单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5021	2024-12-23	Epigenetic characterization of adult rhesus monkey spermatogonial stem cells identifies key regulators of stem cell homeostasis 2024-Dec-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1013 PMID:39535033	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和染色质状态分析，揭示了成年恒河猴精原干细胞（SSCs）的表观遗传特征，并鉴定了调控干细胞稳态的关键因子	首次在恒河猴模型中系统地表征了精原干细胞及其前体细胞的表观遗传特征，并揭示了TGF-β信号通路在促进精原干细胞自我更新中的作用	研究仅限于恒河猴模型，尚未在人类精原干细胞中验证这些发现	揭示精原干细胞稳态调控的表观遗传机制，为优化灵长类精原干细胞体外扩增条件提供线索	成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序，染色质状态分析	NA	RNA序列，染色质状态	成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞样本
5022	2024-12-23	Exploring the Prognostic Value of Tumour-Associated Genes in Clear Cell Renal Cell Carcinoma Through Single-Cell RNA Sequencing Insights 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70297 PMID:39706820	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了透明细胞肾细胞癌中肿瘤相关基因的预后价值，并构建了一个结合Lasso回归和生存支持向量机的预后模型	首次通过单细胞RNA测序技术深入研究透明细胞肾细胞癌的复杂性，并构建了一个结合多种机器学习算法的预后模型，揭示了免疫细胞浸润对患者预后的重要影响	研究主要基于TCGA、ICGC和微阵列数据集，可能存在数据来源的局限性	探索透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境对治疗效果的影响，并识别关键的预后标志物	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境和肿瘤相关基因	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	Lasso回归和生存支持向量机	基因表达数据	多个队列的数据，包括TCGA、ICGC和微阵列数据集
5023	2024-12-23	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	研究论文	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	首次提出基因嵌入问题，并设计了一种基于扩散小波字典的图信号处理方法GSPA，用于学习单细胞数据中的基因表示	NA	开发一种新的计算方法来映射基因空间，并评估其在多种生物任务中的有效性	单细胞数据中的基因表示	生物信息学	NA	图信号处理	GSPA	单细胞数据	模拟单细胞数据
5024	2024-12-23	scRGCL: a cell type annotation method for single-cell RNA-seq data using residual graph convolutional neural network with contrastive learning 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae662 PMID:39708840	研究论文	提出了一种基于残差图卷积神经网络和对比学习的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scRGCL	scRGCL通过残差图卷积神经网络提取复杂的高阶特征，利用对比学习学习有意义的细胞间差异特征，并通过权重冻结避免过拟合	现有的深度学习方法未能充分利用细胞间的差异特征，缺乏灵活性以整合高阶特征，且低维基因特征可能导致神经网络过拟合	开发一种新的深度学习模型，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	机器学习	NA	单细胞RNA测序	残差图卷积神经网络	基因表达数据	8个单细胞基准数据集，包括7个人类数据集和1个小鼠数据集
5025	2024-12-23	Metabolic transcriptomics dictate responses of cone photoreceptors to retinitis pigmentosa 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113054 PMID:37656622	研究论文	本研究通过质谱分析和单细胞RNA测序，探讨了视网膜色素变性（RP）中视锥细胞的代谢转录组响应	首次将视锥细胞的代谢转录组与视网膜色素变性中的氧化磷酸化和糖酵解过程联系起来，揭示了不同类型视锥细胞在疾病进展中的不同代谢策略	研究主要集中在视锥细胞的代谢转录组，未深入探讨其他细胞类型的响应机制	探讨视网膜色素变性中视锥细胞的代谢转录组响应及其与疾病进展的关系	视网膜色素变性中的视锥细胞	NA	视网膜色素变性	质谱分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物，转录组	NA
5026	2024-12-22	ScRNA-Seq Analysis of Tongue Tissues in Chronic Hyperplastic Candidiasis 2025-Jan, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241282948 PMID:39586800	研究论文	本研究首次对慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，揭示了CHC的微环境变化和免疫病因	首次使用scRNA-seq技术分析CHC受影响的舌组织，揭示了纤维细胞和T/NK细胞在CHC中的显著变化及其在细胞间相互作用中的核心作用	NA	揭示慢性增生性念珠菌病（CHC）的微环境变化和免疫病因	慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织	数字病理学	口腔念珠菌病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
5027	2024-12-22	Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage 2025-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0199 PMID:39446557	研究论文	研究探讨了糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响，特别是Müller胶质细胞通过Zfp36基因的保护作用	首次揭示了Müller胶质细胞在糖尿病诱导的视网膜损伤中通过Zfp36基因的保护作用	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中验证	探讨糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响及其分子机制	视网膜细胞类型，特别是Müller胶质细胞	NA	糖尿病性视网膜病变	单细胞转录组学	NA	转录组数据	大鼠模型中的不同视网膜细胞类型
5028	2024-12-22	Single-cell profiling of the amphioxus digestive tract reveals conservation of endocrine cells in chordates 2024-Dec-20, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq0702 PMID:39705360	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了文昌鱼消化道的细胞特征，揭示了脊椎动物消化系统内分泌细胞的保守性	首次通过单细胞RNA测序揭示了文昌鱼消化道中的内分泌样细胞，并发现了与脊椎动物胰岛素样生长因子1（Igf1）相似的文昌鱼Ilp1	未提及具体的研究局限性	探索脊椎动物消化系统的进化起源及其内分泌细胞的保守性	文昌鱼消化道的细胞特征	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	未提及具体样本数量
5029	2024-12-22	S100A11 is a potential prognostic biomarker and correlated with tumor immunosuppressive microenvironment in glioma 2024-Dec-20, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040701 PMID:39705426	研究论文	本研究探讨了S100A11作为胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）潜在生物标志物的角色及其与GAMs浸润的相关性	首次揭示了S100A11在胶质瘤免疫抑制微环境中的重要作用，并提出其可能作为GAMs的潜在标志物	研究主要基于现有数据和分析，缺乏体内实验验证	更好地理解胶质瘤的免疫微环境	S100A11在胶质瘤相关巨噬细胞中的表达及其与GAMs浸润的关系	NA	脑肿瘤	Western blot, 免疫组织化学, 免疫荧光分析, 单细胞测序, 免疫浸润分析	NA	蛋白质, 单细胞数据	未明确提及具体样本数量
5030	2024-12-22	Evaluating predictive patterns of antigen-specific B cells by single-cell transcriptome and antibody repertoire sequencing 2024-Dec-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.11.005 PMID:39662471	研究论文	本文通过单细胞转录组和抗体库测序评估了抗原特异性B细胞的预测模式	引入了带有抗原特异性或非特异性标签的单细胞转录组和抗体库测序数据集，并评估了基于基因表达和抗体库特征的不同机器学习模型的性能	需要足够的带有抗原特异性标签的训练数据	加速抗原特异性B细胞的预测过程	抗原特异性B细胞	机器学习	NA	单细胞转录组测序，抗体库测序	线性和非线性机器学习模型	基因表达数据，抗体序列数据	来自免疫小鼠的B细胞
5031	2024-12-22	Tracking the gene expression programs and clonal relationships that underlie mast, myeloid, and T lineage specification from stem cells 2024-Dec-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.11.001 PMID:39615483	研究论文	本文利用多能干细胞分化系统，研究了T细胞谱系分化过程中的转录动力学和细胞命运限制事件	首次通过时间分辨的单细胞RNA测序揭示了T细胞谱系分化过程中多能造血程序的下调、90多个谱系相关转录因子的上调以及细胞周期退出的高度协调发展窗口，并发现了YBX1在T细胞谱系分化中的作用	研究主要基于体外多能干细胞分化系统，可能与体内环境存在差异	揭示T细胞谱系分化过程中的基因表达程序和克隆关系	T细胞、肥大细胞和髓系细胞的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5032	2024-12-22	Barcoding Notch signaling in the developing brain 2024-Dec-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203102 PMID:39575683	研究论文	本文介绍了一种名为SABER-seq的CRISPR-Cas分子记录器，用于在发育中的大脑中记录Notch信号，并通过单细胞转录组学进行后期解构	SABER-seq是一种新型的平台，能够快速、可扩展且高分辨率地映射发育过程中的信号活动	传统的基于荧光的信号报告器在可扩展性和细胞类型的分子分辨率方面存在局限性	开发一种新的技术来记录和分析发育过程中的信号输入	在发育中的斑马鱼大脑中记录Notch信号	NA	NA	CRISPR-Cas, 单细胞转录组学	NA	基因组数据	斑马鱼大脑中的细胞
5033	2024-12-22	Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block 2024-Dec-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203152 PMID:39628450	研究论文	本文研究了海胆胚胎在细胞转分化过程中克服重编程障碍的机制	首次揭示了转分化过程中基因调控状态的转变序列，并发现信号时序对色素细胞重编程的影响	研究仅限于海胆胚胎，未探讨其他物种或细胞类型的转分化过程	探讨胚胎发育中细胞转分化的分子机制	海胆胚胎中的微细胞（骨骼细胞前体）和早期内胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个海胆胚胎的单细胞样本
5034	2024-12-22	CD34+CLDN5+ tumor associated senescent endothelial cells through IGF2-IGF2R signaling increased cholangiocellular phenotype in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.008 PMID:39674501	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌（HCC）中胆管细胞表型（CCA）的形成机制，特别是通过单细胞RNA测序识别了与CCA形成相关的特定细胞类型及其功能	首次揭示了肿瘤相关衰老内皮细胞通过IGF2-IGF2R信号通路招募间充质干细胞，增强HCC细胞的癌症干细胞样特征，并促进CCA的形成	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的临床验证	识别肝细胞癌中胆管细胞表型形成的特定细胞类型及其功能	肝细胞癌中的肿瘤相关衰老内皮细胞和间充质干细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
5035	2024-12-22	RAG-seq: NSR-primed and Transposase Tagmentation-mediated Strand-specific Total RNA Sequencing in Single Cells 2024-Dec-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae072 PMID:39388199	研究论文	本文介绍了一种名为RAG-seq的创新性链特异性总RNA测序技术，结合NSR引物和Tn5转座酶介导的标签化，用于单细胞RNA测序	RAG-seq克服了现有方法在捕获全长转录本和辨别链方向上的局限性，提供了全面的转录本覆盖并保持链方向，这对于准确量化重叠基因和检测反义转录本至关重要	NA	开发一种新的单细胞RNA测序技术，以提高对复杂生物背景下转录组分析的准确性和敏感性	单细胞中的总RNA	RNA测序	NA	RAG-seq	NA	RNA	小鼠卵母细胞和早期胚胎
5036	2024-12-22	Interpreting single-cell and spatial omics data using deep neural network training dynamics 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00721-5 PMID:39633094	研究论文	本文开发了一种名为Annotatability的框架，通过监测深度神经网络在注释数据上的训练动态，识别注释错误并表征生物数据结构	提出了Annotatability框架，通过分析深度神经网络的训练动态来识别注释错误和中间细胞状态，并开发了一种信号感知图嵌入方法用于下游生物信号分析	NA	解决单细胞和空间组学数据解释中的关键挑战，揭示细胞多样性和集体细胞行为	单细胞RNA测序和空间组学数据	机器学习	NA	深度神经网络	深度神经网络	单细胞RNA测序数据和空间组学数据	八个单细胞RNA测序和空间组学数据集
5037	2024-12-22	Apocrine Gland Damage and the Release of Specific Keratins in Early Stage Indicate the Crucial Involvement of Apocrine Glands in Hidradenitis Suppurativa 2024-Nov-14, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.021 PMID:39547394	研究论文	本研究通过免疫组织化学和单细胞测序技术，探讨了顶泌汗腺在化脓性汗腺炎发病机制中的潜在作用	首次提供了顶泌汗腺在化脓性汗腺炎早期病变中受损并释放特定角蛋白的证据	样本量较小，且仅限于早期病变皮肤的研究	探讨顶泌汗腺在化脓性汗腺炎发病机制中的作用	化脓性汗腺炎患者的非病变皮肤和早期病变皮肤以及健康对照组的皮肤	NA	化脓性汗腺炎	免疫组织化学、单细胞测序	NA	组织样本	化脓性汗腺炎患者12例，健康对照组8例，血清样本20例
5038	2024-12-22	starTracer is an accelerated approach for precise marker gene identification in single-cell RNA-Seq analysis 2024-09-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06790-6 PMID:39266658	研究论文	本文介绍了一种名为starTracer的新算法，用于加速单细胞RNA-seq数据中标记基因的识别	starTracer算法通过减少冗余计算，显著提高了计算效率、特异性和准确性，相比Seurat算法速度提升了2~3个数量级	NA	提高单细胞RNA-seq数据中标记基因识别的效率、特异性和准确性	单细胞RNA-seq数据中的标记基因	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	三个独立数据集和一个模拟测试数据集
5039	2024-12-22	Integrating large-scale single-cell RNA sequencing in central nervous system disease using self-supervised contrastive learning 2024-09-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06813-2 PMID:39251817	研究论文	本文介绍了一种自监督对比学习方法scCM，用于整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据	提出了scCM方法，通过比较基因表达的变化，将功能相关的细胞聚集在一起，同时将不相似的细胞分开，有效揭示了中枢神经系统细胞类型/亚型的异质性关系	NA	整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据，揭示细胞和分子机制	中枢神经系统细胞类型/亚型	单细胞RNA测序	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序	自监督对比学习	基因表达数据	20个中枢神经系统数据集，涵盖4个物种和10种中枢神经系统疾病
5040	2024-12-22	PHD2 safeguards modest mesendoderm development 2024-09-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06824-z PMID:39244636	研究论文	本文研究了PHD2在调节HIF-1α水平和调控中胚层发育中的关键作用	首次揭示了PHD2在调控中胚层发育中的负向调节作用，并阐明了其通过HIF-1α调控Wnt/β-catenin通路的机制	研究主要集中在体外模型和早期胚胎阶段，缺乏对更晚期发育阶段的验证	探讨PHD2在中胚层发育中的作用及其与低氧和HIF-1α的相互作用	PHD2、HIF-1α、中胚层发育、Wnt/β-catenin通路	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了小鼠胚胎干细胞（mESCs）、胚胎体和鼠胚