Insights into Abnormal Follicular Development
2026-Jul-07, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1093/reprod/xaag083
PMID:42411754
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序对卵巢子宫内膜异位症患者的卵泡液进行转录组图谱分析,揭示异常卵泡发育的新见解 | 首次提供卵巢子宫内膜异位症卵泡液的单细胞转录组图谱,发现一种新型TCR+巨噬细胞亚型,并阐明了颗粒细胞发育异常、免疫失调及独特的细胞间相互作用 | 仅基于单个患者的数据,样本量有限(患侧2793个细胞,对照侧4699个细胞),需要更大规模研究验证 | 揭示卵巢子宫内膜异位症对卵泡发育的影响,寻找潜在诊断和治疗靶点 | 卵巢子宫内膜异位症患者的卵泡液中的细胞 | 单细胞组学 | 卵巢子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1位患者,患侧2793个细胞,对照侧4699个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 505 | 2026-07-08 |
Integrated multi-omics analysis reveals key molecular mechanisms underlying fibroproliferation and immune dysregulation in keloids
2026-Jul-07, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-026-01968-z
PMID:42412240
|
研究论文 | 通过整合多组学分析揭示瘢痕疙瘩中纤维增生和免疫失调的关键分子机制 | 首次整合单细胞RNA测序、hdWGCNA、孟德尔随机化、ATAC-seq和SCENIC分析等多种方法,系统鉴定瘢痕疙瘩相关的关键候选基因(CLEC2B、MGST3、SFRP2)和转录因子(CREB3L1、ZEB1) | 研究主要依赖公共数据库数据,缺乏独立验证队列;孟德尔随机化分析基于日本生物样本库,可能限制结果的普适性 | 阐明瘢痕疙瘩发病过程中细胞异质性和分子机制 | 八名瘢痕疙瘩患者的瘢痕组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序、ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据 | 8名患者,共73,790个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、ATAC-seq | NA | NA |
| 506 | 2026-07-08 |
Single-cell and Spatial Transcriptomic Profiling Reveal that LAPTM5-mediated Ferroptosis in Macrophages Induces Fibroblast Dysfunction and Amplifies Periodontal Inflammation
2026-Jul-07, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-026-02559-7
PMID:42412288
|
research paper | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,揭示LAPTM5介导的巨噬细胞铁死亡导致成纤维细胞功能障碍并放大牙周炎症 | 首次系统鉴定铁死亡是牙周炎中主要的程序性细胞死亡通路,并发现LAPTM5驱动的巨噬细胞铁死亡通过半乳糖凝集素和OSM信号通路与成纤维细胞相互作用,导致成纤维细胞功能障碍和慢性炎症 | 主要基于公开数据集分析,缺乏大规模临床样本验证;功能实验仅限于体外模型,未在体内模型中验证 | 探究牙周炎中关键的程序性细胞死亡通路及其驱动因子,为恢复牙周免疫平衡提供新的治疗靶点 | 牙周炎组织中的巨噬细胞和成纤维细胞 | machine learning | geriatric disease | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | gene expression data | 多个公开发表的单细胞RNA测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 507 | 2026-07-08 |
Protocadherin-1 deficiency increases baseline and allergen-induced airway hyperresponsiveness in mice
2026-Jul-07, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1093/ajrcmb/aanag131
PMID:42412517
|
研究论文 | 研究发现原钙粘蛋白-1基因敲除小鼠在基线及过敏原刺激下气道高反应性增加,并伴有气道上皮屏障完整性下降和肺顺应性降低 | 首次构建Pcdh1基因敲除小鼠模型,并揭示其在上皮细胞分化、屏障完整性和气道重塑中的新功能 | 未完全阐明PCDH1缺失导致气道高反应性的分子机制,且仅在小鼠模型中验证 | 探究原钙粘蛋白-1在气道高反应性、炎症和重塑中的作用 | Pcdh1基因敲除小鼠及野生型对照小鼠 | 数字病理学 | 哮喘 | 基因敲除, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Pcdh1基因敲除小鼠及野生型同窝对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 508 | 2026-07-08 |
Single-cell RNA Sequencing Reveals A Tumor-Promoting Role of EGR1+CD4+ T Cells in Papillary Thyroid Cancer
2026-Jul-07, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzag060
PMID:42412534
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序,揭示了乳头状甲状腺癌中EGR1+CD4+ T细胞促肿瘤作用的新发现 | 首次识别出EGR1+CD4+ T细胞作为此前未报道的CD4+ T细胞亚群,并发现其通过CD96/TIGIT阻断剂具有增强抗肿瘤免疫的潜力 | 研究仅在体外细胞系中进行,未涉及体内模型或临床样本验证,且EGR1+CD4+ T细胞的全面功能机制有待进一步探索 | 探究乳头状甲状腺癌中新型CD4+ T细胞亚群的功能及其在免疫治疗中的潜在靶点 | 乳头状甲状腺癌组织和细胞系中的T细胞亚群 | 自然语言处理 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提供样本量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'基因表达分析平台 |
| 509 | 2026-07-08 |
The evolutionary transition from alga to parasite in the sister lineage of apicomplexans
2026-Jul-06, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2026.05.042
PMID:42302773
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research paper | 描述了在顶复门姐妹谱系中从藻类到寄生虫的进化转变,特别是新发现的寄生性chrompodellid物种Holdonia amygdala | 首次发现一种新的外寄生chrompodellid物种Holdonia amygdala,其具有不同于已知寄生方式的生态策略,并通过单细胞转录组学和系统基因组学分析揭示了其独立失去光合作用的进化路径 | 仅基于四个单细胞进行转录组分析,样本量较小,可能限制了进化推断的全面性 | 研究从自由生活藻类到专性寄生虫的进化转变过程 | 新发现的chrompodellid物种Holdonia amygdala及其与其他chrompodellids的进化关系 | machine learning | NA | 单细胞转录组学, 系统基因组学 | NA | 基因表达数据 | 四个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 用于单细胞转录组分析的平台未在标题和摘要中明确说明 |
| 510 | 2026-07-08 |
Super-resolution multimodal spatial transcriptomics reveals an ovoid stem cell niche structuring de novo shoot regeneration
2026-Jul-06, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2026.05.008
PMID:42141722
|
研究论文 | 利用超分辨率多模态空间转录组学揭示卵形干细胞龛在植物从头芽再生中的结构组织 | 首次通过超分辨率空间转录组学在单细胞尺度上揭示了植物再生过程中一种之前未被识别的卵形干细胞龛结构,并阐明了EPFL8b信号在其中的作用 | 未知(摘要未提及局限性) | 探究植物从头再生过程中干细胞龛形成的结构原理 | 番茄芽再生过程中的细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | 约120万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | 超分辨率多模态空间转录组学 |
| 511 | 2026-07-08 |
Single-cell transcriptomic analysis identifies a MIF-driven keratinocyte-macrophage-Th2 axis as a key inflammatory circuit in atopic dermatitis
2026-Jul-06, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-026-02316-4
PMID:42406119
|
研究论文 | 单细胞转录组分析揭示特应性皮炎中MIF驱动的角质形成细胞-巨噬细胞-Th2轴作为关键炎症回路 | 首次通过单细胞RNA测序揭示特应性皮炎中MIF信号轴在增殖角质形成细胞与M2极化巨噬细胞间相互作用及Th2驱动炎症中的关键作用 | NA | 阐明特应性皮炎发病中细胞异质性和细胞间通信网络的驱动机制 | 特应性皮炎患者皮损组织中的角质形成细胞、T细胞和巨噬细胞 | machine learning | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 特应性皮炎患者皮损组织样本及体外细胞模型(HaCaT、HEK、原代角质形成细胞和THP-1细胞)、MC903诱导的AD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 512 | 2026-07-08 |
Multi-omics and developmental comparison of direct and conventional warming methods in vitrified human and mouse cleavage-stage embryos
2026-Jul-06, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deag105
PMID:42406783
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研究论文 | 通过多组学分析比较直接复温与常规多步复温对玻璃化冷冻的人类和小鼠卵裂期胚胎发育潜能及分子完整性的影响 | 首次从多层面(发育结果、产后发育、转录组和甲基化组)提供证据,支持直接复温作为常规胚胎复温方法的替代方案的可行性与安全性 | 小鼠模型在胚胎大小、膜特性和发育方面存在物种特异性差异,可能限制推广性;胚胎在优化条件下培养,结果可能无法直接适用于不同临床环境 | 评估直接复温方法是否与常规多步复温在保持玻璃化冷冻卵裂期胚胎发育能力和分子完整性方面具有同等效果 | 玻璃化冷冻的小鼠(C57BL/6J)和人类卵裂期胚胎 | 机器学习, 数字病理学 | NA | RNA-seq, 亚硫酸氢盐测序, 单细胞RNA-seq, 单细胞BS-seq | NA | 基因表达数据, DNA甲基化数据, 图像(组织学) | 490个玻璃化冷冻小鼠胚胎和15个捐赠的人类胚胎;小鼠胚胎子集(211个)进行胚胎移植 | Illumina | bulk RNA-seq, 亚硫酸氢盐测序, 单细胞RNA-seq, 单细胞BS-seq | NA | NA |
| 513 | 2026-07-08 |
Entosis remodels the immune microenvironment of osteosarcoma by regulating macrophage polarization: An integrated study based on multi-omics data and in vitro experiments
2026-Jul-06, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102898
PMID:42407378
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研究论文 | 整合多组学数据与体外实验,揭示吞噬性死亡通过调控巨噬细胞极化重塑骨肉瘤免疫微环境的机制 | 首次在骨肉瘤中系统性揭示吞噬性死亡的免疫微环境重塑作用,并通过单细胞RNA测序鉴定出Macro_CXCL2亚群为关键功能亚群,同时构建了六基因预后模型 | 未提供具体限制信息 | 探讨吞噬性死亡在骨肉瘤中的临床意义及其调控免疫微环境的机制 | 骨肉瘤患者的肿瘤样本及体外实验中的肿瘤细胞和巨噬细胞 | 机器学习,数字病理学,计算机视觉 | 骨肉瘤 | 多组学数据分析,单细胞RNA测序,体外实验 | 逻辑回归 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | TARGET-OS和GEO数据库中的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 514 | 2026-07-08 |
Targeting galactose metabolic reprogramming overcomes immunotherapy resistance in KRAS-mutant lung adenocarcinoma: Integrative multi-omics and machine learning approaches
2026-Jul-06, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102895
PMID:42407377
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研究论文 | 通过整合多组学和机器学习方法,揭示KRAS突变肺腺癌中半乳糖代谢重编程在免疫治疗抵抗中的作用 | 首次将半乳糖代谢重编程与KRAS突变肺腺癌的免疫治疗抵抗联系起来,利用单细胞RNA测序和机器学习构建预后模型,并发现KDM5A作为免疫检查点阻断抵抗的关键预测因子 | 研究主要基于公共数据库数据,缺乏大规模临床队列验证 | 探究半乳糖代谢重编程在KRAS突变肺腺癌中塑造肿瘤微环境和驱动免疫治疗抵抗的作用 | KRAS突变肺腺癌患者 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 机器学习 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 突变谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 515 | 2026-07-08 |
Upregulation of macrophage UPP1 promotes lung adenocarcinoma metastasis through an mtROS-cGAS-NLRP3 inflammasome axis
2026-Jul-06, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-026-03226-4
PMID:42409780
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研究论文 | 本研究揭示巨噬细胞UPP1通过mtROS-cGAS-NLRP3炎症小体轴促进肺腺癌转移的机制 | 首次发现UPP1作为巨噬细胞富集的代谢调控因子,通过线粒体应激-cGAS-NLRP3通路驱动IL-1β介导的巨噬细胞-肿瘤细胞互作,促进肺腺癌转移 | 未明确UPP1在其他肿瘤类型中的作用及临床应用转化中的具体障碍 | 探究肿瘤相关巨噬细胞中代谢调控因子UPP1促进肺腺癌转移的分子机制 | 肺腺癌组织样本及巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个临床队列样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'单细胞RNA测序平台 |
| 516 | 2026-07-08 |
Endosteal integrin-α8⁺ mesenchymal stem cells maintain haematopoietic stem cell function via extracellular matrix-mediated interactions
2026-Jul-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-75276-2
PMID:42409817
|
研究论文 | 鉴定骨髓内膜中表达整合素α8(Itga8⁺)的间充质干细胞亚群,并通过细胞外基质介导的相互作用维持造血干细胞功能 | 首次发现并鉴定了骨髓内膜中表达整合素α8(Itga8⁺)的间充质干细胞亚群,具有更高的造血支持活性,并通过单细胞RNA测序将其鉴定为骨衬细胞中的独特亚群,同时识别出候选因子Mfap4 | 未提及具体局限,但可能包括样本来源有限、机制验证不充分或临床转化潜力待评估 | 探究骨髓微环境中维持造血干细胞的干细胞龛细胞类型及其分子机制 | 小鼠骨髓中的Itga8⁺间充质干细胞和造血干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 517 | 2026-07-08 |
Embryo quality control via lineage-specific aneuploid cell elimination in embryos and stem cell-derived embryo models
2026-Jul-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-75054-0
PMID:42409819
|
研究论文 | 本研究利用整合的三谱系干细胞衍生胚胎模型,揭示了着床后胚胎通过谱系特异性非整倍体细胞消除进行质量控制的机制 | 首次构建整合三谱系(上胚层、内脏内胚层和胚外外胚层)的干细胞衍生胚胎模型,并揭示非整倍体细胞在谱系中的差异化命运:在上胚层和内脏内胚层中被选择性清除,而在胚外外胚层中持续存在 | 未提及具体局限性 | 阐明人类胚胎着床后通过谱系特异性非整倍体细胞消除进行质量控制的分子机制 | 干细胞衍生的整合三谱系胚胎模型(包含上胚层、内脏内胚层和胚外外胚层)及非整倍体细胞 | 数字病理学 | 生殖障碍相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像和转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 518 | 2026-07-08 |
Multiscale systems modelling of communication networks in brain metastasis
2026-Jul-06, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01774-4
PMID:42409962
|
综述 | 通过整合空间转录组学/蛋白质组学、单细胞和多组学数据,将脑转移重新定义为一种多尺度通讯障碍,并讨论基于网络的模型和人工智能如何识别通讯枢纽、预测治疗反应以及指导联合治疗策略 | 首次将脑转移系统地概念化为跨分子、细胞、空间和系统尺度的通讯障碍,并强调整合空间与分子数据来识别可药物化的通讯枢纽 | 指出数据协调、空间分辨率限制、模型可解释性及临床部署约束等关键障碍 | 构建多尺度通讯模型以指导脑转移的精准治疗策略和临床试验设计 | 脑转移瘤微环境中的免疫、胶质、血管和全身性网络 | 计算系统建模 | 脑转移瘤 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 单细胞组学, 多模态组学, 计算系统建模 | 网络模型, 多尺度模型, 人工智能模型 | 空间转录组数据, 空间蛋白质组数据, 单细胞数据, 多组学数据 | 不适用 | 不适用 | 空间转录组学, 单细胞组学, 空间蛋白质组学 | 不适用 | 不适用 |
| 519 | 2026-07-08 |
Granzyme K CD8⁺ T cells with tissue-resident features promote intestinal inflammation in patients with Crohn's disease
2026-Jul-06, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01763-7
PMID:42409960
|
研究论文 | 通过单细胞RNA和T细胞受体测序分析克罗恩病患者血液和肠道组织中的CD8+ T细胞,发现具有组织驻留特征的颗粒酶K+ CD8+ T细胞促进肠道炎症 | 首次揭示颗粒酶K+ CD8+ T细胞在克罗恩病肠道炎症中的促进作用,并证实其通过CXCR3-CXCL9/10轴与髓系细胞相互作用 | 样本量较小(15例患者),且未进行功能验证实验以外的机制深入研究 | 阐明CD8+ T细胞在克罗恩病发病机制中的作用,特别是颗粒酶不同亚群的炎症调节功能 | 克罗恩病患者的血液和肠道组织中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序、T细胞受体测序、空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据、空间转录组数据 | 15例患者(血液和肠道组织)及2例患者(空间转录组) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA和TCR测序,10x Visium用于空间转录组学分析 |
| 520 | 2026-07-08 |
A two-pronged strategy eliminates dissociation artifacts for high-fidelity neuroimmune single-cell transcriptomics
2026-Jul-06, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10609-x
PMID:42410134
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研究论文 | 提出双重策略消除解离伪影,实现高保真神经免疫单细胞转录组学 | 结合优化实验方案和随机森林计算方法,分别实现约95%和60-64%的伪影消除,并首次绘制脑和颅骨骨髓的SAT伪影图谱 | 仅评估了大脑和颅骨骨髓中的解离伪影,可能不适用于其他组织;计算结果依赖于训练数据质量 | 消除单细胞RNA测序中的解离诱导应激伪影,提高神经免疫研究的准确性 | 小鼠大脑和颅骨骨髓中的神经免疫细胞 | 机器学习 | 神经免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量,涉及脑和颅骨骨髓样本 | 未明确说明 | 单细胞RNA测序 | 未明确说明 | 未明确说明 |