单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5001	2025-01-16	Ancestry-based differences in the immune phenotype are associated with lupus activity 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169584 PMID:37606045	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫改变，这些改变可能与疾病差异有关	使用多组学方法（包括细胞组成、信号传导、表观遗传学和蛋白质组学）全面评估了SLE患者和健康对照者的免疫表型，揭示了种族相关的免疫差异	研究主要关注黑人和白人患者之间的差异，未涉及其他种族或更广泛的人群	揭示系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫表型差异，以解释疾病严重性和病程的不同	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康对照者	免疫学	系统性红斑狼疮	质谱流式细胞术、单细胞转录组学、蛋白质组学、多重可溶性介质水平检测	NA	细胞组成、信号传导、表观遗传学、蛋白质组学数据	黑人和白人SLE患者及健康对照者
5002	2025-01-16	Integrative analysis of transcriptome dynamics during human craniofacial development identifies candidate disease genes 2023-08-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40363-1 PMID:37532691	研究论文	本文通过整合转录组和表观基因组数据，研究了人类颅面发育过程中的基因表达动态，以识别与颅面疾病相关的候选基因	首次结合bulk和单细胞RNA-seq技术，系统分析了人类颅面发育过程中的基因表达模式，并识别出539个可能与颅面疾病相关的基因	研究样本仅涵盖4-8周孕期的颅面组织，未覆盖更广泛的发育阶段	研究人类颅面发育过程中的基因表达动态，识别与颅面疾病相关的候选基因	人类颅面组织	基因组学	颅面疾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据, 表观基因组数据	4-8周孕期的颅面组织样本
5003	2025-01-16	Single-cell RNA sequencing reveals distinct T cell populations in immune-related adverse events of checkpoint inhibitors 2023-01-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100868 PMID:36513074	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAEs）中T细胞的不同群体	首次使用单细胞RNA测序技术分析抗PD-1治疗期间循环T细胞的细胞变化，识别出与不同irAEs相关的特定T细胞亚群	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探讨抗PD-1治疗中免疫相关不良事件的细胞基础	癌症患者的循环T细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	K近邻网络图绘制布局	RNA序列数据	未明确说明
5004	2025-01-16	HIV-1 activates oxidative phosphorylation in infected CD4 T cells in a human tonsil explant model 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1172938 PMID:37325659	研究论文	本研究通过人类扁桃体离体模型，探讨了HIV-1感染对不同细胞类型转录组变化的影响，特别是CD4+ T细胞中氧化磷酸化的激活	首次在人类扁桃体离体模型中揭示了HIV-1感染导致的CD4+ T细胞氧化磷酸化基因上调及巨噬细胞中NLRP3炎症小体通路基因表达增加	研究仅限于离体模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨HIV-1感染在淋巴组织不同细胞类型中诱导的转录组变化及其对慢性炎症的贡献	人类扁桃体离体模型中的CD4+ T细胞和巨噬细胞	生物医学	HIV-1感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	健康人类供体的扁桃体组织
5005	2025-01-16	The slan antigen identifies the prototypical non-classical CD16+-monocytes in human blood 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1287656 PMID:37965335	研究论文	本文通过转录组、蛋白质组、细胞表面标志物和细胞因子产生分析，比较了人类外周血中slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞的特征，证明slan+/NC-单核细胞更符合非经典单核细胞的典型特征	首次通过转录组和蛋白质组分析，证明slan+/NC-单核细胞比slan-/NC-单核细胞更能代表非经典单核细胞的典型特征	研究未涉及slan+/NC-单核细胞在疾病中的具体功能和作用机制	研究人类外周血中非经典单核细胞的典型特征	人类外周血中的slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞	免疫学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析	NA	转录组数据, 蛋白质组数据, 细胞表面标志物数据	人类外周血单核细胞样本
5006	2025-01-16	Acly Deficiency Enhances Myelopoiesis through Acetyl Coenzyme A and Metabolic-Epigenetic Cross-Talk 2022-12-01, ImmunoHorizons DOI:10.4049/immunohorizons.2200086 PMID:36547387	研究论文	本研究探讨了ATP柠檬酸裂解酶（Acly）在造血过程中通过调节乙酰辅酶A和代谢-表观遗传交叉对话来增强髓系生成的作用	揭示了Acly通过调节乙酰辅酶A水平和表观遗传修饰来限制髓系分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究Acly在造血过程中的作用及其对髓系分化的影响	小鼠的造血干细胞和祖细胞	代谢与表观遗传学	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	小鼠的造血干细胞和祖细胞
5007	2025-01-16	Archetype tasks link intratumoral heterogeneity to plasticity and cancer hallmarks in small cell lung cancer 2022-09-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2022.07.006 PMID:35981544	研究论文	本文通过原型任务分析，将小细胞肺癌（SCLC）肿瘤内的异质性与可塑性及癌症标志联系起来	应用原型分析模型，通过多任务进化理论重新构建SCLC表型异质性，揭示了细胞状态转换与治疗适应性和生存率的关系	研究主要基于细胞系和肿瘤转录组数据，可能无法完全反映体内复杂情况	探索小细胞肺癌肿瘤内异质性与细胞可塑性及癌症标志的关系	小细胞肺癌（SCLC）肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	转录组分析	原型分析模型	转录组数据	细胞系和肿瘤样本
5008	2025-01-16	Urine Proteomics and Renal Single-Cell Transcriptomics Implicate Interleukin-16 in Lupus Nephritis 2022-05, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42023 PMID:34783463	研究论文	本研究通过分析狼疮性肾炎（LN）患者的纵向尿液蛋白质组学数据，探索了新的生物标志物和治疗策略	首次通过尿液蛋白质组学和肾脏单细胞转录组学联合分析，揭示了IL-16在狼疮性肾炎中的重要作用，并提出了其作为潜在治疗靶点和生物标志物的可能性	样本量较小（30名患者），且未进行长期随访以验证治疗效果的持续性	开发新的狼疮性肾炎治疗策略和生物标志物	狼疮性肾炎患者	数字病理学	狼疮性肾炎	尿液蛋白质组学、单细胞转录组学、RNA测序	NA	蛋白质组数据、转录组数据	30名狼疮性肾炎患者
5009	2025-01-16	A Comprehensive Immune Cell Atlas of Cystic Kidney Disease Reveals the Involvement of Adaptive Immune Cells in Injury-Mediated Cyst Progression in Mice 2022-04, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2021030278 PMID:35110364	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，构建了小鼠囊性肾病的免疫细胞图谱，揭示了适应性免疫细胞在损伤介导的囊肿进展中的作用	首次在囊性肾病中构建了全面的免疫细胞单细胞图谱，并发现适应性免疫细胞在损伤加速的囊肿进展中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究囊性肾病中免疫细胞的作用，特别是适应性免疫细胞在损伤加速的囊肿进展中的机制	小鼠模型中的囊性肾病	生物信息学	肾病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	79,355个细胞，来自对照组小鼠和诱导型Ift88突变小鼠
5010	2025-01-16	Single-cell protein activity analysis identifies recurrence-associated renal tumor macrophages 2021-05-27, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.04.038 PMID:34019793	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和VIPER算法，分析了透明细胞肾癌（ccRCC）肿瘤微环境中的细胞亚群，揭示了与复发相关的肿瘤特异性巨噬细胞亚群	利用VIPER算法量化单细胞蛋白活性，并通过空间分辨定量多光谱免疫荧光验证，发现了TREM2/APOE/C1Q阳性巨噬细胞亚群作为ccRCC复发的潜在预后生物标志物	研究主要基于治疗前的ccRCC样本，未涉及治疗后样本的对比分析	识别与ccRCC复发相关的肿瘤微环境细胞亚群及其调控机制	透明细胞肾癌（ccRCC）肿瘤及肿瘤邻近组织中的造血和非造血细胞亚群	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、VIPER算法、流式细胞术、空间分辨定量多光谱免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像	治疗前的ccRCC切除样本及其邻近组织
5011	2025-01-16	Targeting In Vivo Metabolic Vulnerabilities of Th2 and Th17 Cells Reduces Airway Inflammation 2021-03-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2001029 PMID:33558372	研究论文	本研究探讨了Th2和Th17细胞在哮喘患者中的代谢表型和依赖性，以及它们在气道炎症调节中的作用	揭示了Th2和Th17细胞在哮喘中的代谢脆弱性，并展示了通过靶向这些代谢途径来减少气道炎症的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行广泛验证	研究Th2和Th17细胞的代谢表型及其在哮喘气道炎症中的作用	哮喘患者的支气管肺泡灌洗液和外周血T细胞，以及小鼠模型中的T细胞	免疫学	哮喘	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠模型	生物分子数据	哮喘患者和小鼠模型中的T细胞
5012	2025-01-16	Recent advances in sarcoidosis genomics: epigenetics, gene expression, and gene by environment (G × E) interaction studies 2020-09, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000000719 PMID:32701681	综述	本文综述了结节病基因组学的最新进展，包括表观遗传学、基因表达及基因与环境相互作用的研究	识别了与结节病亚型相关的新风险位点，应用全外显子测序发现了与持续性结节病相关的遗传变异，以及利用机器学习技术提出了新的药物重定位治疗策略	需要大规模和多样化的队列研究，以及应用全基因组和单细胞RNA测序等先进测序方法来扩展和转化基因组学发现到临床应用	回顾结节病基因组学的最新发现并指出该领域的空白	结节病及其亚型	基因组学	结节病	全外显子测序、机器学习、表观遗传学分析	NA	基因组数据、基因表达数据	NA
5013	2025-01-15	A comprehensive analysis to reveal the underlying molecular mechanisms of natural killer cell in thyroid carcinoma based on single-cell RNA sequencing data 2025-Jan-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01779-x PMID:39808350	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据揭示了自然杀伤细胞在甲状腺癌中的潜在分子机制	首次通过单细胞RNA测序数据全面分析自然杀伤细胞在甲状腺癌中的作用，并识别出关键基因和药物	KEGG功能富集分析仅获得两条信号通路，可能限制了分子机制的全面理解	探索自然杀伤细胞在甲状腺癌中的分子机制，以帮助疾病的管理和治疗	甲状腺癌组织中的自然杀伤细胞	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	从公共数据库下载的数据，具体样本数量未提及
5014	2025-01-15	Characterizing tertiary lymphoid structures associated single-cell atlas in breast cancer patients 2025-Jan-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03635-y PMID:39806382	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，研究了乳腺癌患者中与三级淋巴结构（TLS）相关的区域，并识别了18种细胞类型及其相互作用	首次在单细胞水平上详细描述了乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和细胞间通讯，揭示了巨噬细胞在TLS中的谱系转变和特定T细胞与B细胞的强相互作用	研究主要依赖于高分辨率技术，可能受限于样本量和技术的覆盖范围	探索乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和功能，以增强对免疫治疗反应的理解	乳腺癌患者的TLS相关区域	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	四个独立的乳腺癌数据集，包括一个来自10×Xenium平台的细胞级分辨率数据集和三个来自10×Visium平台的斑点级数据集
5015	2025-01-15	Rapid and quantitative functional interrogation of human enhancer variant activity in live mice 2025-Jan-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55500-7 PMID:39762235	研究论文	本文介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9双色荧光报告系统，用于快速定量比较活体小鼠中增强子等位基因的活性	开发了dual-enSERT系统，能够在不到两周的时间内对活体小鼠中的增强子等位基因活性进行快速定量比较，并结合单细胞转录组学分析基因表达	NA	研究非编码变异在先天性障碍中的功能影响	增强子变异	基因功能分析	先天性障碍、自闭症谱系障碍、颅面畸形	Cas9双色荧光报告系统、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	十五种未表征的罕见和常见非编码变异
5016	2025-01-15	Immune Dysregulation and Cellular Composition in Lichen Sclerosus Revealed by Integrative Epigenetic Analysis with Cell Type Deconvolution 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S481324 PMID:39802516	研究论文	本文通过整合DNA甲基化和单细胞RNA测序数据，揭示了硬化性苔藓（LS）中的免疫失调和细胞组成变化	结合DNA甲基化和单细胞RNA测序技术，首次详细描述了LS中的细胞类型特异性甲基化变化和免疫细胞浸润情况	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	研究硬化性苔藓的病因和病理机制，寻找潜在的治疗靶点和诊断标志物	硬化性苔藓患者与正常皮肤组织	数字病理学	皮肤病	DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序	EpiSCORE去卷积模型	DNA甲基化数据, 单细胞RNA测序数据	NA
5017	2025-01-15	CORTADO: Hill Climbing Optimization for Cell-Type Specific Marker Gene Discovery 2024-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.23.630040 PMID:39763976	研究论文	本文介绍了一种基于爬山优化的计算框架CORTADO，用于高效发现细胞类型特异性标记基因	CORTADO通过优化差异表达、基因表达谱的独特性和稀疏性，确保所选标记基因在保持生物学相关性的同时，唯一代表其所属的细胞群，相比传统方法具有更高的敏感性和特异性	NA	解决标记基因选择中的挑战，提高细胞类型特异性标记基因的发现效率和准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群及其分子标记	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	爬山优化	单细胞RNA测序数据	多个数据集，包括DLPFC 151507数据集、Zeisel小鼠脑数据集和外周血单核细胞数据集
5018	2025-01-15	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2024-Dec-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5494074/v1 PMID:39711542	研究论文	本文研究了针对β-catenin的精准靶向治疗在肝细胞癌（HCC）中的肿瘤重编程和免疫效应	使用新型siRNA封装在脂质纳米颗粒中（LNP-CTNNB1）靶向β-catenin，展示了在多个β-catenin突变的免疫活性HCC模型中的显著肿瘤反应，并揭示了肿瘤细胞内在信号传导和全局免疫监视的重塑	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索β-catenin靶向治疗在肝细胞癌中的疗效及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的协同作用	β-catenin突变的肝细胞癌（HCC）模型	肿瘤学	肝细胞癌	siRNA封装在脂质纳米颗粒中（LNP-CTNNB1），单细胞和空间转录组学	NA	基因表达数据，免疫反应数据	多个β-catenin突变的免疫活性HCC模型
5019	2025-01-15	Durable complete response after combined treatment with tumor-infiltrating lymphocytes and oncolytic adenovirus (TILT-123) in a patient with metastatic mucosal melanoma 2024-Dec, Immuno-oncology technology DOI:10.1016/j.iotech.2024.100726 PMID:39801682	研究论文	本文报道了一例转移性黏膜黑色素瘤患者通过联合使用肿瘤浸润淋巴细胞和溶瘤腺病毒（TILT-123）治疗后获得持久完全缓解的案例	首次展示了TILT-123与肿瘤浸润淋巴细胞联合治疗在转移性黏膜黑色素瘤中的成功应用，并揭示了治疗过程中肿瘤和血液中的免疫学变化	仅为一例个案研究，样本量有限，需要更大规模的研究来验证其普遍性和有效性	探讨联合免疫治疗方法在转移性黏膜黑色素瘤中的潜在效果	48岁女性转移性鼻窦黏膜黑色素瘤患者	肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	免疫组织化学分析、单细胞测序	NA	临床数据、分子数据	1例患者
5020	2025-01-15	Mechanisms of HIF1A-mediated immune evasion in gastric cancer and the impact on therapy resistance 2024-10-10, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09917-x PMID:39384651	研究论文	本研究探讨了胃癌中静止癌细胞（QCCs）通过HIF1A介导的免疫逃逸机制及其对治疗抵抗的影响	揭示了QCCs通过HIF1A介导的糖酵解相关基因上调来抵抗T细胞介导的免疫反应的分子机制，并展示了HIF1A沉默在增强免疫治疗效果方面的潜力	研究主要依赖于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类临床试验中验证这些发现	探索胃癌中QCCs的免疫抑制机制及其对免疫治疗抵抗的影响，以改进治疗策略	胃癌中的静止癌细胞（QCCs）及其与免疫细胞的相互作用	癌症研究	胃癌	基因编辑技术、转录组测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据、细胞实验数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和体外细胞实验