单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-05-01	Development of a ferroptosis-related gene prognostic model and molecular subgroups characterization in sepsis 2025-Feb, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2024.12.008 PMID:39764891	research paper	本研究开发了一种基于铁死亡相关基因（FRGs）的预后模型，用于预测脓毒症的临床结果，并鉴定了TFRC作为抑制铁死亡的关键调控因子	首次构建了基于FRGs的脓毒症预后模型，并揭示了TFRC在脓毒症中抑制铁死亡的关键作用	研究依赖于公开数据集，需要进一步实验验证模型的临床适用性	开发脓毒症的预后预测模型并探索铁死亡相关基因的作用机制	脓毒症患者样本和铁死亡相关基因	生物信息学	脓毒症	差异表达分析、共识聚类、单变量和多变量Cox回归、LASSO分析、单细胞测序、siRNA转染、MDA测定、Western blot、ROS测定	预后评分模型	基因表达数据	GSE65682数据集中的脓毒症患者样本
482	2025-05-01	A CRISPR view on genetic screens in Toxoplasma gondii 2025-Feb, Current opinion in microbiology IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.mib.2024.102577 PMID:39778479	review	本文综述了CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因筛选中的应用及其最新进展	重点介绍了CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因筛选中的创新应用，包括条件性系统与成像、单细胞RNA测序和表型选择的结合	讨论了当前技术的局限性，并提出了未来发展的方向	综述CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因筛选中的最新应用和未来发展	弓形虫及其与宿主的相互作用	基因组编辑	寄生虫感染	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 成像技术	NA	基因组数据, 表型数据	NA
483	2025-05-01	Neural pathways of nausea and roles in energy balance 2025-Feb, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2024.102963 PMID:39765206	review	本文综述了恶心神经通路的最新研究，特别是其在能量平衡中的作用	通过单细胞测序和功能映射，阐明了涉及脑干最后区的恶心神经通路，并加深了对最后区在调节进食行为中作用的理解	NA	探讨恶心神经通路及其在能量平衡中的作用	内部感觉系统，特别是恶心的神经通路	神经科学	NA	单细胞测序，功能映射	NA	NA	NA
484	2025-05-01	A Universal Strategy of Anti-Tumor mRNA Vaccine by Harnessing "Off-the-Shelf" Immunity 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401287 PMID:39761175	research paper	该研究开发了一种利用已知抗原的‘现成’免疫力的通用抗肿瘤mRNA疫苗策略	提出了一种不依赖新抗原识别的通用抗肿瘤mRNA疫苗策略，并验证其在多种肿瘤模型和临床病原体抗原中的适用性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发一种不依赖新抗原识别的通用抗肿瘤mRNA疫苗	肿瘤细胞、OVA特异性细胞毒性T淋巴细胞(CTLs)、三种小鼠皮下实体瘤模型、乙肝表面抗原(HBsAg)和SARS-CoV-2刺突受体结合域(SRBD)	肿瘤免疫治疗	肿瘤	mRNA疫苗技术、单细胞测序分析	NA	体外实验数据、体内肿瘤生长数据、单细胞测序数据	三种小鼠皮下实体瘤模型
485	2025-05-01	Posttranscriptional Control of Neural Progenitors Temporal Dynamics During Neocortical Development by Syncrip 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411732 PMID:39776340	research paper	该研究揭示了Syncrip（hnRNP Q）在哺乳动物新皮质发育过程中作为神经祖细胞时间动态的转录后调控关键因子	首次发现Syncrip通过相分离招募稳定复合物调控Notch信号通路，从而决定放射状胶质细胞（RGCs）的命运进程	研究主要基于小鼠模型，人类Syncrip突变的功能验证仍需进一步研究	探究新皮质神经发生过程中时间基因表达的调控机制	放射状胶质细胞（RGCs）及其分化的神经元	发育神经生物学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用Syncrip敲除小鼠进行研究
486	2025-05-01	SEE: A Method for Predicting the Dynamics of Chromatin Conformation Based on Single-Cell Gene Expression 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406413 PMID:39778075	research paper	介绍了一种名为SEE的人工智能方法，用于基于单细胞基因表达预测染色质构象的动态变化	利用autoencoder和transformer技术，结合单细胞RNA测序数据和有限的单细胞Hi-C图谱，分析染色质动态变化	仅使用了有限的单细胞Hi-C图谱数据	研究染色质构象的动态变化及其在基因表达调控中的作用	染色质构象的动态变化	machine learning	NA	单细胞RNA测序，单细胞Hi-C	autoencoder, transformer	单细胞RNA测序数据，单细胞Hi-C图谱	NA
487	2025-05-01	Acute Communication Between Microglia and Nonparenchymal Immune Cells in the Anti-Aβ Antibody-Injected Cortex 2025-Jan-29, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1456-24.2024 PMID:39741000	research paper	研究抗Aβ抗体对大脑免疫反应的急性影响	首次通过单细胞测序技术揭示了抗Aβ抗体注射后大脑中细胞间的急性通讯变化，特别是小胶质细胞与非实质免疫细胞之间的TGFβ信号通路	研究仅观察了24小时和3天两个时间点，未能涵盖更长期的免疫反应变化	理解抗Aβ抗体治疗阿尔茨海默病时大脑的免疫反应机制	14个月大的APP转基因小鼠（雄性和雌性）的大脑皮层	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞测序	APP转基因小鼠模型	单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用雄性和雌性APP转基因小鼠
488	2025-05-01	Spatially resolved transcriptomics of benign and malignant peripheral nerve sheath tumors 2025-Jan-23, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf016 PMID:39847441	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了良性和恶性外周神经鞘瘤的空间和生物学异质性	首次将空间转录组学应用于外周神经鞘瘤研究，提供了细胞组成和分化状态的空间信息	样本量较小，属于初步研究	确定外周神经鞘瘤的空间和生物学异质性	良性和恶性外周神经鞘瘤组织	数字病理学	外周神经鞘瘤	空间转录组学	空间聚类和加权相关网络分析	转录组数据	福尔马林固定石蜡包埋的病变外周神经组织
489	2025-05-01	Animal and vegetal materials of mouse oocytes segregate at first zygotic cleavage: a simple mechanism that makes the two-cell blastomeres differ reciprocally from the start 2025-Jan-17, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaae045 PMID:39786543	研究论文	本研究探讨了小鼠受精卵第一次分裂时动物极和植物极物质的分离机制，揭示了两细胞期姐妹分裂球从一开始就存在差异的简单机制	首次通过实验证实哺乳动物受精卵第一次分裂时会分离动物极和植物极物质，挑战了现有两种对立模型	研究仅在小鼠模型中进行，人类胚胎中是否适用仍需验证	探究两细胞期胚胎分裂球差异性的起源机制	小鼠受精卵及其两细胞期分裂球	发育生物学	NA	ICSI（卵胞浆内单精子注射）、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据、图像数据	不同受精位点（动物极、植物极、赤道）的小鼠卵母细胞
490	2025-05-01	FGFR2 directs inhibition of WNT signaling to regulate anterior fontanelle closure during skull development 2025-Jan-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204264 PMID:39775862	研究论文	本研究探讨了FGFR2如何通过调节WNT信号通路影响颅骨发育中前囟闭合的机制	揭示了FGF-WNT信号回路在颅骨缝合形成中的新作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明FGFR2在颅骨发育中调控前囟闭合的分子机制	小鼠颅骨前囟细胞和额骨成骨前沿细胞	发育生物学	颅骨畸形（如Apert、Pfeiffer和Crouzon综合征）	小鼠遗传学和单细胞转录组学	小鼠遗传模型	基因表达数据	NA
491	2025-05-01	Transcriptional dynamics during karyogamy in rice zygotes 2025-Jan-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204497 PMID:39777484	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了水稻合子中核配过程中的基因表达动态	首次在植物合子中系统研究了核配过程中的转录动态，并发现了父本等位基因转录的起始时间	仅研究了水稻这一种植物，结果是否适用于其他植物尚不清楚	揭示植物合子中核配过程的转录调控机制	水稻合子	植物发育生物学	NA	单细胞转录组分析，RNA测序	NA	转录组数据	6个早期发育阶段的水稻合子（15分钟、30分钟、1小时、2小时、4小时和6小时）
492	2025-05-01	[WWP1 plays a positive role in ameloblast differentiation and enamel formation in mice] 2025-Jan-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20240916-00349 PMID:39743363	研究论文	研究WWP1在小鼠成釉细胞分化和釉质形成中的积极作用	首次揭示了WWP1在成釉细胞分化和釉质形成中的关键作用，并提供了WWP1敲除小鼠的详细表型分析	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究WWP1在小鼠釉质发育中的作用	小鼠成釉细胞和釉质	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫组化、显微CT、扫描电镜、能量色散谱、免疫荧光、Western blot	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据、蛋白质数据	P1和P7阶段每组3只小鼠，P14、P28、2M和3M阶段每组6只小鼠
493	2025-05-01	[Advances in tooth development studies based on single-cell RNA sequencing] 2025-Jan-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20240927-00363 PMID:39743369	review	总结了单细胞RNA测序在牙齿发育研究中的最新进展	利用单细胞RNA测序技术深入解析牙齿发育过程中的细胞异质性和发育轨迹	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探索牙齿发育的分子机制及其在修复和再生中的应用	牙齿发育过程中的上皮和间充质细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
494	2025-05-01	Tumor-initiating cells escape tumor immunity via CCL8 from tumor-associated macrophages in mice 2025-Jan-07, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI180893 PMID:39774471	研究论文	本研究揭示了肿瘤起始细胞(TICs)通过肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)中的CCL8逃避免疫清除的机制	首次阐明了TICs通过GAS6/AXL/MERTK信号通路与调节性TAMs相互作用并分泌CCL8来逃避免疫清除的具体机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性有待进一步验证	探究肿瘤起始细胞逃避免疫清除的分子机制	肿瘤起始细胞(TICs)和调节性肿瘤相关巨噬细胞(Reg-TAMs)	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、双重组酶谱系追踪、化学抑制剂、条件性双敲除小鼠模型	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量(使用小鼠模型)
495	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing identifies CXADR as a fate determinant of the placental exchange surface 2025-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55597-w PMID:39747179	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究小鼠滋养层干细胞在分化早期阶段的命运决定因子CXADR，揭示其在小鼠胎盘迷路两层合胞体分化动态中的调控作用	首次发现CXADR作为胎盘交换表面命运决定因子，揭示了滋养层干细胞分化过程中未被怀疑的细胞谱系多样化轨迹和调控因子	研究仅基于小鼠模型，人类胎盘中的相关机制仍需进一步验证	解析滋养层细胞谱系分化的分子机制，为理解人类妊娠健康与疾病提供依据	小鼠滋养层干细胞	单细胞基因组学	妊娠并发症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明数量的小鼠滋养层干细胞样本
496	2025-05-01	Orthologous marker groups reveal broad cell identity conservation across plant single-cell transcriptomes 2025-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55755-0 PMID:39747890	research paper	提出了一种名为Orthologous Marker Gene Groups (OMGs)的新计算方法，用于识别植物单细胞转录组中的细胞类型，并促进跨物种细胞类型的快速比较	开发了OMGs方法，无需跨物种数据整合即可准确确定物种间细胞相似性，并推出了用户友好的OMG浏览器工具	依赖于已发表的单细胞数据，可能受限于数据质量和注释的准确性	提高植物单细胞RNA测序中细胞类型识别的准确性并研究细胞类型的保守性	植物单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	15种不同植物物种的100万个细胞，268个细胞簇
497	2025-05-01	Physiological premature aging of ovarian blood vessels leads to decline in fertility in middle-aged mice 2025-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55509-y PMID:39747922	研究论文	该研究通过全器官成像和单细胞测序技术，揭示了中年小鼠卵巢血管过早老化导致生育能力下降的机制	首次发现卵巢血管内皮细胞老化是导致卵巢血管密度下降的主要原因，而非VEGFA不足，并验证了红景天苷对改善卵巢血管功能和生育能力的潜在治疗作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究中年女性生育能力下降的机制并寻找潜在干预策略	中年雌性小鼠的卵巢血管系统	生殖生物学	生殖衰老	全器官成像、单细胞测序、基因修饰小鼠模型	NA	图像数据、单细胞测序数据	未明确说明数量的小鼠样本
498	2025-05-01	Single-nuclei RNA-sequencing fails to detect molecular dysregulation in the preeclamptic placenta 2025-Jan, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2024.12.011 PMID:39733647	research paper	该研究通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核RNA测序(snRNA-seq)比较了两种方法在检测胎盘分子失调方面的效果	揭示了在早发型子痫前期(EPE)中，scRNA-seq在检测基因、分子和成熟转录本方面的优势，以及snRNA-seq在采样成熟合体滋养层细胞方面的效率	snRNA-seq在所有胎盘细胞类别中都存在环境滋养层污染，且对绒毛外滋养层、基质、血管系统和免疫细胞的转录本分析不够全面	比较scRNA-seq和snRNA-seq在胎盘转录组学研究中的敏感性和细胞类型检测能力	早发型子痫前期(EPE)和早期特发性对照(ECT)的胎盘样本	基因组学	子痫前期	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA-seq数据	45,836个细胞和27,078个核，来自10例EPE和3例ECT（细胞数据），7例EPE和2例ECT（核数据）
499	2025-05-01	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01997-z PMID:39747597	research paper	该研究提出了一种名为广义二元协方差分解（GBCD）的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性	GBCD方法能够将转录异质性分解为可解释的组分，包括患者特异性、数据集特异性以及与疾病亚型相关的共享组分，且在存在强烈肿瘤间异质性的情况下，比现有方法产生更可解释的结果	NA	解析肿瘤转录异质性，识别与癌症进展相关的转录变异模式	胰腺导管腺癌的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义二元协方差分解（GBCD）	单细胞RNA测序数据	NA
500	2025-05-01	Decoding the role of SLC25A5 in osteosarcoma drug resistance and CD8+ T cell exhaustion: The therapeutic potential of phyllanthin 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156291 PMID:39752785	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据集全面分析肿瘤免疫微环境（TIME），探讨SLC25A5在骨肉瘤耐药性和CD8+ T细胞耗竭中的作用，并评估phyllanthin的治疗潜力	首次揭示了SLC25A5在骨肉瘤中的致病作用及其通过改变TIME和促进CD8+ T细胞耗竭影响化疗敏感性的机制，并提出phyllanthin作为新型治疗剂	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内实验验证	探究骨肉瘤的发病机制及耐药性，寻找新的治疗策略	骨肉瘤细胞及其肿瘤免疫微环境	digital pathology	osteosarcoma	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	多个单细胞RNA测序数据集