单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28063 篇文献，本页显示第 5141 - 5160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5141 | 2025-02-05 |
scMMT: a multi-use deep learning approach for cell annotation, protein prediction and embedding in single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad523
PMID:38300515
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMMT的深度学习方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞注释、蛋白质预测和嵌入 | 提出了一种新的特征提取技术，并构建了一个基于GradNorm方法的多任务学习框架，以增强对具有挑战性的免疫细胞的识别，并通过细胞类型注释和蛋白质预测任务之间的相互促进来减少标签噪声的影响 | 未明确提及具体限制 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性，以促进生物学和医学研究，特别是在理解疾病进展和肿瘤微环境方面 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多任务学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集 |
| 5142 | 2025-02-05 |
From G1 to M: a comparative study of methods for identifying cell cycle phases
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad517
PMID:38261342
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综述 | 本文比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中识别细胞周期阶段的不同方法，并提出了一个误差函数来评估这些方法的准确性 | 提出了一个误差函数来评估细胞周期阶段识别方法的准确性，并探讨了将具有多个已知细胞周期阶段的基准数据整合到分析中的潜在好处 | 未提及具体方法的局限性，仅强调了参考数据与目标数据集之间的兼容性对方法有效性的影响 | 比较和评估scRNA-seq数据中识别细胞周期阶段的不同方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 包含人类和小鼠数据的多个基准数据集 |
| 5143 | 2025-02-05 |
ABCA7-dependent Neuropeptide-Y signalling is a resilience mechanism required for synaptic integrity in Alzheimer's disease
2024-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.02.573893
PMID:38260408
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研究论文 | 本文研究了ABCA7依赖性神经肽Y信号在阿尔茨海默病中对突触完整性的保护作用 | 通过CRISPR/Cas9基因编辑技术生成斑马鱼模型，揭示了ABCA7依赖性神经肽Y信号在维持突触完整性和星形胶质细胞增殖中的新机制 | 研究主要依赖于动物模型，人类临床数据的验证仍需进一步扩展 | 探讨ABCA7依赖性神经肽Y信号在阿尔茨海默病中的作用机制 | 斑马鱼模型和人类临床数据 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞转录组学 | 斑马鱼基因敲除模型 | 基因表达数据、临床数据 | 斑马鱼模型和人类临床样本 |
| 5144 | 2025-02-05 |
Comprehensive analysis of disulfidptosis-related genes and the immune microenvironment in heart failure
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1516898
PMID:39897078
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研究论文 | 本文通过生物信息学分析探讨了与二硫化物凋亡相关基因（DRGs）如何影响心力衰竭（HF）的免疫微环境 | 首次将二硫化物凋亡与心力衰竭的免疫微环境联系起来，并开发了一个基于DRGs的预测模型 | 研究主要依赖于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探讨二硫化物凋亡相关基因对心力衰竭免疫微环境的影响 | 心力衰竭患者和健康个体的RNA-Seq和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序 | 预测模型 | RNA测序数据 | 心力衰竭患者和健康个体的RNA-Seq和单细胞RNA测序数据 |
| 5145 | 2025-02-04 |
Dysfunctional KLRB1+CD8+ T-cell responses are generated in chronically inflamed systemic sclerosis skin
2025-Feb-01, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.01.022
PMID:39894688
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研究论文 | 本研究分析了弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）皮肤病变中的CD8+ T细胞反应，揭示了两种主要的CD8+ T细胞亚群在疾病不同阶段的作用 | 通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，首次鉴定了dcSSc皮肤病变中两种发育相关的CD8+ T细胞亚群，并揭示了它们在疾病不同阶段的功能差异 | 研究主要基于皮肤样本，未涉及其他器官或系统的免疫反应 | 分析dcSSc皮肤病变中的免疫机制，特别是CD8+ T细胞反应 | 弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）患者的皮肤样本 | 免疫学 | 系统性硬化症 | 单细胞转录组学、表观基因组学、多色免疫荧光显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据、表观遗传数据、图像数据 | dcSSc患者皮肤样本与健康对照皮肤样本 |
| 5146 | 2025-02-04 |
Superloaded Multiplexed scRNA-seq Data Preserves Primary Immune Cell Heterogeneity but Necessitates Stringent Doublet Removal
2025-Jan-30, Immunological investigations
IF:2.9Q3
DOI:10.1080/08820139.2025.2457039
PMID:39882751
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，超载（superloading）对多路复用数据的影响，特别是对T细胞受体（TCR）数据的分析 | 研究了超载对多路复用单细胞基因表达和TCR数据的影响，并提出了基于TCR配置的双重去除步骤以提高T细胞分析的准确性 | 超载可能导致高多重率和样本复杂性，影响计算分析的准确性 | 评估超载对多路复用单细胞RNA测序数据的影响，特别是对T细胞受体数据的分析 | 人类胸腺和血液样本中的T细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据和T细胞受体（TCR）数据 | 来自不同捐赠者的人类胸腺和血液样本 |
| 5147 | 2025-02-04 |
ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population and perturbation from time-series single-cell data
2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634618
PMID:39896674
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研究论文 | 本文提出了一种名为ARTEMIS的生成模型，结合变分自编码器（VAE）和不平衡扩散薛定谔桥（uDSB），用于从时间序列单细胞数据中重建细胞轨迹、揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化 | ARTEMIS首次将VAE与uDSB结合，通过解决薛定谔桥问题重建细胞轨迹，并引入漂移函数捕捉基因表达趋势，同时使用神经网络估计单细胞沿轨迹的时间依赖性死亡率，从而恢复细胞群体变化 | ARTEMIS依赖于单细胞测序数据，而单细胞测序的高成本和破坏性限制了数据的获取，且模型在复杂生物过程中的泛化能力仍需进一步验证 | 研究目标是开发一种能够从时间序列单细胞数据中重建细胞轨迹、揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化的生成模型 | 研究对象包括胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞中的上皮-间质转化（EMT）等过程 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE）与不平衡扩散薛定谔桥（uDSB）结合 | 时间序列单细胞数据 | 三个scRNA-seq数据集（胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞中的EMT） |
| 5148 | 2025-02-04 |
DUX4-stimulated genes define the antiviral response to herpesviruses in human trophoblasts
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.22.634317
PMID:39896594
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研究论文 | 本文研究了人类滋养层细胞对七种致畸病毒的反应，发现疱疹病毒诱导了DUX4刺激基因（DSGs）的表达，这些基因在滋养层细胞中具有独特的抗病毒功能 | 揭示了DUX4及其刺激基因（DSGs）在滋养层细胞中作为抗疱疹病毒防御机制的关键作用，填补了滋养层细胞对致畸病毒反应理解的空白 | 研究仅限于七种致畸病毒，且主要关注疱疹病毒，未涵盖所有可能的病毒类型 | 探讨滋养层细胞对致畸病毒的抗病毒反应机制 | 人类滋养层细胞 | 分子生物学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类滋养层细胞器官样体 |
| 5149 | 2025-02-04 |
CD8 + T cells mediate vaccination-induced lymphatic containment of latent Mycobacterium tuberculosis infection following immunosuppression, while B cells are dispensable
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634479
PMID:39896630
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5150 | 2025-02-04 |
Accurate tiling of spatial single-cell data with Tessera
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633630
PMID:39896464
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5151 | 2025-02-04 |
Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.20.633917
PMID:39896662
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5152 | 2024-12-21 |
Metalloproteinase inhibitors regulate biliary progenitor cells through sDLK1 in organoid models of liver injury
2024-Dec-19, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164997
PMID:39699962
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研究论文 | 本文研究了金属蛋白酶抑制剂通过sDLK1调控胆管祖细胞在肝损伤器官模型中的作用 | 揭示了TIMP/ADAM/NOTCH/DLK1轴在肝祖细胞维持和胆管细胞分化中的作用，并提出了金属蛋白酶抑制剂调控胆管细胞分化和肝祖细胞保存的新机制 | NA | 研究肝细胞命运调控机制，以推进肝病的细胞治疗 | 肝祖细胞（LPC）和胆管祖细胞 | NA | 肝病 | RNA-seq | NA | RNA | NA |
| 5153 | 2025-02-04 |
Combined Autophagy Inhibition and Dendritic Cell Recruitment Induces Antitumor Immunity and Enhances Immune Checkpoint Blockade Sensitivity in Pancreatic Cancer
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0830
PMID:39288081
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研究论文 | 本研究探讨了自噬抑制与树突状细胞招募相结合在胰腺癌中的抗肿瘤免疫效应及其对免疫检查点阻断敏感性的增强作用 | 通过单细胞RNA测序揭示了自噬抑制在癌细胞中诱导树突状细胞激活的机制，并提出了三重疗法（氯喹、Flt3配体和抗LAG3抗体）显著抑制胰腺导管腺癌生长的创新治疗策略 | 自噬抑制在癌细胞中同时诱导了CD8+ T细胞耗竭，这可能限制了其长期疗效 | 研究自噬抑制与树突状细胞激活相结合在胰腺癌中的抗肿瘤免疫效应及其对免疫检查点阻断敏感性的增强作用 | 胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型和人类PDAC肿瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 5154 | 2024-11-15 |
[Molecular pathology of skin fragility]
2024-Dec, Dermatologie (Heidelberg, Germany)
DOI:10.1007/s00105-024-05425-5
PMID:39510987
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综述 | 本文综述了皮肤脆弱性的分子病理学，重点关注皮肤屏障功能的维持及其相关遗传和自身免疫疾病 | 本文结合现代技术如单细胞和空间转录组学以及人工智能算法，推进了人类皮肤的分子图谱研究 | NA | 探讨皮肤脆弱性的分子机制及其相关疾病 | 皮肤屏障功能、遗传和自身免疫疾病、皮肤粘附结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 人工智能算法 | 转录组数据 | NA |
| 5155 | 2025-02-04 |
MAPK/ERK signaling in gliomas modulates interferon responses, T cell recruitment, microglia phenotype, and immune checkpoint blockade efficacy
2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612571
PMID:39345374
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研究论文 | 本文探讨了MAPK/ERK信号在胶质瘤中对干扰素反应、T细胞招募、小胶质细胞表型及免疫检查点阻断疗效的调节作用 | 揭示了MAPK/ERK信号通路在胶质瘤中对免疫治疗的敏感性及机制，特别是其对干扰素反应和抗原呈递的调节作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用和验证仍需进一步研究 | 探讨MAPK/ERK信号通路在胶质瘤免疫治疗中的作用及其机制 | 胶质瘤细胞、T细胞、小胶质细胞 | 神经肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | CRISPR/Cas9筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、体外切片培养 | 小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变胶质瘤切片培养 | 基因表达数据、蛋白质磷酸化数据 | 小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变的人类胶质瘤组织切片 |
| 5156 | 2025-02-04 |
Reconstruction of single-cell lineage trajectories and identification of diversity in fates during the epithelial-to-mesenchymal transition
2024-Aug-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2406842121
PMID:39093947
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和最优传输分析，重建了MCF10A细胞系中TGF-β诱导的上皮-间质转化（EMT）过程中不同细胞命运的历史轨迹，并识别了EMT过程中的多样性 | 使用最优传输分析重建单细胞谱系轨迹，并精确识别了EMT过程中基因表达上调的时间点，揭示了潜在的细胞周期调控靶点 | 研究依赖于TGF-β诱导的MCF10A细胞系，可能无法完全反映其他细胞类型或条件下的EMT过程 | 探索上皮-间质转化（EMT）过程中细胞命运的多样性和机制 | MCF10A细胞系 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序，最优传输分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | MCF10A细胞系中的单细胞 |
| 5157 | 2025-02-04 |
Benchmarking multi-omics integration algorithms across single-cell RNA and ATAC data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae095
PMID:38493343
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研究论文 | 本文对12种多组学整合方法在单细胞RNA和ATAC数据上的三种整合任务进行了基准测试，通过定性可视化和定量指标评估了这些方法在六个主要方面的表现 | 首次系统地对多种多组学整合方法在单细胞RNA和ATAC数据上的表现进行了全面的基准测试，并提供了针对特定场景和任务选择合适方法的指南 | 研究仅针对单细胞RNA和ATAC数据，未涵盖其他类型的单细胞多组学数据 | 评估和比较不同多组学整合方法在单细胞RNA和ATAC数据上的性能，为研究人员提供选择合适方法的指导 | 单细胞RNA和ATAC数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞RNA和ATAC数据 | NA |
| 5158 | 2025-02-04 |
scMLC: an accurate and robust multiplex community detection method for single-cell multi-omics data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae101
PMID:38493339
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研究论文 | 本文提出了一种名为scMLC的单细胞多模态Louvain聚类框架，用于有效整合单细胞多组学数据进行细胞聚类 | scMLC通过构建多层次的单模态和跨模态细胞网络，捕捉模态特异性和一致性信息，并采用鲁棒的多重社区检测方法获得可靠的细胞聚类 | NA | 解决单细胞多模态测序数据整合和细胞聚类的挑战 | 单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞多模态测序技术 | Louvain聚类框架 | 单细胞多组学数据 | 七个真实数据集，同时测量基因表达和染色质可及性 |
| 5159 | 2025-02-04 |
Effective multi-modal clustering method via skip aggregation network for parallel scRNA-seq and scATAC-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae102
PMID:38493338
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研究论文 | 本文提出了一种有效的多模态聚类方法scEMC，用于并行处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据 | 提出了一种跳跃聚合网络，同时学习细胞间的全局结构信息并整合来自不同模态的数据，通过跳跃连接将scRNA数据与聚合表示连接，以保护整合细胞表示的质量，并引入基于零膨胀负二项式的去噪自编码器以适应包含合成噪声的损坏数据 | 未明确提及具体限制 | 探索细胞亚群和肿瘤微环境 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | scRNA-seq, scATAC-seq | 跳跃聚合网络, 零膨胀负二项式去噪自编码器 | 单细胞测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 5160 | 2025-02-04 |
scGIR: deciphering cellular heterogeneity via gene ranking in single-cell weighted gene correlation networks
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae091
PMID:38487851
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scGIR的新算法，用于通过单细胞基因相关网络评估基因重要性，以解决单细胞RNA测序中的技术噪声问题 | 提出了一种新的算法scGIR，利用加权基因相关网络和随机游走模型来评估基因重要性，有效克服了单细胞RNA测序中的技术噪声 | 未提及具体局限性 | 解决单细胞RNA测序中的技术噪声问题，提高细胞类型识别和发育轨迹推断的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机游走模型，PageRank算法 | 基因表达数据 | 九个真实的单细胞RNA测序数据集 |