单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-05-03	Harnessing single-cell and multi-omics insights: STING pathway-based predictive signature for immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1575084 PMID:40308576	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，开发了一个基于STING通路的预测标志物（STINGsig），用于预测肺腺癌免疫治疗的响应	利用单细胞和多组学数据，首次开发了STING通路相关的预测标志物，并通过小鼠模型验证了关键基因ERRFI1在增强抗肿瘤免疫和α-PD1治疗中的协同作用	研究主要依赖公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型，尚未在临床样本中广泛验证	探究STING通路与肺腺癌免疫治疗响应的关系，并开发预测标志物	肺腺癌患者的单细胞和批量转录组数据，以及小鼠模型	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk transcriptomic profiling, multicolor flow cytometry	machine learning frameworks (101种)	RNA-seq数据	公共数据库（GEO, TCGA）中的样本，具体数量未明确说明
502	2025-05-03	The single-cell atlas of short-chain fatty acid receptors in human and mice hearts 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1538384 PMID:40308581	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据揭示了人类和小鼠心脏中短链脂肪酸受体FFAR2/3的分布图谱	首次在单细胞分辨率下绘制了人类和小鼠心脏中FFAR2/3的完整分布图谱，包括正常和梗死心脏	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	阐明短链脂肪酸受体FFAR2/3在心脏细胞中的分布及其潜在机制	人类和小鼠心脏细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA测序数据	18个公共单细胞RNA测序数据集(人类和小鼠心脏)
503	2025-05-03	Multi-omics landscape of alternative splicing in diffuse midline glioma reveals immune- and neural-driven subtypes with implications for spliceosome-targeted therapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587009 PMID:40308585	research paper	该研究通过多组学分析揭示了H3K27改变的弥漫性中线胶质瘤（DMG）中的选择性剪接景观，并识别了与免疫和神经相关的亚型	首次全面分析了DMG中的选择性剪接变化，并提出了基于RNA结合蛋白的DMG分类方法，同时鉴定出RALYL作为潜在的关键调控因子	研究主要基于细胞系和已发表数据集，缺乏直接的患者样本验证	探索H3K27改变的DMG中选择性剪接的作用及其对治疗策略的潜在影响	H3WT和H3K27改变的DMG细胞系	digital pathology	glioma	RNA-seq, scRNA-seq	NA	transcriptomic data	患者来源的细胞系和已发表的RNA-seq及scRNA-seq数据集
504	2025-05-03	Artificial intelligence-assisted RNA-binding protein signature for prognostic stratification and therapeutic guidance in breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1583103 PMID:40308601	研究论文	本研究开发了一种基于人工智能的RNA结合蛋白特征模型（AIRS），用于乳腺癌的预后分层和治疗指导	首次利用人工智能技术结合RNA结合蛋白基因（PGK1、MPHOSPH10、MAP2K6）构建预后模型，并整合基因组、转录组和单细胞数据进行分析	需要在更多样化的人群中进行验证，并扩展功能分析	提高乳腺癌预后准确性并指导个性化治疗	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	机器学习、单细胞转录组分析	AIRS模型（基于108种机器学习模型组合）	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	14个乳腺癌队列（超过9000名患者）
505	2025-05-03	SUMOylation substrate encoding genes as prognostic biomarkers in pancreatic ductal adenocarcinoma with functional assessment of SAF-B2 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1532658 PMID:40308776	研究论文	本研究探讨了SUMOylation在胰腺导管腺癌(PDAC)中的预后意义，并开发了一个基于SUMOylation底物编码基因的预后模型Sscore	首次构建了基于SUMOylation底物编码基因的PDAC预后模型Sscore，并鉴定出SAFB2作为潜在肿瘤抑制因子	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究SUMOylation在PDAC中的预后价值并开发新的预后工具	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和细胞系	肿瘤学	胰腺癌	Western blot、单细胞RNA测序、LASSO和Cox回归分析	Sscore预后模型	基因表达数据、蛋白质数据	TCGA和GTEx数据库中的PDAC样本及体外培养的PDAC细胞系
506	2025-05-03	Unveiling the Immune Landscape of Delirium through Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning: Towards Precision Diagnosis and Therapy 2025-Jan, Psychogeriatrics : the official journal of the Japanese Psychogeriatric Society IF:1.7Q3 DOI:10.1111/psyg.13233 PMID:39814058	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习揭示了术后谵妄的免疫景观，探索了PI3K-Akt信号通路下游基因作为潜在生物标志物的可能性	首次结合单细胞RNA测序和机器学习方法，系统分析了术后谵妄患者外周血中PI3K-Akt信号通路相关基因的表达特征	样本量相对较小(30例患者和30例对照)，需要在更大规模队列中验证结果	寻找术后谵妄的预测和诊断生物标志物，并探索潜在治疗策略	术后谵妄患者的外周血样本和特定免疫细胞亚群	数字病理学	老年疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 实时定量PCR(RT-qPCR)	六种机器学习模型(未具体说明)	RNA测序数据	60人(30例术后谵妄患者和30例健康对照)
507	2025-05-03	Single-cell RNA sequencing reveals S100A8/A9hi neutrophils-induced endothelial cell death and lymphocyte infiltration after ischemic stroke 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151023 PMID:39579533	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究缺血性中风后中性粒细胞、内皮细胞和T细胞的转录变化及其对血脑屏障破坏的影响	揭示了S100A8/A9高表达中性粒细胞诱导的内皮细胞死亡和淋巴细胞浸润的新机制，并发现S100A8/A9抑制剂paquinimod具有神经保护作用	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的功能验证	探究缺血性中风后免疫细胞与血脑屏障之间的相互作用机制	中性粒细胞、内皮细胞和T细胞	生物医学	缺血性中风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
508	2025-05-03	Revealing the roles of IL-7R in abdominal aortic aneurysm through integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151042 PMID:39586133	研究论文	通过整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq分析，揭示IL-7R在腹主动脉瘤中的作用	首次通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，发现IL-7R在腹主动脉瘤中的关键作用及其通过JAK/STAT通路促进IFN-γ分泌的机制	研究主要基于公共数据库数据，缺乏临床样本验证	探索腹主动脉瘤的发病机制及潜在治疗靶点	腹主动脉瘤组织中的基因表达及免疫细胞	生物信息学	心血管疾病	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫荧光染色	NA	RNA-seq数据, 单细胞数据	三个批量RNA-seq数据集及单细胞RNA-seq数据
509	2025-05-03	Explainable deep neural networks for predicting sample phenotypes from single-cell transcriptomics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae673 PMID:39814561	研究论文	开发了一个名为singleDeep的端到端流程，用于通过训练深度神经网络分析和分类单细胞RNA测序数据，以预测样本表型	提出了singleDeep，一个针对单细胞RNA测序数据优化的新型分类算法，能够提供样本表型的稳健预测和特征描述，并在诊断性能上优于传统机器学习方法和替代单细胞方法	未明确提及具体局限性，但暗示现有单细胞分析方法在可用性方面存在不足	开发适用于单细胞RNA测序数据的分类算法，用于精准医学应用中的样本表型预测	单细胞RNA测序数据	机器学习	系统性红斑狼疮, 阿尔茨海默病, 新冠肺炎	scRNA-Seq	深度神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多种疾病条件下的数据集
510	2025-05-03	scGO: interpretable deep neural network for cell status annotation and disease diagnosis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf018 PMID:39820437	research paper	介绍了一种名为scGO的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的可解释性细胞状态注释和疾病诊断	scGO利用稀疏神经网络和基因本体论（GO）的内在生物学关系，提高了可解释性并降低了计算成本	未明确提及具体局限性	开发一种可解释的深度学习模型，用于细胞状态注释和疾病诊断	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	deep neural network	RNA sequencing data	多种scRNA-seq数据集
511	2025-05-03	BIOTIC: a Bayesian framework to integrate single-cell multi-omics for transcription factor activity inference and improve identity characterization of cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf013 PMID:39833103	研究论文	介绍了一种名为BIOTIC的贝叶斯框架，用于整合单细胞多组学数据以推断转录因子活性并改善细胞身份表征	BIOTIC是首个基于生物机制的框架，利用单细胞多组学数据建模基因表达过程，并通过变分推断定义转录因子的调控活性	未明确提及具体局限性，但模型结构可适应更多生物因素的加入，暗示当前版本可能未涵盖所有相关因素	在基因调控水平上推断转录因子活性并阐明细胞身份状态，以更深入理解转录因子与基因表达之间的复杂相互作用	单细胞多组学数据，转录因子活性，细胞身份表征	生物信息学	NA	单细胞多组学测序，单细胞转录组测序	贝叶斯模型，变分推断	单细胞多组学数据	NA
512	2025-05-03	FIND-seq: high-throughput nucleic acid cytometry for rare single-cell transcriptomics 2024-Nov, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01021-y PMID:39039320	research paper	介绍了一种名为FIND-seq的高通量核酸细胞计数技术，用于罕见单细胞转录组学研究	开发了基于RNA或DNA标记的核酸细胞计数平台FIND-seq，能够分离罕见细胞并进行转录组分析	需要具备微流体、光学和分子生物学知识	提供实验方法以访问细胞图谱中发现的细胞亚群，以及那些无法通过其他方法分离的细胞	罕见细胞，包括感染病原体的细胞、具有特定DNA突变或独特转录或剪接特征的细胞	digital pathology	HIV	FIND-seq, 单细胞转录组测序	NA	RNA或DNA序列数据	NA
513	2025-05-03	Tracking Rare Single Donor and Recipient Immune and Leukemia Cells after Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation Using Mitochondrial DNA Mutations 2024-Nov-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0138 PMID:39236287	研究论文	该研究利用线粒体DNA突变追踪异基因造血干细胞移植后供体和受体的免疫及白血病细胞，为移植后监测提供了新方法	首次将线粒体DNA突变与单细胞表型分析相结合，实现0.1%-1%频率的供受体细胞同步追踪和表型鉴定	当前通量限制需要未来单细胞测序技术的进一步发展	开发移植后白血病复发监测的新方法	异基因造血干细胞移植后的供受体细胞及白血病细胞	单细胞测序技术	白血病	ASAP-seq（单细胞染色质可及性测序）	NA	单细胞多组学数据（DNA突变+表观遗传+表面标记）	未明确样本量（聚焦技术验证）
514	2025-05-03	Small Molecule Hydrogels Loading Small Molecule Drugs from Chinese Medicine for the Enhanced Treatment of Traumatic Brain Injury 2024-10-22, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c09097 PMID:39383335	研究论文	该研究开发了一种负载中药小分子药物的小分子水凝胶（GBR-gel），用于增强创伤性脑损伤（TBI）的治疗效果	GBR-gel无需额外药物负载或无活性成分，在生理条件下即可自组装，具有制备简便、成本效益高和生物相容性高等优势	研究未提及GBR-gel在长期使用中的潜在副作用或大规模生产的可行性	开发一种新型小分子水凝胶药物递送系统，用于创伤性脑损伤的及时干预	创伤性脑损伤（TBI）	生物医学工程	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	实验数据	未明确说明样本数量
515	2025-05-03	Characterization of the responses of brain macrophages to focused ultrasound-mediated blood-brain barrier opening 2024-May, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01107-0 PMID:37857722	研究论文	研究聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞反应的影响	首次使用单细胞测序技术详细描述了小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞对聚焦超声介导的血脑屏障开放的不同反应	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索聚焦超声开放血脑屏障对脑巨噬细胞的影响及其在神经退行性疾病治疗中的潜在应用	小鼠的小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞	神经免疫学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
516	2025-05-03	Role of macrophages in regression of myocardial fibrosis following alleviation of left ventricular pressure overload 2024-05-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00240.2023 PMID:38363214	research paper	该研究探讨了巨噬细胞在左心室压力超负荷缓解后心肌纤维化消退中的作用	首次揭示了巨噬细胞在压力超负荷缓解后对胶原降解和间质纤维化部分消退的潜在益处	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	确定心肌巨噬细胞表型在压力超负荷和缓解后的时间变化，以及巨噬细胞耗竭是否改变胶原降解	小鼠心肌巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	免疫组织化学、流式细胞术、RT-PCR、免疫印迹、单细胞测序分析	小鼠横向主动脉缩窄(TAC)模型	基因表达数据、蛋白质数据	控制组(非TAC)、2周和4周TAC组、2周、4周和6周unTAC组小鼠
517	2025-05-03	Loss of function of male-specific lethal 3 (Msl3) does not affect spermatogenesis in rodents 2024-May, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.669 PMID:37847071	research paper	该研究探讨了雄性特异性致死3（Msl3）在啮齿动物精子发生中的作用	研究发现Msl3在小鼠中的表达时间与果蝇和灵长类不同，且其功能丧失不影响啮齿动物的减数分裂进入	研究仅针对啮齿动物，未涉及其他哺乳动物或人类	探究Msl3在哺乳动物减数分裂进入中的作用	小鼠精子发生过程	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq，条件性敲除小鼠模型	Stra8-iCre驱动的条件性敲除小鼠	基因表达数据	条件性敲除小鼠模型
518	2025-05-03	Notch ligands are biomarkers of anti-TNF response in RA patients 2024-May, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-023-09897-2 PMID:37796367	research paper	研究Notch配体在类风湿性关节炎(RA)患者中对抗TNF治疗反应的生物标志物作用	发现RA中的Notch配体（如JAG1、DLL4）可作为抗TNF治疗反应的生物标志物，并揭示其在RA滑膜组织细胞中的表达调控机制	研究主要关注Notch配体在RA中的表达变化，未涉及其他潜在生物标志物或治疗靶点	探讨Notch通路在RA发病机制中的作用及其作为治疗反应标志物的潜力	类风湿性关节炎患者的滑膜组织细胞（包括巨噬细胞、成纤维样滑膜细胞和内皮细胞）	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、形态学研究	NA	转录组数据、形态学数据	未明确说明样本数量，但涉及RA患者的滑膜组织细胞
519	2025-05-03	SOCS3 regulates pathological retinal angiogenesis through modulating SPP1 expression in microglia and macrophages 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.025 PMID:38504518	research paper	该研究揭示了SOCS3通过调节小胶质细胞和巨噬细胞中SPP1的表达在病理性视网膜血管生成中的关键作用	首次发现SOCS3/STAT3/SPP1轴在病理性视网膜血管生成中的调控机制，并证明药物激活SOCS3或阻断SPP1可显著减少病理性新生血管形成	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究免疫系统与血管变化在眼部新生血管形成中的细胞和分子机制	小胶质细胞和巨噬细胞	分子生物学	视网膜病变	单细胞RNA测序	血管生成小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（使用小鼠模型）
520	2025-05-03	Macrophages in necrotic liver lesion repair: opportunities for therapeutical applications 2024-05-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00053.2024 PMID:38618702	综述	本文讨论了肝脏巨噬细胞在坏死性肝脏病变修复中的作用及其潜在的治疗应用	通过更特异的巨噬细胞标记物、靶向细胞耗竭和单细胞RNA测序，揭示了单核细胞来源巨噬细胞在肝脏损伤和修复中的不同功能亚群	未明确区分驻留巨噬细胞和浸润巨噬细胞的功能差异	探讨肝脏巨噬细胞在坏死性肝脏病变修复中的作用及其治疗潜力	肝脏巨噬细胞（包括Kupffer细胞和单核细胞来源巨噬细胞）	肝脏病理学	急性肝衰竭和慢加急性肝衰竭	单细胞RNA测序	NA	NA	NA