单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5001	2025-04-03	Supermultipotency and unpredictability in the developing superior colliculus 2024-Apr, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2024.03.001 PMID:38514350	research paper	该研究通过结合谱系追踪和单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了发育中的上丘（SC）的意外特征	发现极度多能的单个祖细胞能够生成所有类型的SC神经元和胶质细胞，且这些细胞的定位模式并非预先确定，展示了SC发育中显著的不可预测性	NA	探索发育中的上丘（SC）的细胞生成模式和机制	发育中的上丘（SC）的祖细胞及其生成的神经元和胶质细胞	发育生物学	NA	谱系追踪，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
5002	2025-04-03	Silencing XIST on the future active X: Searching human and bovine preimplantation embryos for the repressor 2024-Apr, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-022-01115-9 PMID:35585273	研究论文	研究人类和牛胚胎中XIST基因的沉默机制，探讨X染色体活性保护的分子基础	首次在人类和牛胚胎中证实XIST基因在未来活性X染色体上的低表达，并鉴定出DNMT1、UHRF1、SAFB和SAFB2等可能参与XIST抑制的基因	研究仅关注了19p13.3-13.2区域的候选基因，可能遗漏其他重要调控因子	探索X染色体活性保护的分子机制	人类和牛植入前胚胎	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	RNA测序数据	人类和牛植入前胚胎（未明确具体数量）
5003	2025-04-03	Potential Therapeutic Targets for Hypotension in Duchenne Muscular Dystrophy 2024-Apr, Medical hypotheses IF:2.1Q3 DOI:10.1016/j.mehy.2024.111318 PMID:38585412	research paper	该研究探讨了杜氏肌营养不良症（DMD）患者低血压的潜在治疗靶点	通过单细胞RNA测序数据识别出KCNQ5和RyR2作为DMD患者低血压的潜在候选基因	机制尚不明确，需进一步研究验证	探索DMD患者低血压的分子机制及潜在治疗靶点	DMD患者及DMD突变小鼠的血管平滑肌细胞	分子生物学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	DMD突变小鼠的血管平滑肌细胞
5004	2025-04-03	High-Dimensional Single-Cell Multimodal Landscape of Human Carotid Atherosclerosis 2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320524 PMID:38385291	研究论文	该研究通过单细胞多组学技术详细描述了人类颈动脉粥样硬化的细胞组成及其与临床病理生理学的关联	首次通过单细胞转录组和表位测序技术全面描绘了颈动脉粥样硬化的细胞图谱，发现了多种新的细胞亚群及其功能特征	样本量相对较小(n=21)，且主要关注颈动脉病变，可能无法完全代表其他部位的动脉粥样硬化	深入了解人类颈动脉粥样硬化的细胞组成及其临床意义	人类颈动脉粥样硬化斑块中的细胞群体	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和转录组与表位细胞索引测序	NA	单细胞多组学数据	21例人类颈动脉病变样本(13例有症状)
5005	2025-04-03	Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics 2024-01-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03174-1 PMID:38273415	研究论文	本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于在靶向空间转录组学中选择基因面板	gpsFISH通过建模和调整平台效应，优化已知细胞类型的检测，优于现有方法，并能整合细胞类型层次结构和自定义基因偏好	现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术间的平台效应	开发一种计算方法来优化靶向空间转录组学中的基因面板选择	复杂组织中的细胞类型和过程	生物信息学	NA	靶向空间转录组学	gpsFISH	转录组数据	NA
5006	2025-04-03	A pancreatic cancer organoid platform identifies an inhibitor specific to mutant KRAS 2024-01-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.11.011 PMID:38151022	研究论文	该研究开发了一个高通量药物筛选平台，利用同基因小鼠胰腺类器官筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂	首次报道了利用同基因胰腺类器官平台筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂perhexiline maleate，并揭示了其通过调控胆固醇合成通路发挥作用的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体临床试验中验证	开发针对KRAS突变胰腺癌的特异性治疗方法	胰腺导管腺癌(PDAC)及其相关KRAS突变	癌症研究	胰腺癌	高通量药物筛选、scRNA-seq	胰腺类器官模型	基因表达数据	超过6000种化合物筛选，使用同基因小鼠胰腺类器官和原代人PDAC类器官
5007	2025-04-03	Randomized Phase II Trial of Dendritic Cell/Myeloma Fusion Vaccine with Lenalidomide Maintenance after Upfront Autologous Hematopoietic Cell Transplantation for Multiple Myeloma: BMT CTN 1401 2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0235 PMID:37463058	研究论文	评估树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗联合来那度胺维持治疗在自体造血细胞移植后的效果	首次在随机II期试验中评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗的临床反应率和免疫诱导效果	疫苗组与对照组在1年后的完全缓解率无统计学显著差异	评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者的疗效	多发性骨髓瘤患者	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	DC/MM融合疫苗技术、单细胞转录组学	NA	临床数据、免疫学数据	203名患者入组，140名随机分组，63名成功生产疫苗
5008	2025-04-02	scPANDA: PAN-Blood Data Annotator with a 10-Million Single-Cell Atlas 2025-Apr-01, Chinese medical sciences journal = Chung-kuo i hsueh k'o hsueh tsa chih DOI:10.24920/004472 PMID:40164519	research paper	开发了一个名为scPANDA的PAN-blood单细胞数据注释工具，利用包含1000万个细胞的图谱进行精确的细胞类型注释	利用大规模单细胞图谱进行细胞类型注释，采用三层推断方法逐步细化细胞类型	未提及具体的技术限制或潜在问题	提高血液系统中细胞类型注释的准确性和可靠性	血液系统中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	来自16项研究的1000万个细胞
5009	2025-04-02	Inflammatory Milieu by Crosstalk between Glomerulus and Proximal Tubular Cells in Type 2 Diabetes Mellitus Kidney Disease 2025-Mar-31, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0535 PMID:40160027	research paper	该研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用	首次在诱导型2型糖尿病肾病模型中应用单细胞RNA测序技术，并验证了CXCL12介导的T细胞浸润的关键作用	研究结果仍需在更大规模的人类样本中进一步验证	探索2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用机制	诱导型2型糖尿病肾病小鼠模型及人类肾脏活检组织	digital pathology	diabetic kidney disease	scRNA-seq, flow cytometry, histological analysis	NA	RNA-seq data, histological images, flow cytometry data	诱导型T2DKD小鼠模型及人类肾脏活检组织（具体数量未明确说明）
5010	2025-04-02	IFN-γ promotes the progression of iMCD by activating inflammatory monocytes 2025-Mar-31, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027689 PMID:40163892	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了特发性多中心Castleman病(iMCD)患者的免疫景观，揭示了IL-6和IFN-γ在疾病进展中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序揭示iMCD中CCL单核细胞通过IFN-II信号通路与特定NK/NKT细胞相互作用，并发现血清IFN-γ水平与疾病严重程度和治疗抵抗呈正相关	样本量较小(15例患者和4例健康对照)，且部分发现需要在大规模独立队列中进一步验证	探索iMCD的免疫发病机制，寻找早期预后分层标志物和新治疗靶点	特发性多中心Castleman病(iMCD)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)、淋巴结和骨髓样本	免疫学	Castleman病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	15例iMCD患者和4例健康对照的外周血样本，以及部分淋巴结和骨髓样本
5011	2025-04-02	Targeting IGF1-Induced Cellular Senescence to Rejuvenate Hair Follicle Aging 2025-Mar-30, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70053 PMID:40159808	research paper	该研究探讨了IGF-1信号通路在毛囊衰老中的作用，并提出了针对性的干预措施	揭示了IGF-1过度表达通过触发毛囊干细胞衰老导致毛囊老化的新机制，并验证了通过干预IGF-1信号通路下游机制来恢复毛囊健康的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类皮肤中的验证数据有限	探究IGF-1信号通路如何调控器官衰老，特别是毛囊老化过程	小鼠和人类皮肤中的毛囊干细胞	geriatric disease	geriatric disease	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠和对照小鼠的皮肤样本
5012	2025-04-02	Cell Function Graphics: TOGGLE delineates fate and function within individual cell types via single-cell transcriptomics 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.01.631041 PMID:40060433	研究论文	本文介绍了一种名为TOGGLE的高分辨率分析方法，用于在单细胞转录组学中揭示细胞命运和功能的多样性	开发了TOGGLE方法及创新的Graph Diffusion Functional Map，显著降低噪声，更清晰地展示RNA功能分组并捕捉高维数据中更细微的功能差异	未提及具体样本量或实验验证结果	克服相同类型细胞间基因表达相似性带来的功能异质性识别挑战	单细胞转录组数据中的功能RNA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	Graph Diffusion Functional Map	RNA-seq数据	NA
5013	2025-04-02	Cytolytic γδ T-cells and IFNγ-producing CD4-lymphocytes characterise the early response to MTBVAC tuberculosis vaccine 2025-Mar-28, NPJ vaccines IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41541-025-01110-3 PMID:40155627	research paper	该研究深入分析了MTBVAC结核疫苗候选株引发的急性免疫反应，揭示了CD4和细胞毒性γδ T细胞的扩增特征	首次发现MTBVAC激活的γδ T细胞具有独特的细胞毒性CD16GZMB表型，类似于控制结核分枝杆菌感染的效应细胞	研究仅关注早期免疫反应，未评估长期保护效果	探究MTBVAC疫苗引发的早期免疫反应特征	MTBVAC疫苗刺激后的免疫细胞反应	免疫学	结核病	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 流式细胞数据	未明确说明样本数量
5014	2025-04-02	Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585428 PMID:38562769	research paper	该研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制	首次使用成像质谱流式和空间转录组学相结合的多组学方法，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境特征	样本量相对有限，且仅针对美国黑人和白人患者群体	探究三阴性乳腺癌临床结果种族差异的生物学机制	自我认定为非裔美国人(BA)和白人(WA)的三阴性乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	imaging mass cytometry, spatial transcriptomics	NA	spatial omics data	BA和WA TNBC患者样本
5015	2025-04-02	TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair potential in degenerative conditions 2025-Mar-24, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.02.791 PMID:40139648	research paper	该研究探讨了在疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中，促炎性TNFα受体1（TNFR1）和促修复性TNFR2信号的作用机制及治疗靶点	研究发现IVDD条件下hAF细胞的代谢率降低、炎症反应减弱和衰老现象主要由TNFR1信号主导，而TNFR2信号在原生IVD细胞中缺失，提示增强TNFR2信号可能需要引入其他表达TNFR2的细胞	研究未涉及TNFR2信号在IVD修复中的具体作用机制，且样本来源有限	识别疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中的机制和治疗靶点	IVDD组织和细胞，人类纤维环（hAF）细胞	生物医学	椎间盘退变	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 多重蛋白阵列	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	IVDD和尸检来源的组织和细胞
5016	2025-04-02	A tissue-scale strategy for sensing threats in barrier organs 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644134 PMID:40166266	research paper	研究揭示了屏障器官在组织尺度上采用分层威胁感知策略，以平衡宿主保护与组织损伤	通过单分子成像和空间转录组学技术，发现了屏障器官中PRR表达的空间梯度导致细胞类型特异性威胁感知概率的分层策略	研究主要基于流感感染的肺部模型，可能不适用于所有屏障器官或感染类型	探究屏障器官如何评估威胁并调整免疫反应以平衡宿主保护与组织损伤	流感感染中的肺部组织	免疫学	流感	单分子成像, 空间转录组学	NA	图像, 转录组数据	NA
5017	2025-04-02	Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.18.643943 PMID:40166305	research paper	该研究通过空间转录组学分析IPMNs，发现了一个具有恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群	识别出IPMN中KRT17阳性低级别上皮细胞亚群，这些细胞具有恶性转录特征，可能代表向高级别不典型增生过渡的状态	研究样本量有限，需要更大规模的验证	探究IPMN进展过程中的转录变化，提高对IPMN恶性风险的评估准确性	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者样本	digital pathology	pancreatic cancer	spatial transcriptomics, single cell RNA sequencing, immunofluorescence	NA	transcriptomic data, imaging data	包含IPMN疾病全谱的患者样本(低级别不典型增生、高级别不典型增生和IPMN来源的癌)
5018	2025-04-02	Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes 2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643803 PMID:40166160	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据和特定HMO浓度测量，揭示了人乳寡糖（HMO）在乳腺中的复杂生物合成途径	鉴定了已知HMO合成基因在乳腺上皮细胞亚群中的差异表达模式，并提名了几个与HMO浓度变化相关的候选基因，同时发现了可能调控HMO生物合成基因表达的新基因模式和转录因子	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能未完全覆盖HMO生物合成的所有调控机制	揭示人乳寡糖（HMO）在乳腺中的生物合成途径及其调控机制	乳腺上皮细胞（lactocytes）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
5019	2025-04-02	Androgen Signaling in Type 2 Innate Lymphoid Cells Drives Sex Differences in Helicobacter -Induced Gastric Inflammation and Atrophy 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643321 PMID:40166158	research paper	研究雄激素信号在2型先天淋巴细胞中的作用及其对幽门螺杆菌诱导的胃炎症和萎缩的性别差异的影响	揭示了雄激素通过调节ILC2活性抑制幽门螺杆菌诱导的胃炎症，为男性胃癌发病率与年龄相关的增加提供了机制性解释	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨雄激素如何影响幽门螺杆菌感染的胃炎症反应并导致疾病进展的性别差异	雄激素和2型先天淋巴细胞（ILC2s）在幽门螺杆菌感染中的作用	免疫学	胃癌	单细胞RNA测序，ILC2和T细胞缺陷小鼠模型	小鼠模型	基因表达数据	雄性和雌性C57BL/6小鼠
5020	2025-04-02	Single-cell multiomics reveals disrupted glial gene regulatory programs in Alzheimer's disease via interpretable machine learning 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643349 PMID:40166228	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术和可解释机器学习，揭示了阿尔茨海默病中胶质细胞基因调控程序的紊乱	结合单细胞转录组和染色质可及性数据，开发了多组学整合分析流程，并发现了SLC家族基因在多种胶质细胞类型中的重要作用	样本量相对有限（26个人脑样本），且仅针对胶质细胞亚群进行研究	探究阿尔茨海默病的细胞和分子机制	人脑胶质细胞亚群	数字病理学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, scATAC-seq	可解释机器学习	单细胞多组学数据	26个人脑样本