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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5021 | 2025-10-06 |
Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease
2025-May, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-03574-1
PMID:40050704
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学探索阿尔茨海默病患者中Aβ免疫治疗后的清除机制 | 首次通过空间转录组学结合单细胞RNA测序揭示不同免疫方法下小胶质细胞的区域特异性反应和TREM2/APOE上调机制 | 样本量有限,机制研究主要基于转录组数据,需要进一步功能验证 | 探究阿尔茨海默病Aβ免疫治疗中Aβ清除的分子机制 | 接受主动和被动Aβ免疫的阿尔茨海默病患者、未免疫患者及神经健康对照 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 免疫与非免疫AD患者及健康对照 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5022 | 2025-10-06 |
Unveiling a novel cancer hallmark by evaluation of neural infiltration in cancer
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf082
PMID:40052442
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研究论文 | 通过评估肿瘤微环境中的神经浸润程度,揭示其作为癌症标志物的作用 | 提出癌症相关神经浸润评分(C-Neural评分),首次系统评估神经浸润作为癌症标志物的重要性 | 研究基于回顾性数据分析,需要更多实验验证 | 探索神经浸润在肿瘤微环境中的作用及其作为癌症标志物的潜力 | 10种癌症类型的肿瘤样本 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 预测评分模型 | 基因表达数据 | 40个批量RNA-seq数据集和55个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
5023 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia
2025-Feb-06, Veterinary pathology
IF:2.3Q1
DOI:10.1177/03009858241312623
PMID:39916473
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术绘制了马背根神经节细胞特异性RNA图谱 | 首次将人类细胞标记物成功应用于马背根神经节的空间转录组分析,并验证了其跨物种适用性 | 研究仅针对健康成年马匹,尚未应用于疾病状态 | 定义健康成年马背根神经节的空间转录组景观 | 马背根神经节组织 | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 数字空间分析 | NA | 空间基因表达数据 | 健康成年马背根神经节样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx数字空间分析平台 |
5024 | 2025-10-06 |
Integrating mitochondrial and lysosomal gene analysis for breast cancer prognosis using machine learning
2025-01-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86970-4
PMID:39865118
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研究论文 | 本研究通过机器学习整合线粒体和溶酶体基因分析,开发乳腺癌预后预测模型 | 首次将线粒体和溶酶体共调控因子结合用于乳腺癌预后预测,并发现SHMT2关键基因的功能 | 研究样本量未明确说明,需要进一步临床验证 | 开发乳腺癌预后预测模型,为患者分层和个性化干预提供基础 | 乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | 差异分析、拷贝数变异、单核苷酸多态性、相关性分析、WGCNA、单变量Cox回归、单细胞RNA测序 | CoxBoost + Survivor-SVM | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5025 | 2025-10-06 |
Real-world effectiveness and safety of oral azvudine versus nirmatrelvir‒ritonavir (Paxlovid) in hospitalized patients with COVID-19: a multicenter, retrospective, cohort study
2025-Jan-17, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02126-w
PMID:39819859
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研究论文 | 比较阿兹夫定与奈玛特韦-利托那韦在COVID-19住院患者中的真实世界疗效和安全性 | 首次通过大规模多中心回顾性队列研究比较两种药物的临床效果,并发现阿兹夫定对肝癌患者具有额外抗肿瘤作用 | 回顾性研究设计存在潜在偏倚,未采用随机分组 | 评估阿兹夫定与Paxlovid在COVID-19住院患者中的疗效和安全性差异 | COVID-19住院患者,特别是合并恶性肿瘤的患者 | 临床医学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,Kaplan-Meier分析,Cox回归模型 | Cox回归模型 | 临床数据,实验数据 | 40,876名住院患者(倾向评分匹配后3,606名) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5026 | 2025-10-06 |
Novel insights from comprehensive analysis: The role of cuproptosis and peripheral immune infiltration in Alzheimer's disease
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0325799
PMID:40560886
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研究论文 | 通过综合分析铜死亡和免疫浸润在阿尔茨海默病中的作用,识别了五个关键特征基因 | 首次系统研究铜死亡相关基因在阿尔茨海默病外周免疫细胞中的作用机制 | 样本来源主要依赖公共数据库,实验验证仅限于部分基因的qPCR验证 | 探索铜死亡相关基因在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 阿尔茨海默病患者的外周血细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 基因表达分析,机器学习,单细胞RNA测序,实时定量PCR,分子对接 | 四种机器学习模型 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | GEO数据库中的阿尔茨海默病患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
5027 | 2025-10-06 |
Optimization of clustering parameters for single-cell RNA analysis using intrinsic goodness metrics
2025, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2025.1562410
PMID:40567596
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研究论文 | 本研究利用内在质量指标优化单细胞RNA测序分析中的聚类参数 | 使用内在质量指标预测不同参数下聚类方法的准确性,并识别出可用于快速比较不同聚类参数配置的代理指标 | 仅使用了三个数据集和两种聚类方法,可能无法代表所有单细胞RNA测序数据的多样性 | 优化单细胞RNA测序分析中的聚类参数选择 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性混合回归模型, ElasticNet回归模型 | 单细胞RNA测序数据 | 三个来自不同解剖区域的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5028 | 2025-10-06 |
Stemness-driven clusters in ovarian cancer: immune characteristics and prognostic implications
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1577283
PMID:40567611
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研究论文 | 本研究通过鉴定卵巢癌中的干细胞性相关亚型,建立了预后预测模型并发现AKAP12作为潜在治疗靶点 | 首次在卵巢癌中定义了三种干细胞性相关分子亚型,发现成纤维细胞在维持肿瘤干细胞特性中的关键作用,并鉴定AKAP12为新的干细胞性相关生物标志物 | 研究主要基于细胞系和有限临床样本,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探索卵巢癌中干细胞性相关亚型的特征及其治疗意义 | 卵巢癌患者、SKOV3细胞系、临床样本和卵巢癌类器官 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能验证实验 | WGCNA、LASSO回归、列线图 | 基因表达数据、单细胞数据、临床数据 | 卵巢癌患者队列和细胞系模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
5029 | 2025-10-06 |
Hemoglobin-associated CALR in proximal tubule cells can be used as a biomarker for idiopathic membranous nephropathy
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1574852
PMID:40568201
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研究论文 | 本研究通过尿液细胞RNA测序发现CALR基因可作为特发性膜性肾病的潜在生物标志物 | 首次发现血红蛋白相关CALR在近端肾小管细胞中的表达与IMN相关,并验证其作为诊断生物标志物的潜力 | 样本来源仅限于尿液和肾脏组织,需要更大规模研究验证临床适用性 | 识别特发性膜性肾病的尿液生物标志物并探究其疾病机制 | 特发性膜性肾病患者的尿液细胞和肾脏组织 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 实时定量PCR | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | NA | NA |
5030 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis untangles the crosstalk between intratumor microbiome, lactic acid metabolism and immune status in lung squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1603822
PMID:40568577
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研究论文 | 通过多组学分析揭示肺鳞状细胞癌中瘤内微生物组、乳酸代谢与免疫状态之间的相互作用关系 | 首次系统整合批量与单细胞转录组、基因组、瘤内微生物组和数字病理数据,建立了基于乳酸代谢模式的肺鳞癌分型系统,并开发了基于病理图像的深度学习预测模型 | 研究主要基于回顾性数据分析,需要进一步实验验证发现的机制通路 | 探索肺鳞状细胞癌中乳酸代谢模式与肿瘤生物学特征及免疫状态的关联 | 肺鳞状细胞癌患者的多组学数据 | 数字病理 | 肺癌 | 多组学分析, 单细胞转录组测序, 数字病理 | 深度学习, 机器学习 | 转录组数据, 基因组数据, 微生物组数据, 病理图像 | 多个数据集(具体样本数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 数字病理分析 | NA | NA |
5031 | 2025-10-06 |
Dual function of Gasdermin E: pyroptosis-mediated pan-cancer suppression versus HCC-specific oncogenic activity
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1626311
PMID:40568597
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研究论文 | 本文探讨了Gasdermin E在肿瘤发生中的双重功能:通过焦亡介导的泛癌抑制作用与肝细胞癌特异性致癌活性 | 揭示了GSDME在肝细胞癌中异常过表达并通过非焦亡机制促进免疫抑制的独特现象 | 当前研究面临三大挑战:阐明HCC中GSDME过表达机制、明确非焦亡促癌途径分子枢纽、开发控制GSDME功能转换的精准策略 | 解析GSDME在肿瘤发生中的双重功能及其治疗潜力 | Gasdermin E蛋白及其在多种癌症中的表达和功能 | 癌症生物学 | 肝细胞癌、胃癌、结直肠癌、乳腺癌 | 表观遗传学分析、免疫细胞浸润分析 | NA | 分子生物学数据、表达谱数据 | NA | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
5032 | 2025-10-06 |
Spatial Proteomics towards cellular Resolution
2024-Dec-25, Expert review of proteomics
IF:3.8Q1
DOI:10.1080/14789450.2024.2445809
PMID:39710940
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综述 | 本文概述了基于非靶向质谱的空间蛋白质组学工作流程及其向细胞分辨率发展的最新进展 | 强调空间蛋白质组学向细胞分辨率发展的技术突破,包括组织解剖、样品处理、生物信息学和液相色谱-质谱技术的进步 | 需要进一步发展数据分析和开发细胞或亚细胞水平的自动化智能组织解剖技术 | 推动空间蛋白质组学向细胞分辨率发展,深化对组织微环境空间组织的理解 | 组织微环境中的蛋白质空间分布 | 空间生物学 | NA | 非靶向质谱、液相色谱-质谱联用 | NA | 蛋白质组数据 | NA | NA | 空间蛋白质组学 | NA | 基于质谱的空间蛋白质组学工作流程 |
5033 | 2025-10-06 |
Prostate luminal cell plasticity and cancer
2024-Dec-25, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217430
PMID:39730086
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综述 | 本文综述了前列腺管腔细胞可塑性在癌症中的作用及其对治疗耐药性的影响 | 整合了单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术揭示前列腺癌进展中的细胞可塑性和克隆动态变化 | 表观遗传改变如何影响肿瘤免疫原性仍是待研究领域 | 探讨前列腺细胞可塑性在癌症发展和治疗耐药中的作用机制 | 前列腺癌细胞、小鼠模型 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5034 | 2025-10-06 |
Pulmonary osteoclast-like cells in silica induced pulmonary fibrosis
2024-07-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl4913
PMID:38985878
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研究论文 | 本研究探讨了二氧化硅诱导肺纤维化的机制,发现肺内破骨样细胞分化是导致肺损伤的关键因素 | 首次发现二氧化硅暴露可诱导肺泡巨噬细胞和单核细胞分化为肺内破骨样细胞,并证实抗RANKL抗体治疗可抑制此过程并减轻肺纤维化 | 研究样本量有限,机制研究主要基于动物模型,人类样本验证仍需扩大 | 探索矽肺发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 职业性二氧化硅暴露患者的肺组织样本和矽肺小鼠模型 | 病理生理学 | 矽肺 | 单细胞RNA测序,组织学分析,生化检测,生理功能评估 | NA | 基因表达数据,组织图像,生化指标,生理参数 | 人类职业暴露患者肺样本和纵向小鼠矽肺模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 全肺单细胞RNA测序 |
5035 | 2025-10-06 |
Development of human pancreatic cancer avatars as a model for dynamic immune landscape profiling and personalized therapy
2024-07-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adm9071
PMID:38968363
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研究论文 | 开发人胰腺癌avatar模型用于动态免疫景观分析和个性化治疗评估 | 创建个性化器官型avatar模型,能够对完整原位肿瘤微环境进行时空报告并反映临床反应 | 需要手术切除组织样本,模型维持时间有限(12天) | 建立胰腺癌临床前模型以促进治疗进展 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多重免疫荧光,空间转录组学 | 器官型avatar模型 | 图像,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5036 | 2025-10-06 |
Identification of intracellular bacteria from multiple single-cell RNA-seq platforms using CSI-Microbes
2024-07-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj7402
PMID:38959321
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研究论文 | 开发了CSI-Microbes计算流程,用于从单细胞RNA测序数据中识别微生物reads并分析类群差异丰度 | 首次系统评估多种单细胞RNA测序技术回收微生物UMI的效率,发现较新的10x化学方法最适合 | NA | 研究肿瘤微生物组及其与肿瘤微环境的相互作用 | 食管癌和结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 食管癌,结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 计算流程(CSI-Microbes) | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 3' v3和5'化学方法 |
5037 | 2025-10-06 |
Tumor suppressor FRMD3 controls mammary epithelial cell fate determination via notch signaling pathway
2024-07-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adk8958
PMID:38959315
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研究论文 | 本研究揭示肿瘤抑制因子FRMD3通过调控Notch信号通路决定乳腺上皮细胞命运 | 首次发现FRMD3通过破坏Dvl2与去泛素化酶USP9x的相互作用促进其降解,并中断Dvl2与CK1、FOXK1/2和NICD的相互作用 | NA | 探究乳腺上皮细胞管腔-基底转化机制及FRMD3的肿瘤抑制功能 | 乳腺上皮细胞(MECs)和三阴性乳腺癌 | 分子生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5038 | 2025-10-06 |
Development of a nanoparticle-based tendon-targeting drug delivery system to pharmacologically modulate tendon healing
2024-06-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn2332
PMID:38896625
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研究论文 | 开发了一种基于纳米颗粒的肌腱靶向药物递送系统,用于药理学调节肌腱愈合 | 首次发现肌腱愈合过程中的TRAP活性,并利用TRAP结合肽功能化纳米颗粒实现肌腱特异性药物递送 | 仅在小鼠模型中验证,尚未进行人体临床试验 | 开发改善肌腱愈合的药理学治疗方法 | 急性肌腱损伤的愈合过程 | 生物医学工程 | 肌腱损伤 | 空间转录组学、纳米颗粒药物递送系统 | NA | 基因表达数据、生物力学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5039 | 2025-10-06 |
Structure and dynamics of enterovirus genotype networks
2024-06-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado1693
PMID:38896609
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示肠道病毒种群通过突变网络维持与多个适应性基因型连接的进化动态 | 开发SEARCHLIGHT方法实现单细胞水平同时获取病毒单倍型和宿主转录组信息,首次在单细胞分辨率揭示病毒种群结构复杂性 | NA | 解析肠道病毒基因型网络的结构和动态,理解病毒种群如何适应选择性环境变化 | 肠道病毒种群 | 基因组学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、病毒单倍型数据 | 数百个受感染的单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | SEARCHLIGHT(scRNA-seq-enabled acquisition of mRNA and consensus haplotypes linking individual genotypes and host transcriptomes) |
5040 | 2025-10-06 |
Expansion of learning capacity elicited by interspecific hybridization
2024-06-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn3409
PMID:38896617
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研究论文 | 本研究通过种间杂交培育F1杂交鸣禽,探索了物种特异性学习能力的神经遗传机制 | 首次发现杂交鸣禽具有扩展的学习能力,能模仿双亲物种及其他异种鸣叫,并揭示这与发声运动投射神经元的特异性转录特征相关 | 尽管发现神经回路大小和神经元数量保守,但具体分子机制仍需进一步验证 | 探索物种特异性鸣叫学习的神经遗传机制 | F1杂交鸣禽及其亲本物种 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | F1杂交鸣禽个体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |