单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27241 篇文献，本页显示第 5081 - 5100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5081 | 2024-12-19 |
Dedifferentiation of vascular smooth muscle cells upon vessel injury
2025-Jan-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113691
PMID:39591824
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综述 | 本文综述了血管平滑肌细胞在血管损伤后的去分化过程及其机制 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了血管平滑肌细胞在健康和病理状态下的复杂多样性 | NA | 探讨血管损伤后血管平滑肌细胞去分化的动态过程及其机制 | 血管平滑肌细胞在血管损伤后的去分化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 5082 | 2024-12-19 |
Aging and head and neck cancer insights from single cell and spatial transcriptomic analyses
2024-Dec-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01672-z
PMID:39692961
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析，深入探讨了衰老相关基因（ARGs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的表达及其预后意义 | 本研究首次结合单细胞测序和空间转录组学分析，揭示了ARGs在HNSCC中的表达及其对预后的影响 | 本研究主要基于数据库数据和现有工具进行分析，缺乏实验验证 | 提供新的理论支持并为个性化治疗提供方向 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的衰老相关基因（ARGs） | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞测序、空间转录组学分析 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 使用GSE139324系列数据和TCGA数据库中的样本 |
| 5083 | 2024-12-19 |
An improved bacterial single-cell RNA-seq reveals biofilm heterogeneity
2024-Dec-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97543
PMID:39689163
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研究论文 | 本研究提出了一种改进的细菌单细胞RNA测序方法RiboD-PETRI，用于探索生物膜异质性 | 引入了一种新的方法RiboD，通过去除核糖体RNA衍生的cDNA，显著提高了mRNA检测率，解决了细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题 | NA | 解决细菌单细胞RNA测序中rRNA过多的问题，并探索生物膜的异质性 | 细菌单细胞RNA测序和生物膜异质性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 5084 | 2024-12-19 |
A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma
2024-Dec-17, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01432-0
PMID:39690246
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研究论文 | 本文研究了肝细胞癌中GMPS通过调节PD-L1的糖基化修饰促进肿瘤免疫逃逸的机制 | 首次揭示了GMPS通过调节PD-L1的糖基化修饰促进肝细胞癌免疫逃逸的机制，并提出了靶向GMPS作为肝细胞癌治疗新策略的可能性 | 实验主要集中在体外和细胞水平，缺乏临床试验验证 | 探索肝细胞癌快速生长和转移的调控机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 肝细胞癌组织、GMPS、PD-L1、CD8 T细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | scRNA-Seq | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | 晚期肝细胞癌组织 |
| 5085 | 2024-12-19 |
Predictive significance of MPT-driven necrosis-related genes signature in gastric cancer and their impact on the tumor microenvironment
2024-Dec-17, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-024-03832-7
PMID:39690336
|
研究论文 | 本研究探讨了MPT驱动的坏死相关基因（MPTDNRGs）在胃癌（GC）中的预测意义及其对肿瘤免疫微环境（TIME）的影响 | 首次揭示了MPTDN相关基因在胃癌中的突变率和表达差异，并构建了预测胃癌预后的风险模型，同时评估了其对免疫治疗反应的影响 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要更多临床样本的验证 | 探讨MPTDN相关基因在胃癌中的预测意义及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 胃癌患者的MPTDN相关基因表达及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA测序（RNA-seq） | LASSO回归 | RNA序列数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本，以及尿路上皮癌样本用于验证 |
| 5086 | 2024-12-19 |
Enhancing immuno-oncology investigations through multidimensional decoding of tumor microenvironment with IOBR 2.0
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100910
PMID:39626665
|
研究论文 | 本文介绍了IOBR 2.0工具包，用于通过多组学数据对肿瘤微环境进行多维解码，以增强免疫肿瘤学研究 | IOBR 2.0通过多组学数据整合和单细胞RNA测序数据构建基因特征和参考矩阵，提供了更全面的肿瘤-免疫相互作用分析 | 研究结果仍需在大规模临床队列中进行验证 | 通过多组学数据整合推进肿瘤微环境研究 | 肿瘤微环境及其与免疫疗法的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 5087 | 2024-12-19 |
A statistical approach for systematic identification of transition cells from scRNA-seq data
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100913
PMID:39644902
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CellTran的统计方法，利用配对基因表达相关性从scRNA-seq数据中识别过渡细胞 | 该方法无需明确解析基因调控网络，即可检测过渡细胞，并揭示其独特的基因表达特征 | NA | 揭示驱动细胞状态转换的分子机制，并增强识别疾病干预治疗靶点的能力 | 从scRNA-seq数据中识别过渡细胞及其基因表达特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 统计方法 | 基因表达数据 | 涉及多种生物学背景的样本，包括组织再生、胚胎发育、癌前病变和疫苗接种后的体液反应 |
| 5088 | 2024-12-19 |
Single-cell RNA sequencing algorithms underestimate changes in transcriptional noise compared to single-molecule RNA imaging
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100933
PMID:39662473
|
研究论文 | 本文通过小分子扰动和单细胞RNA测序算法，比较了转录噪音在单细胞RNA测序和单分子RNA荧光原位杂交中的量化差异 | 首次通过单分子RNA荧光原位杂交验证了单细胞RNA测序算法在量化转录噪音时的系统性低估 | 所有单细胞RNA测序算法在量化噪音变化时均存在系统性低估 | 评估和比较不同单细胞RNA测序算法在量化转录噪音方面的准确性 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA荧光原位杂交数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（smFISH） | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA荧光原位杂交数据 |
| 5089 | 2024-12-19 |
Expanding the landscape of antibody discovery
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100936
PMID:39689694
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术的方法，用于筛选多样化的抗体基因库 | 本文创新性地将抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术结合，成功筛选出多样化的抗体基因库 | NA | 开发一种新的方法用于抗体-抗原配对发现 | 抗体基因库和病毒受体蛋白库 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 5090 | 2024-12-19 |
Supervised Screening of EGFR Inhibitors Validated through Computational Structural Biology Approaches
2024-Dec-12, ACS medicinal chemistry letters
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acsmedchemlett.4c00385
PMID:39691517
|
研究论文 | 本研究整合多组学数据，利用机器学习方法筛选EGFR抑制剂，并通过计算结构生物学方法验证其有效性 | 本研究创新性地结合了多组学数据和机器学习方法，筛选出具有潜在抗乳腺癌活性的EGFR抑制剂，并通过计算结构生物学方法验证其分子相互作用和构象动力学 | 本研究主要基于细胞系数据和计算模型，尚未进行体内实验验证 | 筛选和验证针对乳腺癌中EGFR过表达的有效治疗化合物 | 乳腺癌细胞系中的EGFR抑制剂 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 支持向量机、人工神经网络、随机森林 | 多组学数据 | 使用了来自Cancer Cell Line Encyclopedia和Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库的乳腺癌细胞系数据 |
| 5091 | 2024-12-19 |
Association of circulating cytokine levels and tissue-infiltrating myeloid cells with achalasia: results from Mendelian randomization and validation through clinical characteristics and single-cell RNA sequencing
2024-12, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-024-02155-2
PMID:39377966
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研究论文 | 本文研究了食管失弛缓症与循环细胞因子水平及组织浸润髓系细胞之间的关系，通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序验证了潜在机制 | 首次通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序结合的方法，揭示了食管失弛缓症中特定细胞因子和髓系细胞的作用机制 | 研究样本量较小，且仅基于FinnGen数据库的数据，可能存在地域和人群的局限性 | 探讨食管失弛缓症的免疫失调机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 循环细胞因子水平、组织浸润髓系细胞、食管失弛缓症患者 | NA | 食管失弛缓症 | 孟德尔随机化、单细胞RNA测序、酶联免疫吸附测定 | NA | 基因组数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据 | 47种细胞因子的cis-eQTLs/pQTLs数据，以及来自FinnGen的食管失弛缓症GWAS数据 |
| 5092 | 2024-12-19 |
Gastric Cancer Actively Remodels Mechanical Microenvironment to Promote Chemotherapy Resistance via MSCs-Mediated Mitochondrial Transfer
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404994
PMID:39392399
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研究论文 | 本文研究了胃癌通过间充质基质细胞介导的线粒体转移重塑机械微环境以促进化疗耐药的机制 | 首次揭示了胃癌细胞通过间充质基质细胞介导的线粒体转移，利用细胞外基质的机械信号促进化疗耐药的机制 | 研究仅限于体外实验和部分患者的样本分析，需要进一步的临床验证 | 探讨胃癌对奥沙利铂耐药的机制，并寻找可能的干预策略 | 胃癌患者的肿瘤组织和间充质基质细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 组织 | 部分奥沙利铂耐药的胃癌患者 |
| 5093 | 2024-12-19 |
Statistical inference with a manifold-constrained RNA velocity model uncovers cell cycle speed modulations
2024-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02471-8
PMID:39482463
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研究论文 | 本文提出了一种结合速度场和流形估计的贝叶斯RNA速度模型，用于研究细胞周期中的基因调控动态 | 引入了一种新的贝叶斯模型，将速度场和流形估计结合在一个统一的框架中，提供了统计控制，并识别了显式动力系统的参数 | NA | 解决现有RNA速度算法缺乏统计控制和动态一致性的问题，并研究细胞周期中的基因调控动态 | 细胞周期中的基因表达动态 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA速度分析 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | NA |
| 5094 | 2024-12-19 |
Molecular Lineages and Spatial Distributions of Subplate Neurons in the Human Fetal Cerebral Cortex
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407137
PMID:39495628
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了人类胎儿大脑皮层中子板神经元（SPNs）的分子谱系和空间分布 | 首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了人类胎儿大脑皮层中子板神经元的分子起源和发育谱系 | 研究仅涵盖了妊娠10至25周的胎儿大脑皮层，未涉及更早或更晚的发育阶段 | 揭示人类胎儿大脑皮层中子板神经元的分子起源和发育谱系 | 人类胎儿大脑皮层中的子板神经元（SPNs） | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 妊娠10至25周的人类胎儿大脑皮层样本 |
| 5095 | 2024-11-07 |
Mapping out multiple sclerosis with spatial transcriptomics
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01798-x
PMID:39501034
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5096 | 2024-12-19 |
IL1RAP Blockade With a Monoclonal Antibody Reduces Cardiac Inflammation and Preserves Heart Function in Viral and Autoimmune Myocarditis
2024-Dec, Circulation. Heart failure
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研究论文 | 本文研究了通过单克隆抗体阻断IL1RAP（IL-1受体辅助蛋白）在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗效果 | 本文首次提出通过阻断IL1RAP来治疗心肌炎，相较于单独阻断IL-1，这种方法更为高效 | 本文的研究仅在BALB/c小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其疗效 | 探索IL1RAP阻断在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗潜力 | BALB/c小鼠模型中的病毒性和自身免疫性心肌炎 | NA | 心血管疾病 | 空间转录组学（Visium 10× Genomics） | NA | 基因表达数据 | 每组10-11只BALB/c小鼠 |
| 5097 | 2024-12-19 |
Ionizing radiation inhibits zebrafish embryo hatching through induction of tissue inhibitors of metalloproteinases (TIMPs) expression
2024-Dec, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.17318
PMID:39547957
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研究论文 | 研究探讨了电离辐射对斑马鱼胚胎孵化过程中组织金属蛋白酶抑制剂（TIMPs）表达的影响 | 首次揭示了电离辐射通过诱导TIMPs表达抑制斑马鱼胚胎孵化的分子机制 | 研究仅在斑马鱼胚胎中进行了实验，未涉及其他物种 | 探究电离辐射对水生生物和人类发育的生物学影响 | 斑马鱼胚胎及其孵化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 暴露于5 Gy电离辐射的斑马鱼胚胎 |
| 5098 | 2024-12-19 |
Probe set selection for targeted spatial transcriptomics
2024-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02496-z
PMID:39558096
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Spapros的端到端探针集选择管道，用于优化基因集的特异性和细胞内表达变异，以解析空间上不同的细胞群体 | Spapros能够优化基因集的特异性和细胞内表达变异，从而在细胞类型识别和表达变异恢复方面优于其他选择方法 | NA | 开发一种新的方法来选择用于空间转录组学的最佳探针集，以捕捉组织中的空间信号 | 探针集选择方法及其在空间转录组学中的应用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 成年肺组织样本 |
| 5099 | 2024-12-19 |
Meta-analysis of single-cell RNA sequencing co-expression in human neural organoids reveals their high variability in recapitulating primary tissue
2024-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002912
PMID:39621752
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meta-analysis | 本文通过单细胞RNA测序数据的meta分析，研究了人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的变异性和复现性 | 提出了一个保留共表达框架，为不同神经类器官提供细胞类型特异性的保真度测量，有助于揭示异质性神经类器官实验中的统一变异轴 | 未明确指出具体的局限性 | 研究人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的精确性 | 人类初级脑组织和神经类器官的单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 初级脑组织包含295万细胞，51个数据集；神经类器官包含159万细胞，173个数据集 |
| 5100 | 2024-12-19 |
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Pathological Processes and Crucial Targets for Vascular Endothelial Injury in Diabetic Hearts
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405543
PMID:39475009
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了糖尿病心脏中血管内皮损伤的病理过程和关键靶点 | 首次通过单细胞测序技术揭示了糖尿病心脏中血管内皮细胞损伤的异质性和关键转录因子Ets1的保护作用 | 研究仅在db/db糖尿病小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证 | 揭示糖尿病心脏中血管内皮损伤的机制及其异质性 | 糖尿病心脏中的血管内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | db/db糖尿病小鼠心脏组织样本 |