单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5041	2025-04-08	Emerging drug targets for triple-negative breast cancer: a guided tour of the preclinical landscape 2022-05, Expert opinion on therapeutic targets IF:4.6Q1 DOI:10.1080/14728222.2022.2077188 PMID:35574694	综述	本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)治疗中的新兴靶点，重点讨论了癌细胞膜分子、细胞内信号通路及肿瘤微环境(TME)的潜在治疗价值	总结了TNBC治疗靶点的最新研究进展，并提出了针对TNBC分子异质性和TME的联合治疗策略	靶点识别和验证面临遗传、分子和免疫学方法的应用挑战，以及临床前研究向临床实践的转化困难	开发针对TNBC的新型有效靶向治疗	三阴性乳腺癌(TNBC)	肿瘤学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、耐热II组内含子逆转录酶测序、人源化小鼠模型	NA	NA	NA
5042	2025-04-07	Gene expression patterns of the developing human face at single cell resolution reveal cell type contributions to normal facial variation and disease risk 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.18.633396 PMID:39868299	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了人类颅面发育的综合图谱，揭示了不同细胞类型在正常面部变异和疾病风险中的作用	首次在单细胞分辨率下解析人类颅面发育的基因表达模式，识别了关键细胞类型及其亚型，并揭示了人类特有的基因表达差异	研究仅涵盖了4-8孕周的胚胎样本，未能覆盖整个颅面发育过程	探索人类颅面发育的细胞和遗传机制，及其与面部形态变异和颅面疾病的关系	24个人类胚胎的颅面组织样本	发育生物学	颅面畸形	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据	24个胚胎样本，覆盖6个关键时间点(4-8孕周)
5043	2025-04-07	Gene interactions analysis of brain spatial transcriptome for Alzheimer's disease 2024-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101337 PMID:39281834	研究论文	本研究通过空间转录组学分析阿尔茨海默病（AD）大脑中的基因相互作用，揭示了淀粉样蛋白-β积累过程中的基因关联动态	首次基于空间转录组学识别淀粉样蛋白-β积累过程中的多种基因关联，为从时空依赖的基因相互作用综合分析揭示AD病因提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证部分相对有限	揭示阿尔茨海默病大脑中基因相互作用的时空动态特征	AD小鼠模型和人类大脑样本	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组测序、单核RNA-seq	NA	空间转录组数据、单核RNA-seq数据	AD敲除小鼠和野生型小鼠模型、人类单核RNA-seq数据/AlzData数据库
5044	2025-04-07	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	本研究通过血浆蛋白质组学分析，识别与急性肾小管损伤(ATI)严重程度相关的生物标志物	首次使用SomaScan蛋白质组学平台在434名经活检确诊的肾病患者中识别ATI相关血浆生物标志物，并结合多组学数据探索其表达及富集的生物通路	样本量在不同队列中存在差异，部分队列样本量较小(n=44)	开发非侵入性ATI生物标志物用于早期检测和药物研发	肾病患者血浆样本	生物标志物研究	急性肾小管损伤/肾脏疾病	SomaScan蛋白质组学平台、区域转录组学与蛋白质组学、单细胞RNA测序、通路分析	NA	血浆蛋白质组数据、转录组数据	主要队列434名活检确诊肾病患者，验证队列包括KPMP(n=44)、ARIC(n=4610)和CHROME(n=268)
5045	2025-04-07	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2024-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.05.602313 PMID:39026724	研究论文	本研究探讨了上皮细胞IKKβ/NFκB信号在嗜酸性食管炎（EoE）发病机制中的作用，使用条件性敲除小鼠模型	揭示了上皮IKKβ信号缺失加剧EoE的机制，并提供了scRNA-seq分析揭示的分子变化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	研究IKKβ/NFκB信号在EoE发病机制中的作用	条件性敲除IKKβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
5046	2025-04-07	Single-cell analysis identifies PLK1 as a driver of immunosuppressive tumor microenvironment in LUAD 2024-Jun, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011309 PMID:38885192	研究论文	通过单细胞分析发现PLK1是肺腺癌免疫抑制肿瘤微环境的驱动因素	揭示了PLK1通过调控CXCL2细胞因子分泌促进M2型肿瘤相关巨噬细胞极化和抑制抗原呈递过程的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究PLK1在肺腺癌免疫抑制微环境中的作用机制	肺腺癌肿瘤微环境中的PLK1信号通路	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序、基因工程小鼠模型	NA	单细胞转录组数据	基因工程小鼠模型
5047	2025-04-06	Targeting mTOR in myeloid cells prevents infection-associated inflammation 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112163 PMID:40177636	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现mTOR通路在COVID-19患者髓系细胞调控中的关键作用，并开发了一种靶向髓系细胞的mTOR抑制纳米生物制剂	首次开发了靶向髓系细胞及其骨髓祖细胞的mTOR抑制纳米生物制剂，并证明其能有效抑制感染相关炎症	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探索预防感染相关并发症中有害器官炎症的治疗策略	COVID-19患者的髓系细胞和小鼠高炎症模型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠高炎症模型和急性呼吸窘迫综合征模型	RNA测序数据，流式细胞数据	人类原代免疫细胞和小鼠模型
5048	2025-04-06	Chemokine Ligands and Receptors Regulate Macrophage Polarization in Atherosclerosis: A Comprehensive Database Mining Study 2025-Mar, CJC open IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.cjco.2024.11.018 PMID:40182401	研究论文	通过生物信息学方法研究趋化因子配体和受体在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用	首次通过公共数据库挖掘和生物信息学分析，揭示了趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的具体机制	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探究趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用机制	巨噬细胞极化和趋化因子	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, GEO2R, IPA分析	巨噬细胞极化调控模型	基因表达数据	公共数据库中的小鼠组织数据
5049	2025-04-06	HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200 PMID:39680021	研究论文	本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌(PDAC)基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的用途	发现HMGA2表达可预测PDAC患者的生存期和治疗反应，并与GATA6状态结合可识别疾病亚型	研究样本量有限，且需要进一步验证HMGA2作为生物标志物的临床应用价值	探索HMGA2在PDAC中的预后和治疗抵抗预测价值	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(RNA-seq)、多重免疫组化(IHC)	NA	RNA-seq数据、免疫组化数据	172例患者样本(单细胞RNA-seq)、580例PDAC样本(多重IHC)、额外30例多样化患者样本
5050	2025-04-06	A prognostic model based on autophagy-and senescence-related genes for gastric cancer: implications for immunotherapy and personalized treatment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1509771 PMID:40182050	研究论文	本研究基于自噬和衰老相关基因构建了一个胃癌预后模型，用于预测免疫浸润、免疫治疗效果并指导个性化治疗	首次结合自噬和衰老相关基因构建胃癌预后模型，并验证其在免疫治疗和个性化治疗中的潜在应用	研究结果需要进一步通过大规模临床试验验证	开发一个能够预测胃癌预后和免疫治疗效果的模型	胃癌患者	数字病理学	胃癌	基因表达分析、单细胞测序	LASSO回归模型	基因表达数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
5051	2025-04-06	Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN 2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761 PMID:39283774	研究论文	提出了一种名为scTSNN的张量共享最近邻锚点聚类方法，用于自动检测单细胞RNA测序数据中的锚点细胞和聚类	利用张量亲和力学习模块挖掘细胞的局部-全局平衡拓扑结构，设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞	在无监督场景下发现scRNA-seq数据的真实细胞类型仍然具有挑战性	提高单细胞RNA测序数据中细胞异质性研究的精度和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	宫颈癌	scRNA-seq	scTSNN	单细胞RNA测序数据	合成数据集和scRNA-seq数据集（包括哺乳动物细胞和宫颈癌肿瘤细胞）
5052	2025-04-06	Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy 2024-Oct-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459 PMID:38742767	研究论文	研究发现NOTCH3+干细胞在脑膜瘤的发生和放疗抵抗中起关键作用，并提出了一种新的治疗策略	首次报道了血管周围NOTCH3+干细胞在脑膜瘤发生和放疗抵抗中的作用，并发现了一种通过稳定NOTCH3负调控区域的抗体来抑制肿瘤生长和增强放疗敏感性的治疗方法	研究主要基于小鼠模型和异种移植实验，临床转化效果需进一步验证	探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型及信号机制，并寻找有效的系统性治疗方法	人类、狗和小鼠的脑膜瘤组织	肿瘤学	脑膜瘤	单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术	基因工程小鼠模型和异种移植模型	基因表达数据、影像数据	涉及人类、狗和小鼠的脑膜瘤样本，具体数量未明确说明
5053	2025-04-06	Autofluorescence is a biomarker of neural stem cell activation state 2024-Apr-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.02.011 PMID:38521057	研究论文	利用自发荧光成像技术研究神经干细胞激活状态	首次发现静止和激活状态的神经干细胞具有独特的自发荧光特征，并可作为生物标志物	研究仅限于小鼠神经干细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探索神经干细胞激活状态的生物标志物及其与代谢重塑的关系	小鼠神经干细胞（NSCs）	生物医学成像	NA	荧光寿命成像（FLIM）和单细胞RNA测序	NA	图像和转录组数据	未明确说明样本数量，但研究涉及单细胞分辨率分析
5054	2025-04-06	Progesterone attenuates Th17-cell pathogenicity in autoimmune uveitis via Id2/Pim1 axis 2023-Jun-21, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-023-02829-3 PMID:37344856	研究论文	本研究探讨了孕酮（PRG）通过Id2/Pim1轴减弱Th17细胞在自身免疫性葡萄膜炎（AU）中的致病性	首次通过单细胞RNA测序构建了PRG治疗的EAU模型小鼠的高维免疫图谱，揭示了PRG通过调节Th17/Treg平衡及Id2/Pim1轴缓解炎症的机制	研究仅使用动物模型，尚未在人体中进行验证	探究孕酮治疗自身免疫性葡萄膜炎的作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型小鼠	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序	EAU动物模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
5055	2025-04-06	Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues 2023-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-05795-1 PMID:36922587	research paper	该研究开发了两种空间表观基因组和转录组联合分析技术，用于在小鼠和人类脑组织中同时检测染色质可及性、组蛋白修饰和基因表达	首次实现了空间分辨的全基因组表观组和转录组联合分析，能够在近单细胞分辨率下同时检测多种分子层信息	技术尚未应用于更广泛的生物样本和疾病模型	研究表观遗传机制如何控制组织中的转录表型和细胞动态	小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织	空间组学	NA	空间转录组学、空间表观组学、共测序技术	NA	空间组学数据（表观组+转录组）	小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织样本
5056	2025-04-06	Ensembles of endothelial and mural cells promote angiogenesis in prenatal human brain 2022-09-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.09.004 PMID:36179668	研究论文	研究揭示了人类胎儿大脑中血管细胞成熟的关键机制及其与神经发生的相互作用	首次在妊娠中期人类大脑中发现内皮细胞和周细胞亚型的组合，并揭示其通过胶原蛋白、层粘连蛋白和中期因子等信号机制促进细胞间通讯和成熟	研究主要关注妊娠中期，未涵盖整个胎儿发育过程	探索人类胎儿大脑血管细胞成熟的机制及其与神经发生的相互作用	人类胎儿大脑中的血管细胞（内皮细胞和周细胞）	发育生物学	NA	荧光激活细胞分选、单细胞转录组学、组织学和超微结构分析	NA	单细胞转录组数据、组织学图像、超微结构数据	妊娠中期人类胎儿大脑样本
5057	2025-04-06	Single-cell analysis identifies the interaction of altered renal tubules with basophils orchestrating kidney fibrosis 2022-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01200-7 PMID:35552540	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了肾脏纤维化中肾小管细胞与嗜碱性粒细胞的相互作用机制	首次发现促纤维化肾小管细胞通过分泌CXCL1招募CXCR2嗜碱性粒细胞，并证实后者通过产生IL-6促进T17辅助T细胞募集从而驱动肾脏纤维化	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步扩展	阐明肾脏纤维化的免疫调控机制	肾脏纤维化模型小鼠及人类肾脏组织	单细胞生物学	慢性肾脏病	单细胞测序、免疫染色	NA	单细胞基因表达数据、批量基因表达数据、免疫组织化学数据	小鼠模型及人类肾脏组织样本（具体数量未明确说明）
5058	2025-04-06	Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram 2021-11, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01264-7 PMID:34711971	研究论文	提出Tangram方法，用于将单细胞/单核RNA测序数据与空间数据对齐，以重建器官的生物图谱	Tangram方法能够将sc/snRNA-seq数据与多种空间数据形式对齐，包括MERFISH、STARmap、smFISH、Spatial Transcriptomics (Visium)和组织学图像，支持多模态数据如SHARE-seq	未提及具体样本量的限制或方法在特定数据集上的性能限制	克服现有技术在空间分辨率和基因通量上的限制，重建器官的生物图谱	健康小鼠脑组织	数字病理	NA	sc/snRNA-seq, MERFISH, STARmap, smFISH, Spatial Transcriptomics (Visium), SHARE-seq	深度学习	单细胞转录组数据、空间数据、组织学图像	未明确提及样本量
5059	2025-04-06	Human oral mucosa cell atlas reveals a stromal-neutrophil axis regulating tissue immunity 2021-07-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.05.013 PMID:34129837	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱揭示了口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的细胞景观，并发现了一种基质-中性粒细胞轴在调节组织免疫中的作用	首次构建了人类口腔黏膜的单细胞转录组图谱，揭示了基质细胞与中性粒细胞在牙周炎中的关键作用	研究样本可能不足以代表所有人群的口腔黏膜状态	理解口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的组织特异性病理生理学	健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织	digital pathology	periodontitis	single-cell transcriptome sequencing	NA	transcriptome data	健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织样本
5060	2025-04-06	A comprehensive survey of regulatory network inference methods using single cell RNA sequencing data 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa190 PMID:34020546	综述	本文综述了15种利用单细胞RNA测序数据进行调控网络推断的计算方法	全面评估了单细胞分辨率下基因调控网络推断方法的性能、对数据丢失的敏感性和时间复杂性	未涉及所有现有的单细胞数据分析方法，且主要基于模拟数据评估	帮助生命科学家选择合适的分析方法，并为计算科学家开发新方法提供参考	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA