单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5061	2025-01-12	Comprehensive single-cell atlas of the mouse retina 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109916 PMID:38812536	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术构建了迄今为止最大的小鼠视网膜单细胞图谱，涵盖了超过330,000个细胞，并识别了12个主要类别和138种细胞类型	生成了迄今为止最大的小鼠视网膜单细胞RNA测序数据集，整合了公共数据集，构建了小鼠视网膜细胞图谱（MRCA），并识别了新的细胞类型	数据集主要来自C57BL/6J小鼠，可能不适用于其他品系或物种	构建一个全面的小鼠视网膜单细胞图谱，以促进视网膜研究	C57BL/6J小鼠视网膜细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	约190,000个单细胞，整合后超过330,000个细胞
5062	2025-01-12	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	本文介绍了一种基于Nextflow DSL2的管道STQ，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像，特别针对患者来源的异种移植（PDX）癌症样本进行优化	该管道能够对测序转录本进行分类以解析小鼠和人类物种，并将转录本映射到参考转录组，同时将H&E WSI与Visium载玻片的空间布局对齐，为每个Visium点生成成像和定量形态学特征	NA	开发一种用于处理空间转录组数据和H&E染色图像的管道，以支持PDX癌症样本的多模态分析	患者来源的异种移植（PDX）癌症样本	数字病理学	黑色素瘤	10x Genomics Visium空间转录组技术，H&E染色	NA	空间转录组数据，H&E染色全切片图像	四个黑色素瘤PDX样本
5063	2025-01-12	Circulating cancer-specific CD8 T cell frequency is associated with response to PD-1 blockade in Merkel cell carcinoma 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101412 PMID:38340723	研究论文	本文研究了Merkel细胞癌（MCC）患者中MCPyV特异性CD8 T细胞的频率与抗PD-1治疗反应之间的关系	通过使用MCPyV肽-HLA-I多聚体、26色流式细胞术、单细胞转录组学和T细胞受体（TCR）测序，首次在MCC患者中详细分析了MCPyV特异性T细胞的特征及其与抗PD-1治疗反应的关系	样本量较小（27名患者），且仅针对病毒驱动的MCC，可能不适用于其他类型的癌症	探讨MCPyV特异性CD8 T细胞在抗PD-1治疗中的作用及其与治疗反应的关系	Merkel细胞癌（MCC）患者	癌症免疫学	Merkel细胞癌	MCPyV肽-HLA-I多聚体、26色流式细胞术、单细胞转录组学、T细胞受体（TCR）测序	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据、TCR测序数据	27名MCC患者
5064	2025-01-12	Pro-inflammatory feedback loops define immune responses to pathogenic Lentivirus infection 2024-02-05, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01290-y PMID:38317183	研究论文	本文通过研究不同致病性的慢病毒感染模型，揭示了促炎性反馈回路在免疫反应中的作用	利用单细胞转录组学和细胞间通讯技术，揭示了高致病性慢病毒感染导致炎症通路延迟、广泛且持续激活的机制	研究主要基于猪尾猕猴模型，可能无法完全反映人类HIV感染的情况	探讨慢病毒致病性的免疫机制	猪尾猕猴和不同致病性的SIV病毒变体	免疫学	艾滋病	单细胞转录组学、单细胞分辨率细胞间通讯技术	NA	单细胞转录组数据	猪尾猕猴感染不同致病性SIV病毒变体的队列
5065	2025-01-12	Loss of metabolic fitness drives tumor resistance after CAR-NK cell therapy and can be overcome by cytokine engineering 2023-07-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add6997 PMID:37494448	研究论文	本文研究了CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制，并探讨了通过细胞因子工程克服这一问题的可能性	通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术研究了CAR-NK细胞的异质性及其在体内的演化过程，揭示了代谢适应性丧失是肿瘤抵抗的关键因素，并提出通过IL-15工程化CAR结构部分克服这一问题	研究主要基于临床前模型和少量患者样本，结果需要更大规模的临床试验验证	探究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制，并寻找克服方法	CAR-NK细胞及其在体内的演化过程	细胞治疗	淋巴瘤	单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	RNA测序数据，质谱流式细胞数据	临床前模型和两名患者样本
5066	2025-01-12	Single-Cell Transcriptomics Reveals Global Markers of Transcriptional Diversity across Different Forms of Cellular Senescence 2023, Aging biology DOI:10.59368/agingbio.20230008 PMID:39781544	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了不同形式细胞衰老中的转录多样性全局标记	首次通过单细胞转录组学技术全面分析了不同形式细胞衰老中的细胞亚群及其表达谱，揭示了共同的转录特征和次级衰老现象	研究主要基于体外实验，未涉及体内复杂环境的影响	探究不同形式细胞衰老中的转录多样性及其共同特征	基因同源的克隆细胞系，包括癌基因诱导衰老、复制性衰老和DNA损伤诱导衰老	生物信息学	老年疾病	单细胞转录组学	NA	RNA测序数据	多种形式的衰老细胞系
5067	2025-01-11	Single-Cell RNA-seq Reveals Increased and Activated Post-Capillary Venule Endothelial Cells in Erythrodermic Psoriasis 2025-Jan-09, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02216-x PMID:39786459	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了红皮病型银屑病（EP）中毛细血管后微静脉内皮细胞的增加和激活现象	首次在EP中观察到毛细血管后微静脉内皮细胞的显著增加和激活，并揭示了其与白细胞之间的增强相互作用	研究主要基于人类和小鼠样本，可能需要在更大样本量和更多物种中验证	探讨红皮病型银屑病的病理机制，特别是血管内皮细胞的作用	红皮病型银屑病（EP）患者和健康对照的血管内皮细胞	生物医学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、流式细胞术	NA	RNA测序数据、图像数据	人类和小鼠样本
5068	2025-01-11	Lessons learned from spatial transcriptomic analyses in clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jan-09, Nature reviews. Urology DOI:10.1038/s41585-024-00980-x PMID:39789293	研究论文	本文探讨了空间转录组学在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的应用及其对肿瘤微环境异质性的洞察	首次使用空间转录组学技术研究ccRCC，揭示了肿瘤细胞、成纤维细胞、表达IL-2的巨噬细胞和透明化区域之间的空间相互作用	目前仅研究了ccRCC这一种肾细胞癌亚型，未涉及其他亚型	探索空间转录组学在ccRCC中的应用，揭示肿瘤微环境的异质性	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	数字病理学	肾细胞癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
5069	2025-01-11	Tigulixostat Alleviates Hyperuricemic Nephropathy by Promoting M2 Macrophage Polarization 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S500101 PMID:39780982	研究论文	本文研究了Tigulixostat通过促进M2巨噬细胞极化来缓解高尿酸血症肾病的效果	发现Tigulixostat比现有的别嘌呤醇更有效地降低血清尿酸水平，并改善肾脏结果，且不引起肝损伤	研究仅限于Uox-KO小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索Tigulixostat对尿酸水平和高尿酸血症肾病的影响	Uox-KO小鼠	生物医学	高尿酸血症肾病	单细胞RNA测序、空间代谢组学、血浆代谢组学、流式细胞术	Uox-KO小鼠模型	RNA测序数据、代谢组学数据、流式细胞数据	Uox-KO小鼠
5070	2025-01-11	KLRD1 (CD94): A Prognostic Biomarker and Therapeutic Candidate in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.104762 PMID:39781341	研究论文	本文探讨了KLRD1（CD94）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预后价值和作为免疫治疗靶点的潜力	首次全面分析了KLRD1在多种癌症中的表达模式及其与患者预后的关系，并探索了其在NK细胞和耗竭CD8+ T细胞中的表达及其在抗肿瘤免疫反应中的作用	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏实验验证	研究KLRD1在癌症中的表达模式、预后价值及其作为免疫治疗靶点的潜力	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、功能富集分析、免疫浸润分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TCGA、GTEx和GEO数据库的多组学数据
5071	2025-01-11	Single-cell analysis unveils cell subtypes of acral melanoma cells at the early and late differentiation stages 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.102045 PMID:39781353	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肢端黑色素瘤在早期和晚期分化阶段的细胞亚型	首次识别了C3 ID2+和C4 PCLAF+黑色素瘤细胞作为肢端黑色素瘤进化中的早期和晚期亚群，并揭示了C4 PCLAF+细胞在肢端黑色素瘤增殖中的关键作用	研究样本量较小，仅涉及六名黑色素瘤患者的样本	探索肢端黑色素瘤的细胞异质性及其在肿瘤进展中的作用	肢端黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	六名黑色素瘤患者的样本
5072	2025-01-11	Elucidating the Role of Estrogen Effects in Leukemia: Insights from Single-Cell RNA Sequencing and Mendelian Randomization 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.100610 PMID:39781360	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和孟德尔随机化（MR）方法，探讨了雌激素及其受体与白血病及其相关蛋白之间的关系	首次将单细胞RNA测序与孟德尔随机化方法结合，为理解雌激素与白血病之间的分子关系提供了新视角	scRNA-seq和MR方法之间存在不一致性，表明需要更大的队列和更高的测序深度来进一步阐明这些相互作用的复杂性	探讨雌激素效应在白血病中的作用及其潜在抗肿瘤效果	白血病及其相关蛋白	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），孟德尔随机化（MR）	NA	RNA测序数据	14个BMMC单核细胞亚群
5073	2025-01-11	TAGLN-RhoA/ROCK2-SLC2A3-mediated Mechano-metabolic Axis Promotes Skin Fibrosis 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.104484 PMID:39781462	研究论文	本文探讨了TAGLN-RhoA/ROCK2-SLC2A3介导的机械代谢轴在皮肤纤维化中的作用及其潜在机制	揭示了TAGLN通过RhoA/ROCK2通路调控SLC2A3表达，影响成纤维细胞的糖酵解和运动能力，为皮肤纤维化疾病提供了新的治疗靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	研究TAGLN在皮肤纤维化发病机制中的作用	皮肤纤维化疾病中的成纤维细胞	生物医学	皮肤纤维化	RNA-seq, 免疫荧光, Transwell, 伤口愈合实验, 胶原凝胶收缩实验	NA	基因表达数据, 细胞实验数据	NA
5074	2025-01-07	Integrative transcriptome analysis reveals Serpine2 promotes glomerular mesangial cell proliferation and extracellular matrix accumulation via activating ERK1/2 signalling pathway in diabetic nephropathy 2025-Feb, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16069 PMID:39557806	研究论文	本文通过整合转录组分析揭示了Serpine2通过激活ERK1/2信号通路促进糖尿病肾病中肾小球系膜细胞增殖和细胞外基质积累的机制	首次通过整合批量数据集和单细胞转录组数据集，发现Serpine2在糖尿病肾病中的关键作用，并揭示了其通过ERK1/2信号通路调控的分子机制	研究主要基于动物模型和细胞模型，尚未在人类患者中进行验证	探索糖尿病肾病的发病机制，特别是Serpine2在其中的作用	糖尿病肾病模型中的肾小球系膜细胞和细胞外基质	生物信息学	糖尿病肾病	转录组分析、Western blotting、免疫荧光染色	db/db小鼠模型、肾小球系膜细胞模型	转录组数据、蛋白质表达数据	db/db小鼠和肾小球系膜细胞
5075	2025-01-07	Targeting MAPK14 in microglial cells: neuroimmune implications of Panax ginseng in post-stroke inflammation 2025-Jan-06, The Journal of pharmacy and pharmacology IF:2.8Q2 DOI:10.1093/jpp/rgae067 PMID:38902954	研究论文	本研究探讨了人参和三七皂苷（PNS）通过分子机制减轻缺血性中风后的神经炎症损伤并促进神经修复	揭示了Ginsenoside-Rc通过调节MAPK14活性抑制神经炎症的创新机制	研究主要基于实验模型，尚未进行临床试验验证	阐明人参和三七皂苷在缺血性中风后神经炎症损伤中的作用及其分子机制	小胶质细胞和神经炎症反应	神经科学	中风	单细胞测序、转录组分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析	NA	基因表达数据	NA
5076	2025-01-07	Intestinal Subtype as a Biomarker of Response to Neoadjuvant Immunochemotherapy in Locally Advanced Gastric Adenocarcinoma: Insights from a Prospective Phase II Trial 2025-Jan-06, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2436 PMID:39495175	研究论文	本研究探讨了肠道亚型作为局部晚期胃腺癌新辅助免疫化疗（NAIC）反应生物标志物的潜力	发现肠道亚型是胃腺癌对NAIC敏感性增强的组织学生物标志物，并构建了基于机器学习的肠道亚型特异性特征模型	研究为单臂II期试验，缺乏对照组，且样本量相对较小	寻找能有效识别NAIC受益患者的生物标志物	局部晚期胃腺癌患者	数字病理	胃癌	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NaiveBayes	RNA测序数据	104个样本（来自75名患者）的bulk RNA-seq数据和105个治疗前胃腺癌的单细胞RNA-seq数据
5077	2025-01-07	A pan-immune panorama of bacterial pneumonia revealed by a large-scale single-cell transcriptome atlas 2025-Jan-06, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02093-8 PMID:39757231	研究论文	本文通过大规模单细胞转录组图谱揭示了细菌性肺炎的全免疫全景	首次使用单细胞RNA测序技术对444,146个支气管肺泡灌洗液细胞进行分析，揭示了细菌性肺炎中免疫反应的异质性及其与疾病严重程度的关系	样本量相对较小，仅包括74名个体，且未涵盖所有可能的细菌性肺炎亚型	深入了解细菌性肺炎的发病机制，寻找潜在的治疗靶点	74名个体，包括58名轻度（n=22）和重度（n=36）细菌性肺炎患者以及16名健康捐赠者	数字病理学	细菌性肺炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	444,146个支气管肺泡灌洗液细胞，来自74名个体
5078	2025-01-07	Spatial Transcriptomics: Biotechnologies, Computational Tools, and Neuroscience Applications 2025-Jan-06, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401107 PMID:39760243	综述	本文综述了空间转录组学（ST）技术的进展、计算工具及其在神经科学中的关键应用	空间转录组学提供了前所未有的基因表达空间组织洞察，特别是在神经科学领域的应用	挑战包括提升测序技术和开发更强大的计算工具	阐明空间转录组学技术的进展及其在神经科学中的应用	空间转录组学技术及其在神经科学中的应用	分子生物学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病）和神经精神疾病（如精神分裂症）	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
5079	2025-01-07	Single-cell RNA-sequencing and genome-wide Mendelian randomisation along with abundant machine learning methods identify a novel B cells signature in gastric cancer 2025-Jan-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01759-1 PMID:39760915	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和全基因组孟德尔随机化结合多种机器学习方法，识别出胃癌中的一种新型B细胞特征	结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和机器学习方法，识别出胃癌中的新型B细胞特征，并发现NFKBIE作为潜在的生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏差	识别胃癌中的新型B细胞特征，并探索其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	胃癌患者的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、孟德尔随机化、机器学习	机器学习集成方法	RNA测序数据	从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据集
5080	2025-01-07	Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity 2025-Jan-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55611-1 PMID:39755698	研究论文	本文通过整合全基因组关联研究的基因组见解与成人人类大脑的单细胞转录组图谱，优先考虑了与精神分裂症、双相情感障碍和重度抑郁症以及智力、教育和神经质显著相关的特定神经元集群	本研究创新性地将基因组数据与单细胞转录组数据结合，揭示了精神分裂症遗传风险的全脑影响，并通过功能性MRI连接进一步确认了关键脑区的重要性	研究主要依赖于基因组和转录组数据的整合，可能忽略了环境和其他非遗传因素的影响	研究旨在识别与精神疾病和大脑特征相关的关键细胞类型和脑区，以促进有针对性的神经生物学研究	精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症、智力、教育和神经质	神经科学	精神疾病	全基因组关联研究（GWAS）、单细胞转录组分析、功能性MRI	NA	基因组数据、转录组数据、脑成像数据	NA