单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 481 - 500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-05-02 |
Ferroptosis-related genes participate in the microglia-induced neuroinflammation of spinal cord injury via NF-κB signaling: evidence from integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis
2025-Jan-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06095-0
PMID:39799354
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞和空间转录组分析，揭示了铁死亡相关基因通过NF-κB信号通路参与小胶质细胞诱导的脊髓损伤神经炎症 | 发现了一种新的M1极化小胶质细胞亚群，具有铁死亡表型，并揭示了其在脊髓损伤中的作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证 | 探究脊髓损伤中铁死亡和免疫反应的分子和细胞机制 | 脊髓损伤中的小胶质细胞和铁死亡相关基因 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组分析, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 多个GEO数据集（GSE45006, GSE69334, GSE151371, GSE214349, GSE184369, GSE162610, GSE226286） |
| 482 | 2025-05-02 |
FAP-targeted radioligand therapy with 68Ga/177Lu-DOTA-2P(FAPI)2 enhance immunogenicity and synergize with PD-L1 inhibitors for improved antitumor efficacy
2025-Jan-11, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010212
PMID:39800373
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研究论文 | 本研究探讨了FAP靶向放射性配体疗法与PD-L1抑制剂联合使用的抗肿瘤效果及其机制 | 首次报道了新型二聚体FAP靶向放射性药物68Ga/177Lu-DOTA-2P(FAPI)2与PD-L1免疫疗法联合使用的治疗效果和机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 评估FAP靶向放射性配体疗法与PD-L1免疫疗法联合使用的抗肿瘤效果及其作用机制 | CT26-FAP肿瘤细胞和小鼠模型 | 肿瘤治疗 | 癌症 | 放射性配体疗法、免疫组织化学染色、单细胞RNA测序 | 小鼠肿瘤模型 | 实验数据、测序数据 | 未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型进行研究 |
| 483 | 2025-05-02 |
Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial
2025-Jan-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55642-8
PMID:39794332
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研究论文 | 一项关于sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab治疗晚期透明细胞肾细胞癌的I期临床试验 | 首次评估sitravatinib与nivolumab和ipilimumab三联疗法在未治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和有效性 | 样本量较小（22例患者），且为I期试验，主要关注安全性而非疗效 | 确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性 | 22例未治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者 | NA | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据和RNA测序数据 | 22例患者（其中12例进行了肿瘤活检的单细胞RNA测序） |
| 484 | 2025-05-02 |
Transformer-based modeling of Clonal Selection and Expression Dynamics reveals resistance mechanisms in breast cancer
2025-Jan-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00485-8
PMID:39794360
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研究论文 | 提出了一种基于Transformer的动态深度学习模型TraCSED，用于模拟乳腺癌中的克隆选择和表达动态，揭示耐药机制 | 开发了TraCSED模型，能够从单细胞基因表达数据中识别可解释的基因程序及其与克隆选择的时间关联 | 研究仅针对两种特定药物处理的细胞，可能无法涵盖所有耐药机制 | 研究乳腺癌细胞的转录异质性及其对治疗反应的影响，以揭示耐药机制 | 乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Transformer | 基因表达数据 | NA |
| 485 | 2025-05-02 |
Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae103
PMID:39804726
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research paper | 提出了一种名为STMSGAL的新框架，通过结合图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类，分析空间转录组数据 | STMSGAL框架首次整合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类，能够更有效地解析空间转录组数据中的复杂结构 | 未明确提及具体局限性，但可能受限于数据质量和计算资源 | 提高对空间转录组数据的分析能力，以更好地理解组织结构和生物功能 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 图注意力自编码器, 多尺度深度子空间聚类网络 | 空间转录组数据 | 4个10x Genomics Visium数据集, 1个小鼠视觉皮层STARmap数据集, 2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集 |
| 486 | 2025-05-02 |
Loss of FTH1 Induces Ferritinophagy-Mediated Ferroptosis in Anaemia of Myelodysplastic Syndromes
2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70350
PMID:39804099
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研究论文 | 本研究探讨了FTH1在骨髓增生异常综合征（MDS）贫血中的铁蛋白自噬介导的铁死亡作用 | 揭示了FTH1通过铁蛋白自噬调控铁死亡在MDS贫血中的新机制，并提出了FTH1作为MDS治疗新靶点的可能性 | 研究主要基于细胞系实验，缺乏更全面的体内模型验证 | 阐明FTH1在MDS贫血病理生理学中的作用机制 | MDS患者的GlycoA有核红细胞和K562、SKM1细胞系 | 分子病理学 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞测序、shRNA基因敲除 | NA | 基因表达数据 | MDS患者样本和细胞系样本（具体数量未明确说明） |
| 487 | 2025-05-02 |
Single-cell RNA-sequencing and spatial transcriptomic analysis reveal a distinct population of APOE- cells yielding pathological lymph node metastasis in papillary thyroid cancer
2025-Jan, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70172
PMID:39810624
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了甲状腺乳头状癌中APOE-细胞亚群与淋巴结转移的关联 | 发现APOE低表达的肿瘤细胞亚群与甲状腺乳头状癌的进展和转移相关，并建立了基于机器学习的预测模型 | 研究样本可能不足以代表所有甲状腺乳头状癌患者，且模型需要进一步临床验证 | 探索甲状腺乳头状癌的转移机制和预后标志物 | 甲状腺乳头状癌组织样本 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 机器学习 | RNA-seq数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 488 | 2025-05-02 |
Integrated bulk RNA and single-cell analysis with experimental validation reveal oxidative stress-related diagnostic biomarkers for osteoporosis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322326
PMID:40299834
|
研究论文 | 本研究通过整合批量RNA和单细胞分析结合实验验证，揭示了氧化应激相关的骨质疏松症诊断生物标志物 | 首次发现CHRM2在成骨分化中的负调控作用，并评估其作为骨质疏松症生物标志物的潜力 | 研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于体外实验 | 探索骨质疏松症的诊断生物标志物和潜在治疗靶点 | 骨质疏松症患者和健康对照 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 489 | 2025-05-02 |
Construction of a Prognostic Model for Cervical Cancer Related to lncRNA Based on Differential Co-expression Network and Functional Study of Key Gene EGFR-AS1
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.108429
PMID:40302795
|
研究论文 | 本研究基于差异共表达网络构建了与lncRNA相关的宫颈癌预后模型，并研究了关键基因EGFR-AS1的功能 | 利用多组学数据和单细胞测序数据，通过随机森林算法和共表达网络技术建立了33-lncRNA-CESC模型，并发现EGFR-AS1与FAM83B的相互作用调控EGFR通路 | NA | 改善宫颈癌患者的个性化治疗 | 宫颈癌 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 多组学数据分析, 单细胞测序, 随机森林算法, 共表达网络技术 | 随机森林 | 多组学数据, 单细胞测序数据 | NA |
| 490 | 2025-05-02 |
Integration of multi-omics and single-cell transcriptome reveals mitochondrial outer membrane protein-2 (MTX-2) as a prognostic biomarker and characterizes ubiquinone metabolism in lung adenocarcinoma
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.106902
PMID:40302794
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研究论文 | 本研究通过整合多组学和单细胞转录组数据，揭示了线粒体外膜蛋白-2（MTX-2）作为肺腺癌预后生物标志物的潜力，并描述了其在泛醌代谢中的作用 | 首次将MTX-2与肺腺癌的预后和肿瘤微环境中的免疫浸润联系起来，并阐明了其通过调节代谢途径促进肿瘤生长的机制 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床研究验证 | 探索MTX-2在肺腺癌进展和预后中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力 | 肺腺癌组织和正常肺组织 | 肿瘤生物学 | 肺腺癌 | 多组学分析、单细胞RNA测序、分子生物学功能实验 | NA | 转录组数据、临床数据 | 公共数据库中的肺腺癌患者样本（数量未明确说明） |
| 491 | 2025-05-02 |
Identification of the role of MED6 in the development and prognosis of lung adenocarcinoma based on multi-omics profiling
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.110981
PMID:40302793
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research paper | 本研究通过多组学分析揭示了MED6在肺腺癌发展和预后中的作用 | 首次发现MED6在肺腺癌中的具体作用及其与肿瘤微环境的相互作用 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证 | 探究MED6在肺腺癌发展中的作用及其临床意义 | 肺腺癌细胞及患者样本 | digital pathology | lung cancer | CRISPR-Cas9, RNA-seq, 单细胞测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞数据 | 未明确说明具体样本数量 |
| 492 | 2025-05-02 |
Identification and Validation of Prognostic Genes Related to Histone Lactylation Modification in Glioblastoma: An Integrated Analysis of Transcriptome and Single-cell RNA Sequencing
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.110646
PMID:40302809
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research paper | 本研究旨在识别与组蛋白乳酸化修饰(HLM)相关的胶质母细胞瘤(GBM)预后基因，并探索其作用机制 | 首次整合转录组和单细胞RNA测序数据，构建了HLM相关基因风险预测模型，并识别了潜在的治疗药物 | 研究主要基于公开数据库和体外实验，需要进一步体内实验验证 | 探索组蛋白乳酸化修饰在胶质母细胞瘤进展中的作用及其预后价值 | 胶质母细胞瘤组织和相关基因 | digital pathology | glioblastoma | 免疫组化染色、Western blotting、RNA-seq、scRNA-seq、WGCNA | LASSO回归模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA-GBM数据集中的样本及临床组织样本 |
| 493 | 2025-05-02 |
Bridging the gap: how patient-derived lung cancer organoids are transforming personalized medicine
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1554268
PMID:40302940
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综述 | 本文总结了患者来源的肺癌类器官（PDLCOs）的培养、验证过程及其在个性化治疗、耐药后药物筛选、PDLCOs生物库构建和药物开发中的临床应用 | 探讨了PDLCOs与肿瘤组装体技术、人工智能、器官芯片、3D生物打印、基因编辑和单细胞RNA测序等前沿技术的整合，极大扩展了其临床潜力 | PDLCOs模型的可重复性和标准化仍面临挑战，主要由于标本来源、后续处理技术、培养基配方和Matrigel批次的差异 | 探索PDLCOs在肺癌精准医学中的应用前景与挑战 | 患者来源的肺癌类器官（PDLCOs） | 数字病理学 | 肺癌 | 肿瘤组装体技术、人工智能、器官芯片、3D生物打印、基因编辑、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 494 | 2025-05-02 |
HDC/histamine Signaling Axis Drives Macrophage Reprogramming to Promote Angiogenesis in Hindlimb-Ischemic Mice
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.105148
PMID:40303294
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研究论文 | 本研究探讨了HDC/组胺信号轴在巨噬细胞重编程中的作用，以促进后肢缺血小鼠的血管生成 | 首次揭示了HDC在Ly6C巨噬细胞中的高表达及其在血管生成中的关键作用，并开发了HA-DA@组胺水凝胶用于治疗缺血性损伤 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 阐明HDC/组胺信号在血管生成和肌肉再生中的作用 | 后肢缺血小鼠模型中的巨噬细胞和内皮细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞测序技术 | HDC-GFP转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 495 | 2025-05-02 |
Macrophage KDM2A promotes atherosclerosis via regulating FYN and inducing inflammatory response
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.102675
PMID:40303308
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研究论文 | 本研究揭示了KDM2A在巨噬细胞炎症反应中的新作用，通过转录调控FYN促进动脉粥样硬化的发展 | 首次发现KDM2A作为巨噬细胞特异性转录调节因子，通过调控FYN激活炎症反应、氧化应激和脂质积累，从而促进动脉粥样硬化 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大 | 探究巨噬细胞在动脉粥样硬化发展中的转录调控机制 | 巨噬细胞、动脉粥样硬化斑块 | 分子生物学 | 心血管疾病 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、qPCR、虚拟筛选 | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞数据 | 人类斑块微阵列数据集、ApoE小鼠模型 |
| 496 | 2025-05-02 |
NAMPT Impairs Vascular Permeability in Periodontitis by Influencing FASN-mediated Lipogenesis
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.104485
PMID:40303304
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研究论文 | 本研究探讨了NAMPT通过影响FASN介导的脂肪生成来损害牙周炎中血管通透性的机制 | 揭示了NAMPT在牙周炎中通过调节FASN介导的脂肪生成促进内皮通透性的新机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探究牙周炎中内皮细胞通透性调控的关键分子及其作用机制 | 人脐静脉内皮细胞(HUVEC)和牙周炎小鼠模型 | 分子生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、蛋白质表达数据 | 未明确说明样本数量 |
| 497 | 2025-05-02 |
Targeting endothelial MYC using siRNA or miR-218 nanoparticles sensitizes chemo- and immuno-therapies by recapitulating the Notch activation-induced tumor vessel normalization
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.112023
PMID:40303332
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研究论文 | 通过靶向内皮细胞MYC基因，使用siRNA或miR-218纳米颗粒，模拟Notch激活诱导的肿瘤血管正常化，从而增强化疗和免疫疗法的敏感性 | 发现MYC是Notch信号通路中调控肿瘤血管正常化的关键靶点，并开发了靶向MYC的纳米颗粒递送系统 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 探索Notch信号通路在肿瘤血管正常化中的作用，并开发新的抗血管生成治疗策略 | 内皮细胞（ECs）和肿瘤内皮细胞（TECs） | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blotting、免疫荧光、流式细胞术 | 基因修饰小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞形态数据 | 基因修饰小鼠模型中的内皮细胞和肿瘤内皮细胞 |
| 498 | 2025-05-02 |
Spatially segregated APOE+ macrophages restrict immunotherapy efficacy in clear cell renal cell carcinoma
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.109097
PMID:40303328
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research paper | 该研究揭示了APOE+巨噬细胞在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中促进免疫抑制和对免疫检查点阻断(ICB)疗法抵抗的关键作用 | 发现了APOE+巨噬细胞在ICB抵抗性ccRCC中的空间分布特征及其通过TGF-β信号塑造免疫抑制微环境的机制 | 研究主要基于单中心队列，需要更大规模的多中心验证 | 探索ccRCC免疫治疗抵抗的微环境机制 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者样本和细胞系 | 肿瘤免疫学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序，多重免疫荧光，Western blot，流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据，临床样本数据 | 超过2000个样本，包括230名接受ICB治疗的晚期ccRCC患者的真实世界队列 |
| 499 | 2025-05-02 |
Single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal an immunosuppressive tumor microenvironment related to metastatic dissemination during pancreatic cancer liver metastasis
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.108925
PMID:40303346
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research paper | 该研究通过单核RNA测序和空间转录组学揭示了胰腺癌肝转移过程中与转移扩散相关的免疫抑制性肿瘤微环境 | 首次揭示了转移扩散细胞在肝转移过程中EMT相关基因的显著上调，以及SPP1通路在免疫抑制微环境中的关键作用，并发现CITED4作为PDAC肝转移的关键生物标志物 | 研究样本量相对有限，且主要关注肝转移，未涉及其他转移途径 | 探究胰腺导管腺癌(PDAC)肝转移过程中免疫微环境的作用机制 | PDAC的原发肿瘤(PT)和肝转移(LM)组织 | digital pathology | pancreatic cancer | single-nucleus RNA sequencing, spatial transcriptomics, multiplexed immunofluorescence staining, immunohistochemistry (IHC), transwell assay, scratch wound healing assay | prognostic models | RNA sequencing data, spatial transcriptomics data, immunofluorescence images | 62,326个细胞 |
| 500 | 2025-05-02 |
Modulation of brain immune microenvironment and cellular dynamics in systemic inflammation
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.107061
PMID:40303348
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研究论文 | 本研究探讨了系统性炎症中脑免疫微环境和细胞动力学的调控机制，特别是在脓毒症相关脑病（SAE）中的作用 | 开发了DeconvCellLink R包来研究神经炎症相关的细胞相互作用网络，并构建了系统性炎症反应期间脑细胞网络的动态变化图谱 | 人类和动物模型之间的脑细胞变化存在差异，可能影响研究结果的普适性 | 揭示脓毒症相关脑病的发病机制，特别是脑微环境中细胞通讯网络的作用 | 人类和小鼠模型中的髓系细胞、胶质细胞及其在脑免疫微环境中的相互作用 | 神经免疫学 | 脓毒症相关脑病 | 批量转录组学和单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠模型的转录组数据 |