单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5141	2025-01-05	Unveiling the Prognostic Power and Immune Landscape of MyD88 in Breast Cancer: an Integrative Bioinformatics and IHC Approach 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.103403 PMID:39744584	研究论文	本研究结合生物信息学和免疫组织化学方法，探讨了MyD88在乳腺癌中的预后意义和免疫学影响	首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和IHC技术，全面分析MyD88在乳腺癌中的表达及其与免疫景观的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认MyD88的机制和治疗潜力	探索MyD88在乳腺癌中的预后价值和免疫学作用	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学(IHC)	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 免疫组织化学图像	NA
5142	2025-01-05	PIM1 instigates endothelial-to-mesenchymal transition to aggravate atherosclerosis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102597 PMID:39744686	研究论文	本文探讨了PIM1在内皮-间质转化（EndMT）中的作用及其对动脉粥样硬化（AS）进展的影响	揭示了PIM1/P-NDRG1(S330)/PTBP1/EndMT轴在促进AS进展中的关键作用，并提出了新的预防策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究PIM1在动脉粥样硬化中的作用机制	小鼠和人类动脉粥样硬化病变	生物医学	心血管疾病	单细胞测序、定量PCR、Western blotting、免疫组化、Co-IP、H&E染色、Oil Red O染色、Masson三色染色	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织染色数据	不同时间段高脂饮食喂养的小鼠动脉粥样硬化斑块
5143	2025-01-05	Integrated Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Critical Blood Biomarkers and Potential Mechanisms in Epilepsy 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70172 PMID:39753851	研究论文	本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，识别了与癫痫相关的关键血液生物标志物和潜在机制	结合孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，揭示了癫痫的遗传倾向和免疫环境动态，并开发了抗癫痫药物反应的预测模型	研究主要基于外周血样本和动物模型，可能无法完全反映人类大脑中的复杂情况	探索癫痫的遗传因素和免疫环境动态，识别关键基因和潜在机制	癫痫患者的外周血样本和癫痫小鼠模型	基因组学	癫痫	孟德尔随机化、单细胞转录组学分析、eQTLGen、全基因组关联研究、CIBERSORT	预测模型	基因表达数据、蛋白质组数据	癫痫患者的外周血样本和癫痫小鼠模型
5144	2025-01-05	Spatial transcriptomics reveals unique metabolic profile and key oncogenic regulators of cervical squamous cell carcinoma 2024-Dec-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06011-y PMID:39741285	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了宫颈鳞状细胞癌（CSCC）肿瘤微环境和代谢特征，揭示了不同肿瘤区域的代谢分布及其与肿瘤分化程度的关系	首次结合空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，详细描绘了CSCC肿瘤边缘和核心区域的空间代谢分布，并发现了APP和TRPS1在肿瘤进展中的关键作用	研究样本量有限，且主要基于FFPE样本，可能影响结果的普适性	深入理解CSCC的肿瘤微环境和代谢特征，探索肿瘤进展的潜在机制	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者的FFPE肿瘤样本	数字病理学	宫颈癌	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	CSCC患者的FFPE肿瘤样本
5145	2025-01-05	Targeting AURKA with multifunctional nanoparticles in CRPC therapy 2024-Dec-30, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03070-7 PMID:39734237	研究论文	本研究探讨了ART-T细胞膜包裹的AMS@AD纳米颗粒在光热-化疗-免疫联合治疗中对去势抵抗性前列腺癌（CRPC）的疗效	首次将光热、化疗和免疫治疗结合，使用T细胞膜仿生纳米颗粒靶向AURKA，为CRPC提供了一种新的三重联合治疗方法	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验，实际疗效和安全性仍需进一步验证	评估CM-AMS@AD纳米颗粒在CRPC治疗中的疗效和潜在临床应用	去势抵抗性前列腺癌（CRPC）	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、动态光散射、透射电子显微镜	NA	基因表达数据、细胞图像	TCGA-PRAD数据集和GEO数据库中的单细胞RNA测序数据
5146	2025-01-05	Single-cell RNA sequencing identifies the expression of hemoglobin in chondrocyte cell subpopulations in osteoarthritis 2024-Dec-30, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4 DOI:10.1186/s12860-024-00519-3 PMID:39736555	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了骨关节炎中软骨细胞亚群中血红蛋白的表达特征及其相关通路	首次在软骨细胞中发现血红蛋白的表达，并揭示了其在骨关节炎进展中的潜在机制	研究依赖于公共数据库中的数据，未进行实验验证	探讨骨关节炎中软骨细胞亚群中血红蛋白的表达特征及其相关通路	正常人和骨关节炎患者的软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	从GEO数据库下载的正常人和骨关节炎患者的数据
5147	2025-01-05	Single-cell and spatial transcriptomics reveal SPP1-CD44 signaling drives primary resistance to immune checkpoint inhibitors in RCC 2024-Dec-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06018-5 PMID:39736762	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了SPP1-CD44信号在肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的作用机制	首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和临床样本分析，揭示了SPP1-CD44信号在肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的具体机制	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	揭示肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的肿瘤-免疫相互作用和信号通路	肾细胞癌患者	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 基因集富集分析(GSEA)	细胞-细胞通信网络, 伪时间轨迹	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
5148	2025-01-05	Cancer-specific innate and adaptive immune rewiring drives resistance to PD-1 blockade in classic Hodgkin lymphoma 2024-Dec-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54512-7 PMID:39737927	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间分析，定义了经典霍奇金淋巴瘤（cHL）对PD-1阻断的免疫反应的共享循环和微环境特征	揭示了cHL患者对PD-1阻断的免疫反应中CD4 T细胞、B细胞和IL1β单核细胞的互补作用，并提出了通过外周血检测捕捉这些特征的可能性	研究主要关注cHL患者，未涉及其他类型的癌症或更大范围的患者群体	探索cHL患者对PD-1阻断的免疫反应的机制	经典霍奇金淋巴瘤（cHL）患者	数字病理学	霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序，空间分析	NA	RNA测序数据	cHL患者和健康供体的样本
5149	2025-01-05	Immune checkpoint inhibitor-induced severe epidermal necrolysis mediated by macrophage-derived CXCL10 and abated by TNF blockade 2024-Dec-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54180-7 PMID:39737932	研究论文	本文研究了免疫检查点抑制剂（ICI）诱导的严重表皮坏死松解症的机制，并探讨了TNF阻断剂在治疗中的应用	通过单细胞RNA测序分析，揭示了巨噬细胞来源的CXCL10在ICI诱导的SJS/TEN中的作用，并提出了TNF信号通路作为潜在治疗靶点	样本量较小，仅包括25名ICI诱导的SJS/TEN患者	探讨ICI诱导的严重皮肤不良反应（SCAR）的发病机制及治疗方法	ICI诱导的SJS/TEN患者	免疫学	皮肤癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	25名ICI诱导的SJS/TEN患者
5150	2025-01-05	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-Dec-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	本文利用空间转录组学和蛋白质组学技术，选择胰腺导管腺癌（PDAC）的分子靶标，并开发了一种针对claudin-4的肽基分子成像剂	通过空间转录组学和蛋白质组学技术选择PDAC的分子靶标，并开发了一种新的肽基分子成像剂，用于PET成像	研究主要基于人类手术样本，可能无法完全代表所有PDAC病例	选择胰腺导管腺癌（PDAC）的分子靶标，并开发一种新的分子成像剂	胰腺导管腺癌（PDAC）的分子靶标	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学，蛋白质组学，PET成像	NA	分子成像数据，空间转录组数据，蛋白质组数据	人类手术样本
5151	2025-01-05	Aging-induced immune microenvironment remodeling fosters melanoma in male mice via γδ17-Neutrophil-CD8 axis 2024-Dec-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55164-3 PMID:39738047	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了雄性小鼠中，衰老如何通过γδ17-中性粒细胞-CD8轴促进肿瘤转移	揭示了衰老通过γδ17-中性粒细胞-CD8轴促进肿瘤转移的新机制，并提出了潜在的治疗策略	研究仅限于雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或人类样本	研究衰老免疫系统如何促进肿瘤转移	雄性小鼠	免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	雄性小鼠
5152	2025-01-05	Multivariate stochastic modeling for transcriptional dynamics with cell-specific latent time using SDEvelo 2024-Dec-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55146-5 PMID:39738101	研究论文	本文介绍了一种名为SDEvelo的生成方法，通过多变量随机微分方程（SDE）建模未剪接和剪接RNA的动态，推断RNA速度	SDEvelo独特地建模了转录动态中的固有不确定性，并估计了跨基因的细胞特异性潜在时间	现有方法大多使用普通微分方程（ODE）进行单基因动态建模，未能充分捕捉多基因中由细胞特异性潜在时间调控的转录动态的随机性	研究单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的转录动态，特别是RNA速度的推断	未剪接和剪接RNA的动态	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组学	SDE	RNA测序数据	模拟数据和四个scRNA-seq及空间转录组学数据集
5153	2025-01-05	Tppp3 is a novel molecule for retinal ganglion cell identification and optic nerve regeneration 2024-Dec-29, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01917-6 PMID:39734233	研究论文	本文研究了Tppp3在视网膜神经节细胞（RGCs）神经保护和轴突再生中的作用，使用啮齿动物的视神经挤压（ONC）模型	首次揭示了Tppp3在哺乳动物轴突再生中的作用，并开发了一种新的治疗策略用于RGC神经保护和轴突再生	研究仅限于啮齿动物模型，尚未在人类中进行验证	识别促进轴突再生的分子调节剂，减少中枢神经系统损伤的长期影响	视网膜神经节细胞（RGCs）	再生医学	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠、猕猴和人类的RGCs
5154	2025-01-05	Microdissection and Single-Cell Suspension of Neocortical Layers From Ferret Brain for Single-Cell Assays 2024-Dec-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5133 PMID:39735300	研究论文	本文描述了一种从活体脑切片中微解剖发育中的大脑皮层各层，并通过酶解和机械解离生成单细胞悬液的方法，适用于高通量单细胞分析	该方法提高了大脑皮层遗传分析的分辨率，并促进了比小鼠更能模拟人类皮层发育的实验室动物模型（如雪貂）的研究	NA	研究大脑皮层发育过程中的遗传复杂性	雪貂大脑的发育中的大脑皮层	生物医学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, TrackerSeq	NA	单细胞数据	胚胎期和早期出生后的雪貂大脑皮层
5155	2025-01-05	Decoding aging in the heart via single cell dual omics of non-cardiomyocytes 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111469 PMID:39735437	研究论文	本文通过单细胞双组学技术（scRNA-seq和scATAC-seq）研究了小鼠心脏非心肌细胞在不同年龄阶段的衰老过程	首次在单细胞水平上揭示了心脏非心肌细胞在衰老过程中的异质性和动态变化，并识别了与衰老相关的基因表达、转录因子活性和基序变异	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	解析心脏衰老的细胞和分子机制，为治疗衰老相关心脏疾病提供潜在治疗途径	小鼠心脏非心肌细胞（非CMs）	单细胞组学	心血管疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	年轻、中年和老年小鼠的心脏非心肌细胞
5156	2025-01-05	S100A8 promotes tumor progression by inducing phenotypic polarization of microglia through the TLR4/IL-10 signaling pathway in glioma 2024-Dec, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2024.07.001 PMID:39735438	研究论文	本研究探讨了S100A8在胶质瘤进展中的表达模式及其功能作用，揭示了其通过TLR4/IL-10信号通路诱导小胶质细胞表型极化促进肿瘤进展的机制	首次揭示了S100A8通过TLR4/IL-10信号通路诱导小胶质细胞M2极化，从而促进胶质瘤进展的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本量相对有限，需要进一步的大规模临床研究验证	全面评估S100A8在胶质瘤进展中的表达模式及功能作用	胶质瘤组织及细胞系	肿瘤生物学	胶质瘤	免疫组化(IHC)、Transwell实验、伤口愈合实验、CCK8实验、单细胞测序、共免疫沉淀(Co-IP)	NA	组织样本、细胞系、公共数据库数据	98例胶质瘤患者组织样本
5157	2025-01-05	Deciphering the Role of SLFN12: A Novel Biomarker for Predicting Immunotherapy Outcomes in Glioma Patients Through Artificial Intelligence 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70317 PMID:39740094	研究论文	本研究通过人工智能方法识别了SLFN12作为预测胶质瘤患者抗PD-1免疫治疗效果的生物标志物	首次将SLFN12基因与胶质瘤患者的免疫治疗效果联系起来，并通过单细胞RNA测序和大规模转录组数据分析验证其预测价值	研究结果需要进一步在更大规模的患者群体中进行验证，以确认SLFN12作为生物标志物的普适性	探索和验证能够预测胶质瘤患者免疫治疗效果的生物标志物	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序, 转录组数据分析	人工智能方法	RNA测序数据, 转录组数据	超过3000名患者的数据
5158	2025-01-05	Basic Science and Pathogenesis 2024-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.093393 PMID:39750553	研究论文	本文研究了阿尔茨海默病（AD）的发病机制，特别是血管功能障碍在AD中的作用	使用新型敲入小鼠模型（EOAD和LOAD）结合空间转录组学技术（Stereo-seq）研究AD的血管功能障碍	研究局限于小鼠模型，可能无法完全反映人类AD的复杂性	研究AD的血管功能障碍及其在AD发病机制中的作用	早发性AD（EOAD）和晚发性AD（LOAD）小鼠模型	数字病理学	老年病	空间转录组学（Stereo-seq）	敲入小鼠模型	基因表达数据	EOAD小鼠（3、6、9个月）和LOAD小鼠（4、8、12个月），以及年龄匹配的C57BL/6J小鼠作为对照
5159	2025-01-05	Basic Science and Pathogenesis 2024-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.091399 PMID:39750780	研究论文	本文通过整合东亚和欧洲的基因组数据，进行了一项关于阿尔茨海默病的meta-GWAS研究，并利用单细胞转录组数据识别了受变异影响的差异表达基因	本研究首次在包括更多东亚人群的meta-GWAS中识别出与SORL1相关的显著SNPs，这些关联可能由于欧洲人群的低次要等位基因频率而在之前的研究中未被发现	研究样本主要来自韩国和欧洲，可能限制了结果的普遍性	探索阿尔茨海默病的遗传风险因素，特别是与β-淀粉样蛋白（Aβ）沉积相关的基因变异	阿尔茨海默病患者及健康对照	基因组学	阿尔茨海默病	GWAS, 单细胞转录组分析	NA	基因组数据, 单细胞转录组数据	发现数据集包括3,387名韩国参与者，复制数据集包括606名独立韩国参与者，以及来自13个队列的多民族淀粉样蛋白PET GWAS的汇总统计数据
5160	2025-01-05	Basic Science and Pathogenesis 2024-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.090976 PMID:39750818	研究论文	本文通过体外大鼠神经共培养模型，研究了细胞相互作用变化如何改变神经细胞类型对神经退行性相关因子的转录反应	使用单细胞RNA-seq技术，结合多条件实验设计，揭示了神经细胞类型组成变化对神经退行性相关基因表达的影响	研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	探讨阿尔茨海默病（AD）中神经退行性变的具体机制	大鼠神经细胞共培养模型	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA-seq, CRISPR-Cas9	NA	转录组数据	约12k细胞的转录组数据，多条件实验产生约40k转录组数据