单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
481	2026-05-29	XgCPred: Cell type classification using XGBoost-CNN integration and exploiting gene expression imaging in single-cell RNAseq data 2024-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109066 PMID:39180857	研究论文	提出一种结合XGBoost和CNN的新方法XgCPred，用于单细胞RNA-seq数据中的细胞类型分类	首次将XGBoost与CNN集成应用于scRNA-seq细胞类型分类，利用KEGG BRITE数据库中基因层级组织生成基因表达图像表示	未明确提及局限性，但隐含了对不同数据集适应性的潜在挑战	提高单细胞RNA-seq数据中细胞类型分类的准确性和可靠性	单细胞RNA-seq数据集中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	XGBoost, CNN	基因表达图像	多个scRNA-seq数据集，涵盖不同细胞数量、基因表达多样性和细胞异质性	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
482	2026-05-29	Comprehensive profiling of the human fecal proteome from IBD patients with DIA-MS enables evaluation of disease-relevant proteins 2024-09, Proteomics. Clinical applications DOI:10.1002/prca.202300075 PMID:38552248	研究论文	使用DIA-MS技术对炎症性肠病（IBD）患者粪便蛋白质组进行综合分析，识别与疾病活动相关的非侵入性生物标志物	首次采用数据非依赖采集（DIA）LC-MS/MS方法系统分析IBD患者的粪便蛋白质组，在两个独立队列中鉴定了523种常见蛋白质，并发现了新的粪便蛋白质与免疫细胞浸润和溃疡/直肠出血等IBD病理标志相关	样本量相对较小（健康对照组25例，UC患者15例，CD患者15例），研究结果需在更大规模队列中验证	识别可用于监测炎症性肠病疾病活动性的非侵入性粪便生物标志物	炎症性肠病（IBD）患者，包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）患者，以及健康对照者	蛋白质组学	炎症性肠病	DIA-MS（数据非依赖采集质谱）	NA	蛋白质质谱数据，单细胞RNA测序数据	队列1：健康5例，UC 5例，CD 5例；队列2：健康20例，UC 10例，CD 10例（共计健康25例，UC 15例，CD 15例）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
483	2026-05-29	Perturbed liver gene zonation in a mouse model of non-alcoholic steatohepatitis 2024-05, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.155830 PMID:38428673	研究论文	结合空间转录组学、批量RNA测序和原位杂交技术，研究非酒精性脂肪性肝炎小鼠模型中肝脏基因分区模式的扰动	首次在NASH小鼠模型中系统揭示Wnt信号通路调控的肝脏基因分区扰动，发现Rspo3表达区域从中央静脉周围扩展到门静脉周围，并通过AAV介导的过表达和基因敲除实验验证其因果作用	未观察到Rspo3调控对NASH病理特征（脂肪变性、炎症、纤维化）的影响，可能无法直接解释疾病进展	探究NASH疾病状态下肝脏基因分区及其调控因子的变化机制	非酒精性脂肪性肝炎小鼠模型（对照与NASH模型小鼠）	计算机视觉, 自然语言处理, 空间转录组学	非酒精性脂肪性肝炎	空间转录组学, 批量RNA测序, 原位杂交, AAV介导的基因调控	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	NA（未在摘要中明确样本数量）	NA	空间转录组学, 批量RNA测序	NA	NA
484	2026-05-29	Synergistic induction of tertiary lymphoid structures by chemoimmunotherapy in bladder cancer 2024-04, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02598-7 PMID:38332180	research paper	研究化疗免疫联合疗法在膀胱癌中诱导三级淋巴结构形成的协同作用	首次系统揭示免疫治疗和化疗对三级淋巴结构（TLS）形成的各自影响，并证明联合疗法在促进TLS成熟和提高治疗反应率方面具有协同优势	NA	探究免疫治疗联合其他治疗方式能否增强免疫反应，从而改善膀胱癌患者的总体缓解率	膀胱癌患者的肿瘤组织样本及转录组数据	machine learning	bladder cancer	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	包括IMvigor 210研究队列和RJBLC-I2N003队列中的膀胱癌患者	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
485	2026-05-29	Single-cell and spatial transcriptomics reveals that PTPRG activates the m6A methyltransferase VIRMA to block mitophagy-mediated neuronal death in Alzheimer's disease 2024-03, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107098 PMID:38325728	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示PTPRG通过激活m6A甲基转移酶VIRMA阻断线粒体自噬介导的阿尔茨海默病神经元死亡	首次发现PTPRG通过结合并上调m6A甲基转移酶VIRMA抑制PRKN mRNA翻译，从而阻断线粒体自噬导致神经元死亡的信号通路，并阐明小胶质细胞亚群Mic_PTPRG与特定神经元亚群的通讯机制	未提及但可能包括：动物模型与人类AD的差异、实验验证范围有限、样本来源的地理和人口多样性不足	阐明阿尔茨海默病中神经元死亡的起始机制，探索潜在治疗靶点	阿尔茨海默病相关脑区和外周血	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据	85个AD样本和83个对照样本，6只App AD小鼠和6只对照C57Bl/6J小鼠	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
486	2026-05-29	Allosteric inhibitor of SHP2 enhances macrophage endocytosis and bacteria elimination by increasing caveolae activation and protects against bacterial sepsis 2024-03, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107096 PMID:38320736	研究论文	SHP2变构抑制剂通过增强小窝蛋白活化促进巨噬细胞胞吞和细菌清除，保护小鼠免受细菌性脓毒症侵害	首次揭示SHP2变构抑制剂通过维持Cav-1磷酸化增强巨噬细胞胞吞功能以清除细菌，并提出其与抗生素联用可完全保护小鼠免于死亡	未明确说明本研究的局限性	研究巨噬细胞在脓毒症中胞吞功能受损的分子机制，并评估SHP2变构抑制剂作为治疗脓毒症的潜力	脓毒症小鼠和巨噬细胞	机器学习	感染性疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型（大肠杆菌感染或盲肠结扎穿刺诱导脓毒症）	10x Genomics, Illumina	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	10x Chromium, Illumina NovaSeq	10x Chromium单细胞3'试剂盒用于单细胞RNA测序；Illumina NovaSeq用于批量RNA测序
487	2026-05-29	MMP14high macrophages orchestrate progressive pulmonary fibrosis in SR-Ag-induced hypersensitivity pneumonitis 2024-02, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107070 PMID:38218353	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析，发现MMP14高表达的巨噬细胞在SR-Ag诱导的过敏性肺炎中驱动进行性肺纤维化	首次鉴定出MMP14高表达的巨噬细胞亚群在纤维化过敏性肺炎中的作用，并揭示其通过外泌体MMP14调控成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未完全阐明人类纤维化过敏性肺炎中MMP14巨噬细胞的具体作用机制及临床转化潜力	探究MMP14高表达巨噬细胞在SR-Ag诱导的纤维化过敏性肺炎中的作用及机制	纤维化过敏性肺炎小鼠模型中的肺巨噬细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	决策树模型	基因表达数据	未明确提及样本量	未明确提及	单细胞RNA测序	未明确提及	未明确提及
488	2026-05-29	Effect of aging on the human myometrium at single-cell resolution 2024-01-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45143-z PMID:38296945	研究论文	利用单细胞/单核RNA测序和空间转录组学，构建了衰老子宫肌层的细胞图谱，揭示了与衰老相关的细胞变化	首次在单细胞分辨率下研究人类子宫肌层衰老，鉴定了23个细胞亚群，并发现了衰老导致的细胞间通讯改变和25条信号通路丧失	样本量有限（20名围绝经期和绝经后女性），可能无法完全代表所有年龄段的女性，且功能性验证不足	研究衰老对人类子宫肌层在单细胞水平的影响	围绝经期和绝经后女性的子宫肌层组织	单细胞生物学	妊娠并发症、分娩并发症	单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	20名围绝经期和绝经后女性的186,120个细胞	10x Genomics	单细胞RNA-seq，单核RNA-seq，空间转录组学	10x Chromium, 10x Visium	10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium Spatial Gene Expression
489	2026-05-29	scDisInFact: disentangled learning for integration and prediction of multi-batch multi-condition single-cell RNA-sequencing data 2024-01-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45227-w PMID:38291052	研究论文	提出scDisInFact框架，用于多批次多条件单细胞RNA测序数据的解耦学习，同时实现批次效应去除、条件相关关键基因检测和扰动预测	首次通过解耦学习同时处理批次效应和条件效应，实现三个任务的统一框架	未提及具体局限性，但可能依赖数据质量且真实场景中复杂条件效应可能难以完全解耦	开发一种能够同时处理多批次单细胞RNA测序数据中技术批次效应和生物条件效应的深度学习方法	多批次多条件下的单细胞RNA测序数据，包括不同人口统计组、疾病阶段和药物处理的样本	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架（解耦学习）	单细胞基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
490	2026-05-29	A proteome-wide screen identifies the calcium binding proteins, S100A8/S100A9, as clinically relevant therapeutic targets in aortic dissection 2024-01, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.107029 PMID:38056513	研究论文	通过蛋白质组学筛选发现S100A8/S100A9是主动脉夹层的临床相关治疗靶点	首次通过蛋白质组学筛选鉴定S100A8/A9为主动脉夹层的新治疗靶点，并验证其通过调节平滑肌细胞表型转换和炎症反应发挥作用的机制	未提及具体局限性	发现主动脉夹层的新型治疗靶点	主动脉夹层患者和对照者的升主动脉样本、小鼠主动脉夹层模型	机器学习	心血管疾病	蛋白质组学分析、ELISA、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据、循环蛋白水平、单细胞转录组数据	主动脉夹层患者与对照者样本、小鼠模型样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
491	2026-05-29	Targeting hnRNPC suppresses thyroid follicular epithelial cell apoptosis and necroptosis through m6A-modified ATF4 in autoimmune thyroid disease 2023-10, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.106933 PMID:37729957	研究论文	本研究利用单细胞转录组、全转录组、全长转录组和代谢组测序，揭示了hnRNPC通过m6A修饰的ATF4调控甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死性凋亡在自身免疫性甲状腺疾病中的作用	首次揭示了hnRNPC通过m6A修饰调控ATF4表达，从而影响甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死性凋亡的机制，并确定了新的治疗靶点	样本量较小（仅2名HT患者、2名GD患者和1名对照），且未对更大样本进行验证	探讨自身免疫性甲状腺疾病中甲状腺滤泡上皮细胞死亡的分子机制，寻找新的治疗靶点	甲状腺滤泡上皮细胞（ThyFoEp细胞）	数字病理学	自身免疫性甲状腺疾病（格雷夫斯病和桥本甲状腺炎）	单细胞转录组测序、全转录组测序、Oxford Nanopore全基因组测序、代谢组测序	NA	序列数据、代谢物数据	2名桥本甲状腺炎患者、2名格雷夫斯病患者和1名健康对照的甲状腺组织样本	Oxford Nanopore Technologies	单细胞RNA测序、全长转录组测序、代谢组学	Oxford Nanopore测序平台	Oxford Nanopore全长转录组测序
492	2026-05-29	Deciphering the heterogeneity and immunosuppressive function of regulatory T cells in osteosarcoma using single-cell RNA transcriptome 2023-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107417 PMID:37669584	研究论文	利用单细胞RNA转录组解析骨肉瘤中调节性T细胞的异质性和免疫抑制功能	首次在单细胞水平揭示骨肉瘤微环境中调节性T细胞的异质性及其通过CXCL信号与成骨细胞、内皮细胞和髓系细胞的相互作用，并构建基于Treg特异性基因的预后模型	未提及具体局限性	探究骨肉瘤微环境中调节性T细胞的异质性和免疫抑制功能，并构建预后模型	骨肉瘤组织与癌旁组织的调节性T细胞	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA测序, 基因集变异分析, 细胞通讯分析	LASSO回归, 多变量分析	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	未提供具体样本量	NA	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	NA
493	2026-05-29	Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer 2023-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06367-z PMID:37532934	研究论文	本研究揭示了Netrin-1在子宫内膜癌中上调，使用抗Netrin-1抗体NP137可抑制肿瘤进展和上皮间质转化，并在临床试验中展示初步疗效	首次在临床试验中验证Netrin-1单克隆抗体NP137作为单一药物治疗晚期子宫内膜癌的效果，并揭示其通过抑制上皮间质转化发挥抗肿瘤作用的新机制	临床试验样本量较小（14例），仅体现初步疗效，且未报告长期生存获益和不良反应详细信息	评估Netrin-1阻断剂NP137在子宫内膜癌中的抗肿瘤效果及其作用机制	子宫内膜癌患者和小鼠模型	机器学习	子宫内膜癌	RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	14例晚期子宫内膜癌患者，以及小鼠模型样本	10x Genomics	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序	10x Chromium	用于单细胞RNA测序、空间转录组学以及批量RNA测序的10x Chromium平台
494	2026-05-29	Accelerated cerebromicrovascular senescence contributes to cognitive decline in a mouse model of paclitaxel (Taxol)-induced chemobrain 2023-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13832 PMID:37243381	研究论文	紫杉醇诱导的脑微血管衰老加速小鼠认知衰退，并表明通过药物消除衰老细胞可改善认知功能	首次证明紫杉醇诱导的内皮细胞衰老是化疗脑功能损伤的关键机制，并通过遗传和药物方法消除衰老细胞，验证了其因果关系	研究局限于小鼠模型，临床上对人类化疗脑的转化效果仍需进一步验证	探索紫杉醇（PTX）诱导的认知功能障碍的机制，特别是内皮细胞衰老的作用	p16-3MR转基因小鼠脑微血管内皮细胞	机器学习	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	文本	紫杉醇治疗组与对照组各含多个小鼠，具体数量未提及	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
495	2026-05-29	scDisInFact: disentangled learning for integration and prediction of multi-batch multi-condition single-cell RNA-sequencing data 2023-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.01.538975 PMID:37205545	研究论文	提出scDisInFact，一种解耦学习方法，用于多批次多条件单细胞RNA测序数据的整合与预测	首次同时建模批次效应和条件效应，实现批次效应去除、条件相关关键基因检测和扰动预测三项任务的联合执行	仅在模拟和真实数据集上验证，未提及对复杂临床场景的泛化能力或计算资源需求	开发能够解耦批次效应和条件效应的深度学习框架，以提升多批次多条件scRNA-seq数据的整合与预测准确性	多批次多条件单细胞RNA测序数据，包括模拟数据和真实数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	深度学习 (解耦学习框架)	基因表达数据 (单细胞转录组)	模拟数据集和真实数据集（具体规模未在摘要中说明）	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	NA
496	2026-05-29	Sequential regulation of hemogenic fate and hematopoietic stem and progenitor cell formation from arterial endothelium by Ezh1/2 2021-07-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.05.014 PMID:34143974	研究论文	该研究揭示了Ezh1/2通过顺序调控动脉内皮细胞中的血液生成命运和造血干祖细胞形成的机制	首次阐明Ezh1在脊椎动物造血干祖细胞产生中的表观遗传调控作用及其与Ezh2的非冗余顺序功能	主要在斑马鱼胚胎中进行研究，未在哺乳动物模型中验证，且单细胞RNA测序分析的样本量有限	探究Ezh1/2在动脉内皮细胞向血液生成命运转变和造血干祖细胞形成中的调控机制	斑马鱼胚胎和诱导多能干细胞来源的体外分化体系	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马鱼胚胎中ezh1不同基因型的样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
497	2026-05-29	Single-cell RNA-Seq reveals a highly coordinated transcriptional program in mouse germ cells during primordial follicle formation 2021-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13424 PMID:34174788	研究论文	利用单细胞RNA测序揭示小鼠原始卵泡形成过程中生殖细胞的协调转录程序	首次通过单细胞RNA测序构建了新生小鼠卵巢生殖细胞发育轨迹，并利用SCENIC算法识别出可能调控卵泡形成的关键转录因子	未明确说明	阐明原始卵泡形成过程中卵母细胞的发育轨迹和调控机制	新生小鼠卵巢中的单个生殖细胞	机器学习	原发性卵巢功能不全	RNA-seq	Monocle, SCENIC	单细胞转录组数据	新生（P0.5）小鼠卵巢中的单个生殖细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
498	2026-05-29	Genome stabilization by RAD51-stimulatory compound 1 enhances efficiency of somatic cell nuclear transfer-mediated reprogramming and full-term development of cloned mouse embryos 2021-Jul, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13059 PMID:34021643	研究论文	发现通过RAD51激活剂RS-1稳定基因组可提高体细胞核移植重编程效率及克隆小鼠胚胎全程发育能力	首次揭示RAD51活性在体细胞核移植胚胎中低于IVF，并通过RS-1激活RAD51增强DNA损伤修复，克服发育阻滞，提高克隆胚胎生产效率	未提及具体局限性，可能涉及RS-1的长期安全性或机制中组蛋白去甲基化酶独立通路的细节未完全阐明	研究修复遗传不稳定性或DNA双链断裂在体细胞核移植重编程中的作用，以提高胚胎发育效率	体外受精胚胎和体细胞核移植来源的小鼠胚胎	机器学习	NA	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）	NA	基因表达数据	包括体细胞核移植胚胎和IVF胚胎，具体数量未在摘要中提及	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
499	2026-05-29	The relationship between the gut microbiome and host gene expression: a review 2021-May, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-020-02237-0 PMID:33221945	综述	探讨肠道微生物组与宿主基因表达之间的相互影响关系	系统总结肠道微生物如何通过重塑染色质、差异剪接、表观遗传改变和信号级联干扰来调节宿主基因表达	未提及具体局限性	理解肠道微生物与宿主基因表达的交互机制及其对疾病和健康的重要性	模式生物、人体活检样本和细胞培养物	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
500	2026-05-29	Single cell RNA sequencing identifies IGFBP5 and QKI as ciliated epithelial cell genes associated with severe COPD 2021-Apr-06, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-021-01675-2 PMID:33823868	研究论文	通过单细胞RNA测序识别与严重COPD相关的纤毛上皮细胞基因IGFBP5和QKI	首次在单细胞水平上确定与严重COPD相关的纤毛上皮细胞特异性基因表达变化，并验证了IGFBP5和QKI蛋白水平在COPD肺组织中的改变	样本量较小（各3例），可能限制发现的普遍性；未进行功能验证实验以确认基因与COPD病理机制的因果关系	确定严重慢性阻塞性肺疾病（COPD）中细胞特异性的转录组变化	严重COPD患者和健康非吸烟者的外周肺实质组织细胞	单细胞转录组学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	3例严重COPD患者和3例健康非吸烟者，共29,961个细胞	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'