单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5061	2024-12-21	Exploring the immune characteristions of CRKP pneumonia at single-cell level 2024-07, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108574 PMID:38772102	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）肺炎患者的免疫特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了CRKP肺炎患者从轻度到重度转变过程中免疫细胞的动态特征和功能特性，并发现了与NK细胞、巨噬细胞和单核细胞相关的细胞标志物	样本量较小，仅包括3名患者的5份外周血样本，且未涵盖更多不同严重程度的病例	探讨CRKP肺炎患者的免疫失调特征及其与COVID-19的比较	耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）肺炎患者的免疫细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5份外周血样本来自3名中度和重度CRKP肺炎患者，以及2名COVID-19患者的scRNA-seq数据
5062	2024-12-21	Inflammatory risk contributes to post-COVID endothelial dysfunction through anti-ACKR1 autoantibody 2024-Jul, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402598 PMID:38740432	研究论文	本研究探讨了COVID-19感染后持续炎症对血管功能障碍的影响，特别是针对非典型趋化因子受体1（ACKR1）的自身抗体的作用	首次揭示了COVID-19幸存者中抗ACKR1自身抗体与血管功能障碍之间的关联，并发现了这些抗体在组织特异性静脉血栓栓塞中的潜在作用	研究主要基于小鼠组织和患者样本，未来需要更大规模的人体研究来验证结果	探讨COVID-19感染后持续炎症对血管功能障碍的影响及其机制	COVID-19幸存者中的自身抗体及其对血管功能的影响	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠组织和COVID-19幸存者样本
5063	2024-12-21	Frataxin deficiency shifts metabolism to promote reactive microglia via glucose catabolism 2024-Jul, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402609 PMID:38631900	研究论文	本研究探讨了线粒体蛋白frataxin（FXN）缺乏对微胶质细胞代谢和免疫反应的影响，并评估了丁酸盐治疗对Friedreich共济失调（FRDA）小鼠模型的神经保护作用	首次揭示了FXN缺乏导致微胶质细胞代谢向糖酵解和异柠檬酸生产转变，并发现丁酸盐通过itaconate-Nrf2-GSH途径触发抗氧化反应，抑制炎症基因表达，恢复微胶质细胞稳态	研究仅在FRDA小鼠模型中进行，结果的临床转化和人类适用性尚需进一步验证	探讨FXN缺乏对微胶质细胞代谢和免疫反应的影响，并评估丁酸盐治疗对FRDA的潜在治疗效果	FRDA小鼠模型的微胶质细胞和小脑细胞群	免疫代谢	神经退行性疾病	单细胞RNA测序，代谢组学分析	NA	RNA序列，代谢数据	FRDA小鼠模型中的小脑细胞群
5064	2024-12-21	Proteomic, single-cell and bulk transcriptomic analysis of plasma and tumor tissues unveil core proteins in response to anti-PD-L1 immunotherapy in triple negative breast cancer 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108537 PMID:38744008	研究论文	本文通过蛋白质组学、单细胞和批量转录组学分析，揭示了三阴性乳腺癌患者在接受抗PD-L1免疫治疗后核心蛋白质的变化	构建了一个有效的血浆蛋白质组模型，用于预测免疫治疗的反应，并发现FAP+和COMP+成纤维细胞可能是逆转免疫治疗抵抗的潜在靶点	需要进一步验证和扩展样本量以确认研究结果的普遍性和可靠性	揭示三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的反应机制，并开发预测模型	三阴性乳腺癌患者的血浆和肿瘤组织样本	蛋白质组学	乳腺癌	TMT质谱分析、单细胞RNA测序、批量RNA测序	随机森林模型	蛋白质组数据、转录组数据	来自三阴性乳腺癌患者的预处理和后处理血浆样本，以及公开的肺癌和黑色素瘤的蛋白质组数据
5065	2024-12-21	K-nearest-neighbors induced topological PCA for single cell RNA-sequence data analysis 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108497 PMID:38678944	研究论文	本文提出了一种基于k近邻拓扑的PCA方法，用于单细胞RNA测序数据分析	本文创新性地结合了持久拉普拉斯技术和L范数正则化，提出了一种拓扑主成分分析（tPCA）方法，并通过引入k近邻持久拉普拉斯技术（kNN-PL）进一步提升了方法的鲁棒性	本文未提及具体的局限性	旨在解决单细胞RNA测序数据分析中的多尺度多类别异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PCA	基因表达数据	11个不同的单细胞RNA测序基准数据集
5066	2024-12-21	ISMI-VAE: A deep learning model for classifying disease cells using gene expression and SNV data 2024-06, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108485 PMID:38653063	研究论文	本文提出了一种基于变分自编码器（VAE）的深度学习模型ISMI-VAE，用于整合和分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核苷酸变异（SNV）数据，以分类疾病细胞	ISMI-VAE通过引入注意力机制来反映特征重要性，并分析潜在的致病基因特征，同时利用深度学习技术整合多模态数据并映射到低维空间	NA	开发一种能够有效整合和分析单细胞RNA测序和单核苷酸变异数据的方法，以提高疾病细胞分类的准确性和可解释性	单细胞RNA测序和单核苷酸变异数据	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）	基因表达数据和SNV数据	三个癌症数据集和一个COVID-19数据集
5067	2024-12-21	The pathogenesis of endometriosis and adenomyosis: insights from single-cell RNA sequencing† 2024-May-09, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae032 PMID:38386960	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在子宫内膜异位症和子宫腺肌症研究中的应用，探讨了这两种疾病的细胞成分和分子特征	利用单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞起源和免疫微环境特征	对子宫腺肌症免疫特征的理解仍需进一步探索	探讨子宫内膜异位症和子宫腺肌症的发病机制及细胞水平的治疗靶点	子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞成分和分子特征	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5068	2024-12-21	Edge-relational window-attentional graph neural network for gene expression prediction in spatial transcriptomics analysis 2024-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108449 PMID:38626512	研究论文	提出了一种基于边缘关系窗口注意力图神经网络的虚拟空间转录组学方法，用于从标准组织图像中预测基因表达	创新性地构建了异构图来建模局部窗口交互，并结合注意力机制进行全局信息分析，无需先验基因表达数据	未提及具体的局限性	开发一种成本效益高的虚拟空间转录组学方法，用于基因表达预测，无需昂贵的专用设备	空间转录组学中的基因表达预测	数字病理学	乳腺癌	图神经网络	图卷积网络 (GCN)	图像	两个公开的乳腺癌数据集
5069	2024-12-21	Comprehensive analysis of skin growth-related hub genes and microenvironment characterization in a mouse expanded skin model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1306353 PMID:39703504	研究论文	本文分析了在小鼠扩展皮肤模型中与皮肤生长相关的关键基因及其微环境特征	本文通过随机森林和蛋白质-蛋白质相互作用网络分析，识别出与皮肤再生相关的关键基因，并揭示了这些基因在不同细胞类型中的表达及其相互作用	本文的研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨机械拉伸介导的组织扩展过程中皮肤生长的细胞和分子机制，并识别关键基因和细胞类型	小鼠扩展皮肤模型中的关键基因和微环境特征	数字病理学	NA	单细胞测序	随机森林	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的小鼠芯片测序数据和单细胞测序数据
5070	2024-12-21	Evaluating methods for integrating single-cell data and genetics to understand inflammatory disease complexity 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1454263 PMID:39703500	研究论文	本文评估了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和全基因组关联研究（GWAS）数据整合以理解炎症性疾病复杂性的方法	提出了一个三步基准分析方法，整合GWAS和scRNA-seq数据，识别与遗传相关的细胞状态和基因；评估了非编码SNP整合方法的敏感性和准确性；展示了scDRS工具在区分相似疾病中的有效性	依赖于特定组织的scRNA-seq数据，非疾病特异性数据可能导致误导性结果	通过整合单细胞数据和遗传学数据，揭示炎症性疾病的复杂性	类风湿性关节炎（RA）和溃疡性结肠炎（UC）的单细胞数据和GWAS数据	数字病理学	免疫介导的炎症性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS）	NA	单细胞数据，基因数据	183,742和228,211个细胞用于scRNA-seq，97,173和45,975个样本用于GWAS
5071	2024-12-21	Pan-cancer single cell and spatial transcriptomics analysis deciphers the molecular landscapes of senescence related cancer-associated fibroblasts and reveals its predictive value in neuroblastoma via integrated multi-omics analysis and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506256 PMID:39703515	研究论文	本研究通过泛癌单细胞和空间转录组学分析，揭示了衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）的分子特征，并利用多组学分析和机器学习方法开发了神经母细胞瘤的诊断和预后标志物	首次系统性地探索了衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）在神经母细胞瘤中的分子特征，并开发了基于多组学分析和机器学习的诊断和预后标志物	研究主要集中在神经母细胞瘤，未来可能需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性	揭示衰老相关癌症相关成纤维细胞的分子特征，并开发用于神经母细胞瘤的诊断和预后标志物	衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）及其在神经母细胞瘤中的作用	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞和空间转录组学分析	随机森林（RF）算法和SuperPC算法	单细胞和空间转录组数据	泛癌样本，具体数量未明确提及
5072	2024-12-21	K-Nearest-Neighbors Induced Topological PCA for Single Cell RNA-Sequence Data Analysis 2023-Oct-23, ArXiv PMID:37961744	研究论文	本文提出了一种基于k近邻持久拉普拉斯技术的拓扑主成分分析方法，用于单细胞RNA测序数据分析	本文创新性地结合了持久拉普拉斯技术和L范数正则化，提出了一种新的拓扑主成分分析方法，并通过k近邻持久拉普拉斯技术提高了方法的鲁棒性	本文未提及具体的局限性	开发一种新的维度降低和特征选择方法，以解决单细胞RNA测序数据中的多尺度和多类别异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	拓扑主成分分析	基因表达数据	11个不同的单细胞RNA测序基准数据集
5073	2024-12-20	Characterisation of the tumour microenvironment and PD-L1 granularity reveals the prognostic value of cancer-associated myofibroblasts in non-invasive bladder cancer 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2024.2438291 PMID:39698899	研究论文	研究分析了非肌肉浸润性膀胱癌（NMIBC）的肿瘤微环境（TME）组成和PD-L1表达，并探讨了癌症相关肌成纤维细胞（myoCAF）的预后价值	首次系统分析了NMIBC的肿瘤微环境组成，并揭示了myoCAF在预测疾病进展和复发中的潜在预后价值	研究样本量有限，且仅限于NMIBC患者，结果的普适性有待进一步验证	探讨NMIBC的肿瘤微环境特征及其在治疗预后中的作用	NMIBC患者的肿瘤和非肿瘤组织样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学分析、组织微阵列	NA	组织	73名NMIBC患者及888名独立队列患者
5074	2024-12-20	VNN2 regulates hepatic steroid synthesis in response to dietary changes 2025-Feb-10, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.149128 PMID:39613052	研究论文	研究探讨了VNN2在鸡肝脏中对脂质代谢和类固醇合成的调控作用	首次揭示了VNN2通过上调MSMO1和FDPS促进类固醇合成的机制	研究仅在鸡肝脏中进行，未涉及其他物种或组织	研究VNN2在肝脏脂质代谢和类固醇合成中的具体功能	鸡肝脏中的VNN2表达及其对脂质代谢和类固醇合成的影响	NA	NA	RNA测序、qPCR、甘油三酯和总胆固醇检测	NA	RNA测序数据	使用了多个数据集，包括GSM5764402、GSM5764403、GSE128340、GSE129840和PRJEB44038
5075	2024-12-20	Neuropilin-1 is a novel host factor modulating the entry of hepatitis B virus 2025-Jan, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.06.032 PMID:38960374	研究论文	本研究探讨了神经纤毛蛋白-1（NRP1）作为乙型肝炎病毒（HBV）感染的新型宿主因子，通过与HBV preS1和NTCP相互作用调节HBV进入肝细胞的过程	首次发现NRP1作为HBV感染的新型宿主因子，通过与preS1和NTCP形成复合物调节HBV进入肝细胞	研究主要基于细胞模型和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨其他宿主因子是否调节HBV感染过程	儿童肝活检样本、原代人肝细胞、HepG2-NTCP细胞和人肝嵌合小鼠	NA	乙型肝炎	单细胞测序	NA	细胞	儿童肝活检样本、原代人肝细胞、HepG2-NTCP细胞和人肝嵌合小鼠
5076	2024-12-20	Clinical Implications of Basic Research: Exploring the Transformative Potential of Spatial 'Omics in Uro-oncology 2025-Jan, European urology IF:25.3Q1 DOI:10.1016/j.eururo.2024.08.025 PMID:39227262	研究论文	本文探讨了空间'组学技术在泌尿肿瘤学中的临床应用潜力	本文介绍了新的空间分子技术，通过绘制肿瘤的空间分子结构，揭示了肿瘤内部和周围的复杂异质性，为疾病的发展、进展、诊断和治疗提供了新的见解	当前的挑战包括试剂成本高、协议标准化和计算需求大	探索空间'组学技术在泌尿肿瘤学中的转化潜力，推动个性化癌症治疗的未来	泌尿系统肿瘤	数字病理学	泌尿系统肿瘤	空间转录组学，空间蛋白质组学	NA	基因组，转录组，蛋白质组	NA
5077	2024-12-20	Intrahepatic Exhausted Antiviral Immunity in an Immunocompetent Mouse Model of Chronic Hepatitis B 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101412 PMID:39349249	研究论文	本文开发了一种免疫功能正常的慢性乙型肝炎（CHB）小鼠模型，用于研究肝内免疫动力学	本文首次开发了一种免疫功能正常的CHB小鼠模型，能够模拟患者肝内耗竭的抗病毒免疫反应，并展示了通过肝靶向TLR7激动剂恢复耗竭免疫细胞功能的可能性	本文仅在动物模型中进行了研究，尚未在人类患者中验证其结果	开发一种能够模拟慢性乙型肝炎患者肝内免疫动力学的小鼠模型，并探索潜在的治疗策略	慢性乙型肝炎小鼠模型的肝内免疫反应	NA	乙型肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	C57BL/6J同源FAH敲除小鼠
5078	2024-12-20	Identification of cell-type specificity, trans- and cis-acting functions of plant lincRNAs from single-cell transcriptomes 2025-Jan, The New phytologist DOI:10.1111/nph.20269 PMID:39550625	研究论文	本文通过单细胞转录组数据识别了植物lincRNAs的细胞类型特异性及其顺反作用功能	首次利用单细胞RNA测序技术在单细胞分辨率下研究植物lincRNAs的细胞类型特异性及其在细胞分化中的作用，并构建了一个在线平台PscLncRNA用于搜索和可视化这些lincRNAs	NA	研究植物lincRNAs在单细胞水平上的细胞类型特异性及其顺反作用功能	植物lincRNAs及其在细胞分化中的作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	来自水稻、拟南芥、番茄和玉米等多种植物组织的单细胞转录组数据
5079	2024-12-20	CCL4L2 participates in tendinopathy progression by promoting macrophage inflammatory responses: a single-cell analysis 2024-Dec-19, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-024-05268-9 PMID:39696421	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析CCL4L2在肌腱病进展中的作用，发现CCL4L2通过促进巨噬细胞的炎症反应参与肌腱病的进展	首次通过单细胞RNA测序揭示了CCL4L2在肌腱病中的作用，并验证了其通过激活M1相关炎症信号通路促进巨噬细胞极化和抑制肌腱干细胞分化的机制	研究仅在体外实验中验证了CCL4L2的作用，尚未在体内模型中进行验证	探讨CCL4L2在肌腱病进展中的作用及其机制	肌腱病中的巨噬细胞和肌腱干细胞	数字病理学	肌腱病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	疾病组和健康组的多个细胞亚群
5080	2024-12-20	Single-cell RNA sequencing uncovers heterogenous immune cell responses upon exposure to food additive (E171) titanium dioxide 2024-Dec-19, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03036-9 PMID:39696498	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了在暴露于食品添加剂二氧化钛（E171 TiO）后，免疫细胞的异质性反应	首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了不同免疫细胞亚群在暴露于E171 TiO后的转录组和免疫反应的异质性	研究仅使用了Sprague-Dawley大鼠作为模型，可能无法完全代表所有物种的免疫反应	探讨食品添加剂E171 TiO对免疫系统的细胞毒性和转录组影响	免疫细胞在暴露于E171 TiO后的异质性反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了32只Sprague-Dawley大鼠（16只处理组，16只对照组）