单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-06-28	Nanomedicine and Spleen-Targeting Strategies for Precision Immunomodulation: Advances, Challenges, and Future Perspectives 2025-Jun-27, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c04836 PMID:40576399	综述	本文综述了脾脏在免疫系统中的生物学作用、靶向脾脏的纳米药物策略及其在肿瘤和自身免疫疾病等疾病中的治疗潜力	探讨了基于系统免疫学方法（如空间转录组学）在全面理解纳米药物靶向脾脏策略中的重要性	未提及具体实验数据或临床研究结果，主要基于现有研究的总结和展望	探讨靶向脾脏的纳米药物策略在免疫调节治疗中的进展、挑战和未来前景	脾脏及其在免疫系统中的作用，以及靶向脾脏的纳米药物	纳米医学	肿瘤, 自身免疫疾病	空间转录组学	NA	NA	NA
502	2025-06-28	Anticancer Treatment Influences TREM2 in Tumor-Associated Macrophages in Lung Cancer 2025-Jun-23, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2024.1245 PMID:40575951	研究论文	本研究探讨了抗癌治疗对肺腺癌肿瘤微环境中TREM2表达巨噬细胞的影响	揭示了化疗药物如顺铂和奥希替尼对TREM2+巨噬细胞比例及功能的调控作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏临床样本验证	探究抗癌治疗对肿瘤微环境中TREM2表达的影响	肺腺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	Kras-G12D小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠肺癌组织及THP-1细胞系
503	2025-06-28	Cross-cohort multi-omics analysis identifies novel clusters driven by EMT signatures in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1628005 PMID:40574852	研究论文	本研究通过整合五个单细胞RNA测序队列，系统分析了结直肠癌的肿瘤细胞异质性，并基于VEGFR+肿瘤细胞特征基因对患者进行分层，揭示了EMT亚型与转移进展的机制联系	首次建立了结直肠癌的单细胞分辨率分子分类系统，并确定了HOXC6作为新的治疗靶点	研究样本量相对较小，且未涵盖所有结直肠癌亚型	系统表征结直肠癌肿瘤细胞异质性并探索其临床意义	结直肠癌患者及其肿瘤细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	无监督聚类分析	RNA测序数据	70个CRC样本和164,173个细胞
504	2025-06-28	Single cell dissection reveals SFRP2+ fibroblasts amplifying inflammatory responses in oral lichen planus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1553963 PMID:40574847	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了口腔扁平苔藓(OLP)中SFRP2+成纤维细胞在炎症反应中的关键作用	首次鉴定出SFRP2+成纤维细胞作为OLP炎症性成纤维细胞的来源，并发现其通过Wnt5a表达与CD8+ T细胞相互作用放大炎症反应	样本量相对较小(4例OLP患者和1例健康对照的单细胞测序)，且机制研究主要在体外进行	探究疾病特异性成纤维细胞在口腔扁平苔藓发病机制中的作用	口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织及原代培养的成纤维细胞	单细胞组学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据	4例OLP患者和1例健康对照进行scRNA-seq，51例OLP患者和24例健康个体进行原代成纤维细胞分析
505	2025-06-28	Comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals an EGFR signature for predicting immunotherapy response and prognosis in pan-cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1604394 PMID:40574864	research paper	通过单细胞和批量RNA测序数据的综合分析，揭示了一个基于EGFR的基因特征，用于预测泛癌免疫治疗反应和预后	开发了一个新的EGFR相关基因特征(EGFR.Sig)，作为预测免疫治疗反应的生物标志物，并在泛癌中验证其预测性能	研究依赖于现有数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	开发新的生物标志物以优化免疫检查点抑制剂的治疗效果	泛癌患者	machine learning	pan-cancer	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, machine learning	multiple machine learning algorithms	RNA sequencing data	34个泛癌scRNA-Seq队列和10个bulk RNA-Seq队列
506	2025-06-28	Mapping CD4+ T cell diversity in CSF to identify endophenotypes of multiple sclerosis 2025, Brain communications IF:4.1Q2 DOI:10.1093/braincomms/fcaf231 PMID:40574973	研究论文	本研究通过光谱流式细胞术分析脑脊液中的CD4+ T细胞，旨在识别多发性硬化症（MS）的致病性T细胞亚群	利用公开的转录组数据集和单细胞RNA测序数据设计标记物面板，识别与慢性实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）相关的CD4+ T细胞亚群，并将这些发现转化到MS数据集中	研究主要基于小鼠模型EAE的数据，转化到人类MS的适用性需要进一步验证	探索CD4+ T细胞亚群作为MS患者分层和疾病进展的生物标志物	多发性硬化症（MS）患者的脑脊液（CSF）中的CD4+ T细胞	免疫学	多发性硬化症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型	转录组数据、流式细胞术数据	独立MS队列的脑脊液细胞样本
507	2025-06-28	Regulatory B cells promote the immunosuppressive microenvironment and progression of clear cell renal cell carcinoma 2025, Immunotherapy advances IF:4.1Q2 DOI:10.1093/immadv/ltaf013 PMID:40575014	研究论文	本研究探讨了调节性B细胞（Bregs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的免疫抑制作用和预后意义	建立了基于机器学习的Breg特征模型（CMLBregS），用于风险分层和免疫分析，并发现IRF4作为关键预后标志物	研究主要基于回顾性分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探究Bregs在ccRCC中的免疫调节作用及其对预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	肿瘤免疫学	肾细胞癌	空间转录组学、多重免疫荧光（mIF）、免疫组织化学	机器学习模型（CMLBregS）	基因表达数据、免疫组织化学数据	多个队列的ccRCC患者样本
508	2025-06-28	Activation of the IDO1-GCN2-ATF4-CHOP Pathway During the Massive Generation of Antibody-Secreting Cells in Dengue Patients Through Single-Cell Transcriptomics 2025, International journal of tryptophan research : IJTR IF:2.7Q3 DOI:10.1177/11786469251340237 PMID:40575112	研究论文	通过单细胞转录组学研究了登革热患者中抗体分泌细胞（ASC）大量生成时IDO1-GCN2-ATF4-CHOP通路的激活机制	揭示了CD14+单核细胞而非B细胞在色氨酸代谢中的主导作用，以及色氨酸缺乏对B细胞命运的早期影响	需要进一步研究以完全理解这些发现对疾病进展的影响	探究登革热如何调节宿主代谢和B细胞反应	登革热患者的抗体分泌细胞（ASC）和CD14+单核细胞	单细胞转录组学	登革热	单细胞转录组学	NA	转录组数据	公共数据库中的单细胞转录组数据（具体样本数量未提及）
509	2025-06-27	Progress and applications of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome technology in acute kidney injury research 2025-Sep-09, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102583 PMID:40568028	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组技术在急性肾损伤研究中的进展与应用	整合单细胞空间定位数据与分子组学，揭示细胞异质性、个性化治疗等研究方向	讨论了scRNA-seq与空间组学在AKI研究中的当前限制	探讨单细胞转录组分析和空间组学在急性肾损伤研究中的前沿应用	急性肾损伤（AKI）	生物医学研究	急性肾损伤	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
510	2025-06-27	CCN1 Is a Therapeutic Target for Reperfused Ischemic Brain Injury 2025-Aug, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01279-0 PMID:39028413	研究论文	本研究探讨了CCN1在缺血再灌注脑损伤中的治疗潜力及其通过脑膜淋巴系统调节系统性炎症的机制	首次揭示了CCN1在脑-CLN轴系统性炎症中的关键作用，并证明其作为缺血再灌注损伤治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究脑膜淋巴系统在缺血再灌注阶段调节系统性炎症的作用机制	缺血再灌注脑损伤小鼠模型	神经科学	缺血性脑卒中	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	未明确说明样本量（小鼠模型）
511	2025-06-27	The human infertility single-cell testis atlas (HISTA): an interactive molecular scRNA-Seq reference of the human testis 2025-Jul, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.13637 PMID:38577799	研究论文	本文介绍了人类不育单细胞睾丸图谱(HISTA)的生成和使用，这是一个通过scRNA-Seq分析理解人类精子发生的交互式网络工具	整合了来自多个供体、发育年龄和生育状态的scRNA-Seq数据，创建了一个交互式网络工具，支持简单的统计假设检验，并包含机器学习衍生的基因模块	数据来源于12个供体，样本量相对有限，且需要进一步的研究社区输入以更新和优化	构建一个整合的单细胞RNA测序参考图谱，以促进睾丸研究	人类睾丸组织，包括健康成人对照、青少年和多种不育病例	生物信息学	不育症	scRNA-Seq	机器学习	单细胞RNA测序数据	12个供体的scRNA-Seq数据集
512	2025-06-27	Novel Cell-to-Cell Communications Between Macrophages and Fibroblasts Regulate Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis 2025-Jul-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究探讨了肥胖诱导的脂肪组织纤维化中巨噬细胞与成纤维细胞之间的新型细胞间通讯机制	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群通过分泌Osm调控脂肪组织成纤维细胞胶原基因表达的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明肥胖诱导脂肪组织纤维化的细胞间通讯机制	饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织	细胞生物学	肥胖症	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	转录组数据	饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本
513	2025-06-27	Applications of spatial transcriptomics in studying spermatogenesis 2025-Jul, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70043 PMID:40202007	综述	本文综述了空间转录组学在研究精子发生过程中的应用	利用空间转录组学技术研究精子发生过程中的分子特征及细胞间相互作用	NA	探讨空间转录组学在理解精子发生及男性不育症中的应用	哺乳动物睾丸中的细胞类型及其相互作用	基因组学	男性不育症	空间转录组学	NA	分子特征数据	NA
514	2025-06-27	Single-Cell Transcriptomics and Lineage Tracing Unveil Parallels in Lymphatic Muscle and Venous Smooth Muscle Development, Identity, and Function 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322567 PMID:40371470	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和谱系追踪揭示了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）在发育、特性和功能上的相似性	首次揭示了LMCs和静脉SMCs在转录组和功能上的高度相似性，并确定了它们共同的WT1+中胚层祖细胞来源	研究主要基于小鼠模型，人类LMCs的特性可能有所不同	探究淋巴肌肉细胞的分子特征和发育起源	淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）	细胞生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序、遗传谱系追踪、全标本免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠后肢和腹股沟-腋窝区域的LMCs和SMCs
515	2025-06-27	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-Binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321173 PMID:40401371	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4和FABP5在肺动脉高压（PAH）发病机制中的关键作用	首次发现FABP4/5在肺动脉内皮细胞中的异常表达与PAH的发病机制相关，并阐明了其通过调节内皮细胞糖酵解和远端动脉编程促进血管重塑的分子机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在更大规模的人类临床样本中验证	探究内皮细胞FABP4/5在肺动脉高压发病中的分子机制	肺动脉内皮细胞、PAH患者样本、PH大鼠模型和基因敲除小鼠	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、空间转录组分析、RNA-seq、免疫组化	Egln1Tie2Cre基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据、影像数据	PAH患者样本、PH大鼠模型和多种基因工程小鼠
516	2025-06-27	Aberrant single-cell phenotype and clinical implications of genotypically defined polyclonal plasma cells in myeloma 2025-Jun-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025643 PMID:40009503	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和B细胞受体分析，探讨了多发性骨髓瘤中残留的多克隆浆细胞的异常表型及其临床意义	首次在基因型水平上鉴定了多克隆浆细胞，并揭示了其在疾病进展中的频率变化以及与肿瘤微环境的异常互作	样本量相对较小（46例患者和21例健康供者），且仅基于转录组数据进行分析	探究多发性骨髓瘤中多克隆浆细胞的表型异常及其临床相关性	多发性骨髓瘤患者和健康供者的浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	scRNA-seq, sc B-cell受体分析	NA	单细胞转录组数据	46例PC异常患者样本和21例健康供者样本，共234,789个浆细胞
517	2025-06-27	High-Dimensional Analysis of Type 2 Lymphocyte Dynamics During Mepolizumab or Dupilumab Treatment in Severe Asthma 2025-Jun-26, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16633 PMID:40566935	研究论文	研究美泊利单抗和度匹鲁单抗对严重哮喘患者循环2型淋巴细胞的影响	揭示了美泊利单抗通过改变2型淋巴细胞的迁移和功能来减少气道炎症的新机制	样本量较小，特别是度匹鲁单抗治疗组仅有7例患者	探究2型生物制剂对严重哮喘患者循环淋巴细胞的影响	40名严重哮喘患者的外周血单个核细胞	免疫学	哮喘	高参数流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据、转录组数据	40名患者（美泊利单抗33例，度匹鲁单抗7例），其中3例进行scRNA-seq，3例进行刺激实验
518	2025-06-27	Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair 2025-Jun-26, Journal of materials chemistry. B DOI:10.1039/d5tb00706b PMID:40566954	研究论文	本研究开发了一种脱细胞小肠水凝胶递送系统，用于包裹大鼠骨髓间充质干细胞（rBMSCs），通过靶向直肠给药治疗小鼠结肠炎	使用脱细胞小肠水凝胶递送系统显著提高了rBMSCs的存活率，并通过多靶点协同作用减轻炎症、氧化应激和组织损伤，为IBD治疗提供了新方法	未来研究需进一步探讨dSI水凝胶与rBMSCs的相互作用机制，优化给药方案，并利用单细胞RNA测序阐明MSC在肠道微环境中的免疫调节作用	开发一种有效且安全的IBD治疗策略	小鼠模型中的结肠炎病变	组织工程与再生医学	炎症性肠病（IBD）	脱细胞小肠水凝胶递送系统	NA	NA	NA
519	2025-06-27	HECLIP: Histology-Enhanced Contrastive Learning for Imputation of Transcriptomics Profiles 2025-Jun-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363 PMID:40569046	研究论文	提出了一种名为HECLIP的深度学习框架，用于从H&E染色组织学图像中推断空间基因表达谱	采用以图像为中心的对比学习策略，直接从H&E染色图像预测基因表达，减少对空间转录组数据的依赖	NA	开发可扩展的计算方法，弥合成像与转录组学之间的差距	H&E染色组织学图像	数字病理学	NA	对比学习	深度学习框架	图像	公开可用的数据集
520	2025-06-27	CAF-derived LRRC15 orchestrates macrophage polarization and limits PD-1 immunotherapy efficacy in glioblastoma 2025-Jun-26, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf157 PMID:40569145	research paper	该研究探讨了CAF衍生的LRRC15在调节巨噬细胞极化和限制PD-1免疫治疗在胶质母细胞瘤中效果的作用	发现了一个新的CAFs亚群，其高表达LRRC15，并通过激活FAK/SRC/NF-κB通路促进IL8表达，进而影响巨噬细胞的迁移和M2样极化	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索如何通过重编程肿瘤免疫抑制微环境来提高PD-1/PD-L1免疫检查点阻断疗法在胶质母细胞瘤中的效果	癌症相关成纤维细胞(CAFs)和巨噬细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(stRNA-seq)	小鼠模型	基因表达数据	NA