单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-05-08	Analysis of effector/memory regulatory T cells from arrhythmogenic cardiomyopathy patients identified IL-32 as a novel player in ACM pathogenesis 2025-Feb-11, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07364-y PMID:39934117	研究论文	分析心律失常性心肌病（ACM）患者的效应/记忆调节性T细胞，发现IL-32是ACM发病机制中的新参与者	首次全面表征了ACM患者的循环免疫细胞，揭示了Treg的丰富性，并发现IL-32在ACM Treg中的高表达可能加速心脏重塑	研究主要基于体外实验，需要进一步体内研究验证IL-32的作用	探究ACM发病机制中的免疫介导因素	ACM患者和健康对照者的外周血单核细胞及记忆Treg细胞	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	流式细胞术、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	ACM患者和健康对照者的外周血单核细胞
482	2025-05-08	Splicing diversity enhances the molecular classification of pituitary neuroendocrine tumors 2025-Feb-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56821-x PMID:39934142	研究论文	本研究通过RNA测序技术全面调查了垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）中的可变剪接失调，揭示了剪接多样性在肿瘤分子分类中的重要作用	首次在PitNETs中系统研究了可变剪接（AS）的失调情况，发现了剪接异质性可以更好描述肿瘤异质性，并成功区分了静默型促肾上腺皮质激素亚型	研究主要基于RNA测序数据，缺乏蛋白质水平验证；样本量可能有限	提高垂体神经内分泌肿瘤的分子分类精度	垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	bulk RNA测序、全长单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但包含bulk和单细胞RNA测序数据
483	2025-05-08	Bioinformatics analysis of coronary microvascular dysfunction in rats based on single-cell RNA sequencing 2025-Feb-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85318-2 PMID:39934189	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究大鼠冠状动脉微血管功能障碍的单细胞基因表达谱，特别是内皮细胞基因表达特征的深入分析	首次在大鼠冠状动脉微血管功能障碍模型中应用单细胞RNA测序技术，揭示了内皮细胞亚型的转变及免疫细胞和炎症反应的增加	研究仅基于大鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索冠状动脉微血管功能障碍的发病机制，寻找潜在治疗靶点	大鼠冠状动脉微血管功能障碍模型的心脏组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	55,419个细胞
484	2025-05-08	Cxcl9 modulates aging associated microvascular metabolic and angiogenic dysfunctions in subcutaneous adipose tissue 2025-Feb-11, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09970-y PMID:39934436	研究论文	本研究探讨了衰老对皮下脂肪组织微血管内皮细胞的影响及其机制，提出Cxcl9作为衰老相关微血管功能障碍的生物标志物	首次发现Cxcl9与衰老内皮细胞氧化磷酸化受损的强相关性，并验证其通过抑制G蛋白偶联受体信号通路影响能量代谢和血管生成	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明衰老过程中微血管内皮细胞功能障碍的分子机制	衰老小鼠皮下脂肪组织的微血管内皮细胞	心血管生物学	心血管疾病	光片免疫荧光显微镜、单细胞RNA测序、代谢通量平衡分析	NA	基因表达数据、显微镜图像	老年小鼠皮下脂肪组织样本
485	2025-05-08	Tendomodulin in pan-cancer analysis: exploring its impact on immune modulation and uncovering functional insights in colorectal cancer 2025-Feb-11, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13608-z PMID:39934677	研究论文	本研究通过全面的分子和临床分析，探讨了Tendomodulin（TNMD）在结直肠癌（CRC）中的免疫调节功能及其在泛癌分析中的影响	揭示了TNMD在CRC中的关键免疫调节作用，特别是在影响肿瘤-免疫相互作用方面，并发现其作为患者分层和个性化治疗方法的潜在生物标志物	研究主要依赖于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨TNMD在CRC中的免疫调节功能及其在泛癌分析中的影响	结直肠癌（CRC）患者和细胞系	生物信息学	结直肠癌	免疫荧光（IF）、免疫组化（IHC）、实时定量逆转录PCR（qPCR）、Western blotting、细胞迁移实验	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据	多个生物信息学数据库和分析工具，以及CRC肿瘤组织和细胞系
486	2025-05-08	HGATLink: single-cell gene regulatory network inference via the fusion of heterogeneous graph attention networks and transformer 2025-Feb-11, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06071-x PMID:39934680	研究论文	提出了一种名为HGATLink的单细胞基因调控网络推断框架，通过融合异构图注意力网络和Transformer来有效捕获基因间的复杂相互作用	结合异构图注意力网络和简化Transformer，通过矩阵分解技术在低维空间中有效捕获基因间的复杂相互作用，增强了对复杂异构图结构的建模能力，并有效缓解了传递性相互作用	未提及具体的局限性	提高单细胞基因调控网络推断的准确性和稳定性	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	异构图注意力网络(HGAT)和Transformer	单细胞RNA测序数据	14个scRNA-seq数据集
487	2025-05-08	Analysis of ferroptosis-related genes in cerebral ischemic stroke via immune infiltration and single-cell RNA-sequencing 2025-Feb-11, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02098-4 PMID:39934808	研究论文	本研究通过免疫浸润和单细胞RNA测序分析铁死亡相关基因在脑缺血性卒中中的作用	首次结合免疫浸润和单细胞RNA测序技术分析铁死亡相关基因在脑缺血性卒中中的潜在生物标志物	研究结果需要进一步在更大样本量中进行验证	探索铁死亡相关基因作为脑缺血性卒中早期诊断生物标志物的可能性	脑缺血性卒中患者和小鼠模型	生物信息学	脑缺血性卒中	单细胞RNA测序、生物信息学分析、western blot、免疫组化、qRT-PCR	小鼠大脑中动脉闭塞模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本量
488	2025-05-08	Identifying differentiation markers between dermal fibroblasts and adipose-derived mesenchymal stromal cells (AD-MSCs) in human visceral and subcutaneous tissues using single-cell transcriptomics 2025-Feb-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04185-w PMID:39934849	研究论文	通过单细胞转录组学技术，识别人类内脏和皮下组织中皮肤成纤维细胞与脂肪来源间充质基质细胞（AD-MSCs）之间的分化标志物	首次使用单细胞RNA测序技术比较AD-MSCs和成纤维细胞，并识别出30个表达差异最显著的基因，这些基因与组织重塑、细胞运动等生物过程相关	所有组织样本来自同一供体，可能影响结果的普适性	区分AD-MSCs和成纤维细胞，为再生医学中的个性化细胞治疗提供依据	人类内脏和皮下脂肪组织中的AD-MSCs及皮肤成纤维细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、定量PCR（qPCR）	NA	单细胞转录组数据	来自同一供体的内脏和皮下脂肪组织及皮肤成纤维细胞样本
489	2025-05-08	Single-cell and spatial-resolved profiling reveals cancer-associated fibroblast heterogeneity in colorectal cancer metabolic subtypes 2025-Feb-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06103-3 PMID:39934919	研究论文	通过单细胞和空间分辨分析揭示结直肠癌代谢亚型中癌症相关成纤维细胞的异质性	发现了SFRP2+CAF在结直肠癌代谢亚型中的异质性及其在肿瘤微环境中的作用，并验证了AGMAT作为潜在治疗靶点的有效性	研究样本量可能有限，且需要进一步验证AGMAT在其他癌症类型中的普适性	探索结直肠癌代谢亚型及其微环境中的细胞异质性，以开发个性化治疗策略	结直肠癌样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）及其与肿瘤微环境的相互作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学（ST）、多重免疫组化（mIHC）	层次聚类	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据	结直肠癌样本（具体数量未明确提及）
490	2025-05-08	Induction of the p21/CDK6 pathway and alteration of the immune microenvironment by the stem cell marker CBX3 in melanoma 2025-Feb-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04179-8 PMID:39934923	research paper	该研究探讨了干细胞标志物CBX3在黑色素瘤中通过激活p21/CDK6通路和改变免疫微环境的作用	首次揭示了CBX3在黑色素瘤中通过调节细胞周期和免疫微环境促进肿瘤进展的机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，临床样本验证不足	阐明CBX3在黑色素瘤进展中的作用及其调控免疫治疗的潜在机制	黑色素瘤细胞和肿瘤微环境	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、qPCR、Western blotting、流式细胞术	动物模型	基因表达数据、蛋白质数据	来自TCGA、GTEx和GEO数据库的黑色素瘤样本
491	2025-05-08	Everything everywhere all at once: Unraveling the waves of aging 2025-Feb-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.01.015 PMID:39938481	研究论文	张等人利用单细胞转录组学揭示了衰老过程中多个器官内细胞群体的动态变化，并识别出四种不同的动态波，其中免疫细胞是受影响最大的群体	首次在多个器官中识别出衰老过程中的四种动态波，并发现免疫细胞是受影响最显著的群体	研究仅基于单细胞转录组学数据，未涉及其他组学层面或功能验证	解析衰老过程中多器官细胞群体的动态变化规律	13个器官中的多种细胞群体（重点关注免疫细胞）	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	多个器官的细胞样本（具体数量未说明）
492	2025-05-08	Spatiotemporal transcriptomics elucidates the pathogenesis of fulminant viral myocarditis 2025-Feb-10, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02143-9 PMID:39924580	研究论文	通过单核和空间转录组学全面分析柯萨奇病毒B3诱导的暴发性心肌炎，揭示其发病机制及潜在治疗靶点	首次利用时空转录组学技术系统描绘暴发性心肌炎的动态病理过程，并发现间皮细胞作为早期病毒感染靶点及IFN-γ/Spi1轴的关键作用	研究基于A/J小鼠模型，人类疾病相关性需进一步验证	阐明暴发性心肌炎的分子机制并探索治疗靶点	CVB3感染的A/J小鼠心肌组织	数字病理学	心血管疾病	单核转录组测序、空间转录组学	小鼠疾病模型	转录组数据	7个不同时间点的处理前后样本
493	2025-05-08	Regulation of lung progenitor plasticity and repair by fatty acid oxidation 2025-Feb-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.165837 PMID:39927460	研究论文	研究脂肪酸氧化（FAO）在肺祖细胞可塑性和修复中的调控作用及其与特发性肺纤维化（IPF）的关系	首次揭示了FAO代谢途径在调节肺祖细胞修复反应中的作用，并发现FAO缺乏会导致异常肺修复和肺纤维化的发展	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床中进行验证	探究代谢途径（特别是FAO）在肺泡再生和肺纤维化中的作用	肺泡上皮细胞（AT2细胞）和肺祖细胞	细胞生物学	特发性肺纤维化（IPF）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和组织染色	小鼠模型	基因表达数据和蛋白质水平数据	未明确提及样本数量，但使用了IPF患者和小鼠的肺组织
494	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing defines distinct disease subtypes and reveals hypo-responsiveness to interferon in asymptomatic Waldenstrom's Macroglobulinemia 2025-Feb-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56323-w PMID:39929803	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究无症状Waldenstrom's Macroglobulinemia（AWM）和Waldenstrom's Macroglobulinemia（WM）的疾病亚型及免疫机制	揭示了AWM患者中广泛的免疫失调和T细胞、NK细胞对干扰素的低反应性，以及MYD88突变肿瘤的转录异质性	样本量相对较小，仅包括30名AWM/WM患者、26名Smoldering Myeloma患者和23名健康供者	解析AWM/WM的肿瘤内在和免疫机制，为疾病分类和治疗提供依据	294,206个骨髓肿瘤和免疫细胞，来自AWM/WM患者、Smoldering Myeloma患者和健康供者	数字病理学	Waldenstrom's Macroglobulinemia	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	30名AWM/WM患者、26名Smoldering Myeloma患者和23名健康供者
495	2025-05-08	The expression and functional role of proline-rich 15 in non-small cell lung cancer 2025-Feb-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07373-x PMID:39929816	研究论文	本研究探讨了脯氨酸丰富蛋白15（PRR15）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的表达、功能意义及其潜在机制	首次揭示了PRR15在NSCLC中的致癌作用及其通过Akt-mTOR信号通路的调控机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究PRR15在NSCLC中的表达特征、功能作用及其分子机制	非小细胞肺癌组织和细胞系	肿瘤生物学	肺癌	shRNA、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序、慢病毒载体过表达	NA	基因表达数据、蛋白质活性数据	NSCLC组织样本、原代和已建立的NSCLC细胞系、异种移植模型
496	2025-05-08	Identification of metabolism-related subtypes and feature genes of pre-eclampsia 2025-Feb-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89140-8 PMID:39930027	研究论文	通过代谢相关基因识别子痫前期的亚型和特征基因，并探讨其与代谢特征和免疫浸润的关系	首次基于代谢特征将子痫前期分为三个亚型，并利用机器学习算法筛选出五个关键特征基因	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索子痫前期的代谢异质性及其与疾病进展的关系	子痫前期患者	生物信息学	子痫前期	scRNA-seq, qRT-PCR, WGCNA	机器学习算法	基因表达数据	公共数据库中的子痫前期数据集
497	2025-05-08	Single-cell characterization of the immune heterogeneity of pulmonary hypertension identifies novel targets for immunotherapy 2025-Feb-10, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-025-00684-w PMID:39930365	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，系统研究了肺动脉高压（PAH）中的免疫异质性，并识别了免疫治疗的新靶点	首次在单细胞分辨率下构建了PAH的细胞通讯全景图，揭示了未记录的细胞亚群功能特征及调控互作	研究依赖于公共数据库的样本，可能受限于原始数据的质量和样本量	探索PAH中的免疫异质性，为开发精准治疗策略提供依据	PAH患者和健康对照者的肺组织样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	约124,561个细胞，来自多个GEO数据库样本
498	2025-05-08	Genome-wide characterization of circular RNAs in three rat models of pulmonary hypertension reveals distinct pathological patterns 2025-Feb-10, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11239-z PMID:39930385	研究论文	本研究通过高通量RNA测序分析了三种肺动脉高压（PH）大鼠模型中环状RNA（circRNA）的全基因组表达模式，揭示了circRNA在PH发病机制中的独特调控网络	首次全面展示了三种PH大鼠模型中circRNA的调控网络，并揭示了circRNA在钙信号传导和肌肉收缩中的参与	研究仅基于大鼠模型，未在人类PH患者中进行验证	探究circRNA在肺动脉高压（PH）发病机制中的作用	三种PH大鼠模型（缺氧诱导、缺氧/Sugen5416诱导和野百合碱诱导）的肺动脉组织	基因组学	肺动脉高压	高通量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种PH大鼠模型的肺动脉组织
499	2025-05-08	NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf074 PMID:39921568	研究论文	本研究探讨了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺失背景下对Rett综合征中蛋白稳态和mRNA定位的调控作用及其对自噬失调的影响	揭示了NEAT1作为MeCP2功能的关键介质，通过RNA-RNA相互作用调控自噬基因的亚细胞定位和自噬复合体生物发生	研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，尚未在动物模型中进行验证	阐明NEAT1在MeCP2缺失导致的Rett综合征细胞功能障碍中的作用机制	人类神经细胞和Rett综合征患者样本	神经科学	Rett综合征	单细胞RNA测序和分子分析	MECP2敲除细胞模型	RNA测序数据和分子分析数据	未明确说明样本数量
500	2025-05-08	Single-cell sequencing reveals that AK5 inhibits apoptosis in AD oligodendrocytes by regulating the AMPK signaling pathway 2025-Feb-08, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10311-x PMID:39921763	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了AK5通过调节AMPK信号通路抑制阿尔茨海默病(AD)少突胶质细胞凋亡的机制	首次发现AK5在AD少突胶质细胞中的抗凋亡作用及其通过AMPK信号通路的调控机制	研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证	探究AK5在AD能量代谢和神经炎症中的作用机制	阿尔茨海默病患者样本和少突胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的AD患者和正常样本数据