单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5021	2025-02-10	ICOSL, OX40L, and CD30L Control Persistence of Asthmatic CD4 Trm cells 2025-Feb-05, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1097 PMID:39921040	研究论文	本文研究了控制哮喘CD4 Trm细胞持久性的共刺激分子，并探讨了它们的靶向治疗对哮喘相关记忆T细胞群体寿命的影响	通过单细胞RNA测序技术，识别了ICOSL、OX40L和CD30L在哮喘患者和小鼠模型中的表达，并展示了联合抑制这些分子对减少肺部炎症和记忆T细胞积累的有效性	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究结果需要进一步验证	探索控制过敏原诱导的记忆CD4 T细胞再激活的共刺激分子，并评估其靶向治疗对哮喘相关记忆T细胞群体寿命的影响	人类和小鼠的哮喘肺CD4 T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人类和小鼠的哮喘肺CD4 T细胞样本
5022	2025-02-10	Identification of potential immunologic resilience in the healing process of diabetic foot ulcers 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14465 PMID:37926487	研究论文	本研究通过生物信息学工具和单细胞RNA测序技术，分析了糖尿病足溃疡（DFU）患者的基因表达数据，揭示了CD8 T细胞在DFU愈合过程中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别了DFU中不同细胞群体的分布，并验证了CD8 T细胞及其相关关键基因在DFU愈合过程中的作用	研究主要依赖于公共数据库的基因表达数据，样本来源和数量可能有限	探讨糖尿病足溃疡的发病机制及治疗新视角	糖尿病足溃疡患者	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序, RT-qPCR, 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
5023	2025-02-09	Immune mechanisms in multiple sclerosis: CD3 levels on CD28+ CD4+ T cells link antibody responses to human herpesvirus 6 2025-Mar, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2025.156866 PMID:39884183	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析探讨了抗体介导的免疫反应与多发性硬化症（MS）之间的联系，并揭示了CD28+ CD4+ T细胞上CD3水平通过改变人类疱疹病毒6（HHV-6）的比例对MS进展的影响	揭示了CD28+ CD4+ T细胞上CD3水平通过改变HHV-6比例对MS进展的影响，为HHV-6介导的MS生物学机制提供了新的见解	抗体介导的免疫反应与MS之间的确切因果关系仍不明确	探讨抗体介导的免疫反应与多发性硬化症（MS）之间的关联，并识别可能参与MS发病和进展的特定感染病原体	多发性硬化症（MS）患者和对照组	免疫学	多发性硬化症	单细胞测序，孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	MS患者和对照组
5024	2025-02-09	Massively parallel flow-cytometry-based screening of hematopoietic lineage cell populations from up to 25 donors simultaneously 2025-Feb, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.014 PMID:39608688	研究论文	本研究旨在开发一种方法，允许对造血来源细胞表面标记进行高维度和技术统一的筛选	该方法能够在技术上统一的方式下筛选数百万细胞上的数百个标记，从而识别和表征稀有细胞群体的变化	虽然该方法能够处理大量细胞，但对于极低丰度的细胞群体，仍可能遗漏某些调控异常	开发一种高维度且技术统一的细胞表面标记筛选方法，以识别和表征稀有细胞群体的变化	造血来源的细胞群体	生物信息学	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序（RNAseq）	机器学习算法	细胞表面标记数据	25个供体的细胞样本
5025	2025-02-09	MetaLigand: A database for predicting non-peptide ligand mediated cell-cell communication 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633094 PMID:39868215	研究论文	本文介绍了MetaLigand，一个基于R语言和网络访问的工具，用于预测非肽配体介导的细胞间通讯	MetaLigand通过整合自动管道和手动整理的数据，提高了预测非肽配体丰度的准确性，并支持单细胞RNA测序和空间转录组数据	NA	研究非肽配体在细胞间通讯中的作用，并开发工具预测其生产和受体相互作用	非肽配体（NPLs）及其受体	生物信息学	年龄相关性黄斑变性	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	233种非肽配体
5026	2025-02-09	Case study of a neuroendocrine tumor of uncertain origin: single-cell transcriptomics unravels potential primary location 2024-Dec-31, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06071-z PMID:39738894	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和全外显子测序技术，探索了一例来源不明的神经内分泌肿瘤的原发部位	利用单细胞RNA测序和全外显子测序技术，结合公开的转录组数据集，开发并验证了用于组织来源识别的分子基因特征	研究仅针对一例病例，样本量较小，结果可能不具有广泛代表性	确定非器官局限性神经内分泌肿瘤的原发部位，以进行准确的诊断和管理	一例位于十二指肠和胰头之间的腹膜后非功能性神经内分泌肿瘤	数字病理学	神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全外显子测序（WES）	NA	转录组数据	一例病例
5027	2025-02-09	Identification of psoriasis-associated immune marker G3BP2 through single-cell RNA sequencing and meta analysis 2024-12, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13851 PMID:39267394	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和元分析，揭示了银屑病在细胞水平的潜在机制，并识别了在银屑病进展中起显著作用的免疫调节标记基因	创新性地结合了单细胞RNA测序和元分析，首次识别了与银屑病发病和进展相关的免疫调节标记基因G3BP2	样本量较小，仅包括12名银屑病患者的皮肤组织样本	探索银屑病的发病机制并识别有效的治疗靶点	银屑病患者的皮肤组织	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），元分析，加权基因共表达网络分析（WGCNA），LASSO回归，ROC曲线分析	NA	RNA测序数据	12名银屑病患者的皮肤组织样本
5028	2025-02-09	ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis 2024-Nov-01, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225778 PMID:39486872	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎（RA）中组织驻留滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	发现了一种新型的组织重塑CD45-CD31-PDPN+ITGA5+滑膜成纤维细胞亚群，并揭示了其在RA进展中的调控机制	研究主要依赖于单细胞和空间转录组学技术，可能受限于样本量和技术的分辨率	研究类风湿性关节炎中滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	类风湿性关节炎患者的滑膜组织和滑膜成纤维细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、免疫组化、多重免疫荧光、流式细胞术、细胞共培养、RNA测序	NA	基因表达数据、细胞表型数据	两个队列（PEAC和R4RA）的类风湿性关节炎患者样本
5029	2025-02-09	Cell and transcriptomic diversity of infrapatellar fat pad during knee osteoarthritis 2024-Oct-15, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225928 PMID:39375009	研究论文	本研究采用多组学方法，识别了膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）中的主要细胞类型及其转录组特征，并探讨了IFP在KOA、性别和肥胖状态下的差异	首次提供了人类IFP的细胞和转录组多样性的全面图谱，并确定了IFP成纤维细胞作为与KOA疾病、性别或肥胖相关的转录组和代谢差异的关键细胞	样本量相对较小，仅包括21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA捐赠者）	探讨膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性及其在KOA、性别和肥胖状态下的差异	膝骨关节炎（KOA）患者和健康对照者的髌下脂肪垫（IFP）	数字病理学	膝骨关节炎	单核RNA测序、空间转录组学、生物信息学分析、代谢组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、代谢组数据	21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA捐赠者），共82,924个细胞核
5030	2025-02-09	Inducible pluripotent stem cells to study human mast cell trajectories 2024-Oct, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.07.003 PMID:39038754	研究论文	本文开发了一种从诱导多能干细胞（iPSC）分化人类肥大细胞（MC）的体外模型，用于研究人类MC的分化轨迹	利用iPSC技术生成人类MC前体和成熟MC群体，为研究MC生物学和分化轨迹的转录调控提供了新的模型系统	研究中使用的细胞模型系统可能无法完全模拟体内MC的分化和功能	研究人类肥大细胞的分化轨迹和亚型	人类肥大细胞及其前体细胞	细胞生物学	炎症性疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	iPSC分化模型	细胞数据	547个单细胞（来自MCFC培养第4周的细胞）
5031	2025-02-09	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-Sep-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	本文通过使用SNCA三倍体诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的皮质类器官模拟路易体病（LBD），并筛选出四种潜在的治疗药物	首次使用SNCA三倍体iPSCs衍生的皮质类器官模拟LBD，并通过单细胞RNA测序和功能验证揭示了兴奋性神经元中的突触和线粒体功能障碍	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证药物的疗效	研究路易体病（LBD）中α-突触核蛋白（α-SYN）病理的机制，并筛选潜在的治疗药物	SNCA三倍体iPSCs衍生的皮质类器官和兴奋性神经元	数字病理学	路易体病	单细胞RNA测序，实时震动诱导转化实验	iPSCs衍生的皮质类器官	基因表达数据，药物筛选数据	1280种FDA批准的药物，SNCA三倍体iPSCs衍生的皮质类器官
5032	2025-02-09	The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation 2024-Sep-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002 PMID:39089253	研究论文	本文通过纵向双光子成像和单细胞转录组学技术，揭示了脉络丛在脑炎症中的调控机制	首次详细描述了脉络丛上皮细胞在神经炎症期间如何短暂特化以滋养免疫细胞，并协调其招募、存活和分化	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨脉络丛在脑炎症中的调控机制	小鼠脉络丛和免疫细胞	神经科学	脑膜炎	纵向双光子成像，单细胞转录组学	NA	图像，转录组数据	小鼠模型
5033	2025-02-09	NR3C2 affects the proliferation and invasiveness of colon cancer cells through the Wnt/β-Catenin signaling pathway 2024-Sep-05, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05935-8 PMID:39237674	研究论文	本研究探讨了核受体亚家族3组C成员2（NR3C2）与结肠癌结果之间的潜在关联及其机制	首次揭示了NR3C2通过Wnt/β-Catenin信号通路影响结肠癌细胞的增殖和侵袭性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，样本量有限，且未进行大规模临床验证	探索NR3C2与结肠癌结果的相关性及其机制	结肠癌细胞	癌症研究	结肠癌	mRNA数据分析、生物信息学方法、ROC曲线、单细胞转录组分析、细胞培养实验	NA	mRNA数据、临床记录、单细胞数据	TCGA数据库中的结肠癌数据、GEO数据库中的单细胞数据、3个新鲜结肠癌样本及其旁癌样本
5034	2025-02-09	Stellate cells are in utero markers of pancreatic disease in cystic fibrosis 2024-Aug-07, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00871-2 PMID:39112965	研究论文	本文通过绵羊CF模型研究了囊性纤维化（CF）胰腺疾病的演变过程，发现星状细胞在CF胰腺疾病中的关键作用	首次在CF绵羊模型中通过单细胞RNA测序技术识别出在CF胰腺疾病中显著过表达的独特细胞群体，特别是星状细胞	研究仅基于绵羊模型，尚未在人类中进行验证	探讨囊性纤维化胰腺疾病的早期演变机制	CFTR-/-绵羊的胎儿胰腺	数字病理学	囊性纤维化	RNA-seq, scRNA-seq, 免疫化学	CFTR-/-绵羊模型	RNA序列数据	从妊娠50天到足月的六个时间点收集的胎儿胰腺样本
5035	2025-02-09	Unravelling CD4+ T cell diversity and tissue adaptation of Tregs in abdominal aortic aneurysms through single-cell sequencing 2024-08, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13796 PMID:38637948	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了腹主动脉瘤中CD4+ T细胞的多样性和调节性T细胞（Tregs）的组织适应性	首次在腹主动脉瘤中识别出Tregs的前体细胞，并揭示了这些细胞在外周组织中起源并在主动脉中获得组织特异性表型的过程	Tregs获得组织特异性表型的具体时间和机制仍不明确	探讨腹主动脉瘤中CD4+ T细胞的异质性及Tregs的组织适应性	腹主动脉瘤患者的CD4+ T细胞和脾脏细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
5036	2025-02-09	Endothelial Cell Flow-Mediated Quiescence Is Temporally Regulated and Utilizes the Cell Cycle Inhibitor p27 2024-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320671 PMID:38602102	研究论文	本文研究了内皮细胞在血流诱导的机械传导下如何调节细胞周期并进入静止状态，特别是通过p27细胞周期抑制剂的调控	揭示了内皮细胞在血流刺激下静止状态的独特性质和时序调控机制，特别是p27在其中的关键作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探究内皮细胞在血流诱导下如何调节细胞周期并进入静止状态	人内皮细胞、小鼠和斑马鱼的内皮细胞	细胞生物学	血管功能障碍	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	NA
5037	2025-02-09	Single-cell profiling of bronchoalveolar cells reveals a Th17 signature in neutrophilic severe equine asthma 2024-04, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13745 PMID:38153159	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术，研究了严重马哮喘（SEA）中的免疫机制，揭示了Th17免疫反应在其中的主导作用	首次在SEA中通过单细胞mRNA测序技术揭示了Th17免疫反应的主导作用，并发现了单核细胞-淋巴细胞复合物及CXCL13在中间单核细胞中的上调	研究样本量较小，仅包括11匹温血马	揭示严重马哮喘（SEA）中的免疫机制	温血马（5匹对照马和6匹SEA马）的冷冻保存的支气管肺泡细胞	数字病理学	哮喘	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	mRNA序列数据	11匹温血马（5匹对照马和6匹SEA马）
5038	2025-02-09	Modeling primitive and definitive erythropoiesis with induced pluripotent stem cells 2024-03-26, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023011708 PMID:38290102	研究论文	本文利用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟原始和最终红细胞生成，比较了两种红细胞的功能特性	通过iPSCs生成同基因背景的原始和最终红细胞，并直接与胎儿肝脏来源的红细胞进行比较，揭示了两种红细胞生成程序的差异	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内红细胞生成的复杂性	研究红细胞生成的不同阶段及其功能特性，探索iPSCs在遗传性血液疾病建模中的应用	诱导多能干细胞（iPSCs）及其分化的红细胞	细胞生物学	血液疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康胎儿肝脏细胞来源的iPSCs及其分化的红细胞
5039	2025-02-09	Investigating adverse genomic and regulatory changes caused by replacement of the full-length CFTR cDNA using Cas9 and AAV 2024-Mar-12, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102134 PMID:38384445	研究论文	本文研究了使用Cas9和AAV替换全长CFTR cDNA后引起的基因组和调控变化的安全性	通过多种测序技术（CAST-seq、ATAC-seq、scRNA-seq）全面评估了基因编辑后的基因组和调控变化，验证了该策略的安全性	研究中发现的基因组重排和大片段插入/缺失虽然比例较低，但仍需进一步评估其长期影响	评估一种基于Cas9和AAV的通用基因编辑策略在治疗囊性纤维化中的安全性	气道基底干细胞	基因编辑	囊性纤维化	Cas9基因编辑、AAV、CAST-seq、ATAC-seq、scRNA-seq	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据、开放染色质数据	NA
5040	2025-02-09	Rapid anti-myeloma activity by T cells expressing an anti-BCMA CAR with a human heavy-chain-only antigen-binding domain 2024-Feb-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2023.12.018 PMID:38155568	研究论文	本文介绍了一种新型的完全人源化抗BCMA嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法FHVH33-CD8BBZ，用于治疗多发性骨髓瘤（MM）的首次人体临床试验	开发了一种具有重链唯一抗原识别域、4-1BB域和CD3ζ域的完全人源化抗BCMA CAR，并首次在人体临床试验中验证其疗效	样本量较小（25名患者），且未进行长期随访以评估持久性疗效	评估新型CAR-T细胞疗法FHVH33-CD8BBZ在多发性骨髓瘤患者中的安全性和有效性	25名复发多发性骨髓瘤患者	生物医学工程	多发性骨髓瘤	嵌合抗原受体T细胞疗法（CAR-T）	NA	临床数据	25名复发多发性骨髓瘤患者