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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2026-06-25 |
USADAE: a deep learning approach to disentangle hidden covariates in RNA-seq data
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag261
PMID:42218722
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研究论文 | 提出一种名为USADAE的深度学习框架,用于在RNA-seq数据中分离隐藏协变量与生物信号 | 利用对抗学习与自编码器结合,实现无监督的隐藏协变量解耦,突破传统线性方法的局限 | 未详细说明计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性 | 解决RNA-seq数据整合分析中隐含技术变异和非线性混杂因素的分离问题 | RNA-seq数据中的生物信号与隐藏协变量 | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq | 自编码器、对抗学习 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 482 | 2026-06-25 |
MMP3C v2: a network-based framework decoding metabolic plasticity in rheumatoid arthritis, enabling accurate diagnosis and uncovering cell-type-specific metabolic rewiring
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag307
PMID:42289053
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研究论文 | 提出MMP3C v2网络框架,通过代谢可塑性分析实现类风湿关节炎精准诊断并揭示细胞类型特异性代谢重编程 | 首次引入网络框架量化代谢通路间的定向可塑性,结合大规模组学数据和机器学习构建跨平台稳健诊断模型,并解析单细胞水平代谢重塑特征 | 未提及 | 开发可扩展方法量化类风湿关节炎中的代谢通路交叉对话,实现精准诊断和细胞类型特异性代谢重编程解析 | 类风湿关节炎患者、骨关节炎患者、系统性红斑狼疮患者及健康对照组的血液和滑膜组织 | 机器学习 | 类风湿关节炎 | 基因表达分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、单细胞转录组学 | 集成分类器(逐步前向选择+岭回归) | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 约3400例批量转录组样本和约228000个单细胞转录组样本 | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 483 | 2026-06-25 |
Reflections on the use of LLMs for cell annotation
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag312
PMID:42289049
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评论 | 对基于大型语言模型进行细胞注释的AICellType平台的评论,重点关注其依赖专有商业模型的问题 | 提出开源生物医学大语言模型、多模态视觉语言模型、本地部署、可重复性、隐私保护和监管合规的重要性 | 未提供具体实验或数据支持,仅为观点性评论 | 探讨基于LLM的细胞注释方法的透明性、可靠性和可持续性改进方向 | AICellType平台及基于LLM的细胞注释技术 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、大语言模型 | LLM (Claude 3.5 Sonnet、开源生物医学LLM) | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 484 | 2026-06-25 |
[Single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneous features of cancer-associated fibroblasts in acral melanoma]
2026-May, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:42206704
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肢端黑色素瘤中癌症相关成纤维细胞的异质性特征 | 首次在肢端黑色素瘤中系统鉴定出三种CAF亚型(免疫调节型、肌成纤维细胞型、增殖型),并发现FOSL1是调控CAF分化为增殖型的关键转录因子 | 样本量较小(仅5例患者),且缺乏功能验证实验来证实CAF亚型在肿瘤微环境中的具体作用机制 | 研究肢端黑色素瘤中CAF的异质性特征及其在肿瘤微环境中的功能角色 | 肢端黑色素瘤患者的肿瘤样本 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例肢端黑色素瘤患者样本(4例原发肿瘤和1例淋巴结转移样本) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据来自国家基因组科学数据中心HRA001804数据集 |
| 485 | 2026-06-25 |
[A new nomenclature for natural killer cells]
2026-May, Medecine sciences : M/S
DOI:10.1051/medsci/2026080
PMID:42213981
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综述 | 基于单细胞转录组学的新进展,对自然杀伤(NK)细胞进行重新命名和分类 | 整合单细胞转录组学数据,建立涵盖NK细胞所有特征的新分类体系 | NA | 建立自然杀伤细胞的新分类系统 | 自然杀伤细胞 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 486 | 2026-06-25 |
Current understanding and future directions in severe asthma through artificial intelligence-integrated multi-omic approaches
2026-Apr, European respiratory review : an official journal of the European Respiratory Society
IF:9.0Q1
DOI:10.1183/16000617.0040-2025
PMID:42203233
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综述 | 探讨人工智能整合多组学方法在重症哮喘研究中的当前理解和未来方向 | 首次系统综述人工智能与多组学技术结合在重症哮喘中的应用,强调AI驱动模型分析大规模数据以发现传统方法遗漏的模式 | 未明确指出具体局限性,但提及将发现转化为临床实践仍存在挑战 | 理解重症哮喘研究现状,指导未来方向,推动精准医学在重症哮喘管理中的应用 | 重症哮喘患者及其分子特征(基因组、转录组、蛋白质组和代谢组) | 机器学习 | 哮喘 | 多组学(基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学),单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 487 | 2026-06-25 |
Deciphering the mechanistic landscape of immune checkpoint blockade in ccRCC: from molecular drivers to therapeutic responses
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1774959
PMID:42206054
|
综述 | 总结了免疫检查点抑制剂在透明细胞肾细胞癌中的疗效机制,从分子驱动因子到治疗反应,并探讨了多组学技术和人工智能在精准免疫肿瘤学中的应用 | 整合了多组学技术与人工智能在解码肿瘤微环境、预测治疗反应和推动个性化ICI治疗方面的进展,强调了从传统风险分层向真正个性化治疗转变的路径 | 综述依赖于现有文献,可能存在选择偏倚,且未提供原始实验数据验证所述机制和模型 | 阐明透明细胞肾细胞癌中ICI治疗反应的分子机制,并探索多组学与AI在精准医疗中的应用 | 透明细胞肾细胞癌患者及其肿瘤微环境 | 机器学习, 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 蛋白质组学, 放射组学, 病理组学 | 深度学习 | 图像, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 488 | 2026-06-25 |
A Spatially Constrained Fibroblast-Myeloid Program Associates With Immune Exclusion and Poor Prognosis in Lung Adenocarcinoma
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/8218916
PMID:42206269
|
研究论文 | 通过多队列单细胞整合和空间验证,定义了肺腺癌中空间受限的成纤维细胞-髓系程序与免疫排斥及不良预后的关系 | 首次通过大规模单细胞RNA测序整合和空间转录组学验证,揭示了肺腺癌中成纤维细胞亚型与髓系细胞的空间耦合机制及其在免疫排斥中的作用 | 主要依赖公开数据集,缺乏独立的验证队列;空间转录组学分辨率有限,无法直接捕捉细胞间动态相互作用 | 阐明肺腺癌中成纤维细胞相关程序如何参与免疫排斥,特别是与髓系细胞状态的空间交互作用 | 肺腺癌肿瘤微环境中的成纤维细胞和髓系细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、转录因子调控分析 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 164个样本,471501个细胞 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 489 | 2026-06-25 |
Integrative Multiomics Analysis Reveals Tumor-Associated Macrophage Heterogeneity and a Prognostic Signature in Gastric Cancer
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/6130883
PMID:42211756
|
研究论文 | 整合单细胞RNA测序、批量转录组学和空间转录组学,系统刻画胃癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性并构建预后标志物 | 首次结合多组学综合分析,揭示TAM的肿瘤特异性扩增模式及其代谢特征,并基于CoxBoost模型构建具有稳健预后价值的七基因标志物 | 研究基于公开数据集,缺乏独立外部验证队列;空间转录组学分析分辨率有限,无法直接追踪TAM与其他细胞的动态互作 | 解析胃癌肿瘤微环境中巨噬细胞的异质性,识别预后生物标志物并揭示其潜在治疗价值 | 胃癌肿瘤组织及肿瘤微环境中的细胞群体,包括T细胞、浆细胞、上皮细胞、成纤维细胞、巨噬细胞、内皮细胞等 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组学, 空间转录组学 | CoxBoost模型, 机器学习算法(未具体说明其他算法) | 基因表达数据, 图像(空间转录组学) | 多个队列的公共数据集,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 490 | 2026-06-25 |
Lactylation-mediated remodelling of the breast cancer microenvironment: single-cell multidimensional analysis and prognostic model construction
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1747043
PMID:42212139
|
研究论文 | 通过单细胞多维分析和构建预后模型,揭示乳酸化修饰在乳腺癌微环境重塑中的作用 | 首次整合26个单细胞RNA测序样本,系统描绘乳酸化修饰在乳腺癌不同细胞类型中的分布及其与肿瘤微环境异质性的关联,并构建了14基因预后模型 | 乳酸化评分仅为间接替代指标,而非乳酸化本身的直接测量;训练队列中存在可测量的乐观偏差;突变频率和肿瘤突变负荷在统计校正后未显示稳健的组间差异 | 探讨乳酸化修饰在乳腺癌微环境中的细胞类型分布及其临床相关性 | 乳腺癌肿瘤微环境中的细胞,包括上皮细胞、成纤维细胞、髓系细胞等 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,LASSO-Cox回归 | NA | 单细胞转录组数据,批量转录组数据 | 26个单细胞RNA测序样本,包含98,572个细胞;TCGA-BRCA、GSE20685和METABRIC数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 491 | 2026-06-25 |
Integrated single-cell and bulk transcriptomic analyses reveal a stem-like epithelial subpopulation in adenocarcinoma of the esophagogastric junction and identify VASN as a novel regulator of tumor stemness
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1817030
PMID:42212140
|
研究论文 | 整合单细胞和批量转录组分析,揭示食管胃结合部腺癌中的干细胞样上皮亚群,并识别VASN为新的肿瘤干性调控因子 | 首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析,系统鉴定食管胃结合部腺癌中干细胞样恶性上皮亚群,并发现VASN作为肿瘤干性的新型调控因子 | 具体局限性未在摘要中说明,但通常单细胞分析结果可能需要更大样本验证,VASN的临床转化价值有待进一步研究 | 阐明食管胃结合部腺癌中干细胞样上皮亚群的特性及其对免疫微环境的影响,并识别潜在治疗靶点 | 食管胃结合部腺癌肿瘤组织中的恶性上皮细胞亚群 | 数字病理学 | 食管胃结合部腺癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | CNN, LSTM, GAN | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 492 | 2026-06-25 |
Metabolic reprogramming of cholesterol biosynthesis drives macrophage-mediated immune suppression in HPV-negative cervical adenocarcinoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1808107
PMID:42212157
|
研究论文 | 揭示HPV阴性宫颈腺癌中胆固醇生物合成重编程通过DHCR7-27-HC-SPP1代谢免疫轴驱动免疫抑制的分子机制 | 首次阐明HPV阴性宫颈腺癌中胆固醇代谢重编程与免疫微环境之间的正反馈环路,并鉴定出DHCR7-27-HC-SPP1代谢免疫轴作为潜在治疗靶点 | 主要基于公共单细胞测序数据分析和体外实验验证,缺乏体内动物模型和临床样本的进一步验证 | 探究HPV阴性与HPV阳性宫颈腺癌免疫微环境的差异及其分子机制 | 宫颈腺癌患者肿瘤组织及正常宫颈组织中的免疫细胞、恶性上皮细胞和巨噬细胞 | 计算机视觉 | 宫颈腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 公开可用的宫颈腺癌和正常宫颈组织单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 493 | 2026-06-25 |
B3GNT6-Linked Multimodal Signatures Integrate Tissue Morphology and PTM-Related Transcriptomics to Stratify Tumor
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.134004
PMID:42212317
|
研究论文 | 开发了一种基于翻译后修饰的多模态框架,整合组织形态学和转录组学数据,用于结肠腺癌的预后分层和机制分析 | 首次将翻译后修饰相关的基因表达与组织病理学特征通过自编码器潜在空间融合,建立多模态风险评分模型,并识别B3GNT6作为关键预后因子 | 依赖公共数据库(TCGA-COAD)数据,缺乏独立前瞻性队列验证;研究基于回顾性数据,潜在混杂因素未完全控制 | 构建整合组织形态学和翻译后修饰相关转录组的多模态预后分层模型,为结肠腺癌提供精准预后评估和治疗靶点 | 结肠腺癌患者(TCGA-COAD队列)的RNA-seq数据、临床病理信息和全切片H&E图像,以及单细胞RNA-seq(GSE132465)和空间转录组(GSE225857)数据 | 数字病理学 | 结肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 自编码器 | 图像, 文本 | 训练队列(TCGA-COAD,样本数未明确)、验证队列(样本数未明确)及单细胞和空间转录组数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 494 | 2026-06-25 |
MAPRE2 is associated with macrophage-enriched innate immune dysregulation and malignant phenotypes in hepatocellular carcinoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1849407
PMID:42220486
|
研究论文 | 本研究整合多组学孟德尔随机化与肿瘤转录组学、免疫解卷积等多种方法,发现MAPRE2是肝细胞癌中富集巨噬细胞的先天免疫失调和恶性表型的关键分子 | 首次通过多组学孟德尔随机化整合转录和蛋白层面数据,系统性鉴定MAPRE2连接先天免疫微环境与肝细胞癌恶性行为的作用 | 尚未进行体内拯救实验、移植队列及外部预后验证 | 探究肝细胞癌中连接恶性表型与先天免疫微环境的分子决定因素 | 肝细胞癌的分子标志物MAPRE2及其对免疫微环境和细胞功能的影响 | 机器学习 | 肝癌 | 孟德尔随机化, RNA-seq, 甲基化测序, 单细胞RNA测序, 功能缺失分析 | NA | 转录组数据, 蛋白组数据, 甲基化数据, 单细胞测序数据 | 包含肿瘤转录组数据、DNA甲基化数据和单细胞RNA测序数据,具体样本量未在摘要中详述 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 495 | 2026-06-25 |
Comprehensive analysis of fatty acid desaturase 3 in clear cell renal cell carcinoma: insights into tumor progression, immune microenvironment, and clinical outcomes
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1817492
PMID:42220493
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研究论文 | 综合分析脂肪酸去饱和酶3在透明细胞肾细胞癌中的作用,揭示其在肿瘤进展、免疫微环境和临床预后的关联 | 首次系统揭示FADS3在透明细胞肾细胞癌中通过激活PI3K/Akt等致瘤信号通路促进肿瘤进展,并重塑肿瘤免疫微环境 | 研究主要依赖公共数据库和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证及大规模临床队列的进一步确认 | 探究脂肪代谢相关基因FADS3在透明细胞肾细胞癌进展、预后及肿瘤免疫微环境调控中的作用 | 透明细胞肾细胞癌肿瘤组织、肿瘤微环境细胞(如肿瘤相关巨噬细胞)及ccRCC细胞系 | 机器学习 | 肾癌 | RNA-seq, qRT-PCR, western blotting, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自TCGA、GEO和GTEx数据库的多个ccRCC转录组数据集,未具体说明样本数量 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 496 | 2026-06-25 |
Immunometabolic reprogramming and glycolysis-associated signatures in sepsis: insights from single-cell RNA sequencing and machine learning
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1817391
PMID:42220506
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和机器学习整合分析,揭示脓毒症中免疫代谢重编程与糖酵解相关特征及潜在生物标志物 | 首次整合单细胞RNA测序和机器学习的多种算法(LASSO、随机森林、Boruta)筛选糖酵解相关枢纽基因,并揭示TGFBI在单核细胞为中心的细胞通讯网络中的核心作用 | 主要基于公开数据集和动物模型验证,缺乏大规模临床队列的外部验证 | 探索脓毒症中免疫代谢重编程的糖酵解相关生物标志物及其细胞类型背景 | 脓毒症患者外周血样本和盲肠结扎穿孔小鼠模型 | 自然语言处理 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序、微阵列芯片、定量逆转录聚合酶链反应 | LASSO回归、随机森林、Boruta、配体-受体分析 | 单细胞基因表达数据、全血微阵列基因表达数据、定量PCR数据 | 单细胞RNA测序数据集GSE175453(人数未明确)和微阵列队列GSE100159(人数未明确),以及小鼠模型(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 497 | 2026-06-25 |
Diagnostic value and immune microenvironment regulatory network of metabolic reprogramming in chronic rhinosinusitis with nasal polyps identified by multidimensional transcriptome integration and machine learning
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1808799
PMID:42266688
|
研究论文 | 通过多维转录组整合和机器学习,鉴定慢性鼻窦炎伴鼻息肉中代谢重编程的诊断价值及其免疫微环境调控网络 | 首次结合多维转录组数据、机器学习算法、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,系统识别与代谢重编程相关的关键基因,并构建高诊断性能的预测模型(AUC=0.979) | 未提及具体局限性 | 探索代谢重编程在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的分子机制、诊断价值和免疫微环境相互作用 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者和健康对照的组织样本及公共数据库数据 | 机器学习 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR | 机器学习算法 | 转录组数据 | 多个GEO数据库数据集及独立样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 498 | 2026-06-25 |
Holistic Invariant Retracing for Distortion-Resilient Multi-Modal Learning in Spatial Transcriptomics
2026, IEEE transactions on image processing : a publication of the IEEE Signal Processing Society
IF:10.8Q1
DOI:10.1109/TIP.2026.3700912
PMID:42275334
|
研究论文 | 提出了一种名为HiraST的框架,通过全息不变回溯和整体原型学习,解决空间转录组学中多模态数据由于技术获取和处理限制导致的表示扭曲问题 | 提出跨视图不变回溯和整体原型学习两种互补机制,显式纠正扭曲的多视图表征,提升对分布偏移和语义冲突的鲁棒性 | 未提及 | 解决空间转录组学中多模态学习时由扭曲视图引起的语义冲突和表征扭曲问题 | 空间转录组数据集和不完整多视图聚类基准测试中的细胞或组织区域 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达谱、空间坐标、组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 499 | 2026-06-25 |
Single-cell transcriptomics identifies ergothioneine as a mitochondrial protector to prevent AKI-to-CKD progression
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0351630
PMID:42335181
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学探究麦角硫因(EGT)在减轻急性肾损伤(AKI)向慢性肾病(CKD)进展中的保护作用及其机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示EGT通过改善线粒体稳态(如氧化磷酸化和电子传递链通路)来阻止AKI向CKD转化 | 主要基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类,且体外实验中EGT的保护作用尚需更多临床验证 | 研究EGT在阻止AKI向CKD进展中的作用和分子机制 | 顺铂诱导的AKI-CKD转化小鼠模型及受损的肾小管上皮细胞 | 机器学习 | 肾病 | scRNA-seq | NA | 图像、文本 | 小鼠模型(具体样本数未提及)及体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 500 | 2026-06-24 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2026-Jun, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2026.101542
PMID:42090754
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析,揭示白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病中的驱动作用,并验证抗IL1B中和抗体的治疗效果 | 首次在人类ACM样本中结合单核RNA测序与空间转录组学,鉴定出由纤维化、炎症和心肌细胞缺失共同构成的疾病相关空间生态位,并验证靶向IL1B的治疗潜力 | 尚未在人类临床试验中验证抗IL1B治疗的效果,且小鼠模型可能无法完全模拟人类疾病复杂性 | 阐明IL-1β在ACM疾病进展中的作用机制并评估靶向治疗潜力 | ACM患者心肌样本和Dsg2突变小鼠 | 数字病理学 | 致心律失常性心肌病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | ACM患者与对照供体的心肌样本 | 10x Genomics | 单核RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium用于单核RNA测序,10x Visium用于空间转录组分析 |