单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5041	2024-12-21	Single cell transcriptomics reveals the cellular heterogeneity of keloids and the mechanism of their aggressiveness 2024-Dec-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07311-1 PMID:39702490	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了瘢痕疙瘩的细胞异质性及其侵袭性机制	首次通过单细胞RNA测序技术比较了同一患者中瘢痕疙瘩与非侵袭性病理瘢痕的细胞异质性，发现了机械响应性成纤维细胞亚群在瘢痕疙瘩侵袭性中的关键作用	研究样本仅来自同一患者，可能限制了结果的普适性	探讨瘢痕疙瘩的侵袭性机制	瘢痕疙瘩和非侵袭性病理瘢痕的细胞异质性	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	同一患者的瘢痕疙瘩和非侵袭性病理瘢痕样本
5042	2024-12-21	Adipocyte-derived CXCL10 in obesity promotes the migration and invasion of ovarian cancer cells 2024-Dec-19, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01568-0 PMID:39702497	研究论文	本文研究了肥胖诱导的脂肪细胞来源的CXCL10在卵巢癌细胞迁移和侵袭中的作用	首次揭示了肥胖通过脂肪细胞来源的CXCL10促进卵巢癌细胞迁移和侵袭的机制	研究仅基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨肥胖与卵巢癌迁移和侵袭之间的关系	卵巢癌细胞和肥胖相关的脂肪组织	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	24个常见上调基因
5043	2024-12-21	Analysis of immune cell activation in patients with diabetes foot ulcer from the perspective of single cell 2024-Dec-19, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-02179-7 PMID:39702546	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析了糖尿病足溃疡患者的免疫细胞激活情况	首次构建了糖尿病和糖尿病足溃疡组织的单细胞生态图谱，并探索了潜在的中药药物靶点基因相互作用网络	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床试验验证	揭示糖尿病足溃疡的细胞学机制并探索潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡患者的免疫细胞和相关基因	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
5044	2024-12-21	Single-cell dissection of multifocal bladder cancer reveals malignant and immune cells variation between primary and recurrent tumor lesions 2024-Dec-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07343-7 PMID:39702554	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了多灶性膀胱癌患者的原发性和复发性肿瘤病变，揭示了恶性细胞和免疫细胞在不同病变间的变异	首次揭示了复发性多灶性膀胱癌中恶性细胞的区域转录相似性和细胞间通讯的一致性，并发现了IL4I1酶在复发性肿瘤中的表达偏好及其对肿瘤进展的影响	研究样本量较小，仅包括五名患者，可能影响结果的普适性	探讨多灶性膀胱癌中原发性和复发性肿瘤病变的异质性	多灶性膀胱癌患者的原发性和复发性肿瘤病变	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	五名多灶性膀胱癌患者，包括三例原发性肿瘤和两例复发性肿瘤
5045	2024-12-21	C3G improves lipid droplet accumulation in the proximal tubules of high-fat diet-induced ORG mice 2024-Dec-13, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107550 PMID:39675540	研究论文	本文研究了Cyanidin-3-glucoside（C3G）在高脂饮食诱导的ORG小鼠模型中改善近端小管脂滴积累的作用及其机制	首次揭示了C3G通过调节肠道微生物群和抑制PPARγ/CD36通路来减少ORG小鼠近端小管脂滴积累的作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证C3G的疗效	探讨C3G在ORG中的治疗效果及其潜在机制	高脂饮食诱导的ORG小鼠模型	NA	肾脏疾病	16S rRNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	粪便、血清、肾脏的代谢数据	三组小鼠：正常对照组、ORG组和C3G治疗组
5046	2024-12-21	Increased inflammatory signature in myeloid cells of non-small cell lung cancer patients with high clonal hematopoiesis burden 2024-Dec-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96951 PMID:39641768	研究论文	研究探讨了非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应及炎症标志物的关系	首次揭示了非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应之间的潜在联系，并发现严重克隆性造血组中髓系细胞的炎症途径显著富集	研究样本量有限，且未发现克隆性造血状态对免疫治疗反应的显著影响	探讨非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应及炎症标志物的关系	非小细胞肺癌患者的血液样本及免疫治疗反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、全外显子测序	NA	RNA	100名转移性非小细胞肺癌患者及63份血液样本，以及180名患者的独立复制队列
5047	2024-12-21	Turncoat antibodies unmasked in a model of autoimmune demyelination: from biology to therapy 2024-Dec-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.623846 PMID:39677612	研究论文	本研究在自身免疫性脱髓鞘模型中揭示了分泌自身抗体的滤泡外浆母细胞，并探讨了针对这些自身抗体的新疗法	发现了一种合成抗MOG抗体8-18C5，能够阻止致病性抗体与MOG的结合，并验证了其治疗潜力	研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型，需进一步验证在人类疾病中的效果	探讨自身免疫性疾病中自身抗体的性质及其治疗潜力	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型中的自身抗体	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型及MOG抗体疾病（MOGAD）患者
5048	2024-12-21	Induced B-Cell Receptor Diversity Predicts PD-1 Blockade Immunotherapy Response 2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626669 PMID:39677742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、高分辨率空间转录组学和空间免疫受体分析，探讨了B细胞受体克隆多样性在PD-1阻断免疫治疗中的作用	发现PD-1抑制剂治疗后B细胞受体克隆多样性的诱导与治疗反应相关，并开发了一种机器学习模型预测PD-1诱导的B细胞克隆多样性	研究主要集中在局部晚期或转移性基底细胞癌患者，结果的普适性需要进一步验证	探讨PD-1阻断免疫治疗中B细胞受体克隆多样性的作用及其作为预测标志物的潜力	局部晚期或转移性基底细胞癌患者及其他多种癌症患者	免疫学	基底细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、空间免疫受体分析	机器学习模型	RNA测序数据	包括基底细胞癌、胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者的大样本量
5049	2024-12-21	Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer 2024-Dec, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-024-10316-z PMID:39424682	研究论文	本研究探讨了着丝粒蛋白N（CENP-N）介导的SEPT9甲基化在结直肠癌（CRC）有氧糖酵解和肝转移中的作用	本研究首次揭示了CENP-N通过甲基化SEPT9促进有氧糖酵解和肝转移的新途径	NA	探讨CENP-N在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用	CENP-N和SEPT9在结直肠癌细胞中的相互作用及其对细胞增殖、迁移、侵袭和代谢重编程的影响	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序、甲基化特异性PCR（MSP）、ChIP实验	NA	RNA	NA
5050	2024-12-21	Spatial and temporal expression analysis of BMP signal modifiers, Smoc1 and Smoc2, from postnatal to adult developmental stages in the mouse testis 2024-Dec, Gene expression patterns : GEP IF:1.0Q4 DOI:10.1016/j.gep.2024.119383 PMID:39510490	研究论文	研究分析了Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸从出生到成年发育阶段中的时空表达模式	首次分析了Smoc1和Smoc2在小鼠出生后睾丸中的时空表达模式，揭示了它们在生殖细胞和体细胞中的不同表达模式	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸发育过程中的表达模式及其在生殖中的潜在作用	Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸中的mRNA和蛋白质表达	NA	NA	RNA原位杂交、免疫荧光和单细胞RNA测序	NA	mRNA和蛋白质	新生儿、幼年和成年小鼠睾丸样本
5051	2024-12-21	A preclinical and phase I clinical study of ex vivo-expanded amyloid beta-specific human regulatory T cells in Alzheimer's disease 2024-Dec, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2024.117721 PMID:39626378	研究论文	本文研究了体外扩增的针对β淀粉样蛋白的调节性T细胞在阿尔茨海默病中的安全性和有效性	首次在临床试验中评估了体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞在阿尔茨海默病中的应用	临床试验中探索性评估的效果未达到统计学显著性，需要进一步研究以确认其临床疗效	探讨体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞在阿尔茨海默病中的治疗潜力	体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞及其在阿尔茨海默病模型和临床试验中的应用	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	6名阿尔茨海默病患者和3xTg小鼠模型
5052	2024-12-21	Expression of ABC transporters in the Drosophila testis stem cell niche: Comparison of two approaches 2024-Dec, Gene expression patterns : GEP IF:1.0Q4 DOI:10.1016/j.gep.2024.119386 PMID:39638273	研究论文	研究了果蝇睾丸干细胞微环境中ABC转运蛋白的表达，并比较了两种方法的结果	首次在果蝇睾丸干细胞微环境中研究ABC转运蛋白的表达，并比较了增强子和基因陷阱筛选与Fly Cell Atlas单细胞测序数据的表达模式	两种基因表达方法的结果相关性较弱，表明单一技术可能存在局限性	探讨ABC转运蛋白在果蝇睾丸干细胞微环境中的表达情况	果蝇睾丸中的ABC转运蛋白基因	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	六个ABC转运蛋白基因（ABCB7, MRP, rdog, CG3164, CG31121, 和 CG9663）
5053	2024-12-21	Approximate nearest neighbor graph provides fast and efficient embedding with applications for large-scale biological data 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae172 PMID:39703432	研究论文	本文提出了一种新的降维算法annembed，通过结合t-SNE和UMAP的优点，并使用HNSW图替换K-最近邻图，提高了大规模生物数据处理的效率和速度	创新点包括结合t-SNE和UMAP创建新的降维算法，使用HNSW图替换K-最近邻图，以及通过结合HNSW和局部敏感哈希算法扩展到DNA/RNA序列数据	NA	提高大规模生物数据降维和嵌入的效率和速度	大规模微生物基因组数据库、单细胞RNA测序数据和宏基因组contig（或群体）分箱	生物信息学	NA	HNSW, 局部敏感哈希算法	NA	DNA/RNA序列数据	数百万到数十亿个数据点
5054	2024-12-21	Spatial transcriptomics in breast cancer reveals tumour microenvironment-driven drug responses and clonal therapeutic heterogeneity 2024-Dec, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcae046 PMID:39703753	研究论文	本研究利用乳腺癌患者的空间转录组数据，预测药物敏感性，揭示了肿瘤微环境在治疗反应中的作用	本研究首次通过空间转录组数据揭示了肿瘤微环境对药物反应的影响，并发现了肿瘤内不同位置的亚克隆具有不同的药物反应	本研究仅基于乳腺癌患者的数据，结果的普适性有待进一步验证	探讨肿瘤微环境在乳腺癌治疗反应中的作用，优化治疗策略	乳腺癌患者的肿瘤微环境和药物敏感性	数字病理学	乳腺癌	空间转录组	NA	转录组数据	乳腺癌患者
5055	2024-12-21	GAADE: identification spatially variable genes based on adaptive graph attention network 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae669 PMID:39701602	研究论文	本文提出了一种基于自适应图注意力网络的GAADE方法，用于识别空间变异基因	GAADE通过堆叠编码器/解码器层并集成自注意力机制，能够自适应地学习空间域结构，从而更准确地识别空间变异基因	本文未提及具体的技术局限性	旨在改进现有空间转录组数据分析方法，更准确地识别与特定细胞类型相关的空间变异基因	空间转录组数据中的空间变异基因	生物信息学	NA	空间转录组测序技术	图注意力网络	空间转录组数据	涉及四个不同物种、区域和组织的空间转录组数据集
5056	2024-12-21	Expression of novel androgen receptors in three GnRH neuron subtypes in the cichlid brain 2024-11, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.13429 PMID:38986626	研究论文	本文研究了慈鲷脑中三种GnRH神经元亚型中新型雄激素受体的表达	首次使用免疫组化、原位杂交链反应（HCR）和空间转录组学技术，详细研究了慈鲷GnRH神经元中ar1和ar2基因的表达，发现了GnRH1神经元的基因型差异	由于技术限制，之前对慈鲷GnRH神经元中ar基因表达的研究结果不一致	探讨雄激素信号对GnRH神经元可塑性和生殖可塑性的调控机制	慈鲷脑中的GnRH1、GnRH2和GnRH3神经元	NA	NA	免疫组化、原位杂交链反应（HCR）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
5057	2024-12-21	Does the brain make prolactin? 2024-10, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.13432 PMID:39041379	综述	本文综述了关于脑内是否产生催乳素的研究证据	本文通过分析不同抗体和高度敏感的扩增技术检测到的催乳素免疫反应性，提出了对脑内催乳素产生可能性的质疑	证据不一致且变异性大，高度敏感的检测技术可能导致假阳性结果，且现代原位杂交和单细胞RNA测序未能提供支持证据	评估脑内催乳素产生的证据	催乳素及其受体在脑内的表达和功能	NA	NA	原位杂交、单细胞RNA测序	NA	mRNA	NA
5058	2024-12-21	Laminin Beta 2 Is Localized at the Sites of Blood-Brain Barrier and Its Disruption Is Associated With Increased Vascular Permeability, Histochemical, and Transcriptomic Study 2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society DOI:10.1369/00221554241281896 PMID:39340425	研究论文	本文研究了层粘连蛋白β2在血脑屏障中的定位及其破坏与血管通透性增加的关系	首次通过组织化学和转录组学研究，揭示了层粘连蛋白β2在血脑屏障中的定位及其在不同病理条件下的表达变化	研究主要集中在高级别胶质瘤中的血管生成，未涵盖其他类型的脑部疾病	探讨层粘连蛋白β2在血脑屏障中的作用及其在脑部病理中的变化	层粘连蛋白β2及其在血脑屏障中的定位和表达	数字病理学	脑部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及正常脑组织和高级别胶质瘤的微血管样本
5059	2024-12-21	Divergent venom effectors correlate with ecological niche in neuropteran predators 2024-08-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06666-9 PMID:39134630	研究论文	研究了神经翅目捕食者的毒液效应器与其生态位之间的关系	首次通过空间转录组学、蛋白质组学、形态学分析和生物测定研究了不同生态位中的毒液系统，并发现了E. nostras毒液的独特分子特征	对不同科的毒液部署的生态和进化了解不足	探讨神经翅目捕食者的毒液在不同生态位中的进化和生态作用	蚁狮E. nostras和草蛉C. carnea的毒液系统	NA	NA	空间转录组学、蛋白质组学、形态学分析、生物测定	NA	分子数据、形态数据	蚁狮E. nostras和草蛉C. carnea
5060	2024-12-21	Epithelium/imcDC2 axis facilitates the resistance of neoadjuvant anti-PD-1 in human NSCLC 2024-Aug-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-007854 PMID:39134346	研究论文	本文研究了非小细胞肺癌患者在接受新辅助抗PD-1治疗时，上皮细胞/imcDC2轴如何促进治疗抵抗的机制	揭示了galectin-9表达的肿瘤细胞通过galectin-9/TIM-3介导的抑制作用，维持了新辅助抗PD-1治疗在非小细胞肺癌中的初级抵抗	本文主要基于实验数据和动物模型，尚未在更大规模的人体临床试验中验证	探讨新辅助抗PD-1治疗在非小细胞肺癌中的抵抗机制	非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和肺组织，以及肺癌细胞系和小鼠模型	数字病理学	肺癌	多组学分析，包括质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序和多色流式细胞术	NA	基因表达数据	一批接受新辅助抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和配对的肺组织，以及新鲜的组织样本和肺癌细胞系