单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5161	2025-05-07	Single-cell transcriptomics reveals a compartmentalized antiviral interferon response in the nasal epithelium of mice 2025-Mar-18, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01413-24 PMID:39902863	研究论文	通过单细胞转录组学分析，揭示了小鼠鼻上皮细胞中抗病毒干扰素反应的区室化现象	首次发现嗅觉上皮细胞和呼吸上皮细胞在I型和III型干扰素介导的抗病毒转录反应中存在显著差异，并揭示了III型干扰素在保护嗅觉上皮免受SARS-CoV-2感染中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究上呼吸道不同上皮细胞亚型对I型和III型干扰素的依赖性差异	小鼠鼻上皮细胞	单细胞转录组学	呼吸道病毒感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量（小鼠鼻上皮细胞）
5162	2025-05-07	Conventional and antibody-enhanced DENV infection of human macrophages induces differential immunotranscriptomic profiles 2025-Mar-18, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01962-24 PMID:39902963	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究人类单核细胞衍生巨噬细胞在抗体依赖性增强（ADE）和常规感染条件下的转录组差异	首次在单细胞水平上揭示了ADE条件下DENV感染的转录组特征，并发现这些变化与细胞内病毒RNA负载无关	研究仅针对DENV-2血清型，且使用体外培养的单核细胞衍生巨噬细胞模型	阐明抗体依赖性增强（ADE）在登革病毒感染中的分子机制	人类单核细胞衍生巨噬细胞	转录组学	登革热	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	未明确说明样本数量的人类单核细胞衍生巨噬细胞
5163	2025-05-07	Integration of single-cell RNA sequencing and network pharmacology to elucidate the effect of Yantiao Formula on alleviating ALI by regulating the polarization of alveolar macrophages 2025-Mar-13, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.119436 PMID:39914692	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和网络药理学方法，探讨了炎调方（YTF）通过调节肺泡巨噬细胞极化缓解脓毒症诱导的急性肺损伤（ALI）的潜在分子机制	首次结合单细胞RNA测序、网络药理学和分子对接技术全面解析炎调方治疗ALI的作用机制，特别是其对巨噬细胞极化的调控作用	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未进行临床验证	探究炎调方治疗脓毒症诱导的急性肺损伤的分子机制	炎调方（YTF）及其对脓毒症诱导的急性肺损伤的治疗作用	网络药理学与单细胞组学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、网络药理学分析、分子对接	CLP诱导的脓毒症模型、LPS诱导的NR8383细胞ALI模型	单细胞转录组数据、网络药理学数据、分子对接数据	未明确说明实验动物数量，但涉及596种YTF成分分析和1031个靶点预测
5164	2025-05-07	Blocking MIF secretion enhances CAR T-cell efficacy against neuroblastoma 2025-Mar-11, European journal of cancer (Oxford, England : 1990) DOI:10.1016/j.ejca.2025.115263 PMID:39908652	研究论文	本研究通过多组学方法识别神经母细胞瘤肿瘤微环境中的免疫抑制因子，并验证MIF作为关键靶点，通过PROTAC技术提升CAR T细胞疗效	首次揭示MIF在神经母细胞瘤TME中对CAR T细胞活化的抑制作用，并开发基于PROTAC的靶向治疗策略	研究主要基于体外和体内模型，临床转化效果需进一步验证	改善CAR T细胞疗法在神经母细胞瘤等实体瘤中的疗效	神经母细胞瘤肿瘤微环境及CAR T细胞	肿瘤免疫治疗	神经母细胞瘤	scRNA-seq, 质谱分析, PROTAC技术	NA	单细胞转录组数据, 质谱数据	24例神经母细胞瘤肿瘤样本及患者来源肿瘤模型
5165	2025-05-07	Single-cell RNA sequencing in autoimmune diseases: New insights and challenges 2025-Mar, Pharmacology & therapeutics IF:12.0Q1 DOI:10.1016/j.pharmthera.2025.108807 PMID:39894174	review	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在自身免疫性疾病研究中的新见解和挑战	利用scRNA-seq技术在单细胞水平上揭示转录多样性，为自身免疫性疾病的细胞异质性、病因、诊断、治疗和预后提供了新的理解	需要解决scRNA-seq技术的局限性以进一步推动研究进展	探索scRNA-seq在自身免疫性疾病研究中的应用及其潜力	自身免疫性疾病中的各种细胞类型	生物医学研究	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
5166	2025-05-07	Cardiomyocyte Foxp1-Specific Deletion Promotes Post-injury Heart Regeneration via Targeting Usp20-HIF1ɑ-Hand1 Signaling Pathway 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412124 PMID:39899693	研究论文	本研究揭示了Foxp1通过调控Usp20-HIF1ɑ-Hand1信号通路在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用	首次发现Foxp1在出生后损伤心肌细胞增殖和心脏再生中的调控作用，并揭示了其通过代谢转换调控心肌细胞增殖的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类心脏再生中进行验证	探究Foxp1在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用及其分子机制	心肌细胞和心脏再生过程	心血管生物学	心血管疾病	单细胞转录组分析、腺相关病毒(AAV9)基因递送	基因敲除和功能获得小鼠模型	基因表达数据和功能实验数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型进行研究
5167	2025-05-07	GAMG alleviates liver fibrosis through inducing ferroptosis in inflammatory macrophages via the IRF1/SLC7A11 signaling pathway 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103509 PMID:39904190	研究论文	本研究探讨了GAMG通过IRF1/SLC7A11信号通路诱导炎症巨噬细胞铁死亡，从而缓解肝纤维化的机制	首次揭示了GAMG通过IRF1/SLC7A11轴诱导炎症巨噬细胞铁死亡的新机制，为肝纤维化治疗提供了新策略	研究主要基于小鼠模型，人体效果尚需进一步验证	探究GAMG对肝纤维化的治疗作用及其分子机制	肝纤维化小鼠模型和炎症巨噬细胞	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA测序、质谱代谢组学分析	动物模型（小鼠）	基因表达数据、代谢物数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
5168	2025-05-07	Inhibition of glutathione peroxidase 4 suppresses gastric cancer peritoneal metastasis via regulation of RCC2 homeostasis 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103519 PMID:39908861	研究论文	本研究探讨了谷胱甘肽过氧化物酶4（GPx4）在胃癌腹膜转移中的作用及其分子机制	揭示了GPx4通过调节RCC2的稳态和泛素化降解来促进胃癌腹膜转移的新机制	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探索胃癌腹膜转移的新治疗靶点	胃癌细胞及腹膜转移模型	癌症生物学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	回顾性临床样本及实验模型
5169	2025-05-07	SLC13A5 plays an essential role in the energy shift to oxidative phosphorylation in cisplatin-resistant mesothelioma stem cells 2025-Mar, Pathology international IF:2.5Q2 DOI:10.1111/pin.70001 PMID:39912507	research paper	该研究探讨了SLC13A5在顺铂耐药间皮瘤干细胞能量代谢向氧化磷酸化转变中的关键作用	揭示了SLC13A5通过调节代谢转变和信号通路增强间皮瘤干细胞的顺铂耐药性	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探索靶向癌症干细胞的新型治疗方法	人类间皮瘤细胞系和间皮瘤干细胞样细胞	肿瘤生物学	间皮瘤	微阵列分析、scRNA-seq	水凝胶培养模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	人类间皮瘤细胞系和临床间皮瘤样本
5170	2025-05-07	scRecover: Discriminating True and False Zeros in Single-Cell RNA-Seq Data for Imputation 2025-Feb-28, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.10334 PMID:39912305	研究论文	介绍了一种名为scRecover的新工具，用于区分单细胞RNA-seq数据中的真实零值和假零值，并进行有效的插补	提出了一种统计框架，能有效区分真实零值（基因未表达）和假零值（信号丢失），并开发了新的插补工具scRecover	需要与其他插补方法（如scImpute、SAVER和MAGIC）结合使用	提高单细胞RNA-seq数据中零值插补的准确性	单细胞RNA-seq数据中的零值	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	零膨胀负二项模型，Good和Toulmin模型的改进版	单细胞RNA-seq数据	NA
5171	2025-05-07	Spatial transcriptomics-aided localization for single-cell transcriptomics with STALocator 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101195 PMID:39904340	研究论文	开发了一种名为STALocator的工具，用于将单细胞转录组数据定位到空间转录组数据中	STALocator能够将单细胞转录组数据与空间转录组数据结合，提高基因表达模式的空间分辨率，并预测全基因组基因表达数据	未明确提及具体限制	提高单细胞转录组数据的空间分辨率	人类大脑和鳞状细胞癌数据	生物信息学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、Slide-seqV2、FISH、Xenium	STALocator	基因表达数据、空间数据	模拟数据、人类大脑和鳞状细胞癌数据
5172	2025-05-07	Inferring cell trajectories of spatial transcriptomics via optimal transport analysis 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101194 PMID:39904341	研究论文	介绍了一种名为SpaTrack的方法，通过最优传输分析整合细胞转录组和空间位置信息，重构细胞分化轨迹	利用最优传输方法将基因表达和空间位置信息整合到过渡成本中，从而重建细胞分化轨迹	NA	解决细胞转录组和空间位置信息整合以组织分化轨迹的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	最优传输分析	SpaTrack	空间转录组数据	涉及蝾螈端脑再生和小鼠中脑发育的多个样本
5173	2025-05-07	In Vivo Time-Resolved Single-Cell RNA-Seq Reveals Chemotherapy-Induced Transcriptional Dynamics in Tumor Infiltrating Lymphocytes 2025-Feb-18, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c05648 PMID:39908452	research paper	该研究开发了一种名为scDyna-seq的时间分辨单细胞RNA测序方法，用于在体内应用中追踪基因表达的动态变化	开发了scDyna-seq方法，能够在体内环境中高效捕获新生RNA，并精确追踪基因表达动态，突破了传统方法仅限于体外研究的限制	研究主要基于小鼠膀胱癌模型，尚未在人类临床样本中验证	探索化疗药物在肿瘤浸润淋巴细胞中诱导的转录动态变化	肿瘤浸润淋巴细胞	单细胞测序技术	膀胱癌	scRNA-seq, 4-thiouridine (4sU)标记, scTCR-seq	小鼠膀胱癌模型	单细胞RNA测序数据	小鼠模型中的肿瘤浸润淋巴细胞
5174	2025-05-07	Kernel-bounded clustering for spatial transcriptomics enables scalable discovery of complex spatial domains 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278983.124 PMID:39909714	research paper	提出了一种名为核边界聚类（KBC）的新算法，用于处理空间转录组数据，以发现复杂的空间域	KBC是首个使用分布核来招募聚类成员的算法，能够发现不同密度、大小和形状的聚类，并且是一种线性时间聚类算法，显著提高了聚类分析的速度	未明确提及具体局限性	开发一种新的聚类算法，以更有效地处理大规模空间转录组数据集	空间转录组数据	machine learning	NA	Weisfeiler-Lehman scheme	KBC	spatial transcriptomics data	NA
5175	2025-05-07	Hypoxia-Mimicking Microenvironment Scaffold for Enhanced Tendon Regeneration 2025-Feb-12, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c18082 PMID:39901352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索肌腱愈合中的细胞群体和信号通路，并开发了一种模拟缺氧环境的PCL-DFOA支架以增强肌腱组织再生	利用单细胞RNA测序揭示缺氧在肌腱愈合中的关键作用，并开发了能模拟缺氧环境的PCL-DFOA支架	NA	探索肌腱损伤修复的新治疗策略	肌腱组织	组织工程	肌腱损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5176	2025-05-07	Single-cell delineation of the microbiota-gut-brain axis: Probiotic intervention in Chd8 haploinsufficient mice 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100768 PMID:39914389	研究论文	通过构建野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的大脑和肠道组织的单细胞转录组图谱，探索了宿主-肠道微生物群的相互作用，并研究了益生菌干预对CHD8单倍不足小鼠社交缺陷的潜在治疗效果	首次在CHD8单倍不足的ASD模型中，利用单细胞转录组学技术详细描绘了微生物群-肠-脑轴的相互作用，并发现特定益生菌干预可选择性挽救社交缺陷	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类ASD患者中验证益生菌干预的效果	探索微生物群-肠-脑轴在自闭症谱系障碍(ASD)中的作用，并寻找潜在的治疗策略	野生型和CHD8单倍不足突变型小鼠的大脑和肠道组织	神经科学	自闭症谱系障碍(ASD)	单细胞转录组测序	CHD8单倍不足小鼠模型	单细胞转录组数据	野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的大脑和肠道组织样本
5177	2025-05-07	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100766 PMID:39914388	research paper	该研究开发了一种名为CLEANSER的混合模型，用于过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNAs，以提高gRNA细胞分配的准确性	开发了CLEANSER模型，结合gRNA和细胞特异性归一化参数，有效过滤环境gRNAs，提高单细胞RNA测序CRISPR筛选的准确性	NA	提高单细胞RNA测序CRISPR筛选的准确性，减少环境gRNAs带来的假阳性	单细胞RNA测序CRISPR筛选中的环境gRNAs	生物信息学	NA	单细胞RNA测序CRISPR筛选	混合模型（CLEANSER）	RNA测序数据	NA
5178	2025-05-07	Exploring molecular disparities of H-type vasculature endothelial cells in osteonecrosis of the femoral head through single-cell analysis 2025-Feb-06, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-024-08267-3 PMID:39910554	research paper	通过单细胞RNA测序分析，探索股骨头坏死中H型血管内皮细胞的分子差异	首次在股骨头坏死和髋骨关节炎中，利用单细胞RNA测序技术研究H型血管内皮细胞的分子变化，特别是铁死亡、焦亡和parthanatos等死亡模式	样本量较小，仅包括9个股骨头样本，可能影响结果的普遍性	研究股骨头坏死中H型血管内皮细胞的分子变化及其在疾病进展中的作用	股骨头坏死和髋骨关节炎患者的H型血管内皮细胞	digital pathology	osteonecrosis of the femoral head	scRNA-seq, Gene Ontology, KEGG analysis, CellChat	NA	RNA sequencing data	9个股骨头样本（3个髋骨关节炎、3个股骨头坏死3A期、3个股骨头坏死4期）
5179	2025-05-07	Myeloma cell-derived CXCL7 facilitates proliferation of tumor cells and occurrence of osteolytic lesions through JAK/STAT3 pathway 2025-Feb-06, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07413-6 PMID:39915476	研究论文	探讨骨髓瘤细胞衍生的CXCL7通过JAK/STAT3通路促进肿瘤细胞增殖和溶骨性病变的发生	发现CXCL7通过激活JAK/STAT3通路促进骨髓瘤细胞增殖和溶骨性病变，为多发性骨髓瘤的治疗提供了新的靶点	研究主要基于小鼠异种移植肿瘤模型，临床样本验证仍需进一步研究	揭示CXCL7在多发性骨髓瘤溶骨性病变中的作用机制	多发性骨髓瘤细胞和小鼠异种移植肿瘤模型	肿瘤生物学	多发性骨髓瘤	转录组数据分析、单细胞RNA-seq、小鼠异种移植肿瘤模型	小鼠异种移植肿瘤模型	RNA-seq数据、临床数据	未明确提及具体样本数量，涉及中心数据和GEO数据库数据
5180	2025-05-07	Single-cell atlas of human pancreatic islet and acinar endothelial cells in health and diabetes 2025-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55415-3 PMID:39915484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了人类胰腺胰岛和腺泡内皮细胞在健康和糖尿病状态下的单细胞图谱	首次开发了富集胰岛特异性内皮细胞(ISECs)和腺泡特异性内皮细胞(ASECs)的策略，并揭示了它们在健康和糖尿病状态下的独特分子特征	研究仅基于三个人类胰腺样本和三个已发表的胰腺数据集，样本量相对较小	揭示胰腺血管异质性及其在糖尿病中的变化	人类胰腺胰岛和腺泡内皮细胞	单细胞测序	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	三个人类胰腺样本和三个已发表的胰腺数据集