单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4981	2025-01-16	Single-cell transcriptomics of human organoid-derived enteroendocrine cell populations from the small intestine 2024-Dec-05, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287463 PMID:39639676	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对人类小肠类器官衍生的肠内分泌细胞（EECs）进行了图谱绘制，揭示了不同EEC群体的差异表达激素、营养感应机制、转录因子和外泌机制	首次通过CRISPR-Cas9技术标记并纯化人类十二指肠和回肠类器官中的肠内分泌细胞，利用单细胞RNA测序技术详细分析了这些细胞的基因表达特征	研究主要依赖于类器官模型，可能无法完全模拟体内环境	绘制人类肠内分泌细胞的单细胞转录组图谱，以促进针对肠内分泌轴的药物开发	人类十二指肠和回肠类器官衍生的肠内分泌细胞	单细胞转录组学	糖尿病、肥胖症、肠道疾病	单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9、流式细胞术	NA	RNA测序数据	人类十二指肠和回肠类器官
4982	2025-01-16	Splicing the Difference: Harnessing the Complexity of the Transcriptome in Hematopoiesis 2024-Dec, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2024.104655 PMID:39393608	综述	本文综述了转录组复杂性在造血过程中的作用，特别是选择性剪接在造血干细胞维持、分化及血液系统疾病中的重要性	强调了选择性剪接事件及其调节因子在造血过程中的关键作用，并探讨了剪接因子突变如何导致血液系统恶性肿瘤	NA	更新关于选择性剪接在造血及其相关疾病中的最新技术和研究进展	造血干细胞、造血祖细胞、功能性血细胞及血液系统恶性肿瘤	分子生物学	血液系统恶性肿瘤	多色流式细胞分选、批量测序、单细胞测序	NA	NA	NA
4983	2025-01-16	Highlighting roles of autophagy in human diseases: a perspective from single-cell RNA sequencing analyses 2024-Dec, Drug discovery today IF:6.5Q1 DOI:10.1016/j.drudis.2024.104224 PMID:39521332	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在自噬研究中的最新进展，并强调了其在多种疾病分子特征描述中的潜力	利用单细胞RNA测序技术，从单细胞分辨率层面研究自噬在多种生理和病理环境中的作用，为自噬在疾病中的复杂角色提供了新的视角	自噬在癌症和其他疾病中的作用仍然复杂且未完全理解，需要进一步研究	促进对自噬在人类疾病中作用的全面理解，以开发新的治疗方法和药物	自噬在癌症和其他疾病中的作用	自然语言处理	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
4984	2025-01-16	The Functional Role and Prognostic Significance of TIM-3 Expression on NK Cells in the Diagnostic Bone Marrows in Acute Myeloid Leukemia 2024-Nov-27, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12122717 PMID:39767624	研究论文	本研究探讨了TIM-3在急性髓性白血病（AML）患者骨髓中自然杀伤（NK）细胞上的功能作用和预后意义	首次系统评估了TIM-3在AML患者NK细胞上的表达与其细胞毒性和杀伤能力的关系，并探讨了其预后意义	TIM-3表达水平与NK细胞杀伤活性无直接关系，且TIM-3高表达并非独立的预后因素	评估TIM-3在AML患者NK细胞上的表达对其细胞毒性和杀伤能力的影响，并探讨其预后意义	AML患者和健康捐赠者的骨髓NK细胞	免疫学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、多参数流式细胞术（MFC）	NA	RNA测序数据、流式细胞术数据	105名新诊断的AML成年患者和7名健康捐赠者
4985	2025-01-16	Circulating Adenoid Cystic Carcinoma associated MYB transcripts enable rapid and sensitive detection of metastatic disease in blood liquid biopsies 2024-Oct-17, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.10.15.24315549 PMID:39484279	研究论文	本文开发了一种基于qPCR的检测方法，通过监测血液中MYB转录本的水平来检测腺样囊性癌（ACC）的转移	利用肿瘤特异性MYB表达作为生物标志物，开发了一种敏感、经济且微创的诊断测试，用于早期检测ACC的转移	样本量较小，尤其是转移性ACC组仅有5例样本，可能影响结果的普遍性	开发一种通过血液液体活检检测腺样囊性癌转移的方法	腺样囊性癌（ACC）患者	数字病理学	头颈部癌症	定量聚合酶链反应（qPCR），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血液样本	共49例样本，包括23例无ACC病史或证据的样本，15例过去有ACC病史且无疾病证据超过三年的样本，6例局部ACC样本，5例转移性ACC样本
4986	2025-01-16	A Comprehensive Flow Cytometry Panel for Analysis of Idiopathic Subglottic Stenosis 2024-Sep, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.754 PMID:38606634	研究论文	本文介绍了一种用于分析特发性声门下狭窄（iSGS）的综合流式细胞术面板	提出了一个综合流式细胞术面板，用于分析iSGS的细胞机制，为气道科学家提供了一个共同的平台	样本量较小，仅包括9对正常和瘢痕组织样本	研究特发性声门下狭窄（iSGS）的细胞机制	特发性声门下狭窄（iSGS）患者的正常和瘢痕组织样本	生物医学研究	特发性声门下狭窄	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞数据	9对正常和瘢痕组织样本
4987	2025-01-16	Myeloid-Specific Thrombospondin-1 Deficiency Exacerbates Aortic Rupture via Broad Suppression of Extracellular Matrix Proteins 2024-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.30.605216 PMID:39211130	研究论文	本文研究了髓系特异性血栓反应蛋白-1（TSP1）缺失如何通过广泛抑制细胞外基质蛋白加剧主动脉破裂	揭示了髓系特异性TSP1缺失通过抑制炎症和细胞外基质生成增加主动脉破裂风险的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨不同细胞群中TSP1缺失对主动脉破裂的细胞和分子机制的影响	小鼠主动脉瘤和破裂模型	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、Visium空间转录组分析	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、组织学数据	小鼠模型及人类AAA组织样本
4988	2025-01-16	Single-cell profiling reveals the metastasis-associated immune signature of hepatocellular carcinoma 2024-05, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1264 PMID:38780041	研究论文	本文通过单细胞转录组数据分析，揭示了肝细胞癌（HCC）转移相关的免疫特征	发现了与HCC转移相关的效应调节性T细胞（eTregs）富集现象，并识别出PHLDA1作为耗竭特异性基因，以及CCR7+树突状细胞（DCs）的新集群	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索肝细胞癌转移相关的免疫特征	肝细胞癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肝癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	不同阶段的肝细胞癌患者
4989	2025-01-16	ATF3 characterizes aggressive drug-tolerant persister cells in HGSOC 2024-04-24, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06674-x PMID:38658567	研究论文	本文研究了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中药物耐受性持续细胞（DTP）的特征，特别是ATF3在这些细胞中的作用	研究发现ATF3在促进药物耐受性持续细胞状态中起关键作用，并揭示了ATF3与部分上皮-间质转化（EMT）在HGSOC复发中的关联	研究主要基于实验室模型和有限的患者样本，可能无法完全反映临床实际情况	探讨HGSOC中药物耐受性持续细胞的分子机制及其在复发中的作用	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞系和患者样本	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	259名HGSOC患者的TCGA数据和4名HGSOC患者的单细胞RNA测序数据
4990	2025-01-16	Intestinal cell diversity and treatment responses in a parasitic nematode at single cell resolution 2024-Apr-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10203-7 PMID:38575858	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据集，揭示了成年雌性猪蛔虫肠道细胞的多样性及其对治疗的响应	首次在单细胞水平上表征了猪蛔虫肠道细胞的多样性，并识别了与这些细胞相关的生物标志物	研究主要集中于猪蛔虫，可能不适用于所有寄生线虫	研究寄生线虫肠道细胞的多样性及其对治疗的响应，以开发新的抗寄生虫疗法	成年雌性猪蛔虫的肠道细胞	生物信息学	寄生虫感染	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未处理的猪蛔虫肠道细胞
4991	2025-01-16	The cell-type-specific spatial organization of the anterior thalamic nuclei of the mouse brain 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113842 PMID:38427564	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学和多重荧光原位杂交技术，揭示了小鼠前丘脑核（ATN）的细胞类型组成和空间组织	首次在单细胞和空间分辨率上绘制了ATN的细胞类型组成，并发现了与ATN已知核团对应的三个离散兴奋性细胞类型簇	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或人类	解析前丘脑核的细胞类型组成和空间组织，以理解其计算和功能	小鼠前丘脑核（ATN）	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重荧光原位杂交	NA	基因表达数据、空间分布数据	未明确提及样本数量，但涉及小鼠前丘脑核的多个细胞类型
4992	2025-01-16	Single-cell spatial transcriptomic and translatomic profiling of dopaminergic neurons in health, aging, and disease 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113784 PMID:38386560	研究论文	本文通过单细胞空间转录组和多巴胺能神经元翻译组分析，研究了年轻和老年小鼠大脑中多巴胺能神经元在健康、衰老和疾病状态下的表达特征	利用单细胞空间转录组学的高分辨率能力，深入表征了多巴胺能神经元及其他27种细胞类型在其空间背景下的表达特征，并识别了健康和衰老细胞的标志物	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类大脑的复杂性	研究多巴胺能神经元在健康、衰老和疾病状态下的基因表达特征	年轻和老年小鼠大脑中的多巴胺能神经元及其他27种细胞类型	数字病理学	帕金森病	单细胞空间转录组学、翻译组分析	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠大脑样本
4993	2025-01-16	A transcription factor atlas of stem cell fate in planarians 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113843 PMID:38401119	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，系统地绘制了Schmidtea mediterranea涡虫中干细胞及其后代细胞的命运选择图谱，并定义了与所有检测到的命运相关的转录因子表达特征	首次系统地绘制了涡虫干细胞及其后代细胞的命运选择图谱，并识别了多个新的祖细胞类别和调控它们的命运特异性转录因子	研究主要集中在Schmidtea mediterranea涡虫，结果可能不直接适用于其他生物体	研究涡虫干细胞命运选择的调控机制及其转录因子表达特征	Schmidtea mediterranea涡虫的干细胞（neoblasts）及其后代细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4994	2025-01-16	A molecular atlas of adult C. elegans motor neurons reveals ancient diversity delineated by conserved transcription factor codes 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113857 PMID:38421866	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了成年秀丽隐杆线虫运动神经元的分子图谱，并揭示了其分子多样性由保守的转录因子代码所界定	首次生成了成年秀丽隐杆线虫运动神经元的全面分子图谱，并发现其分子多样性由保守的转录因子代码所界定，这一发现在小鼠中也得到了验证	研究主要集中于秀丽隐杆线虫和小鼠，未涉及其他动物模型	定义成年运动神经元的分子组成，并提取其组织原则	成年秀丽隐杆线虫的运动神经元	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13,200个细胞
4995	2025-01-16	Mosaic deletion of claudin-5 reveals rapid non-cell-autonomous consequences of blood-brain barrier leakage 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113911 PMID:38446668	研究论文	本文研究了Claudin-5（CLDN5）在成熟大脑中的缺失对血脑屏障（BBB）的影响，揭示了BBB渗漏后的非细胞自主性后果	通过诱导成年小鼠内皮特异性Cldn5基因的镶嵌缺失，揭示了CLDN5缺失后BBB渗漏的快速非细胞自主性反应	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	研究CLDN5在成熟大脑中的缺失对BBB的影响及其后果	成年小鼠	生物医学	脑疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	成年小鼠模型
4996	2025-01-16	The TET-Sall4-BMP regulatory axis controls craniofacial cartilage development 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113873 PMID:38427557	研究论文	本文利用斑马鱼模型研究了颅面微畸形的分子机制，揭示了TET2/3、Sall4和BMP信号在咽软骨发育中的关键作用	发现了TET2/3通过Sall4调控BMP4表达的分子机制，揭示了TET-Sall4-BMP调控轴在咽软骨发育中的关键作用	研究主要基于斑马鱼模型，尚未在人类样本中验证	研究颅面微畸形的分子机制	斑马鱼胚胎的咽软骨发育	发育生物学	颅面微畸形	单细胞RNA测序	斑马鱼模型	基因表达数据	NA
4997	2025-01-16	Transgenic tools targeting the basal ganglia reveal both evolutionary conservation and specialization of neural circuits in zebrafish 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113916 PMID:38484735	研究论文	本文通过生成针对成年斑马鱼基底神经节特定亚群的转基因工具，揭示了哺乳动物直接和间接通路纹状体神经元的进化同源物，并发现了斑马鱼基底神经节回路的独特特征	开发了针对成年斑马鱼基底神经节特定亚群的转基因工具，揭示了斑马鱼基底神经节回路的独特特征，包括主要捷径通路和进化保守的闭环通路	研究主要局限于斑马鱼模型，可能无法完全反映哺乳动物基底神经节回路的所有特征	研究基底神经节回路在斑马鱼中的进化和功能特征	成年斑马鱼的基底神经节回路	神经科学	NA	转基因工具、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、神经回路数据	NA
4998	2025-01-16	Stem-like progenitor and terminally differentiated TFH-like CD4+ T cell exhaustion in the tumor microenvironment 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113797 PMID:38363680	研究论文	本文通过单细胞测序和小鼠模型，研究了肿瘤微环境中CD4滤泡辅助T细胞（TFH-like）的耗竭状态及其在抗肿瘤免疫中的作用	揭示了CXCL13在肿瘤浸润的耗竭CD8 T细胞中高表达，诱导CD4滤泡辅助T细胞浸润，并发现部分T细胞具有细胞毒性，直接攻击表达主要组织相容性复合体-II的肿瘤	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中进行验证	探讨肿瘤微环境中CD4 T细胞的耗竭状态及其在抗肿瘤免疫中的作用	肿瘤微环境中的CD4 T细胞	免疫学	癌症	单细胞测序	小鼠模型	单细胞测序数据	NA
4999	2025-01-16	Optimization of Tissue Digestion Methods for Characterization of Photoaged Skin by Single Cell RNA Sequencing Reveals Preferential Enrichment of T Cell Subsets 2024-01-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13030266 PMID:38334658	研究论文	本文比较了三种人类皮肤组织的消化方法，评估了每种协议的细胞产量和存活率，并发现使用多步酶消化顺序解离方法能产生最高的细胞存活率	本文首次比较了三种不同的皮肤组织消化方法，并通过单细胞测序技术揭示了顺序消化方法在提高非抗原呈递肥大细胞和CD8 T细胞比例方面的优势	研究仅针对新鲜处理的人类皮肤样本，未涉及其他类型或状态的皮肤样本	优化皮肤组织的消化方法，以提高单细胞RNA测序中的细胞产量和存活率	人类皮肤组织	单细胞测序	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，仅提到使用人类皮肤组织
5000	2025-01-16	Myeloid and lymphoid expression of C9orf72 regulates IL-17A signaling in mice 2024-Jan-31, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg7895 PMID:38295187	研究论文	本文研究了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中对IL-17A信号传导的调控作用，并探讨了其在肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶痴呆（FTD）中的作用	首次揭示了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中通过调控CD80表达和IL-17A信号传导来影响神经炎症的机制，并提出了IL-17A作为ALS或FTD相关神经炎症治疗靶点的可能性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨C9orf72在ALS和FTD相关神经炎症中的调控机制	小鼠的髓系和淋巴系细胞	神经科学	肌萎缩侧索硬化症, 额颞叶痴呆	条件性突变, 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据, 细胞表型数据	小鼠的七个造血祖细胞区室, 人类ALS患者和非ALS对照的脊髓小胶质细胞