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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
481 2026-06-30
Benchmarking plant single cell RNA-sequencing sample processing strategies
2026-Jun, The EMBO journal
研究论文 系统比较了植物单细胞RNA测序的样本处理策略,包括原生质体富集技术和scRNA-seq平台 首次全面评估了多种原生质体富集技术(传统流式、成像流式、磁珠分选)与不同scRNA-seq平台(10x Chromium、BD Rhapsody)在植物单细胞研究中的表现,并揭示了计算算法对双细胞识别的误判问题 研究仅以拟南芥根为模型,未涵盖其他植物组织或物种,且未评估其他scRNA-seq平台(如Smart-seq2) 优化植物单细胞RNA测序的样本处理流程,提高数据质量 拟南芥根细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 基因表达数据 拟南芥根样本,具体数量未在摘要中提及 10x Genomics, BD Biosciences 单细胞RNA-seq 10x Chromium, BD Rhapsody 10x Chromium Single Cell 3', BD Rhapsody Single-Cell Analysis System
482 2026-06-30
Design of Single-Atom Nanozymes for Precision Treatment of Erectile Dysfunction with Integrated Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning
2026-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 结合单细胞RNA测序和机器学习设计单原子纳米酶用于糖尿病勃起功能障碍的精准治疗 提出将单细胞RNA测序与机器学习相结合的数据驱动框架,用于设计具有特定酶模拟活性的单原子纳米酶,实现疾病特异性治疗 仅基于已发表研究构建纳米酶数据库,可能未涵盖所有潜在纳米酶类型,且Fe-DMOF的临床转化尚需进一步验证 开发一种集成单细胞RNA测序和机器学习的框架,设计用于精准治疗糖尿病勃起功能障碍的纳米酶 糖尿病勃起功能障碍患者的海绵体组织样本和细胞 数字病理学 勃起功能障碍 单细胞RNA测序 机器学习模型 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
483 2026-06-30
Combinatorial and Inducible CRISPRa/i Enables Canalized hiPSC Forward Programming and Iterative Refinement via Single-Cell Genomics
2026-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一种名为CIRI的组合可诱导CRISPRa/i平台,实现人类iPSC的前向编程和单细胞基因组学迭代优化 首次在人类诱导多能干细胞中建立了可编程、可诱导的组合基因调控逻辑平台,实现了多模态调控和高效前向编程 未明确提及局限性 建立人类干细胞模型中的可编程合成生物学框架,实现高效的前向编程和优化 人类诱导多能干细胞及其衍生的心肌器官和骨骼肌细胞 机器学习和合成生物学 NA CRISPRa/i,单细胞RNA测序 CRISPRa/i组合调控模型 单细胞RNA测序数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 使用组合双向导RNA的单细胞RNA测序筛选
484 2026-06-30
Single-cell analysis of Plasmodium falciparum transcripts after drug perturbation identifies feedback regulation as well as increased transmission potential
2026-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞RNA测序分析疟原虫在药物处理后的转录谱,揭示了药物扰动后的反馈调控及传播潜力增加 首次利用大规模单细胞RNA测序技术解析疟原虫对不同药物处理的异质性转录响应,并发现青蒿素处理可诱导配子体相关基因表达富集,暗示传播潜力增强 未明确说明样本量及重复实验验证,单细胞数据与同步化群体数据的比较可能存在批次效应 评估疟原虫在抗疟药物处理后的单细胞转录响应,并探索利用单细胞转录谱进行药物分类的潜力 恶性疟原虫感染的未同步化红细胞 机器学习 疟疾 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 数十万个单个感染红细胞 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA NA
485 2026-06-30
Distinct senescent β-cell senotypes differentially drive islet aging and dysfunction
2026-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞分辨率的空间蛋白质组学和转录组学以及多重单细胞RNA测序,研究了人类胰腺中衰老β细胞的不同衰老表型及其对胰岛老化和功能障碍的影响 首次在单细胞水平上鉴定了人类胰腺中两种功能不同的衰老细胞亚群,分别由CDKN1A和CDKN2A表达区分,揭示了适应性衰老与适应不良性衰老程序的差异 摘要未提及具体局限性,但可能包括样本量有限或功能验证的深度不足 阐明人类内分泌胰腺中细胞衰老的异质性及其在正常老化和2型糖尿病中的角色 26名捐赠者(年龄20-80岁)的完整胰腺和14名捐赠者(年龄34-69岁)的分散胰岛 数字病理学 2型糖尿病 单细胞RNA测序、空间蛋白质组学、转录组学 NA 基因表达数据、蛋白质表达数据 26个胰腺样本(年龄20-80岁)和14个胰岛样本(年龄34-69岁) NA 单细胞RNA测序 NA NA
486 2026-06-30
Supporting-like cells constitute an alternative steroidogenic lineage conserved in amniotes
2026-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 揭示支持样细胞在羊膜动物中构成一种保守的替代类固醇生成谱系 首次发现支持样细胞(SLCs)在哺乳动物胚胎发育期间可作为主要的类固醇生成细胞谱系,挑战了传统认为间质谱系是性激素唯一来源的观点 未明确提及,但可能局限于特定物种(如兔子)和发育阶段,需更多物种验证 研究支持样细胞在羊膜动物性腺发育中的类固醇生成功能及其进化保守性 兔子胚胎性腺及其他羊膜动物(非哺乳类)的类固醇生成细胞 自然语言处理 NA 单细胞转录组学、类固醇组学、器官成像 NA 单细胞转录组数据、类固醇组学数据、图像数据 兔子胚胎性腺样本(具体数量未明确) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
487 2026-06-30
Integrating single-cell analysis and digital pathology for risk stratification in pancreatic cancer
2026-05-26, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2
研究论文 整合单细胞分析和数字病理学用于胰腺癌风险分层 提出了一种整合单细胞RNA测序衍生的转移特征与常规H&E病理图像的基因型-表型工作流程,实现了从基因到表型的风险分层 需要更大规模的独立验证研究和机制实验才能进行临床转化 探索是否可以从H&E图像中提取反映胰腺癌转移相关生物学特征的风险信号,并整合单细胞RNA测序数据实现风险分层 胰腺导管腺癌(PDAC)的原发和转移肿瘤组织 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序, H&E染色, 转录组分析 LASSO回归, 双流病理组学管道 图像, 转录组数据, 临床病理数据 TCGA队列、6个独立GEO亚组、外部CPTAC子集 NA 单细胞RNA测序 NA 使用了GSE154778数据集的单细胞RNA测序数据
488 2026-06-30
Intermittent parathyroid hormone employs autonomous and non-autonomous mechanisms to drive osteogenesis from Ebf3-expressing skeletal progenitor cells
2026-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 间歇性甲状旁腺激素通过内在和外在机制驱动Ebf3表达骨骼祖细胞的成骨分化 揭示了间歇性甲状旁腺激素通过同时激活细胞内在转录重编程和外源性微环境重塑的双重机制,协调骨骼祖细胞命运决定 未明确提及局限性 阐明系统激素信号如何协调成体组织干细胞命运决定的机制 Cxcl12丰富网状细胞(表达Ebf3的多能间充质祖细胞) 机器学习 骨质疏松症 单细胞转录组测序 NA 单细胞转录组数据 小鼠模型及绝经后女性患者样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
489 2026-06-30
Recent advances in omics and genetic tools in schistosome research and control
2026-May-25, International journal for parasitology IF:3.7Q1
综述 文章总结了组学技术和遗传工具在血吸虫研究和防控中的最新进展,涵盖基因组学、转录组学、蛋白质组学以及CRISPR/Cas9等基因编辑技术,并讨论其在诊断、治疗和可持续控制中的应用前景 系统整合了多组学平台(如单细胞转录组学、非编码RNA组学)与功能遗传工具在血吸虫生物学研究中的协同应用,并展望了人工智能与临床转化的结合潜力 未明确提及具体技术局限性或数据整合中的挑战,可能对多组学数据融合的算法瓶颈或临床转化障碍讨论不足 回顾组学和遗传工具在血吸虫研究中的进展,并探讨其对改善诊断、治疗和可持续控制的意义 血吸虫(寄生虫)及其宿主-寄生虫相互作用 数字病理学 血吸虫病 基因组学、单细胞转录组学、非编码RNA组学、蛋白质组学、RNA干扰、CRISPR/Cas9基因编辑 NA 文本 NA NA NA NA NA
490 2026-06-30
PerturbPlan: An analytical framework for designing Perturb-seq experiments
2026-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍了一个名为PerturbPlan的交互式网页应用程序,用于设计单细胞CRISPR筛选实验,基于新的解析公式大幅提升计算效率 首次提出一个解析公式来估计检测扰动-表达关联的统计功效,相比模拟方法运行时间减少高达七个数量级,并开发了首个交互式工具PerturbPlan 仅支持两种类型的单细胞CRISPR筛选(Perturb-seq和靶向Perturb-seq),未涵盖其他变异形式 开发一个高效、交互式的工具,帮助研究人员设计具有统计功效且成本可控的单细胞CRISPR筛选实验 Perturb-seq和靶向Perturb-seq(TAP-seq)实验设计 机器学习 NA CRISPR筛选、单细胞RNA测序 解析公式 文本 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
491 2026-06-30
TDP-43 Acetylation at the Neuroimmune Interface: A Hypothesis-Driven Framework for Peripheral Inflammatory Stratotypes in ALS
2026-May-22, Neurochemical research IF:3.7Q2
综述 本文提出TDP-43乙酰化在肌萎缩侧索硬化症(ALS)中连接运动神经元退行性变与系统性免疫调控的假设框架,通过整合单细胞转录组、蛋白质组免疫分析和临床炎症表型数据,探讨位点特异性乙酰化TDP-43与外周炎症特征的相关性 将TDP-43从神经病理标志物重新定义为免疫活性哨兵,提出基于乙酰化状态的外周炎症分层模型,并识别出两种具有临床可操作性的内型 基于现有数据集的整合分析,缺乏直接的实验验证;乙酰化位点特异性与临床表型的因果关系尚未确立 探讨TDP-43乙酰化是否与外周炎症特征相关,并建立ALS的免疫分层框架以指导靶向治疗 TDP-43乙酰化状态、单核细胞表型、细胞因子模块及血脑屏障功能障碍 自然语言处理 神经系统疾病 单细胞转录组学、蛋白质组免疫分析 文本 单细胞RNA测序
492 2026-06-30
Single-cell atlas reveals the key role of pro-inflammatory IREB2⁺ microglia subsets in the microenvironment of Alzheimer's disease
2026-May-20, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序分析揭示阿尔茨海默病中IREB2阳性小胶质细胞亚群在神经炎症微环境中的关键作用 首次识别出IREB2阳性小胶质细胞亚群(IREB2⁺ MC C1)在阿尔茨海默病中显著扩增,并证明IREB2通过NF-κB通路同时驱动小胶质细胞活化和神经元炎症反应,提出IREB2作为双靶点治疗策略的可能性 主要基于公共数据库的单细胞数据分析和细胞实验验证,缺乏体内动物模型和临床样本的验证;SH-SY5Y细胞系作为神经元模型的局限性 研究铁反应元件结合蛋白2(IREB2)在阿尔茨海默病相关神经炎症中的作用机制 阿尔茨海默病脑组织单细胞RNA测序数据和小胶质细胞亚群 digital pathology 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 基因表达数据 从公开数据集中获取的阿尔茨海默病脑组织样本 NA single-cell RNA-seq NA NA
493 2026-06-30
DeSpotX: Identifiability-Based Decontamination for Spatial Transcriptomics
2026-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出DeSpotX,一种基于锚定基因识别性的深度生成模型,用于对空间转录组数据进行去污染处理 首次利用锚定基因(不在特定细胞簇中天然表达的基因)约束污染分解,使其具有可识别性,并结合空间信息通过聚类掩膜距离加权平均估计局部污染,以及通过学习扩散先验防止低表达信号过度校正 NA 解决空间转录组学中转录本污染邻近细胞导致的分解模糊性问题,实现准确的污染去除 空间转录组数据中的基因表达污染 数字病理学 NA 空间转录组学 深度生成模型 基因表达数据 五个数据集和四个ST平台上的模拟实验,以及小鼠大脑和乳腺癌组织真实数据 NA 空间转录组学 NA NA
494 2026-06-30
SLA2 is Associated With Immune evasion and Exhaustion of CD8+ T Cells in Gastric Cancer
2026-05, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 探究 SLA2 在胃癌中通过诱导 CD8+ T 细胞耗竭参与免疫逃逸的机制 首次揭示 SLA2 在胃癌组织中高表达,并通过抑制 CD8+ T 细胞增殖、上调耗竭标志物、减少效应细胞因子分泌及损伤细胞毒性功能,导致 T 细胞耗竭和免疫逃逸 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证及更广泛的临床样本确认 阐明 SLA2 在胃癌肿瘤微环境中对 CD8+ T 细胞功能的影响及其介导免疫逃逸的分子机制 胃癌组织样本及 CD8+ T 细胞 数字病理学 胃癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 具体样本数量未在摘要中提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
495 2026-06-30
Single-Cell Transcriptome-Wide Mendelian Randomization and Colocalization Uncover Potential Immunocytes-Related Therapeutic Targets for Obesity
2026-05, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2
研究论文 通过单细胞转录组全基因组孟德尔随机化和共定位分析,揭示潜在免疫细胞相关肥胖治疗靶点 整合孟德尔随机化与共定位分析,从14种免疫细胞中系统鉴定出1630个与肥胖相关的因果基因,并发现19个此前未报道的基因,同时利用单细胞RNA测序数据验证了特定细胞类型的差异表达 未提及具体局限性 识别免疫细胞中与肥胖相关的关键靶点基因,为肥胖治疗提供潜在药物靶点 14种免疫细胞中的表达数量性状位点与肥胖相关性状(肥胖、体重指数、体脂百分比) 机器学习 肥胖 孟德尔随机化、共定位分析、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、单细胞转录组数据 基于公开数据,未明确样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
496 2026-06-30
The PPTC7/BNIP3/NIX axis induces cGAS/STING-mediated senescence and augments CAR-T efficacy by repressing tumor-intrinsic mitophagy
2026-Apr-18, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1
研究论文 本研究揭示PPTC7/BNIP3/NIX轴通过抑制肿瘤内在的线粒体自噬,诱导cGAS/STING介导的衰老,并增强CAR-T细胞疗法的疗效 首次发现PPTC7作为线粒体自噬的负调控因子,通过促进BNIP3和NIX的泛素化降解,抑制线粒体自噬,从而释放线粒体DNA激活cGAS/STING通路,增强肿瘤免疫原性和CAR-T疗效 未明确说明限制 探索多发性骨髓瘤中影响CAR-T疗法敏感性的肿瘤内在因素,尤其是线粒体自噬的调控机制 多发性骨髓瘤细胞及CAR-T细胞 机器学习 多发性骨髓瘤 单细胞RNA测序、转录组分析 NA 基因表达数据 多发性骨髓瘤患者样本,具体数量未说明 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 公共单细胞RNA-seq数据
497 2026-06-30
Revealing an enhanced cytotoxic immune microenvironment at the human maternal-fetal interface in preeclampsia
2026-Apr-16, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示先兆子痫患者蜕膜免疫细胞中增强的细胞毒性免疫微环境 首次在先兆子痫的母胎界面进行单细胞水平免疫细胞图谱分析,发现NK细胞和T细胞均表现出增强的细胞毒性活性,并识别出具有高细胞毒性和趋化因子基因表达的独特组织驻留ITGAECD160 NK细胞亚群 样本量有限,仅来源于先兆子痫患者的蜕膜组织,未涵盖正常妊娠对照的比较分析 探究先兆子痫中蜕膜免疫细胞的功能异常及其机制 先兆子痫患者的蜕膜免疫细胞 单细胞转录组学 先兆子痫 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 先兆子痫患者(具体数量未提及)的蜕膜免疫细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
498 2026-06-30
CSTA and DDX24: potential biomarkers regulating ferroptosis in sepsis and their diagnostic value
2026-Apr-09, BMC medical genomics IF:2.1Q3
研究论文 通过多组学数据分析,发现CSTA和DDX24是脓毒症中铁死亡的潜在生物标志物,并验证其诊断价值 首次综合多个转录组数据集与单细胞测序数据,系统鉴定铁死亡关键调控基因CSTA和DDX24,并构建miRNA-mRNA互作网络 仅基于公开数据集和体外实验验证,缺乏体内动物模型和临床队列的进一步证实 探究脓毒症中铁死亡的分子调控机制,识别诊断和治疗新靶点 脓毒症相关转录组和单细胞测序数据集 计算机视觉 脓毒症 转录组测序, 单细胞RNA测序 加权基因共表达网络分析, 机器学习 转录组数据, 单细胞测序数据 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
499 2026-06-30
Circulating Immune Cells are Associated with Non-Inflammatory Pain in Rheumatoid Arthritis
2026-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探索类风湿性关节炎患者中循环免疫细胞与非炎性疼痛的关联 通过多参数光谱流式细胞术和单细胞RNA测序,首次识别出与非塑性疼痛相关的免疫细胞群 样本量较小(39例RA患者,其中22例进行单细胞测序),且未包含纵向数据 阐明类风湿性关节炎患者中区分中枢性疼痛的细胞状态变化 类风湿性关节炎患者的外周血免疫细胞 免疫学 类风湿性关节炎 多参数光谱流式细胞术、单细胞RNA-seq NA 细胞、基因表达数据 39例RA患者(其中22例进行单细胞RNA-seq分析) NA 单细胞RNA-seq NA NA
500 2026-06-30
Thymic stromal lymphopoietin promotes ozone-induced inflammation in the airway
2026-04-01, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1
research paper 研究表明胸腺基质淋巴细胞生成素通过调控cDC1来源的Fscn1促进臭氧诱导的气道炎症 首次发现TSLP通过cDC1中的Fscn1基因调控臭氧诱导的中性粒细胞性气道炎症,为2型低炎症表型哮喘提供潜在治疗靶点 研究仅限于小鼠模型,且未深入探讨Fscn1在人类中的对应机制 探究TSLP在臭氧诱导的气道炎症中的作用机制 BALB/c小鼠和TSLP受体缺陷小鼠 machine learning, digital pathology NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 小鼠模型,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序用于识别靶细胞簇和基因
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