单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 5061 - 5080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5061 | 2025-01-04 |
Decreased miR-486-5p is involved in lipopolysaccharide-induced HTR-8/SVneo cell dysfunction by promoting SMAD2 expression
2025-Jan-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-23-0502
PMID:39475824
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研究论文 | 本研究揭示了miR-486-5p/Smad2通路在脂多糖（LPS）诱导的绒毛外滋养层细胞（EVT）功能障碍及早期妊娠丢失（EPL）发病机制中的作用 | 首次揭示了miR-486-5p通过调控SMAD2表达在LPS诱导的EVT功能障碍及EPL中的具体分子机制 | 研究主要基于细胞模型，缺乏体内实验验证 | 探讨miR-486-5p在早期妊娠丢失中的作用及其分子机制 | HTR-8/SVneo细胞系及人类蜕膜单细胞RNA测序数据 | 分子生物学 | 妊娠并发症 | 单细胞RNA测序 | 细胞模型 | RNA测序数据 | 人类蜕膜单细胞RNA测序数据集及GEO数据库中的转录组数据集 |
| 5062 | 2025-01-04 |
[Research progress of single-cell RNA sequencing in the immune microenvironment of spinal cord injury]
2024-Dec, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:39750053
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在脊髓损伤免疫微环境中的研究进展 | 利用单细胞RNA测序技术揭示脊髓损伤后局部免疫微环境中的细胞异质性和复杂的细胞间相互作用 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在脊髓损伤免疫微环境中的应用，以更全面地理解脊髓损伤的病理生理过程 | 脊髓损伤后的局部免疫微环境 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 5063 | 2025-01-04 |
Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression
2024-Aug, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01802-x
PMID:39048792
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研究论文 | 本文通过单细胞多组学和空间分析技术，研究了人类肾脏在健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境在肾脏疾病进展中的作用 | 结合单细胞、单核、空间RNA表达和单核开放染色质数据，首次全面绘制了人类肾脏的空间分子图谱，并揭示了纤维化微环境在疾病分类和预后中的临床价值 | 研究样本数量有限（81个），且主要关注糖尿病和高血压相关的肾脏疾病，可能无法完全代表其他类型的肾脏疾病 | 揭示肾脏健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境的作用 | 人类肾脏样本（健康、糖尿病和高血压相关疾病） | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞多组学、空间RNA表达（Visium、CosMx）、单核开放染色质分析 | NA | 单细胞RNA表达数据、空间RNA表达数据、单核开放染色质数据 | 81个样本（包括健康、糖尿病和高血压相关疾病的肾脏样本） |
| 5064 | 2025-01-04 |
Deciphering the heterogeneity of neutrophil cells within circulation and the lung cancer microenvironment pre- and post-operation
2024-02-06, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09850-z
PMID:38319415
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非小细胞肺癌患者手术前后血液和肿瘤组织中的中性粒细胞亚群的分布，并开发了一种过表达率（OER）计算方法来评估中性粒细胞亚群的特异性 | 开发了过表达率（OER）计算方法，用于评估中性粒细胞亚群的特异性，并识别出具有潜在临床应用价值的基因组合 | 研究样本量有限，且仅针对非小细胞肺癌患者，未涵盖其他类型的癌症 | 评估非小细胞肺癌患者手术前后中性粒细胞亚群的分布及其特异性，以帮助诊断和预后评估 | 非小细胞肺癌患者手术前后的血液和肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤和癌旁组织、手术前后血液样本 |
| 5065 | 2025-01-04 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals endoplasmic reticulum stress-related CAF subpopulations associated with chordoma progression
2024-02-02, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad173
PMID:37772937
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了与脊索瘤进展相关的内质网应激相关CAF亚群 | 首次在脊索瘤中识别出高表达缺氧基因且功能富集于内质网应激的CAF亚群，并揭示了其与肿瘤细胞的空间分布关系 | 样本量相对较小，且仅针对脊索瘤进行研究，可能限制了结果的普适性 | 探讨脊索瘤中CAF的异质性、空间分布及其临床意义 | 脊索瘤组织中的癌症相关成纤维细胞（CAF） | 数字病理学 | 脊索瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、多重定量免疫荧光（QIF） | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据、免疫荧光图像 | 72,097个单细胞（来自3个原发性和3个复发性肿瘤样本，以及3个髓核样本作为对照），126名患者的批量RNA测序数据，105名患者的QIF验证数据 |
| 5066 | 2025-01-04 |
Unique activities of two overlapping PAX6 retinal enhancers
2023-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302126
PMID:37643867
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研究论文 | 本文研究了两个重叠的PAX6视网膜增强子HS5和NRE的精确细胞类型和调控活性 | 通过活体成像和单细胞RNA测序的独特组合，揭示了这些增强子在时空活动上的差异 | 研究仅限于斑马鱼胚胎，未涉及其他模型或人类样本 | 探讨PAX6视网膜增强子的功能差异及其在眼发育中的作用 | 斑马鱼胚胎中的HS5和NRE增强子 | 发育生物学 | NA | 活体成像、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA测序数据 | 斑马鱼胚胎 |
| 5067 | 2025-01-03 |
SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors
2025-Jan-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1472
PMID:39387817
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpatialDeX的无参考方法，用于在实体瘤的空间转录组数据中进行细胞类型去卷积 | SpatialDeX是一种无参考方法，能够在不需要单细胞RNA-seq参考的情况下，估计肿瘤空间转录组数据中的细胞类型比例，并在模拟和实验数据中表现出色 | NA | 开发一种无参考方法，用于在空间转录组数据中估计细胞类型比例，以揭示肿瘤微环境的动态 | 实体瘤的空间转录组数据 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 回归模型 | 空间转录组数据 | NA |
| 5068 | 2025-01-03 |
Functional diversity of cardiac macrophages in health and disease
2025-Jan-02, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-024-01109-8
PMID:39743564
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综述 | 本文讨论了心脏巨噬细胞在健康和疾病中的功能多样性，以及它们在心脏稳态和疾病中的不同作用 | 利用单细胞RNA测序技术和空间转录组学技术，揭示了心脏巨噬细胞的多样性及其在疾病中的细胞间通讯作用 | NA | 探讨心脏巨噬细胞在健康和疾病中的功能多样性及其在心脏疾病发病机制中的作用 | 心脏巨噬细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 5069 | 2025-01-03 |
FLI1 and GATA1 govern TLN1 transcription: new insights into FLI1-related platelet disorders
2025-01-02, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2024.286372
PMID:39744817
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研究论文 | 本研究旨在阐明FLI1变异对人类巨核细胞和血小板的影响，揭示了FLI1变异与血小板功能障碍的新机制 | 发现了两个新的FLI1变异（p.G307R和p.R340C），并揭示了FLI1与GATA1在TLN1转录中的合作机制 | 研究主要基于体外实验和患者样本，未涉及大规模人群验证 | 探究FLI1变异对巨核细胞和血小板功能的影响 | 人类巨核细胞和血小板 | NA | 血小板功能障碍 | 单细胞RNA测序、染色质免疫共沉淀测序、荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据、蛋白质水平数据 | 患者巨核细胞和血小板样本 |
| 5070 | 2025-01-03 |
Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications
2025-Jan, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2561-0
PMID:39060615
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综述 | 本文全面总结了单细胞组学技术的最新进展，特别是方法学部分 | 单细胞组学技术在生物医学领域具有突破性进展，提供了对复杂疾病（如癌症）的深刻理解 | NA | 指导研究人员选择适当的单细胞测序及相关数据分析方法 | 单细胞组学技术 | 生物医学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA |
| 5071 | 2025-01-03 |
A specific inflammatory suppression fibroblast subpopulation characterized by MHCII expression in human dilated cardiomyopathy
2025-Jan, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-024-04939-9
PMID:38462549
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，识别了人类扩张型心肌病（DCM）中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群，并探讨了其在炎症抑制中的作用 | 首次识别并描述了DCM中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群（apFB），并揭示了其在炎症抑制中的关键作用 | 研究样本量较小，仅包括4个健康供体和6个DCM患者的心脏组织 | 探讨扩张型心肌病（DCM）中成纤维细胞的异质性及其与免疫细胞的相互作用 | 人类左心室组织，包括健康供体和DCM患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（ScRNA-Seq） | NA | RNA测序数据 | 10个心脏组织（4个健康供体和6个DCM患者） |
| 5072 | 2025-01-03 |
The heterogeneity of cellular metabolism in the tumour microenvironment of hepatocellular carcinoma with portal vein tumour thrombus
2025-Jan, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13738
PMID:39189673
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研究论文 | 本研究通过多组学组合全面分析了肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本的代谢异质性 | 首次在多组学水平上描绘了HCC和PVTT中非恶性细胞的代谢异质性景观，并确定了PVTT形成和发展的代谢特征 | NA | 研究肝细胞癌及其门静脉癌栓的代谢异质性 | 肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、荧光多重免疫组化 | NA | RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据 | NA |
| 5073 | 2025-01-03 |
Dissecting the cell microenvironment of ovarian endometrioma through single-cell RNA sequencing
2025-Jan, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2638-9
PMID:39470923
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术解析卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境 | 首次在单细胞水平上对卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境进行了全面解析，并识别了与疾病相关的关键细胞类型和分子特征 | 研究样本量相对较小，且未涉及长期随访数据 | 揭示卵巢子宫内膜异位囊肿的分子和细胞机制，以改善诊断和治疗策略 | 卵巢子宫内膜异位囊肿患者的子宫内膜组织 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 超过52,000个单细胞，来自卵巢子宫内膜异位囊肿患者和健康捐赠者的子宫内膜组织 |
| 5074 | 2025-01-03 |
Resolving the developmental mechanisms of cardiac microthrombosis of SARS-CoV-2 based on single-cell transcriptome analysis
2025-Jan, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2624-9
PMID:39470924
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，探讨了SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的发育机制 | 首次通过单细胞测序技术揭示了SARS-CoV-2感染心脏微血栓形成过程中，MYO1ERASGEF1B单核细胞衍生巨噬细胞在免疫系统过度激活和外在凝血途径启动中的关键作用 | 研究样本量有限，且仅针对右心室游离壁组织，可能无法全面反映心脏其他部位的情况 | 研究SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的分子机制 | 健康供体、在特征性凝血异常（CAC）高凝期死亡的患者、在CAC纤溶期死亡的患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 61,187个细胞，包含24种免疫细胞亚群和13种心脏驻留细胞亚群 |
| 5075 | 2025-01-03 |
Bayesian Phylogenetic Lineage Reconstruction with Loss of Heterozygosity Mutations Derived from Single-Cell RNA Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_1
PMID:39745633
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研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞RNA测序的贝叶斯方法，用于从推断的杂合性缺失（LOH）事件重建细胞谱系 | 使用单细胞RNA测序数据，结合贝叶斯方法重建细胞谱系，并标注细胞表型和发育时间点 | 该方法目前仅应用于特定小鼠模型，尚未广泛验证 | 研究细胞谱系重建方法，以了解细胞发育历史 | Emx1+皮质投射神经元和胶质细胞谱系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | RNA测序数据 | C57Bl/6J (B6) 和 CAST/EiJ (CA) 杂交F1小鼠 |
| 5076 | 2025-01-03 |
Lineage Recording in Human Brain Organoids with iTracer
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_5
PMID:39745637
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研究论文 | 本文详细介绍了iTracer在人类大脑类器官中记录细胞谱系的应用协议 | iTracer结合了报告基因条形码和可诱导的CRISPR-Cas9标记，与单细胞和空间转录组学兼容，用于探索大脑类器官发育过程中的克隆性和谱系动态 | NA | 研究人类器官发育过程中的细胞谱系关系 | 人类大脑类器官 | 生物医学工程 | NA | iTracer, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞和空间转录组数据 | NA |
| 5077 | 2025-01-03 |
Clonal Tracking in the Mouse Brain with Single-Cell RNA-Seq
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_6
PMID:39745638
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研究论文 | 本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术在小鼠大脑中进行克隆追踪的方法 | 与传统基于稀疏荧光标记的方法相比，使用遗传条形码和单细胞RNA测序的克隆追踪方法具有超过100倍的吞吐量，并且使用的老鼠数量减少了10倍以上 | NA | 开发一种高吞吐量的克隆追踪方法，用于研究哺乳动物大脑中的细胞谱系关系 | 小鼠大脑中的细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 2周大的小鼠脑组织 |
| 5078 | 2025-01-03 |
LINNAEUS: Simultaneous Single-Cell Lineage Tracing and Cell Type Identification
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_12
PMID:39745644
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LINNAEUS的策略，用于在数千个单细胞中同时进行谱系追踪和转录组分析 | LINNAEUS结合了单细胞RNA测序和谱系条码的计算分析，能够重建生物体范围内的单细胞谱系树 | NA | 理解细胞类型在发育、再生和疾病等过程中的起源 | 单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 数千个单细胞 |
| 5079 | 2025-01-03 |
Paired Single-Cell Transcriptome and DNA Barcode Detection in Zebrafish Using ScarTrace
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_11
PMID:39745643
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研究论文 | 本文介绍了一种基于CRISPR/Cas9的遗传谱系追踪方法ScarTrace，用于在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行DNA条形码标记，并通过单细胞cDNA扩增和基因组DNA嵌套PCR分别捕获转录组和条形码序列 | ScarTrace方法结合了CRISPR/Cas9技术和单细胞转录组分析，能够在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行独特的DNA条形码标记，并实现克隆追踪和谱系树重建 | 该方法目前仅应用于斑马鱼模型，尚未在其他生物体中进行验证 | 研究斑马鱼胚胎发育过程中的细胞命运决定 | 斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞 | 遗传学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞cDNA扩增, 基因组DNA嵌套PCR | NA | DNA序列, 转录组数据 | 斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞 |
| 5080 | 2025-01-03 |
Single-Cell Profiling of Lineages and Cell Types in the Vertebrate Brain
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_15
PMID:39745647
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研究论文 | 本文介绍了一种结合CRISPR-Cas9编辑和单细胞RNA测序的技术scGESTALTv2，用于在斑马鱼大脑发育过程中进行细胞谱系追踪 | 结合了累积CRISPR-Cas9编辑和基于液滴的单细胞RNA测序，实现了单细胞分辨率的谱系追踪 | 研究仅限于斑马鱼大脑发育，未涉及其他生物或组织 | 开发一种可扩展的细胞谱系追踪方法，以研究细胞关系 | 斑马鱼大脑发育过程中的细胞 | 单细胞测序 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 数千个斑马鱼大脑细胞 |