单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-06-11	Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00361-z PMID:40240339	研究论文	本研究通过分析牙周炎小鼠模型的单细胞测序数据，发现C3主要来源于牙周成纤维细胞，并证实C3a在结扎诱导的牙周炎中具有破坏性作用	首次明确牙周成纤维细胞来源的C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化在牙周炎进展中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩大样本量	阐明补体C3在牙周炎中的来源、作用及分子机制	牙周炎小鼠模型和人类牙周炎患者的牙周组织	免疫学	牙周炎	单细胞测序	动物模型（小鼠）	基因表达数据	小鼠模型和人类患者牙周组织样本（具体数量未明确说明）
482	2025-06-11	Single-cell sequencing systematically analyzed the mechanism of Emdogain on the restoration of delayed replantation periodontal membrane 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00345-5 PMID:40246878	研究论文	本研究通过单细胞测序系统分析了Emdogain（EMD）在延迟再植牙周膜修复中的作用机制	首次在单细胞分辨率下揭示EMD促进牙周膜修复的细胞和分子机制，并发现Vtn+成纤维细胞在组织再生中的关键作用	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究EMD促进牙周膜修复的细胞和分子机制	大鼠延迟再植牙模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞测序、Micro-CT、HE染色、TRAP染色、免疫荧光染色	NA	单细胞测序数据、影像数据	大鼠延迟再植牙模型（具体数量未明确说明）
483	2025-06-11	Generation of a fluorescent hESC reporter line (Kle033-A-1) for the isolation of distinct midbrain progenitor cell types 2024-12, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2024.103523 PMID:39383604	research paper	该研究通过CRISPR/Cas9技术生成了一种荧光标记的人类胚胎干细胞系，用于分离两种潜在的中脑多巴胺能前体细胞	利用CRISPR/Cas9技术生成荧光标记的hESC报告细胞系，用于分离特定中脑多巴胺能前体细胞	未提及实验结果的验证或应用效果	开发更精确的帕金森病细胞替代治疗策略	人类胚胎干细胞(hESC)及其中脑多巴胺能前体细胞	干细胞研究	帕金森病	CRISPR/Cas9, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
484	2025-06-11	Multi-sample non-negative spatial factorization 2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.599554 PMID:39005356	research paper	提出了一种名为多样本非负空间因子分解（mNSF）的无对齐框架，用于分析多样本空间转录组数据	扩展了单样本空间因子分解（NSF）至多样本数据集，结合样本特异性空间相关性建模并提取低维数据表示	在空间对齐可行的情况下，性能与基于对齐的方法相当，但在无法进行空间对齐的场景下表现更优	开发一种无需对齐的方法来分析多样本空间转录组数据	多样本空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	mNSF	空间转录组数据	NA
485	2025-06-11	VisualZoneR: A computational protocol to identify compartmental zones from single-cell spatial transcriptomics using R 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103196 PMID:39067026	研究论文	介绍了一种基于R的计算协议VisualZoneR，用于从单细胞空间转录组数据中识别分区区域	开发了VisualZoneR技术，能够分析Visium或Visium HD技术生成的空间转录组数据，识别从健康肝组织到内部转移区域的不同分区	NA	开发一种计算协议，用于分析空间转录组数据并识别分区区域	单细胞空间转录组数据	数字病理学	肝癌	Visium, Visium HD, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
486	2025-06-11	Protocol for analysis of single-cell sequencing data by Seqtometry 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103209 PMID:39096493	研究论文	本文介绍了使用Seqtometry平台分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据的协议	提出了一种基于基因签名的高级评分方法，用于直接分析基因表达和可及性，实现了对特定细胞的直接识别和全面表征	未提及具体的技术限制或样本大小限制	开发并描述一种用于单细胞测序数据分析的协议，以促进生物学的直接解释	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
487	2025-06-11	Protocol to achieve high-resolution single-cell transcriptomics of cardiomyocytes in multiple species 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103194 PMID:39096494	研究论文	本文提供了一个用于生成高分辨率单细胞RNA测序(scRNA-seq)的协议，专注于罕见心肌细胞群体的转录组分析	提供了针对罕见心肌细胞群体(如再生/分裂细胞)的高分辨率scRNA-seq协议，并适用于多种物种	需要参考Bak等人的完整细节来执行该协议	开发一个高分辨率的单细胞转录组分析协议	小鼠和斑马鱼心脏以及诱导多能干细胞中的罕见心肌细胞群体	单细胞转录组学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	转录组数据	多种物种(小鼠、斑马鱼)的心脏细胞和诱导多能干细胞
488	2025-06-11	Protocol to study the immune profile of syngeneic mouse tumor models 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103139 PMID:38878286	研究论文	本文介绍了一种用于表征荷瘤小鼠免疫特征的实验方案	提供了一套详细的实验流程，结合流式细胞术和单细胞RNA测序等技术，全面分析肿瘤微环境的免疫特征	实验方案仅适用于小鼠模型，未涉及人类样本	研究肿瘤微环境的免疫特征	荷瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	肿瘤	流式细胞术, 单细胞RNA测序, 其他组学分析	NA	单细胞数据, 流式细胞数据	NA
489	2025-06-11	Protocol for isolating immune cells from human gastric muscularis propria for single-cell analysis 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103258 PMID:39133613	研究论文	本文详细介绍了从人类胃肌层分离单个免疫细胞用于单细胞分析的实验方案	提供了一种从人类胃肌层分离免疫细胞并进行单细胞RNA测序分析的详细实验方案	未提及样本量大小和实验结果的验证数据	研究胃肠道免疫细胞多样性及其在维持肠神经元和平滑肌中的作用	人类胃肌层免疫细胞	单细胞分析	胃肠道疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 磁珠分选(CD45)	NA	RNA序列数据	NA
490	2025-06-11	Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254 PMID:39146191	研究论文	本文提出了一种用于空间转录组学的哺乳动物皮肤样本制备协议，特别关注包含毛囊的样本	针对皮肤样本在空间转录组学应用中的固有挑战，提出了一套完整的样本制备流程	未提及该协议在不同类型皮肤样本中的普适性或验证结果	开发适用于空间转录组学的皮肤样本制备方法	哺乳动物皮肤样本（特别关注含毛囊的样本）	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
491	2025-06-11	The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.18.607992 PMID:39229227	研究论文	本研究探讨了糖酵解反应PGAM在调节Th17细胞致病性中的作用，发现其意外地抑制了Th17细胞的致病性和自身免疫反应	发现PGAM作为糖酵解酶，与其它糖酵解酶不同，对Th17细胞的致病性具有负调控作用	研究主要基于体外实验和EAE模型，未涉及其他自身免疫疾病模型	探究糖酵解反应在Th17细胞致病性中的作用	Th17细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA-seq, Compass算法	EAE模型	转录组数据	NA
492	2025-06-11	Somatic epigenetic drift during shoot branching: a cell lineage-based model 2024-Aug-07, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae091 PMID:38809088	research paper	本文提出了一种基于细胞谱系的模型，用于研究植物分枝过程中的体细胞表观遗传漂变	形式化了一种特殊的分离分生组织模型，其中前体细胞从分生组织外围随机采样以最大化细胞谱系独立性	模型依赖于分支点数量、漂变强度以及表观突变率等假设条件	研究植物分枝过程中体细胞表观遗传漂变的机制	植物分生组织细胞	植物发育生物学	NA	DNA甲基化分析	细胞谱系模型	表观遗传数据	NA
493	2025-06-11	Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135 PMID:38875113	研究论文	本文提出了一种用于在体内对功能识别的神经元群体进行单细胞RNA测序的样本收集协议	使用病毒传递的活动依赖性标记工具（CaMPARI2）在虚拟现实环境中对小鼠进行光转换，随后通过荧光激活细胞分选（FACS）分离不同标记的群体	需要特定的设备和病毒传递工具，可能限制了其在某些实验室的应用	开发一种用于单细胞RNA测序的样本收集协议，以研究功能识别的神经元群体	小鼠的神经元群体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选（FACS）	NA	RNA序列数据	NA
494	2025-06-11	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies aging associated changes in macrophages and signaling dynamics 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598667 PMID:38915572	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，研究了年轻和年老小鼠卵巢中髓系细胞的功能特征，揭示了与衰老相关的巨噬细胞亚群和信号动态变化	发现了年老小鼠卵巢特有的巨噬细胞亚群，并揭示了ANNEXIN和TGFβ信号在衰老卵巢髓系细胞中的显著变化，提出了衰老相关炎症和纤维化的新机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类卵巢衰老的直接证据	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的作用	年轻（3个月大）和年老（14-17个月大）小鼠卵巢中的CD45 CD11b髓系细胞	单细胞分析	卵巢衰老	单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	年轻和年老小鼠卵巢样本
495	2025-06-11	SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics 2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597765 PMID:38895212	research paper	介绍了一种名为SpotSweeper的空间感知质量控制方法，用于空间转录组学数据中的局部异常和区域伪影检测	SpotSweeper是首个针对空间转录组学数据中独特组织伪影的检测方法，通过局部邻域评估和多尺度方法减少生物异质性带来的偏差	目前仅在公开可用的Visium数据上进行了验证，未在其他平台或数据类型上测试	开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法	空间转录组学数据中的低质量点和区域伪影	生物信息学	NA	空间转录组学（SRT）	NA	空间转录组数据	公开可用的Visium数据（具体数量未说明）
496	2025-06-11	Enhancing Vasculogenesis in Dental Pulp Development: DPSCs-ECs Communication via FN1-ITGA5 Signaling 2024-05, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10695-6 PMID:38418738	研究论文	研究通过单细胞测序分析比较发育中和成熟牙髓中牙髓干细胞（DPSCs）和血管内皮细胞（ECs）的基因表达，揭示了FN1-ITGA5信号在牙髓发育血管化中的关键作用	揭示了FN1-ITGA5信号介导的DPSCs与ECs之间的细胞间通讯对牙髓发育血管化的重要性	研究主要基于体外和小鼠实验，临床转化仍需进一步验证	探索牙髓发育过程中血管形成的调控机制，为牙髓再生治疗提供新思路	牙髓干细胞（DPSCs）和血管内皮细胞（ECs）	牙科医学	牙髓疾病	单细胞测序分析、免疫组化、Western blot、RT-PCR、细胞增殖实验、划痕实验、管形成实验	NA	基因表达数据、细胞实验数据	未明确说明样本数量，涉及发育中和成熟牙髓的DPSCs和ECs
497	2025-06-11	Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698 PMID:38387508	研究论文	该研究基于铁死亡调控模式及其与肿瘤微环境的关联，识别并验证了结肠癌的免疫治疗特征	构建了铁死亡调控基因评分（FRG-score）来量化个体肿瘤中铁死亡改变的模式，并识别了三种不同的铁死亡修饰模式	研究样本量较大但仅限于结肠癌，未涉及其他癌症类型	探索铁死亡调控模式与结肠癌肿瘤微环境的关联，并开发免疫治疗特征	1623个结肠癌样本	数字病理学	结肠癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	1623个结肠癌样本
498	2025-06-10	Genetically supported causality between gut microbiota, prefrontal cortex and depression: insights from multiple Mendelian randomization, multi-omics analysis, and network pharmacology 2025-Oct-01, Journal of affective disorders IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jad.2025.119458 PMID:40419156	研究论文	通过多组学分析和网络药理学方法，研究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的遗传支持因果关系	首次通过多变量孟德尔随机化分析揭示了肠道菌群通过前额叶皮层结构介导对抑郁症的影响，并鉴定了潜在的治疗靶点和药物	研究结果主要基于遗传数据，需要进一步实验验证	探究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的因果关系及其生物学机制	肠道菌群、前额叶皮层、抑郁症患者	多组学分析	抑郁症	GWAS、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、分子对接	孟德尔随机化模型	基因组数据、转录组数据、影像数据	肠道菌群(n=5959)、抑郁症(43,280病例/329,192对照)、脑影像表型(n=33,224)
499	2025-06-10	Endothelial Nrf2 deficiency promotes atherosclerotic lesion formation by shaping a proinflammatory niche 2025-Aug-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123725 PMID:40404122	research paper	研究探讨了内皮细胞中Nrf2缺乏如何通过促炎性微环境促进动脉粥样硬化斑块形成	揭示了内皮细胞Nrf2缺乏如何通过改变细胞间通讯和促炎性因子分泌促进动脉粥样硬化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究内皮细胞Nrf2在动脉粥样硬化中的细胞特异性作用和细胞间通讯机制	小鼠主动脉内皮细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 组织学分析	Nrf2Cdh5tKO小鼠模型	基因表达数据, 组织学数据	Nrf2Cdh5tKO小鼠和对照Nrf2flox/flox小鼠
500	2025-06-10	Single-cell transcriptomics and metabolomics reveal the potential role of ASRGL1 in metabolic reprogramming and invasion of nasopharyngeal carcinoma cells 2025-08, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106788 PMID:40320045	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和代谢组学分析，探讨了ASRGL1在鼻咽癌细胞代谢重编程和侵袭中的潜在作用	首次揭示了ASRGL1在鼻咽癌中的表达特征及其对细胞代谢和侵袭的影响	研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	探究ASRGL1在鼻咽癌中的功能角色及其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	鼻咽癌细胞系C666-1	癌症研究	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、氨基酸代谢组学、GC-MS顶空代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	公开数据集GSE150430及C666-1细胞系