单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-06-04	INBRX-106: a hexavalent OX40 agonist that drives superior antitumor responses via optimized receptor clustering 2025-May-21, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011524 PMID:40404202	research paper	本文介绍了一种新型六价OX40激动剂INBRX-106，通过优化受体聚集增强抗肿瘤T细胞反应	开发了六价OX40激动剂INBRX-106，相比传统二价激动剂能更有效地诱导受体聚集和多聚体结合，从而增强信号传导和T细胞激活	虽然在小鼠模型和临床I/II期试验中显示出良好效果，但还需要更大规模的临床试验验证其安全性和有效性	开发更有效的OX40靶向免疫疗法，克服传统二价激动剂的局限性	OX40受体和T细胞	免疫疗法	癌症	NF-kß报告基因检测、共聚焦显微镜、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	实验数据、临床样本数据	小鼠肿瘤模型、体外人类样本、临床I/II期试验(NCT04198766)的患者样本
482	2025-06-04	PERK+ Macrophages Drive Immunotherapy Resistance in Lymph Node Metastases of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3135 PMID:40036693	研究论文	本研究评估了口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者淋巴结转移的病理反应率，并探索了改善治疗效果的潜在靶点	首次系统评估了OSCC患者淋巴结转移的病理反应率，并发现PERK+巨噬细胞在免疫治疗抵抗中的作用	研究样本来自单一临床试验，需要更大规模的研究验证结果	评估OSCC患者淋巴结转移对免疫治疗的病理反应并探索改善治疗效果的靶点	口腔鳞状细胞癌患者及其淋巴结转移灶	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	NA	临床数据、转录组数据、免疫组化数据	参与II期临床试验的OSCC患者（NCT04649476）
483	2025-06-04	Systematic evaluation of single-cell RNA-seq analyses performance based on long-read sequencing platforms 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.020 PMID:38782298	research paper	本文系统评估了基于长读长测序平台的单细胞RNA-seq分析性能	首次系统评估了ONT和PacBio在单细胞分析中的表现，并比较了它们在新型异构体识别和等位基因特异性表达方面的可靠性	研究仅基于特定数量的单细胞cDNA文库，可能无法完全代表所有情况	评估长读长测序技术在单细胞转录组研究中的性能	单细胞cDNA文库	基因组学	NA	scRNA-seq, ONT, PacBio, NGS	NA	RNA测序数据	不同数量的单细胞cDNA文库
484	2025-06-04	Sympathetic hyperinnervation drives abdominal aortic aneurysm development by promoting vascular smooth muscle cell phenotypic switching 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.028 PMID:38821358	research paper	本研究探讨了交感神经过度支配在腹主动脉瘤（AAA）发展中的作用及其机制	揭示了交感神经过度支配通过释放细胞外ATP（eATP）激活eATP-P2rx4-p38信号通路促进VSMC表型转换的新机制，并发现破骨样细胞分泌的Sema4D诱导交感神经扩散和过度支配	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究交感神经过度支配在AAA发展中的作用及潜在机制	小鼠AAA模型和AAA患者样本	心血管疾病	腹主动脉瘤	Western blotting、免疫化学染色、单细胞RNA测序	Sema4D敲除小鼠模型	分子生物学数据、组织学数据	小鼠模型和有限的人类样本
485	2025-06-04	Comprehensive single-cell analysis deciphered the immunoregulatory mechanism of TPPU in alleviating sepsis-related acute liver injury 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.018 PMID:39956402	研究论文	本研究通过全面的单细胞分析揭示了TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	首次利用单细胞分辨率技术全面解析TPPU对脓毒症相关急性肝损伤中免疫细胞的调节作用，特别是对M2样巨噬细胞和中性粒细胞的重编程	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究sEH抑制剂TPPU对脓毒症相关急性肝损伤的免疫调节作用	脓毒症相关急性肝损伤小鼠模型中的免疫细胞	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术、bulk RNA测序、蛋白质组学分析	小鼠盲肠结扎穿孔模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明样本数量的小鼠模型
486	2025-06-04	Single-cell sequencing reveals shared clonal signatures in nonmalignant B and tumor cells in T-prolymphocytic leukemia 2025-May, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2025.100076 PMID:40453149	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了T-前淋巴细胞白血病（T-PLL）中非恶性B细胞和肿瘤细胞之间的克隆特征共享	首次在T-PLL中发现非恶性B细胞和克隆性T细胞之间存在共享突变特征，并观察到潜在种系来源的致病性变异	样本量较小（16例患者），且仅对部分复发样本（9例）进行了分析	阐明T-PLL的克隆起源和进化动力学	T-PLL患者的非恶性B细胞和克隆性T细胞	肿瘤基因组学	白血病	靶向NGS测序、液滴数字PCR、单细胞多组学分析（Mission Bio Tapestri平台）	NA	基因组DNA数据、细胞表面蛋白标记数据	16例T-PLL患者的配对诊断和复发样本
487	2025-06-04	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	research paper	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于连接H&E图像和转录组学数据	首次提出将组织学图像和转录组学数据整合的基础模型OmiCLIP，并开发了Loki平台提供五项关键功能	未提及具体局限性	整合组织学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析能力	组织学图像和转录组学数据	computational biology	NA	scRNA-seq, spatial transcriptomics (ST)	OmiCLIP	image, transcriptomic data	220万对组织图像和转录组学数据，涵盖32个器官
488	2025-06-04	Robust generation of photoreceptor-dominant retinal organoids from porcine induced pluripotent stem cells 2025-04-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102425 PMID:40054472	research paper	该研究描述了从猪诱导多能干细胞高效生成光感受器主导的视网膜类器官的方法	开发了一种高效生成猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官的方法，为视网膜退行性疾病的研究提供了新的临床前模型	NA	开发猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官，以补充人类异种移植研究的功能和安全性数据	猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官	干细胞研究	视网膜退行性疾病	免疫细胞化学 (ICC), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据, 图像数据	NA
489	2025-06-04	Impact of lymph node metastasis on immune microenvironment and prognosis in colorectal cancer liver metastasis: insights from multiomics profiling 2025-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02921-2 PMID:39753715	research paper	研究探讨了淋巴结转移（LNM）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后的影响，并通过多组学分析揭示了潜在的免疫机制	首次通过整合bulk RNA测序、单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，比较了有和无LNM患者的癌症特异性生存率（CSS）和免疫特征，揭示了非转移性TDLNs中免疫细胞的丰富性及其与抗肿瘤免疫反应的关联	研究依赖于回顾性队列数据，可能存在选择偏倚，且多组学数据的整合分析复杂，可能影响结果的解释	探讨LNM对CRLM患者预后的影响及其免疫机制	结直肠癌肝转移（CRLM）患者	digital pathology	colorectal cancer	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing, proteomics	NA	RNA sequencing data, proteomics data, pathological evaluations	来自美国SEER队列和中国多中心队列的CRLM患者
490	2025-06-04	Exploration of common molecular mechanisms of psoriatic arthritis and aging based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis 2025-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167730 PMID:39965531	研究论文	通过整合和分析银屑病关节炎（PsA）患者滑液、衰老患者外周血及正常人群的单细胞RNA测序数据，探索PsA与衰老的共同分子机制	发现CD8-CM在PsA和衰老人群中表达上调，并鉴定出与PsA和衰老相关的关键基因TGFBR3、PPP3CC和APOBEC3G	NA	研究银屑病关节炎（PsA）与衰老的共同分子机制	银屑病关节炎（PsA）患者滑液、衰老患者外周血及正常人群的单细胞RNA测序数据	生物信息学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化、KEGG通路分析	NA	RNA测序数据	NA
491	2025-06-04	20 years of stemness: From stem cells to hypertranscription and back 2025-03-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102406 PMID:39919752	评论	回顾过去20年干细胞转录组学的发展，从微阵列技术到单细胞RNA测序的应用，并探讨干细胞超转录状态的发现	揭示了干细胞超转录状态的存在，并指出2002年的干细胞特征基因签名实际上是超转录的标记	文章为回顾性分析，未涉及新的实验数据	探讨干细胞转录组学的发展历程及其在生理和疾病研究中的意义	胚胎干细胞和成体干细胞	转录组学	NA	微阵列技术、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
492	2025-06-04	Ocular immune privilege in action: the living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.01.640701 PMID:40297507	研究论文	本文研究了眼部免疫特权如何通过独特的调节和无能基因签名影响致葡萄膜炎T细胞	使用单细胞转录组学和功能验证揭示了T调节细胞和无能T细胞的独特表型，以及它们从共同增殖前体平行而非顺序分化的轨迹	研究主要基于体内免疫特权模型，可能不完全反映人类眼部免疫调节的复杂性	探索眼部免疫特权对T细胞分化和功能的分子机制	视网膜特异性T细胞，特别是Foxp3+ T调节细胞和无能T细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
493	2025-06-04	Profiling immune cell tissue niches in the spatial -omics era 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.001 PMID:39522655	综述	本文回顾了高通量空间组学技术在免疫细胞组织微环境研究中的应用及其对转化免疫学的新见解	提出了一个三步框架来定义和表征免疫微环境，并总结了空间解析方法分析适应性免疫库和淋巴细胞克隆扩增的当前方法	免疫微环境的定义标准存在不一致性	研究免疫细胞在组织中的空间分布及其功能意义	免疫细胞及其组织环境	空间组学	NA	空间转录组学	NA	空间组学数据	NA
494	2025-06-04	Single-cell RNA sequencing and machine learning provide candidate drugs against drug-tolerant persister cells in colorectal cancer 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167693 PMID:39870146	研究论文	利用单细胞RNA测序和机器学习技术识别结直肠癌中的药物耐受持久性细胞，并筛选潜在治疗药物	结合单细胞RNA测序和机器学习模型识别药物耐受持久性细胞，并筛选出具有协同效应的候选药物	研究仅基于三个患者来源的类器官样本，样本量较小	开发针对结直肠癌中药物耐受持久性细胞的治疗方法	患者来源的类器官（PDOs）中的药物耐受持久性细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	机器学习（ML）	RNA测序数据	三个患者来源的类器官样本（良性肿瘤、恶性肿瘤和正常类器官）
495	2025-06-04	Integrated analyses uncover new features of atypical memory B cells and novel targets for intervention 2025-03, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152877 PMID:39938454	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和免疫表型分析，揭示了非典型记忆B细胞（AMB）的转录组特征、免疫表型及其在系统性风湿性疾病中的潜在作用	首次全面描述了AMB的转录组特征和免疫表型，并发现其在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者中的扩增现象	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证AMB在疾病中的具体作用机制	探究非典型记忆B细胞的免疫特征及其在系统性风湿性疾病中的致病作用	非典型记忆B细胞（AMB）及其在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者中的表现	免疫学	系统性红斑狼疮, 类风湿性关节炎, 干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 生物信息学分析, CyTOF免疫表型分析	NA	转录组数据, 免疫表型数据	未明确说明样本数量，但涉及系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者的血液和组织样本
496	2025-06-04	Lymphocyte Subpopulations in the Healthy Human Lacrimal Gland and Their Variations With Age and Sex, Systematic Review 1960-2023 2025-Mar, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70167 PMID:40105662	系统性综述	本文通过系统性综述和荟萃分析，探讨了健康人类泪腺中淋巴细胞亚群及其随年龄和性别变化的规律	首次系统性地总结了1960-2023年间关于健康人类泪腺淋巴细胞亚群的研究，并进行了年龄分组的荟萃分析	研究中40岁以下个体和女性样本代表性不足，各研究对淋巴细胞浸润的量化标准存在较大差异	明确人类泪腺中主要淋巴细胞亚群及其随年龄和性别的变化规律	774名健康个体（其中722具尸体）的泪腺组织	免疫学	NA	苏木精-伊红染色、免疫组织化学、免疫荧光	NA	组织学数据	774名健康个体（722具尸体样本）
497	2025-06-04	Single-cell and spatial characterization of plasmablast-like lymphoma cells in primary central nervous system lymphoma 2025-Feb, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2024.100058 PMID:40454408	research paper	该研究通过单细胞和空间多组学分析，揭示了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中具有浆母细胞样特征的淋巴瘤亚群的细胞和空间异质性及其与微环境的相互作用	首次在PCNSL中鉴定出具有浆母细胞（PBL）特征的淋巴瘤亚群，并揭示了其与微环境的独特分子和空间互作模式	样本量相对较小，且PBL特征亚群在患者中的分布频率（约40%）可能限制结论的普适性	解析PCNSL肿瘤异质性及其与微环境的关系	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者肿瘤组织	digital pathology	lymphoma	单细胞测序, 空间多组学分析, BCR分析, CD138免疫组化染色	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质表达数据	PCNSL患者队列（具体数量未明确提及）
498	2025-06-04	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2025-Jan-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01432-w PMID:39825401	meta-analysis	通过小鼠和人类前列腺单细胞转录组的荟萃分析，揭示了组织退化、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性	利用随机矩阵理论去噪数据集，建立了正常小鼠和人类前列腺的参考细胞类型分类，并使用最优传输比较了跨物种上皮细胞群的转录组相似性	研究主要基于单细胞转录组数据，可能未涵盖所有细胞状态和功能的复杂性	研究前列腺上皮细胞状态在组织稳态、肿瘤起始和进展中的动态变化	小鼠和人类前列腺组织	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	多个已发表和新生成的小鼠和人类前列腺scRNA-seq数据集
499	2025-06-04	Low fucosylation defines the glycocalyx of progenitor cells and melanocytes in the human limbal stem cell niche 2025-01-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.11.008 PMID:39706176	研究论文	本研究揭示了人类角膜缘干细胞微环境中前体细胞和黑色素细胞糖萼的低岩藻糖基化特征及其在干细胞自我更新和分化中的调控作用	首次发现角膜缘上皮前体细胞和黑色素细胞表面呈现低AAL结合特性，并证实岩藻糖基化调控对体外培养角膜缘上皮细胞增殖潜能的影响	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证岩藻糖基化调控的生理意义	探究成人干细胞糖萼的独特组成及其在干细胞功能调控中的作用	人类角膜缘、毛囊上皮和睑板腺导管的分层上皮基底细胞	干细胞生物学	眼科疾病	荧光激活细胞分选术（FACS）结合单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	人类角膜缘、毛囊和睑板腺组织样本
500	2025-06-04	Omics based technology application in poultry meat research 2025-Jan, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104643 PMID:39662255	研究论文	本文探讨了组学技术在禽肉研究中的应用，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学，旨在全面了解禽肉品质问题	综合运用多种组学技术和生物信息学方法，深入解析禽肉品质的分子机制，特别是针对鸡胸肌病变的研究	NA	提高禽肉产品的质量和组成	禽肉（特别是鸡肉）的品质和鸡胸肌病变	生物信息学	禽类疾病	基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、质谱分析	NA	分子生物学数据	NA