单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-06-07	CagA-dependent Hobit+ gastric tissue-resident memory T cells confer full protection from Helicobacter pylori reinfection 2025-Jun-05, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-334781 PMID:40473399	research paper	研究探讨了胃组织中Hobit+组织驻留记忆T细胞（TRM）在幽门螺杆菌再感染中的保护作用	首次揭示了Hobit转录因子在胃TRM细胞诱导和发育中的关键作用，并证实这些细胞依赖幽门螺杆菌毒力因子CagA的存在	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探究幽门螺杆菌初次和二次感染期间胃TRM细胞的诱导、发育和功能	小鼠和人类的胃H. pylori特异性TRM细胞	免疫学	幽门螺杆菌感染	流式细胞术、免疫组织化学、免疫荧光、ChipCytometry染色和单细胞RNA测序	NA	细胞表型数据和转录组数据	NA（未明确提及具体样本数量）
482	2025-06-07	Therapeutic potential of tumor-associated neutrophils: dual role and phenotypic plasticity 2025-Jun-04, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02242-7 PMID:40461514	综述	本文总结了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在肿瘤微环境中的双重作用及其表型可塑性，探讨了其抗肿瘤和促肿瘤效应的分子机制及潜在治疗应用	通过单细胞RNA测序分析揭示了TANs在不同类型肿瘤中的起源和亚型，并探讨了TANs与免疫抑制或免疫刺激TME的相互作用及TGF-β等信号通路在TAN表型转换中的作用	NA	探讨肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在肿瘤微环境中的双重作用及其潜在治疗应用	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）及其与肿瘤微环境（TME）的相互作用	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
483	2025-06-07	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2025-Jun-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366 PMID:39704522	research paper	该研究通过整合高plex成像和空间转录组学技术，分析了人类高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）发展不同阶段的组织样本，揭示了从癌前病变到癌症的分子变化	揭示了输卵管前体病变中免疫调节机制及肿瘤微环境的渐进性变化，为HGSOC的早期干预提供了潜在生物标志物和治疗靶点	NA	阐明高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）从癌前病变到癌症发展过程中的分子变化	人类输卵管组织样本（包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌（STIC）和侵袭性HGSOC）	digital pathology	ovarian cancer	high-plex imaging, spatial transcriptomics	NA	image, transcriptomic data	人类组织样本（具体数量未提及）
484	2025-06-07	Identify the co-expressed genes of hypertensive nephropathy and diabetic nephropathy 2025-Jun-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04679-w PMID:40461634	research paper	本研究探讨了高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN）在分子和病理机制上的复杂联系	发现了42个共享的差异表达基因（DEGs），并通过PPI网络分析确定了8个核心基因，同时识别了5个重要的microRNAs、6个关键转录因子（TFs）、11种药物化学物质、7种相关疾病和10个重要的RNA结合蛋白（RBPs），为HN和DN的联合诊断和治疗提供了新的治疗靶点	研究依赖于GEO数据库的样本，可能受到数据来源的限制	研究高血压肾病和糖尿病肾病在分子和病理机制上的联系	高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN）	生物信息学	肾病	差异分析、GO/KEGG和GSEA分析、PPI网络分析、单细胞测序分析、分子对接模拟	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE37460、GSE142153（训练集）和GSE37455、GSE30529（验证集）
485	2025-06-07	Spatiotemporal and single-cell atlases to dissect regional specific cell types of the developing ovary 2025-Jun-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08277-4 PMID:40461746	研究论文	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，构建了从胎儿期到成年期卵巢的时空发育图谱，揭示了卵巢发育过程中的细胞异质性和分子多样性	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，构建了卵巢发育的时空图谱，并发现了Onecut2阳性黄体细胞的特异性空间分布及其来源	研究主要关注卵巢发育的细胞和分子层面，可能未涵盖所有生理或病理条件下的卵巢发育过程	解析卵巢发育过程中的区域特异性细胞类型及其分子机制	从胎儿期到成年期的卵巢组织	生物信息学	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从胎儿期到成年期的多个卵巢样本
486	2025-06-07	Pericytes in castration-resistant prostate cancer associated with disease progression and immunotherapy response: insights from single-cell analysis 2025-Jun-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03838-3 PMID:40462105	research paper	该研究通过单细胞分析揭示了周细胞在去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的作用及其与肿瘤微环境的相互作用，为免疫治疗提供了新策略	首次在单细胞水平鉴定CRPC特异性周细胞亚群，揭示其促肿瘤和免疫抑制特性，并证明PDGFR抑制剂与抗PD-1疗法的协同效应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探究周细胞在CRPC进展和免疫治疗抵抗中的作用机制	去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的周细胞亚群	digital pathology	prostate cancer	single-cell transcriptomics, immunofluorescence staining, bulk RNA-seq	RM-1皮下肿瘤模型	单细胞转录组数据、免疫荧光图像、RNA-seq数据	多个bulk RNA-seq和微阵列数据集，小鼠肿瘤模型
487	2025-06-07	DeepGFT: identifying spatial domains in spatial transcriptomics of complex and 3D tissue using deep learning and graph Fourier transform 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03631-5 PMID:40462157	research paper	提出了一种名为DeepGFT的新方法，通过结合深度学习和图傅里叶变换来识别空间转录组学中的空间域	DeepGFT方法首次同时建模点对点和基因对基因的关系，用于空间域识别	未明确提及方法的计算复杂度或对特定数据类型的适应性限制	提高空间转录组学中空间域识别的准确性	人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据	digital pathology	breast cancer	spatially resolved transcriptomics (SRT)	deep learning, graph Fourier transform	spatial transcriptomics data	涉及人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据，具体样本量未明确
488	2025-06-07	PDE3B and HBB are key prognostic biomarkers driving cell proliferation and regulating immune microenvironment in breast cancer 2025-Jun-03, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00470-z PMID:40462176	研究论文	本研究探讨了PDE3B和HBB在乳腺癌中的预后和功能作用，重点关注它们对细胞增殖和免疫微环境调节的贡献	首次将PDE3B和HBB鉴定为乳腺癌的预后标志物，并证实它们在细胞增殖和免疫微环境调节中的关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索乳腺癌中新的预后标志物和治疗靶点	乳腺癌细胞和肿瘤微环境	癌症研究	乳腺癌	scRNA-seq, TCGA数据分析, qRT-PCR, IHC, Western blot	LASSO回归, Kaplan-Meier生存分析	RNA测序数据, 临床数据	TCGA数据库中的乳腺癌样本和MDA-MB-231细胞系
489	2025-06-07	Transcriptional analysis of metastatic hormone-naïve prostate cancer primary tumor biopsies reveals a relevant role for SOX11 in prostate cancer cell dissemination 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03623-5 PMID:40462200	research paper	该研究首次对转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本进行了广泛的转录组学表征，揭示了SOX11在触发异型通讯中的核心作用	首次提供了mHNPC的广泛转录组学特征，并发现了SOX11在转移性特性获得中的关键作用	研究主要基于转录组学数据，可能未涵盖所有分子机制	深入理解mHNPC的分子特征及其对患者管理的影响	转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本	digital pathology	prostate cancer	bulk and single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq data	未明确提及具体样本数量
490	2025-06-07	Potential regulatory mechanism of overexpression of phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U on the glycolytic pathway in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-03, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149603 PMID:40473062	研究论文	探讨磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成U类(PIGU)在肝细胞癌(HCC)糖酵解中的潜在分子调控机制	首次综合运用多种组学数据和CRISPR敲除技术，揭示了PIGU通过调控糖酵解途径促进HCC发展的新机制	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证	探索PIGU在HCC糖酵解中的调控作用及其分子机制	肝细胞癌(HCC)细胞系(SMMC-7721和Huh7)	肿瘤代谢	肝癌	RNA测序(bulk RNA和scRNA-seq)、CRISPR敲除、免疫组化(IHC)、蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞数据	3773例HCC样本(bulk RNA)、234例HCC样本(IHC和蛋白质组学)、22861个HCC细胞(scRNA-seq)
491	2025-06-07	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model (CLMPM): Integrating Single cell and Spatial Transcriptome Analysis with Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	该研究整合单细胞和空间转录组分析与病理组学，开发了一个预测结直肠癌肝转移风险的深度学习模型CLMPM	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，识别了肝转移触发恶性细胞（LMTMCs），并开发了基于ResNet18架构的深度学习模型CLMPM	模型在外部验证集SWMU-ATCMH中的AUC为0.72，性能有所下降	提高结直肠癌肝转移风险的识别和预测	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, ST, 多组学细胞通讯分析, OCLR算法	ResNet18	全切片图像（WSIs）, bulk RNA-seq数据	TCGA-CRC组织学图像内部测试集，以及外部独立验证集SWMU-AH和SWMU-ATCMH队列
492	2025-06-07	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-Jun-02, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法表征脊髓损伤中的肿胀性坏死（oncosis）过程，揭示了相关基因的表达动态和细胞定位	首次提供了脊髓损伤后肿胀性坏死基因调控的时空图谱，并确定了潜在的治疗靶点	研究主要基于大鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明肿胀性坏死在脊髓损伤中的作用机制	脊髓损伤后的肿胀性坏死相关基因	多组学分析	脊髓损伤	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, TEM	大鼠脊髓损伤模型	RNA测序数据, 显微镜图像	五个不同时间点的脊髓损伤样本
493	2025-06-07	Emerging technologies of single-cell multi-omics 2025-Jun-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282557 PMID:39911109	review	本文概述了单细胞多组学技术的原理、历史发展及不断扩展的工具集，旨在帮助研究者选择最适合其研究需求的平台	强调了单细胞多组学技术在揭示遗传克隆性和转录异质性方面的创新应用	未具体提及技术的局限性，但暗示了技术选择的复杂性	概述单细胞多组学技术的原理和发展，指导研究者选择合适的技术平台	造血系统的正常和恶性细胞	分子生物学	NA	单细胞多组学技术	NA	单细胞测序数据	NA
494	2025-06-07	scDMSC: Deep Multi-View Subspace Clustering for Single-Cell Multi-Omics Data 2025-Jun, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3532784 PMID:40031269	研究论文	提出了一种基于深度多视图子空间学习的无监督聚类算法scDMSC，用于单细胞多组学数据的聚类分析	通过加权重构协调组学数据的异质性，并利用深度子空间学习识别共享的潜在特征，阐明组学间的相关性	NA	解决单细胞多组学数据的高维度、稀疏性和异质性带来的聚类分析挑战	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞多组学测序技术	深度多视图子空间学习	单细胞多组学数据	多个真实和模拟数据集
495	2025-06-07	Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Jun, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-025-04205-y PMID:40048012	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用	使用共识非负矩阵分解(cNMF)方法识别与淋巴结转移相关的基因表达程序，并发现ELF3作为驱动肿瘤侵袭和血管生成的关键基因	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平验证	探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系	甲状腺乳头状癌(PTC)的恶性细胞	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	共识非负矩阵分解(cNMF), 机器学习框架	RNA测序数据	未明确说明样本数量
496	2025-06-07	Molecular Mechanisms of Intervertebral Disc Degeneration: Significance of SPARC Gene Expression 2025-Jun-01, Journal of musculoskeletal & neuronal interactions IF:1.7Q4 PMID:40452200	研究论文	探讨SPARC基因在椎间盘退变中的作用，结合生物信息学分析和体外实验	发现SPARC基因在退变的髓核细胞中显著上调，并与COL2A1和ACAN表达变化相关	未提及样本量大小或实验设计的潜在局限性	探索椎间盘退变的分子机制，特别是SPARC基因的作用	椎间盘退变（IDD）中的髓核细胞	生物信息学	椎间盘退变	单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、免疫组化	NA	基因表达数据	NA
497	2025-06-07	CXCL10highTNFαhighKi67+ Microglia Recruit and Activate CD8+ T Cells in the Brainstem During Experimental Cerebral Malaria 2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70425 PMID:40457525	研究论文	本研究探讨了实验性脑疟疾(ECM)中小胶质细胞的异质性及其在招募和激活CD8+ T细胞中的作用	发现了一种独特的ECM相关小胶质细胞亚型CXCL10highTNFαhighKi67+，并揭示了其通过持续相互作用介导CD8+ T细胞招募和持续激活的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究小胶质细胞在实验性脑疟疾神经炎症发病机制中的作用	C57BL/6J小鼠、小胶质细胞、CD8+ T细胞	神经免疫学	脑疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、电子显微镜、transwell实验、粘附实验、细胞毒性测试	小鼠脑疟疾模型	基因表达数据、显微镜图像	未明确说明小鼠数量，但使用了单细胞RNA测序等技术
498	2025-06-07	Single-cell and spatial transcriptome profiling identifies cellular heterogeneity and immunosuppressive tumor microenvironment in inflammatory breast cancer 2025-Jun-01, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.061 PMID:40460936	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析，揭示了炎症性乳腺癌（IBC）的细胞异质性和免疫抑制性肿瘤微环境	首次在单细胞和空间水平上分析IBC的免疫细胞群和信号通路，并发现CXCL13的表达与患者预后相关，同时筛选出具有免疫调节潜力的天然产物	研究样本量未明确说明，且体外和体内实验的转化效果需进一步验证	探究IBC的病理和分子基础，开发精准医疗策略	炎症性乳腺癌（IBC）和非IBC样本	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, qRT-PCR, 荧光染色, NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, 肿瘤-免疫细胞共培养实验	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
499	2025-06-07	Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654940 PMID:40475580	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索了1型糖尿病（T1D）自然病程中胰腺及胰腺引流淋巴结（pLN）的炎症反应	整合空间转录组学与单细胞RNA测序数据，揭示了T1D发病过程中胰腺和pLN的转录变化及潜在的炎症特征	样本来源有限，仅包括非糖尿病患者和高易感性非糖尿病自身抗体阳性个体	研究1型糖尿病发病机制中的炎症反应	胰腺和胰腺引流淋巴结（pLN）组织	空间转录组学	1型糖尿病	空间转录组学（ST），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	非糖尿病患者和高易感性非糖尿病自身抗体阳性个体的胰腺及pLN样本
500	2025-06-07	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-May-27, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	本研究提供了一个B细胞激活的多组学资源，揭示了免疫介导疾病的遗传机制	首次全面表征了B细胞在不同激活状态下的基因表达、剪接效应和染色质可及性，并揭示了这些变化与免疫介导疾病遗传风险的关联	研究仅纳入了26名健康女性捐赠者的B细胞，样本量和多样性可能有限	探索B细胞激活状态对免疫介导疾病遗传风险的分子机制	人类B细胞	基因组学	免疫介导疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq(CITE-seq), ATAC-seq	NA	基因组数据	26名健康女性捐赠者的B细胞