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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5161 | 2025-10-06 |
Sex-specific neurotoxicity induced by long-term bisphenol A exposure: Single-cell sequencing reveals dual mechanisms involving hippocampal gliosis and neuronal apoptosis
2025-Aug-10, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.179810
PMID:40505511
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研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示长期双酚A暴露通过海马胶质增生和神经元凋亡双重机制诱导性别特异性神经毒性 | 首次结合行为学分析和单细胞测序技术系统阐明BPA性别特异性神经毒性的细胞分子机制 | 仅使用小鼠模型,未涉及人类样本验证 | 探究长期BPA暴露对成年小鼠行为记忆和神经系统的性别特异性影响 | 成年小鼠(分雌雄性别) | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据、行为学数据、形态学数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5162 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic atlas reveals the underlying mechanism of indole-3-acetic acid in protecting against acute cholestatic liver injury
2025-Aug, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156942
PMID:40513326
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组图谱揭示了吲哚-3-乙酸在急性胆汁淤积性肝损伤中的保护机制 | 首次整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序技术,系统阐明3-IAA通过调节免疫细胞亚群发挥肝保护作用的新机制 | 研究主要基于动物模型,尚未在人体中验证 | 探究吲哚-3-乙酸对急性胆汁淤积性肝损伤的治疗潜力及其作用机制 | 胆管结扎诱导的急性胆汁淤积性肝损伤大鼠模型 | 单细胞组学 | 肝病 | 单细胞RNA测序, 转录组学, 代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据, 代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5163 | 2025-10-06 |
Investigating the potential risk of cadmium exposure on Osteoporosis: An integrated multi-omics approach
2025-Aug, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118502
PMID:40517505
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研究论文 | 通过多组学方法研究镉暴露对骨质疏松症的潜在风险 | 整合了流行病学数据、生物信息学、机器学习、单细胞RNA测序和分子对接等多种方法,首次系统揭示镉暴露通过HMOX1基因影响骨质疏松的机制 | 研究主要基于横断面分析,无法确定因果关系;需要进一步实验验证 | 探索镉暴露在骨质疏松症发病机制中的作用 | 骨质疏松症患者及相关基因表达 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 机器学习, 孟德尔随机化, 分子对接, 分子动力学模拟 | 机器学习模型 | 多组学数据, 流行病学数据 | NHANES数据库样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5164 | 2025-10-06 |
Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury
2025-Jul, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252
PMID:40086603
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研究论文 | 本研究揭示了黏膜巨噬细胞在辐射损伤后通过分泌神经调节蛋白1和骨桥蛋白诱导肠道上皮细胞胎儿样重编程和增殖,从而驱动肠道再生的关键机制 | 首次发现巨噬细胞通过特定分泌因子直接调控肠道干细胞区室的再生程序,并证实该机制在人类细胞中具有保守性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限;巨噬细胞亚型的具体功能分化需要进一步解析 | 探究辐射性肠炎中肠道再生程序的激活机制 | 小鼠模型和人类肠道类器官 | 细胞生物学 | 辐射性肠炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 细胞谱系追踪, 细胞轨迹分析 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 小鼠模型和人类肠道类器官共培养体系 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
5165 | 2025-10-06 |
Targeting FGFR Attenuates Tumor Growth in an Anal Squamous Cell Carcinoma Patient Derived Xenograft Model
2025-Jul, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.23919
PMID:40256931
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研究论文 | 本研究通过建立肛门鳞状细胞癌患者来源异种移植模型,发现FGFR抑制剂可显著抑制肿瘤生长 | 首次在ASCC PDX模型中应用单细胞RNA测序技术揭示肿瘤异质性,并验证FGFR靶向治疗的疗效 | 研究仅基于单个患者样本,样本量有限 | 探索肛门鳞状细胞癌的有效治疗靶点 | 肛门鳞状细胞癌患者来源的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肛门鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 傅里叶变换红外光谱 | 患者来源异种移植模型 | 基因表达数据, 光谱数据, 图像数据 | 1例转移性ASCC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5166 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition
2025-Jul, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.03.025
PMID:40268163
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中的功能异质性 | 首次揭示不同DNA含量(特别是多倍体细胞)的近端肾小管上皮细胞在AKI向CKD转变中的功能异质性及其促纤维化作用机制 | 研究仅关注缺血再灌注损伤模型,未验证其他AKI模型中的普适性 | 探究不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中的功能异质性 | 急性肾损伤后不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | AKI后第3天和第14天分离的近端肾小管上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5167 | 2025-10-06 |
A survey of the methodological process of modeling, inference, and evaluation of gene regulatory networks using scRNA-Seq data
2025-Jul, Bio Systems
DOI:10.1016/j.biosystems.2025.105464
PMID:40409400
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综述 | 本文系统探讨了使用单细胞RNA测序数据构建基因调控网络的方法学流程,包括建模、推断和评估环节 | 全面梳理了scRNA-Seq技术在基因调控网络推断中面临的方法学挑战,并通过比较计算实验提出更稳健的方法学流程建议 | 作为综述性文章,未提出新的推断算法,主要聚焦于方法学问题的系统分析 | 分析单细胞RNA测序数据在基因调控网络推断中的方法学挑战并提出改进建议 | 基因调控网络的建模、推断和评估方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5168 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides
2025-Jun-24, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495
PMID:40163757
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析蕈样肉芽肿进展过程中的基因特征和肿瘤微环境变化 | 首次使用空间转录组学技术结合形态学标记分析MF进展过程中的转录组表达变化和肿瘤微环境动态 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 识别早期蕈样肉芽肿患者进展至晚期的生物标志物和机制 | 蕈样肉芽肿患者组织样本 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 空间转录组学,免疫组织化学染色 | NA | 空间转录组数据,免疫组织化学图像 | 未明确具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | 使用CD3、CD4和CD30形态学标记进行空间分辨转录组分析 |
5169 | 2025-10-06 |
Comprehensive single-cell chromatin and transcriptomic profiling of peripheral immune cells in nonsegmental vitiligo
2025-Jun-20, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf041
PMID:39888372
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研究论文 | 通过单细胞多组学方法研究非节段型白癜风患者外周免疫细胞的转录组和染色质可及性特征 | 首个对非节段型白癜风患者外周血单核细胞进行的单细胞多组学研究,整合了转录组和染色质可及性数据 | 样本量相对有限(初始队列NSV患者11例,健康对照5例) | 探究非节段型白癜风的系统性免疫失调机制 | 非节段型白癜风患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 白癜风 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 光谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 初始队列:NSV患者11例,健康对照5例;扩展队列:NSV患者16例,健康对照9例;共分析59,192个PBMCs | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
5170 | 2025-10-06 |
Cytoskeletal-related genes function as checkpoints for the maintenance of VSMC contractile phenotype and prevent pathological remodeling in arterial diseases
2025-Jun-20, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.05.065
PMID:40516911
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研究论文 | 本研究通过构建跨物种整合模型,发现细胞骨架相关基因在维持血管平滑肌细胞收缩表型和防止动脉疾病病理重塑中的关键检查点作用 | 首次识别Fblim1、Tns1和Synpo2等细胞骨架相关基因作为VSMC表型转换的检查点,并验证其在动脉疾病中的保护功能 | 研究主要基于公共单细胞RNA-seq数据集和动物模型,需要进一步临床验证 | 构建VSMC表型转换的跨物种整合模型,识别调控表型转换的关键基因并验证其在动脉重塑中的功能 | 血管平滑肌细胞(VSMC)、动脉粥样硬化和主动脉瘤动物模型 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq、siRNA敲低、基因过表达 | 轨迹分析模型 | 单细胞转录组数据 | 公共单细胞RNA-seq数据集、实验动物动脉瘤样本、PDGF-BB处理的VSMCs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5171 | 2025-10-06 |
Colorectal cancer cell line-derived organoid model with stem cell properties captures the regrowing state of residual cancer cells after neoadjuvant chemotherapy
2025-Jun-20, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02567-w
PMID:40537472
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研究论文 | 本研究建立了结直肠癌细胞系来源的类器官再生模型,用于研究新辅助化疗后残留癌细胞的再生状态 | 首次利用具有癌症干细胞特性的患者来源细胞系建立结直肠癌类器官再生模型,并发现RNA聚合酶I抑制剂BMH-21能显著抑制肿瘤生长 | 研究仅基于单一患者来源的细胞系,需要更多样本验证结果的普适性 | 研究结直肠癌新辅助化疗后残留癌细胞的再生机制并寻找治疗靶点 | 结直肠癌细胞系来源的类器官模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | 单一患者来源的细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5172 | 2025-10-06 |
Gap junction protein beta 5 interacts with Gαi3 to promote Akt activation and cervical cancer cell growth
2025-Jun-19, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07768-w
PMID:40537499
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研究论文 | 本研究探讨了间隙连接蛋白β5在宫颈癌中的表达、功能及其通过Gαi3促进Akt信号通路激活的机制 | 首次发现GJB5与Gαi3相互作用并通过该机制激活Akt-mTOR信号通路促进宫颈癌进展 | NA | 探索GJB5在宫颈癌中的致癌作用及其分子机制 | 宫颈癌细胞系和异种移植模型 | 癌症生物学 | 宫颈癌 | shRNA、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA数据库宫颈癌组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5173 | 2025-10-06 |
scExtract: leveraging large language models for fully automated single-cell RNA-seq data annotation and prior-informed multi-dataset integration
2025-Jun-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03639-x
PMID:40537825
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研究论文 | 开发了一个利用大语言模型自动化单细胞RNA测序数据分析的框架scExtract | 首次将大语言模型应用于单细胞RNA测序数据的全自动注释和先验信息引导的多数据集整合 | NA | 解决公共单细胞RNA测序数据集分析中的注释和整合挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 文本, 基因表达数据 | 44万个细胞,来自14个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5174 | 2025-10-06 |
Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics
2025-Jun-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03648-w
PMID:40533768
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研究论文 | 开发用于Visium空间转录组学的端到端自动化图像处理工具Vispro,提升成像分析质量 | 首个专门针对10x Visium数据优化的端到端图像处理工具,包含基准标记检测、图像恢复、组织区域检测和分离组织区域分割模块 | NA | 解决空间转录组学中组织学图像因基准标记和背景区域干扰而质量下降的问题 | Visium空间转录组学数据中的组织学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组学平台 |
5175 | 2025-10-06 |
Two types of regenerative cell populations appear in acute liver injury
2025-Jun-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102503
PMID:40345206
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现急性肝损伤中同时出现两种不同的再生细胞群 | 首次揭示在相同再生过程中同时存在两种形态、分化、定位、增殖率和信号响应显著不同的再生细胞群,其中一种通过与坏死组织接触诱导产生 | 研究基于公开数据且仅使用对乙酰氨基酚处理的小鼠模型,可能无法完全代表所有类型的急性肝损伤 | 探究急性肝损伤中肝脏再生的细胞机制 | 对乙酰氨基酚诱导急性肝损伤的小鼠肝脏细胞 | 单细胞生物学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 公开数据集中的对乙酰氨基酚处理小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5176 | 2025-10-06 |
Stem cell fate decisions: Substates and attractors
2025-Jun-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102532
PMID:40499510
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综述 | 本文回顾了人类多能干细胞在基因表达异质性方面的研究,重点探讨其占据不同亚状态的能力及其对分化结果的影响 | 提出了一种建模荧光标记分布时间序列的新方法,表明亚状态间的转换可能受确定性混沌和基因表达随机波动的共同调控 | NA | 探索干细胞命运决定的动态机制和亚状态转换规律 | 人类多能干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学、荧光标记动态分析 | NA | 基因表达数据、荧光标记分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5177 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657944
PMID:40501930
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示母体多氯联苯暴露导致雌性后代肝脏中内质网应激介导的细胞类型特异性反应失调 | 首次在单细胞分辨率下揭示围产期PCB暴露对雌性后代肝脏不同细胞类型的特异性转录调控影响 | 研究仅针对雌性后代且使用小鼠模型,样本量相对有限 | 探究母体PCB暴露对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响 | 围产期暴露于PCB混合物的雌性小鼠肝脏组织 | 单细胞转录组学 | 代谢紊乱 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | 出生后28天雌性小鼠肝脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5178 | 2025-10-06 |
Human microglia in brain assembloids display region-specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation: Microglial diversity and response in assembloids
2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657874
PMID:40501840
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研究论文 | 本研究通过构建包含人类小胶质细胞的区域特异性大脑类器官和组装体,揭示了小胶质细胞的区域多样性及其对携带SCN2A突变神经元过度兴奋的反应机制 | 首次在人类大脑组装体中展示小胶质细胞的区域特异性多样性,并发现小胶质细胞通过GABA受体对突变介导的神经元过度兴奋产生增强的钙反应和过度突触修剪 | 研究基于体外类器官模型,可能与体内真实大脑环境存在差异 | 解析人类小胶质细胞在特定神经回路中的区域特异性特性及其在神经精神疾病中的作用 | 人类小胶质细胞、大脑类器官(皮质、纹状体、中脑)和组装体 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序,化学遗传学,钙成像 | 大脑类器官,组装体模型 | 基因表达数据,钙信号数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5179 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics Reveals Cancer and Stromal Cell Heterogeneity Between Center and Invasive Front of Pancreatic Cancer
2025-Jun, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100726
PMID:39889965
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示胰腺癌肿瘤中心与侵袭前沿的癌细胞和癌症相关成纤维细胞的转录异质性 | 首次在空间维度上系统比较胰腺癌肿瘤中心与侵袭前沿的癌细胞和CAFs转录组差异,发现侵袭前沿细胞具有更强的应激反应、增殖、糖酵解和上皮间质转化活性 | 仅分析了4例高分化胰腺癌样本,样本量较小;仅包含常规形态学病例 | 探究胰腺导管腺癌肿瘤内部空间异质性 | 人类胰腺导管腺癌组织样本 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 数字空间分析,全转录组测序,免疫组织化学验证 | NA | 空间转录组数据,免疫组织化学图像 | 4例用于空间转录组分析的高分化PDAC,17例用于免疫组化验证的不同分化程度PDAC | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx系统 | GeoMx数字空间分析系统,全转录组检测 |
5180 | 2025-10-06 |
New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics
2025-Jun, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13818
PMID:39902627
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制,识别关键成纤维细胞亚群及其在纤维化中的作用 | 首次在瘢痕疙瘩中识别POSTN阳性间充质成纤维细胞和IGFBP2阳性成纤维细胞两个关键亚群,揭示它们在纤维化中的相反作用 | 样本量较小(仅3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本),需要更大规模研究验证 | 探索瘢痕疙瘩的发病机制并开发新的抗纤维化治疗策略 | 瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 3个瘢痕疙瘩组织, 3个正常皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |