单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5041	2025-01-14	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.30.629739 PMID:39803459	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了与年龄相关的T细胞亚群在症状性良性前列腺增生（BPH）中的作用	首次将年龄相关的CD8 T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并发现其通过Granzyme K介导的机制促进前列腺炎症	研究主要基于体外实验和相关性分析，缺乏直接的体内机制验证	探讨年龄相关免疫细胞变化在BPH中的作用	人类前列腺组织及BPH患者来源的前列腺成纤维细胞	单细胞RNA测序	前列腺增生	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类前列腺组织及BPH患者来源的细胞
5042	2025-01-14	Inflammatory Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2024-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630257 PMID:39763863	研究论文	本文研究了HIV-1病毒在停止治疗后重新激活时的免疫反应，通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学数据，发现病毒反弹前CD16单核细胞的显著增加和抗病毒基因表达的增加	首次在病毒反弹前观察到独特的转录特征，特别是CD16单核细胞的增加和抗病毒基因表达的增加	研究样本量较小，且仅关注了外周血单核细胞，未涉及其他免疫细胞类型	研究HIV-1病毒在停止治疗后重新激活时的免疫反应，以开发延长病毒反弹时间的策略	外周血单核细胞（PBMCs）和血浆	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学和单细胞转录组学	NA	蛋白质组学和转录组学数据	NA
5043	2025-01-14	Preclinical Models for Functional Precision Lung Cancer Research 2024-Dec-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17010022 PMID:39796653	研究论文	本文探讨了肺癌功能精准医学研究中的临床前模型及其技术进展	介绍了患者来源的肺癌类器官（LCOs）作为一种新型体外工具，其在生长和维持方面具有高成功率，并能准确反映原始肿瘤的组织学和基因组学特征	尽管这些体内模型（如PDXs、GEMMs）具有重要价值，但它们成本高、劳动强度大且耗时	推动肺癌的个体化精准治疗，通过临床前模型提高系统治疗的选择准确性	肺癌的临床前模型，包括患者来源的异种移植模型（PDXs）、人源化PDX小鼠模型、同基因小鼠模型、基因工程小鼠模型（GEMMs）和肺癌类器官（LCOs）	数字病理学	肺癌	成像技术、空间和单细胞转录组学、蛋白质组学、人工智能	NA	NA	NA
5044	2025-01-14	Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment 2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629650 PMID:39764057	研究论文	本文介绍了一种名为IN-DEPTH的空间多组学整合方法，用于在同一张切片上进行高分辨率转录组和蛋白质组的分析，揭示了肿瘤微环境中的空间重组	提出了IN-DEPTH方法，结合k-bandlimited Spectral Graph Cross-Correlation (SGCC)进行空间多组学整合分析，能够在同一张切片上进行单细胞表型和转录组捕获，解决了现有方法在plex、空间分辨率和分析方法的局限性	虽然IN-DEPTH方法在空间分辨率和资源效率上有显著提升，但其在更大规模的组织样本中的应用仍需进一步验证	研究肿瘤微环境中的空间重组及其与肿瘤病毒的关系	EBV阳性和EBV阴性的弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的肿瘤微环境	数字病理学	淋巴瘤	空间转录组学、空间蛋白质组学	k-bandlimited Spectral Graph Cross-Correlation (SGCC)	空间多组学数据	EBV阳性和EBV阴性的DLBCL样本
5045	2025-01-14	Mechanistic insights into sevoflurane-induced hippocampal neuronal damage and cognitive dysfunction through the NEAT1/Nrf2 signaling axis in aged rats 2024-12-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09964-4 PMID:39707048	研究论文	本研究探讨了七氟醚通过NEAT1/Nrf2信号轴诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	首次揭示了lncRNA NEAT1通过抑制Nrf2/ARE/HO-1通路相关因子，促进七氟醚诱导的氧化应激和神经元凋亡的分子机制	研究仅限于老年大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨七氟醚诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	老年大鼠	神经科学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组评估、TUNEL染色、H&E染色、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术	大鼠模型	RNA测序数据、图像数据	老年大鼠
5046	2025-01-14	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627834 PMID:39763937	研究论文	本文介绍了MatriCom，一个用于挖掘单细胞RNA测序数据并推断ECM-ECM和细胞-ECM通信系统的网络应用和R包	MatriCom依赖于一个独特的数据库MatriComDB，包含超过25,000个经过整理的涉及基质组分的相互作用，能够处理用户生成的数据集，并提供了定制输出的选项	NA	开发一个工具来挖掘单细胞RNA测序数据，推断ECM-ECM和细胞-ECM通信系统	单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症或纤维化	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	46个scRNA-Seq数据集
5047	2025-01-14	Dynamic Evolution of Fibroblasts Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Human Pancreatic Cancer 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0489 PMID:39485038	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胰腺癌中成纤维细胞的动态演化	利用单细胞RNA测序技术深入研究了胰腺癌中成纤维细胞的动态变化，为治疗干预提供了新的视角	NA	研究胰腺癌中基质与癌细胞之间的相互作用，以发现新的治疗机会	人类胰腺癌中的成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5048	2025-01-14	Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310 PMID:39485042	研究论文	本文通过单细胞分析研究了骨髓CD8+ T细胞在骨髓增生异常综合征（MDS）和急性髓系白血病（AML）中的作用，揭示了与疾病进展和治疗反应相关的信号通路	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了IFN信号通路与治疗反应相关，而TGF-β信号通路与治疗失败相关，为新的治疗方法提供了见解	研究样本量有限，且仅针对MDS和AML患者，未涵盖其他类型的骨髓增生异常	研究骨髓CD8+ T细胞在MDS和AML中的作用，特别是与疾病进展和治疗反应相关的信号通路	骨髓CD8+ T细胞	数字病理学	骨髓增生异常综合征（MDS）和急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MDS和AML患者的骨髓样本
5049	2025-01-14	Spatial multiomics atlas reveals smooth muscle phenotypic transformation and metabolic reprogramming in diabetic macroangiopathy 2024-10-12, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-024-02458-x PMID:39395983	研究论文	本研究通过单细胞转录组、空间转录组和空间代谢组测序，构建了糖尿病大血管病变的空间多组学图谱，揭示了平滑肌细胞表型转化和代谢重编程的特征	首次构建了糖尿病大血管病变的空间基因-代谢图谱，揭示了血管钙化特征、平滑肌细胞表型转化趋势及其转录驱动网络	研究样本量较小，仅包括11名糖尿病截肢患者的前胫动脉样本	探索糖尿病大血管病变中平滑肌细胞表型转化和代谢重编程的分子机制	糖尿病大血管病变患者的前胫动脉样本	数字病理学	糖尿病大血管病变	单细胞转录组测序、空间转录组测序、空间代谢组测序	NA	转录组数据、代谢组数据	11名糖尿病截肢患者的前胫动脉样本
5050	2025-01-14	Spatial transcriptomics reveals gene interactions and signaling pathway dynamics in rat embryos with anorectal malformation 2024-05-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09878-1 PMID:38769159	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了正常和肛门直肠畸形（ARM）大鼠胚胎中基因相互作用和信号通路动态	首次在ARM胚胎中应用空间转录组学技术，结合多种生物信息学分析方法，揭示了位置特异性的基因表达和信号通路动态	研究仅针对大鼠胚胎，未涉及人类样本，且样本量有限	研究肛门直肠畸形（ARM）的分子机制和基因调控	大鼠胚胎的肛门直肠区域	数字病理学	肛门直肠畸形	空间转录组学，WGCNA，GSEA，PROGENy，免疫荧光染色	NA	基因表达数据	妊娠14至16天的大鼠胚胎，包括正常和ARM病例
5051	2025-01-14	Bioinformatics and system biology analysis revealed the crosstalk between COVID-19 and osteoarthritis 2023-12, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1123 PMID:38156385	研究论文	本文通过生物信息学和系统生物学分析揭示了COVID-19与骨关节炎之间的相互作用	首次通过生物信息学方法系统地分析了COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制，并筛选出关键基因、miRNAs、转录因子和潜在药物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认这些发现的临床意义	探索COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制，寻找潜在的治疗靶点	COVID-19患者和骨关节炎患者的基因表达数据	生物信息学	COVID-19, 骨关节炎	RNA-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 免疫浸润分析	NA	基因表达数据	74个共同差异表达基因，外部数据集和OA小鼠模型验证
5052	2025-01-14	Size matters: the impact of nucleus size on results from spatial transcriptomics 2023-04-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04129-z PMID:37081484	研究论文	本文研究了连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响，特别是在人类死后大脑中的应用	提出了连续切片数据整合（CSDI）方法，以提高空间转录组学数据的聚类和解卷积准确性	研究主要针对人类死后大脑，可能不适用于其他组织或活体样本	探讨连续切片数据整合（CSDI）对空间转录组学数据聚类和解卷积的影响	人类死后大脑	空间转录组学	NA	Visium Spatial Gene Expression (ST), 单核RNA-seq	NA	空间转录组学数据	人类死后大脑样本
5053	2025-01-13	Functional analysis of yak alveolar type II epithelial cells at high and low altitudes based on single-cell sequencing 2025-Feb, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119889 PMID:39681250	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了高海拔和低海拔环境下牦牛肺泡II型上皮细胞的功能差异	首次构建了牦牛肺组织的单细胞图谱，揭示了高海拔环境下AEC II的免疫调节、粘附和代谢活动的增强	研究仅针对牦牛，未涉及其他高原动物或人类的适应性机制	探讨牦牛肺泡II型上皮细胞在高海拔和低海拔环境下的适应性差异	牦牛肺泡II型上皮细胞	单细胞测序	NA	10×单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	高海拔（4000米）和低海拔（2600米）的牦牛肺组织样本
5054	2025-01-13	Identification and Construction of a R-loop Mediated Diagnostic Model and Associated Immune Microenvironment of COPD through Machine Learning and Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan-11, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02232-x PMID:39798034	研究论文	本文通过机器学习和单细胞转录组学技术，识别并构建了R-loop介导的慢性阻塞性肺疾病（COPD）诊断模型及其相关的免疫微环境	首次利用12种机器学习算法（150种组合）识别出14个与COPD相关的核心R-loop调节因子（RLRs），并基于这些RLRs构建了COPD风险评分模型，区分出两种不同的COPD亚型	研究主要基于转录组数据，未涉及其他类型的数据验证，且样本量未明确说明	探讨R-loop调节因子在COPD中的作用，并构建基于RLRs的COPD诊断模型	COPD患者的肺组织样本和COPD小鼠的肺组织	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序、RT-PCR	机器学习模型	转录组数据	NA
5055	2025-01-11	Targeting pathological brain activity-related to neuroinflammation through scRNA-seq for new personalized therapies in Parkinson's disease 2025-Jan-10, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02086-7 PMID:39788941	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5056	2025-01-13	The role of histone lactylation genes in hepatocellular carcinoma prognostic models and their immune cell infiltration features: a comprehensive analysis of single-cell, spatial transcriptome, Mendelian randomization and experiment 2025-Jan-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01775-1 PMID:39789404	研究论文	本文通过多种机器学习方法构建并验证了与组蛋白赖氨酸乳酸化（Kla）相关的基因模型，探讨了这些基因在肝细胞癌（HCC）预后模型中的作用及其与免疫细胞浸润特征的关系	首次构建了基于Kla相关基因的HCC预后模型，并结合单细胞分析、空间转录组学、孟德尔随机化和实验验证，全面探讨了Kla基因在HCC中的作用	研究依赖于多个数据库的整合数据，可能存在数据异质性问题，且实验验证仅限于Huh7和LO2细胞系	探索Kla相关基因在HCC预后模型中的作用及其与免疫细胞浸润特征的关系	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因和免疫细胞	机器学习	肝细胞癌	qRT-PCR, 单细胞分析, 空间转录组学, 孟德尔随机化	ROC, Kaplan‒Meier曲线, Cox回归, 决策曲线	基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据	多个数据库的整合数据，Huh7和LO2细胞系
5057	2025-01-13	An antagonistic role of clock genes and lima1 in kidney regeneration 2025-Jan-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07455-8 PMID:39789202	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了斑马鱼在急性肾损伤后的基因表达动态和细胞状态，揭示了时钟基因per1a和nr1d1在肾脏再生中的重要作用	首次揭示了时钟基因per1a和nr1d1通过抑制lima1a在肾脏再生中的关键作用，并发现lima1a是时钟蛋白的直接靶标	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中进行验证	探讨时钟基因在肾脏再生中的作用机制	斑马鱼的肾脏再生过程	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	斑马鱼突变体模型	基因表达数据	斑马鱼急性肾损伤模型
5058	2025-01-13	Rapamycin improves satellite cells' autophagy and muscle regeneration during hypercapnia 2025-Jan-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182842 PMID:39589836	研究论文	本文研究了高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并探讨了雷帕霉素在改善这些过程中的作用	首次在体内研究了高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并发现雷帕霉素可以改善这些过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并测试雷帕霉素是否能逆转这些影响	卫星细胞和肌肉再生	生物医学	肌肉疾病	单细胞测序、批量测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
5059	2025-01-13	Idebenone Protects Photoreceptors Impaired by Oxidative Phosphorylation Disorder in Retinal Detachment 2025-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.1.17 PMID:39774627	研究论文	本文研究了氧化磷酸化（OXPHOS）功能障碍在视网膜脱离（RD）中的作用，并探讨了idebenone对RD模型中的OXPHOS功能障碍的改善作用	首次系统地研究了视网膜脱离后视网膜细胞的代谢变化，并验证了idebenone在改善OXPHOS功能障碍中的潜在作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨视网膜脱离后氧化磷酸化功能障碍的机制及其对光感受器的影响	人类视网膜细胞和小鼠视网膜脱离模型	数字病理学	视网膜脱离	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
5060	2025-01-13	Single-cell transcriptomics of pediatric Burkitt lymphoma reveals intra-tumor heterogeneity and markers of therapy resistance 2025-Jan, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02431-3 PMID:39424708	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析了儿童伯基特淋巴瘤（BL）的肿瘤异质性及治疗抵抗的标志物	揭示了BL肿瘤内部的异质性，并识别了与治疗抵抗相关的候选生物标志物TPM2	研究样本仅限于EBV阴性的BL标本，可能不适用于所有BL患者	研究BL的异质性及区分治疗响应者与非响应者的特征	儿童伯基特淋巴瘤（BL）患者	数字病理学	伯基特淋巴瘤	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	转录组数据	EBV阴性的BL标本