单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-05-02	The chromatin remodeler ADNP regulates neurodevelopmental disorder risk genes and neocortical neurogenesis 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405981122 PMID:39808658	研究论文	研究染色质重塑子ADNP在神经发育障碍风险基因和新皮质神经发生中的作用	揭示了ADNP通过两步过程调控新皮质发育中上层神经元的产生，并定义了ADNP和Chd4调控的与神经发育障碍相关的风险基因网络	研究主要基于小鼠模型，人类神经发育障碍的机制可能有所不同	探究染色质重塑子ADNP在神经发育障碍中的作用机制	ADNP基因、ChAHP染色质重塑复合物、新皮质发育	神经生物学	神经发育障碍	单细胞转录组学、cut&run-seq、组织学方法	条件性突变小鼠模型	基因表达数据、染色质结合数据	NA
502	2025-05-02	High cellular plasticity state of medulloblastoma local recurrence and distant dissemination 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101914 PMID:39809264	研究论文	该研究通过单细胞/核RNA测序、单核转座酶可及染色质测序和空间转录组学分析，揭示了髓母细胞瘤复发和扩散过程中的细胞多样性和遗传特征	发现了一种名为'高细胞可塑性（HCP）'的亚群，该亚群在髓母细胞瘤进展过程中出现，并与复发相关	研究主要基于临床前模型，尚未在人类临床试验中验证	理解髓母细胞瘤复发和扩散的细胞多样性、染色体改变和生物动力学	髓母细胞瘤（SHH和Group_3亚组）的局部复发和扩散病灶	数字病理学	髓母细胞瘤	sc/snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及SHH和Group_3亚组的髓母细胞瘤样本
503	2025-05-02	De novo root regeneration from leaf explant: a mechanistic review of key factors behind cell fate transition 2025-Jan-14, Planta IF:3.6Q1 DOI:10.1007/s00425-025-04616-1 PMID:39808280	综述	本文综述了从叶片外植体进行新生根再生的机制，重点探讨了细胞命运转变的关键因素	提出了更新的新生根再生模型，包括基因调控网络，并探讨了特殊细胞、活性氧、乙烯和茉莉酸在其中的作用	这些假设的特殊细胞的信号机制需要进一步研究，以完全理解新生根再生的机制	探讨新生根再生的细胞和分子框架，特别是在拟南芥叶片外植体中的应用	拟南芥叶片外植体	植物生物学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
504	2025-05-02	Single cell transcriptomics in blood of patients with chronic obstructive pulmonary disease 2025-Jan-14, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-024-03475-y PMID:39810158	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析慢性阻塞性肺疾病患者外周血中的基因表达差异	首次在慢性阻塞性肺疾病患者外周血中使用单细胞RNA测序技术，揭示了单核细胞/巨噬细胞中的基因表达差异	样本量较小（7名健康对照和8名COPD患者），可能影响结果的普遍性	研究慢性阻塞性肺疾病患者外周血中的基因表达差异	慢性阻塞性肺疾病患者和健康对照者的外周血单核细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	7名健康对照和8名COPD患者的外周血样本
505	2025-05-02	Single-cell transcriptomics unveils multifaceted immune heterogeneity in early-onset versus late-onset cervical cancer 2025-Jan-14, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03654-z PMID:39810181	研究论文	通过单细胞转录组学分析，揭示了早发性和晚发性宫颈癌在免疫异质性方面的多重差异	首次在单细胞水平上比较了早发性和晚发性宫颈癌的免疫架构，揭示了两种亚型在免疫细胞表型和功能上的显著差异	样本量较小（仅4例EOCC和4例LOCC样本），可能影响结果的普遍性	探究早发性和晚发性宫颈癌的免疫异质性	早发性宫颈癌（EOCC）和晚发性宫颈癌（LOCC）患者的肿瘤组织	单细胞转录组学	宫颈癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	4例EOCC和4例LOCC样本
506	2025-05-02	Metabolically activated and highly polyfunctional intratumoral VISTA+ regulatory B cells are associated with tumor recurrence in early-stage NSCLC 2025-Jan-14, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02209-2 PMID:39810191	research paper	该研究探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境（TME）中B细胞的表型、生物能量学及其与T细胞的相互作用	首次揭示了VISTA Bregs在NSCLC中的代谢活化和高度多功能性，及其与肿瘤复发的关联	研究样本量未明确提及，且机制研究仍需进一步验证	探究NSCLC中B细胞的表型特征、代谢状态及其与T细胞的相互作用	非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤微环境中的B细胞和T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	多色流式细胞术、质谱流式细胞术、空间转录组学、靶向液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）	NA	细胞表型数据、代谢数据、空间转录组数据	NA
507	2025-05-02	SenPred: a single-cell RNA sequencing-based machine learning pipeline to classify deeply senescent dermal fibroblast cells for the detection of an in vivo senescent cell burden 2025-Jan-14, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01418-0 PMID:39810225	研究论文	介绍了一种基于单细胞RNA测序的机器学习流程SenPred，用于分类深度衰老的皮肤成纤维细胞，以检测体内衰老细胞负担	开发了SenPred流程，利用单细胞转录组数据准确预测成纤维细胞衰老，特别是在3D培养条件下提高了体内衰老细胞的检测能力	模型仅适用于人类皮肤成纤维细胞的衰老检测，对肺成纤维细胞或全皮肤样本的衰老检测效果不佳	开发一个机器学习流程来准确检测和分类衰老的成纤维细胞	深度衰老的皮肤成纤维细胞	数字病理学	老年疾病	scRNA-seq	机器学习流程	单细胞转录组数据	2D和3D培养的深度衰老成纤维细胞的scRNA-seq数据
508	2025-05-02	Integrative analysis of Ewing's sarcoma reveals that the MIF-CD74 axis is a target for immunotherapy 2025-Jan-13, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-02020-y PMID:39800691	研究论文	通过整合分析尤文肉瘤，发现MIF-CD74轴是免疫治疗的潜在靶点	揭示了MIF-CD74轴作为免疫治疗新靶点的重要性，并通过MIF阻断重塑肿瘤免疫微环境	研究主要基于单细胞RNA测序和人类化模型，临床前模型的转化效果尚需进一步验证	寻找尤文肉瘤的免疫治疗新靶点	尤文肉瘤及其免疫微环境中的细胞群	肿瘤免疫学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、细胞功能实验、人类化模型	NA	基因表达数据、细胞功能数据	未明确提及具体样本数量，但涉及配对样本分析
509	2025-05-02	Robust single-nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2025-Jan-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97981 PMID:39804687	研究论文	本文提出了一种稳健的单核RNA测序技术，用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群动态	开发了一种新的单核RNA测序技术，显著提高了数据质量，并揭示了脂肪细胞亚群在肥胖过程中的不同轨迹和功能	技术挑战包括获取高质量核和RNA，这可能限制了其在某些组织类型中的应用	研究肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态和分子机制	小鼠脂肪组织中的各种细胞类型	基因组学	肥胖	单核RNA测序（snRNA-seq）和批量核RNA测序	NA	RNA测序数据	多种组织类型的小鼠脂肪组织样本
510	2025-05-02	Neutrophil adhesion to vessel walls impairs pulmonary circulation in COVID-19 pathology 2025-Jan-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55272-0 PMID:39805823	研究论文	研究探讨了中性粒细胞黏附于血管壁如何通过影响肺部循环加重COVID-19病理	揭示了SARS-CoV-2感染小鼠模型中中性粒细胞黏附分子表达增加导致肺灌注障碍的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	阐明COVID-19严重程度与微血栓形成之间的详细机制	SARS-CoV-2感染的小鼠模型和COVID-19患者外周血单核细胞	病理学	COVID-19	双光子活体成像系统、scRNA-seq	小鼠感染模型	图像数据、基因表达数据	未明确说明具体样本数量，包括SARS-CoV-2感染小鼠和COVID-19患者外周血单核细胞
511	2025-05-02	Exploring the comorbidity mechanisms between atherosclerosis and hashimoto's thyroiditis based on microarray and single-cell sequencing analysis 2025-Jan-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85112-0 PMID:39805933	research paper	本研究通过微阵列和单细胞测序分析探讨动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	识别了PTPRC和TYROBP作为关键潜在生物标志物和治疗靶点，揭示了异常免疫反应可能是AS和HT的共同致病机制	研究依赖于公开数据集，可能需要进一步实验验证	探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	动脉粥样硬化(AS)和桥本甲状腺炎(HT)患者	生物信息学	动脉粥样硬化和桥本甲状腺炎	微阵列分析、单细胞测序分析、WGCNA、CIBERSORT	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集，具体样本量未明确说明
512	2025-05-02	Single-cell sequencing in diabetic retinopathy: progress and prospects 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06066-x PMID:39806376	综述	本文综述了单细胞测序技术在糖尿病视网膜病变研究中的进展和前景	单细胞RNA测序克服了传统批量RNA测序的局限性，提供了单个细胞水平的转录组数据，并区分了新的细胞亚型、发育轨迹和细胞间通讯	NA	探讨单细胞测序技术在糖尿病视网膜病变研究中的应用和进展	视网膜细胞、视网膜类器官和单个细胞外囊泡	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序、单细胞多组学测序、立体测序	NA	转录组数据、基因表达和时空数据	NA
513	2025-05-02	Integrin α8 is a useful cell surface marker of alveolar lipofibroblasts 2025-Jan-13, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03103-1 PMID:39806390	research paper	该研究通过细胞表面标记物鉴定小鼠肺成纤维细胞的亚群，并探讨了ITGA8+成纤维细胞作为肺泡脂成纤维细胞的特性	首次将ITGA8+成纤维细胞鉴定为肺泡脂成纤维细胞，并比较了其与SCA-1+成纤维细胞在脂质含量、转录组特征和肺泡干细胞生态位能力上的差异	未明确肺成纤维细胞亚群之间的功能区分，需要进一步研究	探索小鼠肺成纤维细胞的异质性及其在肺泡干细胞生态位中的作用	小鼠肺成纤维细胞亚群	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、LipidTOX染色、Oil Red O染色	NA	基因表达数据、细胞图像数据	野生型小鼠肺组织
514	2025-05-02	Amantadine modulates novel macrophage phenotypes to enhance neural repair following spinal cord injury 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05916-y PMID:39806436	研究论文	该研究探讨了金刚烷胺如何通过调节巨噬细胞表型来促进脊髓损伤后的神经修复	首次发现金刚烷胺能调节巨噬细胞表型转变，促进从炎症性巨噬细胞向修复性巨噬细胞的转化，并通过HIF-1α和NF-κB通路发挥作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索脊髓损伤后巨噬细胞表型变化的分子机制及金刚烷胺的治疗潜力	脊髓损伤小鼠模型中的巨噬细胞	神经科学	脊髓损伤	微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高维基因共表达网络分析(hdWGCNA)、弹弓轨迹分析、免疫荧光染色、流式细胞术、Western blotting	小鼠脊髓损伤模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体数量，使用小鼠脊髓损伤模型
515	2025-05-02	The microenvironment cell index is a novel indicator for the prognosis and therapeutic regimen selection of cancers 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05950-w PMID:39806464	研究论文	研究基于微环境细胞（MCs）浸润构建预后预测模型，并探索三阴性乳腺癌（TNBC）的新治疗策略	提出微环境细胞指数（MCI）作为TNBC预后和治疗方案选择的新指标，并构建了MCI增强模型（MCI-e）以提高预测准确性	研究主要基于TNBC患者数据，可能不适用于其他癌症类型	建立基于MCs浸润的预后预测模型并探索TNBC的新治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者和荷瘤小鼠	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, SRT, mIF	LASSO-Cox回归分析	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	TNBC患者和荷瘤小鼠
516	2025-05-02	Lipid nanoparticles deliver DNA-encoded biologics and induce potent protective immunity 2025-Jan-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02211-8 PMID:39806486	研究论文	本研究比较了不同脂质纳米颗粒（LNP）配方在递送DNA编码生物制剂方面的效果，评估了其表达效率和在不同模型中产生的保护性免疫	发现Moderna的Spikevax mRNA疫苗中使用的LNP配方（LNP-M）在递送DNA疫苗时表现出稳定的纳米颗粒结构、高表达效率和低毒性，并能诱导更强的抗原特异性抗体和T细胞免疫反应	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚待验证	探索LNP递送DNA编码生物制剂的效率和免疫效果	脂质纳米颗粒（LNP）、DNA编码的疫苗和抗体	生物医学工程	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠模型
517	2025-05-02	TRIAGE: an R package for regulatory gene analysis 2025-Jan-12, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf004 PMID:39800877	研究论文	介绍了一个名为TRIAGE的R包，用于分析批量及单细胞RNA-seq数据中的调控元件	利用H3K27me3数据富集细胞类型特异性调控区域，构建高效且适应性强的转录组数据分析流程	未提及具体的数据集规模或性能比较	解决标准RNA-seq分析工作流程在揭示细胞身份和功能的调控基础方面的局限性	调控基因及其在细胞反应中的作用	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	三个独立的转录组数据集
518	2025-05-02	inDrops-2: a flexible, versatile and cost-efficient droplet microfluidic approach for high-throughput scRNA-seq of fresh and preserved clinical samples 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1312 PMID:39797728	研究论文	介绍了一种开源的高通量单细胞RNA测序技术inDrops-2，用于分析新鲜和保存的临床样本	inDrops-2技术具有与最先进商业系统相匹配的灵敏度，但成本降低了6倍，适用于大规模研究	未明确提及具体限制，但可能需要进一步验证其在更多样本类型中的应用	开发一种灵活、多功能且成本效益高的高通量单细胞RNA测序技术	人类肺癌样本	单细胞测序	肺癌	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	多个人类肺癌样本
519	2025-05-02	Unraveling the potential mechanism and prognostic value of pentose phosphate pathway in hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis integrating bulk transcriptomics and single-cell sequencing data 2025-Jan-11, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01521-w PMID:39798003	研究论文	本研究通过整合大量转录组学和单细胞测序数据，探索了磷酸戊糖途径在肝细胞癌中的潜在机制和预后价值	构建了一个基于PPP相关基因的风险评估和预后预测模型，并验证了其在免疫微环境中的预测潜力	研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了体外功能验证，但缺乏体内实验验证	探索磷酸戊糖途径在肝细胞癌中的作用机制并开发预后预测模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LASSO惩罚的Cox回归模型	转录组数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的肝细胞癌患者数据
520	2025-05-02	Deterministic patterns in single-cell transcriptomic data 2025-Jan-11, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00490-5 PMID:39799124	研究论文	本文报告了在单细胞转录组数据的统计图中存在确定性模式，并提出了解释这些模式的理论	揭示了单细胞转录组数据中确定性模式的存在，并证明这些模式既非测量过程引入的伪影，也非生物学机制所致，而是由有限样本量效应自然产生	未提及具体应用场景或实际生物学意义	探究单细胞转录组数据中统计模式的形成机制	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	多重误差稳健荧光原位杂交和五种单细胞测序平台	理论模型	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本量