单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-05-03	Integrating single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq data to explore the key role of fatty acid metabolism in hepatocellular carcinoma 2025-Jan-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85506-0 PMID:39814999	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索脂肪酸代谢在肝细胞癌中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，揭示了PTGES3在肝细胞癌脂质代谢中的核心作用及其与免疫微环境的相互作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验验证	探索脂质代谢相关基因在肝细胞癌预后中的作用机制	肝细胞癌患者样本数据	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 分子对接	NA	转录组数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌患者数据
482	2025-05-03	Mapping the spatial atlas of the human bone tissue integrating spatial and single-cell transcriptomics 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1298 PMID:39817519	研究论文	本研究通过整合空间和单细胞转录组学，绘制了人类骨组织的空间图谱，揭示了骨组织中细胞的复杂结构和相互作用	首次整合高分辨率空间和单细胞转录组学数据，发现了骨形成特化的微环境以及骨细胞与其他细胞的关键通讯和共定位模式	研究仅基于股骨组织，可能无法完全代表其他骨骼部位的情况	揭示骨组织中细胞的空间组织和相互作用，以推动精准医学的发展	人类骨组织和骨髓	单细胞转录组学	骨相关疾病	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	股骨组织样本
483	2025-05-03	Aligned membranes regulate wound healing via MMP12 secreted by macrophages 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317194 PMID:39813228	research paper	该研究揭示了排列电纺膜通过调节巨噬细胞分泌的MMP12促进伤口愈合的机制	首次发现排列电纺膜通过上调MMP12表达同时抑制成纤维细胞迁移来促进伤口无疤痕愈合	未探讨其他可能参与该过程的分子机制	阐明排列电纺纤维膜促进伤口愈合的分子机制	排列电纺膜对伤口愈合的影响	生物医学工程	皮肤创伤	bulk RNA测序和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
484	2025-05-03	A Risk Model Based on Ferroptosis-Related Genes OSMR, G0S2, IGFBP6, IGHG2, and FMOD Predicts Prognosis in Glioblastoma Multiforme 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70161 PMID:39815665	研究论文	本研究基于铁死亡相关基因构建了一个风险模型，用于预测多形性胶质母细胞瘤（GBM）的预后	首次利用铁死亡相关基因（OSMR、G0S2、IGFBP6、IGHG2和FMOD）构建GBM预后风险模型，并通过多组学方法验证其预测价值	研究依赖于公开数据库数据，缺乏独立临床队列验证	探索铁死亡分类及其风险模型在GBM中的意义，评估其在预后评估中的潜力	多形性胶质母细胞瘤（GBM）患者	生物信息学	多形性胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归分析、Meta分析	风险预测模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	TCGA-GBM和CGGA-GBM数据集作为训练和测试队列
485	2025-05-03	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Exercise-Induced Transcriptional Dynamics in Half-Marathon Runners 2025-Jan, Scandinavian journal of medicine & science in sports IF:3.5Q1 DOI:10.1111/sms.70018 PMID:39817606	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了业余半程马拉松运动员在耐力运动后外周血单个核细胞的转录动态变化	首次在单细胞水平上研究了耐力运动对免疫细胞转录组的影响，并采用了伪批量分析方法以获取更多生物学见解	样本量较小（仅4名参与者），且研究对象为业余运动员，可能无法代表所有人群	探究耐力运动对免疫细胞转录动态的影响及其潜在机制	业余半程马拉松运动员的外周血单个核细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	4名参与者的运动前后血液样本
486	2025-05-03	Integration of unpaired single cell omics data by deep transfer graph convolutional network 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012625 PMID:39821189	研究论文	本文提出了一种基于图卷积网络的深度迁移模型scTGCN，用于整合未配对的单细胞组学数据	scTGCN模型在保持生物变异的同时，能够快速整合数十万个细胞，且内存消耗低	当前标签迁移方法在保留细粒度细胞群和数据集间内在或外在异质性方面能力有限	提升单细胞组学数据的标签迁移和整合能力	单细胞RNA序列和单细胞染色质可及性数据	机器学习	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, APSA-seq, CITE-seq	图卷积网络(GCN)	单细胞组学数据	数十万个细胞
487	2025-05-03	Single-cell transcriptome analysis reveals cellular reprogramming and changes of immune cell subsets following tetramethylpyrazine treatment in LPS-induced acute lung injury 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18772 PMID:39822976	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究四甲基吡嗪（TMP）在LPS诱导的急性肺损伤（ALI）中对细胞重编程和免疫细胞亚群的影响	首次使用单细胞RNA测序技术揭示TMP在ALI治疗中对肺组织微环境的动态变化及免疫细胞亚群的调节作用	研究仅基于小鼠模型，未在人体中进行验证	探究TMP在ALI治疗中的潜在机制及其对肺组织微环境的影响	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 生物信息学分析, 免疫组织化学, 酶联免疫吸附试验	小鼠ALI模型	单细胞转录组数据	NA
488	2025-05-03	Cellular Senescence Genes as Cutting-Edge Signatures for Abdominal Aortic Aneurysm Diagnosis: Potential for Innovative Therapeutic Interventions 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70323 PMID:39823264	研究论文	本研究旨在识别与腹主动脉瘤（AAA）发展相关的细胞衰老相关基因（SRGs），并评估它们作为治疗靶点的潜力	通过机器学习算法识别了与AAA相关的关键基因ETS1和ITPR3，并验证了它们在诊断中的潜在应用	研究主要基于基因表达数据，需要进一步的实验验证这些基因在AAA中的具体作用机制	探索细胞衰老在AAA进展中的作用，并寻找潜在的诊断标志物	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物信息学	腹主动脉瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、WB、IF、RT-qPCR	LASSO、SVM-RFE、随机森林	基因表达数据	GSE57691训练集及两个独立验证数据集，人血清样本和小鼠模型
489	2025-05-03	BuDDI: Bulk Deconvolution with Domain Invariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012742 PMID:39823522	研究论文	提出BuDDI方法，通过域适应技术整合批量数据和单细胞RNA测序数据，预测细胞类型特异性扰动效应	利用变分自编码器(VAE)学习独立的潜在空间，涵盖细胞类型比例、扰动效应、结构化实验变异和其他变异，从而模拟细胞类型特异性扰动响应	未明确提及具体局限性	开发一种方法，将批量数据和单细胞数据结合，以研究细胞类型特异性扰动效应	批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 域适应技术	VAE (变分自编码器)	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
490	2025-05-03	Macrophage Infiltration and ITGB2 Expression in ESCC: A Novel Correlation 2025-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70604 PMID:39825491	研究论文	本研究探讨了食管鳞状细胞癌（ESCC）中巨噬细胞浸润与ITGB2表达之间的相关性及其在免疫治疗中的潜在应用	首次发现ITGB2在浸润巨噬细胞中的表达随着巨噬细胞向促肿瘤表型极化而增加，并提出了通过敲除ITGB2的M1巨噬细胞进行免疫治疗的新策略	研究结果需要进一步的体内实验验证，且临床应用的可行性和安全性尚未评估	探索ESCC中与肿瘤免疫相关的潜在分子和治疗策略	食管鳞状细胞癌（ESCC）	肿瘤免疫学	食管癌	高通量测序、基因芯片、单细胞测序、生物信息学分析	NA	测序数据、基因芯片数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量
491	2025-05-03	Comprehensive Analysis of m6A-Related Programmed Cell Death Genes Unveils a Novel Prognostic Model for Lung Adenocarcinoma 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70255 PMID:39828988	研究论文	本研究通过整合bulk RNA和单细胞测序数据，识别了43个具有预后价值的m6A相关程序性细胞死亡基因，并基于这些基因开发了一个13基因风险模型（mPCDS），用于肺腺癌的风险分层和个性化治疗策略	首次整合bulk RNA和单细胞测序数据，开发了一个新的m6A相关程序性细胞死亡基因风险模型（mPCDS），并验证了RCN1作为肺腺癌进展的潜在致癌基因和治疗靶点	研究依赖于公共数据集，缺乏独立的前瞻性队列验证	开发一个基于m6A相关程序性细胞死亡基因的预后模型，用于肺腺癌的风险分层和个性化治疗	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	bulk RNA测序, 单细胞测序	CoxBoost, SuperPC	RNA测序数据	多个验证数据集（具体样本量未明确说明）
492	2025-05-03	Berberine Inhibited SASP-Related Inflammation through RXRα/PPARγ/NEDD4 Pathway in Atherosclerosis 2025, The American journal of Chinese medicine DOI:10.1142/S0192415X25500107 PMID:39829230	研究论文	该研究探讨了小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4通路抑制动脉粥样硬化中SASP相关炎症的机制	首次揭示小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4信号通路抑制动脉粥样硬化中SASP相关炎症的具体分子机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	探究小檗碱治疗动脉粥样硬化的分子机制	ApoE敲除小鼠、RAW264.7细胞和腹膜巨噬细胞来源的泡沫细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞测序、Smart-seq分析、慢病毒介导的基因敲除	动物模型（ApoE敲除小鼠）和细胞模型（RAW264.7细胞）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠模型和两种细胞系
493	2025-05-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Cellular Origin and Evolution of Small-Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025-Jan, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70183 PMID:39831355	研究论文	通过单细胞RNA测序和全外显子测序，研究宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞起源和进化	首次在单细胞分辨率下提供了宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞组成、HPV感染相关特征和基因表达谱的全面见解	样本量较小，仅包括两名患者的数据	探索宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞异质性、起源和肿瘤发生轨迹	宫颈小细胞神经内分泌癌患者肿瘤组织和邻近正常宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序, 全外显子测序, bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	两名患者的肿瘤组织和邻近正常组织
494	2025-05-03	Single-cell landscape of the intrahepatic ecosystem in alcohol-related liver disease 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70198 PMID:39834100	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了酒精相关肝病（ALD）患者肝组织中的细胞生态系统变化	发现了ALBKRT7上皮细胞群，该细胞群具有干细胞特性和恶性转化潜能，并通过Wnt/β-catenin信号通路促进肿瘤生长	研究未涉及ALBKRT7上皮细胞群在ALD不同阶段的详细分子机制	探究酒精相关肝病的分子机制及恶性转化过程	酒精相关肝病患者和健康肝捐赠者的肝组织	单细胞测序	酒精相关肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	酒精相关肝病患者和健康肝捐赠者的肝组织样本
495	2025-05-03	Unveiling the mechanism of micro-and-nano plastic phytotoxicity on terrestrial plants: A comprehensive review of omics approaches 2025-Jan, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109257 PMID:39818003	综述	本文综述了微纳米塑料（MNPs）对陆地植物的毒性机制，重点介绍了组学技术在此领域的应用	整合了多种组学技术（如蛋白质组学、代谢组学、转录组学和微生物组学）以及新兴技术（如4D组学、表型组学、空间转录组学和单细胞组学）来揭示MNPs对植物的生理、分子和细胞响应	MNPs对植物的毒性机制仍不完全清楚，且其影响受多种因素（如大小、形状、功能基团和浓度）的复杂调控	阐明MNPs对陆地植物的毒性机制，并探讨减轻MNPs对植物健康影响的策略	陆地植物	环境科学	NA	蛋白质组学、代谢组学、转录组学、微生物组学、4D组学、表型组学、空间转录组学、单细胞组学	NA	组学数据	NA
496	2025-05-03	JARID1D-dependent androgen receptor and JunD signaling activation of osteoclast differentiation inhibits prostate cancer bone metastasis through demethylating H3K4 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104135 PMID:39816691	research paper	该研究揭示了JARID1D通过去甲基化H3K4调控雄激素受体和JunD信号通路，抑制前列腺癌骨转移的机制	首次发现JARID1D通过H3K4me3去甲基化活性动态调控AR表达，并揭示JARID1D激动剂JIB-04可阻断骨转移分子通路	研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	探究表观遗传调控在前列腺癌骨转移中的作用机制	前列腺癌细胞和骨转移过程	肿瘤生物学	前列腺癌	ChIP, 免疫荧光, western blotting, 单细胞测序	小鼠模型	分子生物学数据	NA
497	2025-05-03	scRNA-Seq-Based Transcriptome Profiling and Relevant Bioinformatics Approaches to Uncover Novel Insights in Studying Human Spermatogenesis 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-82990-1_9 PMID:40301258	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探究人类精子发生过程中的转录组变化及其在病理条件下的表现	揭示了支持细胞在精子发生中的关键作用，并识别了病理条件下支持细胞功能的显著破坏	未提及样本量大小，可能限制结果的普遍性	探究人类精子发生的细胞和分子机制，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	人类精子发生过程中的细胞，特别是支持细胞和间质细胞	生物信息学	男性不育症	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
498	2025-05-03	SAE1 May Play a Pro-Carcinogenic Role in Pancreatic Adenocarcinoma: A Comprehensive Study Integrating Multiple Pieces of Evidence 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70017 PMID:40302186	研究论文	该研究通过整合多种证据全面探讨了SAE1在胰腺腺癌(PAAD)中的促癌作用	首次在PAAD中全面评估SAE1的作用，整合了mRNA数据、免疫组化、CRISPR修饰细胞系分析、单细胞RNA测序等多种技术手段	未明确说明样本量大小，机制研究仍需进一步验证	探究SAE1在胰腺腺癌发生发展中的作用机制	胰腺腺癌(PAAD)	肿瘤生物学	胰腺癌	mRNA分析、免疫组化、CRISPR、单细胞RNA测序、ChIP-Seq、分子对接	分子生物学实验模型	mRNA数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据、临床数据	NA
499	2025-05-03	Single Cell Transcriptomics Genomics Based on Machine Learning Algorithm: Constructing and Validating Neutrophil Extracellular Trap Gene Model in COPD 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S516139 PMID:40308227	研究论文	本研究基于单细胞转录组学和机器学习算法，构建并验证了COPD患者中中性粒细胞胞外诱捕网（NET）特征基因模型	首次针对吸烟与非吸烟COPD患者分别构建了NET特征基因模型（模型A和模型B），并验证了其诊断效能	样本量未明确说明，外部验证的广泛性可能不足	识别不同COPD患者的NET特征基因，为个性化治疗提供基础	COPD患者与非COPD个体的中性粒细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	单细胞RNA测序	机器学习算法（具体类型未说明）	RNA测序数据	未明确说明（包含COPD与非COPD个体）
500	2025-05-03	The suppressive role of GLS in radiosensitivity and irradiation-induced immune response in LUAD: integrating bioinformatics and experimental insights 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582587 PMID:40308578	研究论文	本研究通过整合生物信息学和实验方法，探讨了GLS在肺腺癌放射敏感性和放射诱导免疫反应中的抑制作用	揭示了GLS通过调节铁死亡和重塑免疫景观（特别是增强CD8+ T细胞毒性）在放射治疗中的双重调控作用，并开发了具有预测价值的GLS-DSBr模型	研究主要聚焦于肺腺癌，其他癌症类型的适用性需要进一步验证	阐明GLS在肺腺癌放射敏感性和放射诱导免疫反应中的调控机制及其临床价值	肺腺癌细胞和肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	RNA-seq、单细胞转录组学、流式细胞术	机器学习模型	转录组数据	2,066例LUAD患者数据