单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5121	2024-12-19	Identification of SPP1 + macrophages as an immune suppressor in hepatocellular carcinoma using single-cell and bulk transcriptomics 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1446453 PMID:39691723	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组学分析，揭示了SPP1+巨噬细胞在肝细胞癌中的免疫抑制作用	首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，确定了SPP1+巨噬细胞在肝细胞癌中的免疫抑制作用，并提出了SPP1作为肝细胞癌免疫治疗潜在靶点的可能性	研究主要基于数据分析，缺乏体内实验验证	探讨肝细胞癌中巨噬细胞和T细胞的功能多样性，并确定潜在的免疫治疗靶点	肝细胞癌中的巨噬细胞和T细胞	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序	NA	转录组数据	两个大规模肝细胞癌队列的RNA测序数据，以及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据
5122	2024-12-19	CD8+ T-Cell Signatures as Prognostic and Immunotherapy Response Predictors in Non-Small Cell Lung Cancer 2024, Folia biologica IF:1.1Q4 DOI:10.14712/fb2024070040196 PMID:39692574	研究论文	本研究旨在通过单细胞和批量RNA测序技术，基于CD8+ T细胞标记基因识别并验证一种新的生物标志物特征，用于预测非小细胞肺癌患者的治疗反应	本研究首次结合单细胞和批量RNA测序技术，生成了基于CD8+ T细胞的生物标志物特征，强调了其在非小细胞肺癌预后和治疗中的关键作用	本研究的样本量虽然较大，但仍需在更多临床试验中验证该生物标志物特征的普适性和准确性	识别并验证一种新的生物标志物特征，用于预测非小细胞肺癌患者的治疗反应	非小细胞肺癌患者的CD8+ T细胞标记基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	1200个样本，包括4个非小细胞肺癌样本通过单细胞RNA测序分析，1000个来自TCGA的非小细胞肺癌样本，以及196个来自GSE37745队列的非小细胞肺癌样本
5123	2024-12-18	A bipolar disorder-associated missense variant alters adenylyl cyclase 2 activity and promotes mania-like behavior 2025-Jan, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02663-w PMID:39003412	研究论文	本文研究了与双相情感障碍相关的单核苷酸多态性rs13166360对腺苷酸环化酶2（ADCY2）活性和小鼠狂躁样行为的影响	首次展示了ADCY2错义突变通过改变亚细胞定位降低酶生成第二信使cAMP的能力，并建立了携带该突变的小鼠模型，揭示了其与狂躁样行为和认知障碍的关系	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨ADCY2基因突变与双相情感障碍的关联及其潜在机制	ADCY2基因突变对小鼠行为和神经生物学过程的影响	NA	双相情感障碍	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	携带ADCY2基因突变的小鼠
5124	2024-12-18	Blockade of purine metabolism reverses macrophage immunosuppression and enhances anti-tumor immunity in non-small cell lung cancer 2025-Jan, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101175 PMID:39608215	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中巨噬细胞通过嘌呤代谢介导的免疫抑制作用及其对免疫治疗效果的影响	首次揭示了嘌呤代谢在巨噬细胞免疫抑制中的关键作用，并提出阻断嘌呤代谢与免疫检查点阻断联合治疗可能产生协同效应	研究主要基于小鼠模型，需进一步验证在人体中的效果	评估巨噬细胞通过与癌细胞的代谢交流调节非小细胞肺癌进展及其对免疫治疗效果的影响	非小细胞肺癌中的巨噬细胞及其代谢调控机制	数字病理学	肺癌	单细胞测序、流式细胞术、免疫荧光、ELISA、RNA测序	NA	单细胞数据、组织样本	C57BL/6 J小鼠模型
5125	2024-12-18	CFTR represses a PDX1 axis to govern pancreatic ductal cell fate 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111393 PMID:39687022	研究论文	本研究探讨了CFTR蛋白在胰腺导管细胞命运中的调控作用，揭示了CFTR通过抑制PDX1轴来影响胰腺重塑的机制	首次揭示了CFTR蛋白通过维持PTEN和GSK3β的激活来限制PDX1表达，从而调控胰腺导管细胞命运的细胞自主机制	研究仅基于CF小动物模型，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨CFTR蛋白在胰腺导管细胞命运中的调控作用及其对胰腺重塑的影响	CF小动物模型中的胰腺导管细胞和胰岛功能	NA	囊性纤维化	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	CF小动物模型
5126	2024-12-18	Single-cell transcriptomic reveals the peritoneal microenvironmental change in long-term peritoneal dialysis patients with ultrafiltration failure 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111383 PMID:39687014	研究论文	研究揭示了长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境的变化	首次通过单细胞转录组测序揭示了长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境中中性粒细胞和巨噬细胞亚群的变化	研究样本量较小，可能无法全面代表所有长期腹膜透析患者的微环境变化	探讨长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境的变化及其机制	长期腹膜透析患者的腹膜微环境，包括中性粒细胞、巨噬细胞和间皮细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	具体样本量未在摘要中提及
5127	2024-12-18	Spatial patterns and MRI-based radiomic prediction of high peritumoral tertiary lymphoid structure density in hepatocellular carcinoma: a multicenter study 2024-Dec-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009879 PMID:39675785	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌中高密度肿瘤周围三级淋巴结构（pTLS）的空间模式，并开发了一种基于MRI的放射组学分类器，用于预测pTLS密度	本研究首次通过空间转录组学和RNA测序数据识别了pTLS密度的关键调控因子，并开发了一种基于放射组学的非侵入性分类器，用于预测肝细胞癌中的pTLS密度	本研究的样本主要来自多中心回顾性数据，未来需要进一步的前瞻性研究来验证结果	阐明肝细胞癌中pTLS密度的生物学差异，并开发一种放射组学分类器，用于预测pTLS密度，为临床诊断和治疗提供新见解	肝细胞癌患者的肿瘤周围三级淋巴结构（pTLS）密度	数字病理学	肝癌	空间转录组学、RNA测序、放射组学	机器学习算法	图像、基因表达数据	660名接受手术治疗的肝细胞癌患者，包括307名训练集患者、76名时间验证集患者和277名外部验证集患者
5128	2024-12-18	scVAG: Unified single-cell clustering via variational-autoencoder integration with Graph Attention Autoencoder 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40732 PMID:39687165	研究论文	本文提出了一种名为scVAG的深度学习框架，结合变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE），用于增强单细胞聚类分析	scVAG通过集成VAE和GATE，实现了更灵活的潜在空间编码，并取代了传统的线性主成分分析（PCA），更适合处理单细胞RNA测序数据	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE）	数据矩阵	20个数据集
5129	2024-12-18	Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.11.005 PMID:39658541	研究论文	研究探讨了化疗对高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中T细胞耗竭的影响，揭示了化疗诱导的髓系细胞驱动的空间性T细胞耗竭现象	首次揭示了化疗后髓系细胞网络（Myelonets）对CD8 T细胞耗竭的影响，并发现NECTIN2-TIGIT信号通路在化疗诱导的T细胞耗竭中的作用	研究样本量有限，且仅针对高级别浆液性卵巢癌，可能无法推广到其他类型的癌症	探讨化疗对高级别浆液性卵巢癌中抗肿瘤免疫的影响，并寻找潜在的免疫治疗策略	高级别浆液性卵巢癌样本中的免疫细胞状态及其在化疗前后的变化	数字病理学	卵巢癌	单细胞和空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	117个高级别浆液性卵巢癌样本，包括化疗前后的样本
5130	2024-12-18	Elucidating Sex-Specific Immune Profiles in a Breast Cancer Model 2024-Dec-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313113 PMID:39684829	研究论文	本研究探讨了雌激素受体阳性（ER+）乳腺癌模型中性别特异性免疫特征	首次通过单细胞RNA测序、全切片免疫组织化学和流式细胞术揭示了雌激素受体阳性乳腺癌模型中性别特异性的激素和免疫微环境差异	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类乳腺癌患者尚需进一步验证	探讨乳腺癌模型中性别特异性的免疫反应及其对肿瘤进展和生存的影响	雌激素受体阳性乳腺癌模型中的性别特异性免疫特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、全切片免疫组织化学、流式细胞术	NA	基因表达数据、组织图像、细胞数据	雌性和雄性ER+乳腺癌小鼠模型
5131	2024-12-18	Single-Cell RNA Sequencing of PBMCs Identified Junction Plakoglobin (JUP) as Stratification Biomarker for Endometriosis 2024-Dec-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313071 PMID:39684780	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的单细胞图谱，并发现Junction Plakoglobin (JUP)作为诊断和分层标志物的潜力	首次构建了子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的单细胞图谱，并发现JUP在子宫内膜异位症和卵巢癌患者血清中的显著升高，增强了诊断的特异性	敏感性较低，仅为19%	识别子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的独特特征，并开发非侵入性早期诊断工具	子宫内膜异位症患者的外周血单核细胞和JUP作为诊断标志物	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	107,964个细胞和199名患者（包括20名卵巢癌患者）
5132	2024-12-18	Characterization of an Activated Metabolic Transcriptional Program in Hepatoblastoma Tumor Cells Using scRNA-seq 2024-Dec-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313044 PMID:39684755	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢转录程序，并使用机器学习方法建立了肿瘤表达代谢评分	首次在单细胞水平上验证了肝母细胞瘤肿瘤细胞中激活的代谢转录程序，并识别出一系列具有预测价值的代谢酶	研究仅限于肝母细胞瘤，未探讨其他类型的儿童肝癌	探讨肝母细胞瘤中代谢重编程的分子机制	肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢酶表达	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序	Elasticnet	RNA	使用了GSE104766和GSE131329数据集的bulk RNA测序数据，以及GSE180665数据集的单细胞转录组数据
5133	2024-12-18	Tackling the Complexity of Spatial Transcriptomics Data Interpretation with Large Language Models 2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.28.625773 PMID:39677817	研究论文	本研究探讨了大型语言模型（LLMs）在空间转录组数据分析和解释中的潜力，特别是在小鼠黑色素瘤肿瘤模型中的应用	本研究展示了LLMs在空间转录组数据分析中的潜力，能够结合高级模式识别与广泛的知识整合，增强数据解释能力	目前的工作流程尚需进一步开发以实现可扩展性	探索LLMs在空间转录组数据解释中的应用，以加速将空间转录组数据转化为生物学见解	小鼠黑色素瘤肿瘤模型的空间转录组数据	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组	LLM（大型语言模型）	基因表达数据	小鼠黑色素瘤肿瘤模型
5134	2024-12-18	Identification of a Highly Functional Effector CD8 + T Cell Program after Transplantation in Mice and Humans 2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.26.625263 PMID:39677722	研究论文	研究在移植后的小鼠和人类中，CD8+ T细胞在急性排斥反应中的功能和命运	首次发现CD43 1B11信号在移植排斥反应中的作用，并证明CD43 1B11单克隆抗体治疗可以克服大多数小鼠的共刺激阻断诱导的耐受性	研究主要集中在小鼠模型和少数人类样本上，可能无法完全反映人类移植排斥反应的复杂性	探讨CD8+ T细胞在移植排斥反应中的作用及其在急性排斥反应中的命运	小鼠和人类移植后的CD8+ T细胞	NA	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠和人类样本
5135	2024-12-18	The Immunoregulatory Architecture of the Adult Oral Cavity 2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.01.626279 PMID:39677739	研究论文	本文首次展示了人类成年口腔和颅面组织的综合图谱，通过单细胞RNA测序和空间图谱技术揭示了口腔免疫调节的细胞和分子结构	首次整合了人类成年口腔和颅面组织的综合图谱，并开发了AstroSuite软件包用于分析细胞邻域和多细胞相互作用模块	研究主要集中在健康状态下的口腔组织，对疾病状态下的变化研究较少	深入理解口腔组织的免疫调节结构，为精准医学提供基础	人类成年口腔和颅面组织的细胞、分子和空间结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	约250,000个细胞，来自70个样本，涵盖13个微环境
5136	2024-12-18	Innovative Insights into Single-Cell Technologies and Multi-Omics Integration in Livestock and Poultry 2024-Dec-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312940 PMID:39684651	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与多组学整合技术在畜禽研究中的应用	强调了scRNA-seq与表观组学、蛋白质组学和空间转录组学数据的结合，提供了多维度的分析方法	NA	探讨单细胞技术和多组学整合在畜禽研究中的应用	畜禽中的关键物种，包括家禽、猪和反刍动物	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
5137	2024-12-18	The Immunomodulatory Effects of Vitamin D on COVID-19 Induced Glioblastoma Recurrence via the PI3K-AKT Signaling Pathway 2024-Dec-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312952 PMID:39684661	研究论文	本研究探讨了维生素D通过PI3K-AKT信号通路对COVID-19诱导的胶质母细胞瘤复发的免疫调节作用	本研究通过整合生物信息学方法，揭示了维生素D与COVID-19在胶质母细胞瘤中的分子相互作用，并确定了关键的预后基因	本研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探讨COVID-19与胶质母细胞瘤之间的分子相互作用，并研究维生素D的免疫调节作用	COVID-19感染的胶质母细胞瘤患者	NA	脑癌	生物信息学方法，包括富集分析、生存分析和分子对接	NA	基因表达数据	203个共同差异表达基因，6个预后关键基因
5138	2024-12-18	Fibroblast growth factor 2 enhances BMSC stemness through ITGA2-dependent PI3K/AKT pathway activation 2024-Dec, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31423 PMID:39188080	研究论文	研究探讨了成纤维细胞生长因子2（FGF2）通过ITGA2依赖的PI3K/AKT通路激活增强骨髓间充质干细胞（BMSC）干性的机制	首次揭示了FGF2通过上调ITGA2表达并通过PI3K/AKT信号通路增强BMSC干性的机制	研究主要在体外实验中进行，尚未在体内环境中验证其效果	探讨增强BMSC干性的策略以提高其在临床治疗中的疗效	骨髓间充质干细胞（BMSC）及其干性维持机制	干细胞生物学	NA	转录组学和单细胞测序	NA	转录组数据	多个BMSC样本
5139	2024-12-18	Specialized metabolism in St John's wort 2024-Dec, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2024.102625 PMID:39236592	研究论文	本文研究了圣约翰草（Hypericum perforatum L.）的特殊代谢，特别是其标志性生物活性化合物hyperforin和hypericin的生物合成	本文揭示了圣约翰草中多种代谢物的生物合成途径，并发现了新的酶如hyperforin合酶，为药物开发提供了可扩展的生物活性化合物生产方法	NA	研究圣约翰草的特殊代谢及其生物活性化合物的生物合成途径	圣约翰草（Hypericum perforatum L.）及其生物活性化合物hyperforin和hypericin	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5140	2024-12-18	Combined single cell and spatial transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity of hedgehog pathway in gastric cancer 2024-Dec, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00297-0 PMID:39251886	研究论文	本研究结合单细胞测序数据和空间转录组学，深入探讨了hedgehog通路在胃癌中的作用	首次通过结合单细胞测序和空间转录组学，揭示了hedgehog通路在胃癌中的细胞异质性，并发现了CCND1在肿瘤相关成纤维细胞形成中的重要作用	研究主要基于单细胞和空间转录组数据，缺乏体内实验验证	探讨hedgehog通路在胃癌中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌中的hedgehog通路及相关成纤维细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序，空间转录组学	NA	转录组数据	未明确具体样本数量