单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 481 - 500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-04-25 |
Integration of lipidomics with targeted, single cell, and spatial transcriptomics defines an unresolved pro-inflammatory state in colon cancer
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332535
PMID:39658263
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research paper | 该研究通过整合脂质组学与靶向、单细胞和空间转录组学，定义了结肠癌中未解决的促炎症状态 | 揭示了结肠癌中脂质失调与炎症无法消退的关联，提出了‘分辨率医学’这一新型治疗方法 | 样本量相对较小（40例非靶向分析和81例靶向分析），且仅针对结肠癌 | 探索结肠癌中脂质失调是否由炎症消退失败驱动 | 人类结肠癌和正常配对样本 | 脂质组学与转录组学 | 结肠癌 | LC-MS/MS、定量逆转录-PCR、大规模基因表达分析、空间转录组学、scRNASEQ | NA | 脂质组学数据、基因表达数据、空间转录组数据 | 40例非靶向分析样本和81例靶向分析样本 |
| 482 | 2025-04-25 |
Heterogeneity-Preserving Discriminative Feature Selection for Disease-Specific Subtype Discovery
2025-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.14.540686
PMID:38187596
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研究论文 | 提出了一种名为PHet的统计方法，用于在疾病特异性亚型发现中保留异质性的同时进行判别性特征选择 | 利用深度度量学习特征嵌入探索保留异质性关键特征的统计特性，开发了PHet方法，通过迭代子采样和IQR差异分析结合Fisher方法识别保留异质性并提升亚型聚类质量的特征集 | 未明确提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性 | 开发能够在保留样本异质性的同时有效区分疾病/细胞状态的特征选择方法，促进精准医疗发展 | 单细胞RNA-seq和微阵列数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | 深度度量学习 | 分子数据（单细胞RNA-seq, 蛋白质组学, 影像数据） | 公共单细胞RNA-seq和微阵列数据集（未明确数量） |
| 483 | 2025-04-25 |
Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.05.588321
PMID:38645054
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研究论文 | 该研究探讨了中脑多巴胺神经元慢性过度激活如何导致帕金森病中多巴胺神经元的优先退化 | 开发了一种化学遗传学（DREADD）小鼠模型来慢性增加多巴胺神经元活性，并揭示了过度神经活动在帕金森病退化中的潜在作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限 | 研究帕金森病中多巴胺神经元退化的病理生理机制 | 中脑多巴胺神经元，特别是黑质致密部（SNc）的多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 化学遗传学（DREADD），电生理学，空间转录组学 | DREADD小鼠模型 | 电生理数据，行为数据，转录组数据 | DREADD小鼠模型和人类患者样本 |
| 484 | 2025-04-25 |
Single-cell RNA sequencing and cell-cell communication analysis reveal tumor microenvironment associated with chemotherapy responsiveness in ovarian cancer
2025-Mar, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-024-03655-6
PMID:39122983
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和细胞间通讯分析，研究卵巢癌肿瘤微环境对化疗反应性的影响 | 揭示了肿瘤微环境中不同组分（如SPP1+ TAMs、基质细胞和淋巴细胞）如何直接影响卵巢癌细胞的化疗反应性 | 研究基于已有的单细胞RNA-seq数据集，可能受限于样本量和数据质量 | 探究肿瘤微环境对卵巢癌化疗反应性的影响机制 | 卵巢癌肿瘤微环境中的非肿瘤细胞组分（如TAMs、基质细胞和淋巴细胞） | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 包含化疗反应信息的卵巢癌单细胞RNA-seq数据集 |
| 485 | 2025-04-25 |
Cancer-Associated Fibroblasts in Intrahepatic Cholangiocarcinoma: Insights into Origins, Heterogeneity, Lymphangiogenesis, and Peritoneal Metastasis
2025-Mar, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.07.009
PMID:39117110
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review | 本文综述了肝内胆管癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的来源、异质性、淋巴管生成和腹膜转移的作用 | 通过细胞谱系追踪研究、单细胞RNA测序和生物标志物分析，揭示了CAFs的起源和生物学复杂性，并探讨了其在淋巴管生成和腹膜转移中的机制 | 未提及具体的研究样本量或实验设计的局限性 | 探讨肝内胆管癌中CAFs的起源、异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 肝内胆管癌（iCCA）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs） | digital pathology | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序、细胞谱系追踪 | NA | NA | NA |
| 486 | 2025-04-25 |
Characteristics of the Dynamic Evolutionary Pathway of ADSCs Induced Differentiation into Astrocytes Based on scRNA-Seq Analysis
2025-Mar, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-024-04414-y
PMID:39190264
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research paper | 利用单细胞转录组测序揭示脂肪来源基质细胞（ADSCs）向星形胶质细胞分化过程中的动态基因表达变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ADSCs向星形胶质细胞分化的两条不同途径（直接和间接途径），并鉴定了关键转录因子STAT1、MYEF2和SOX6的调控作用 | 研究仅基于体外实验，未涉及体内验证；样本量较小（5个样本） | 探究ADSCs向星形胶质细胞分化的动态分子机制 | 脂肪来源基质细胞（ADSCs）及其诱导分化的星形胶质细胞 | 单细胞组学 | NA | scRNA-Seq（10× Chromium平台） | Monocle2（细胞分化轨迹构建）, SCENIC（转录因子调控网络分析） | 单细胞转录组数据 | 5个样本（ADSCs组+4个诱导时间点组），共13个细胞亚群 |
| 487 | 2025-04-25 |
A best practices framework for spatial biology studies in drug discovery and development: enabling successful cohort studies using digital spatial profiling
2025-Mar, Journal of histotechnology
IF:0.6Q4
DOI:10.1080/01478885.2024.2391683
PMID:39225147
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research paper | 本文提出了一个用于药物发现和开发中空间生物学研究的最佳实践框架，旨在通过数字空间分析（DSP）技术实现成功的队列研究 | 提出了一个基于数字空间分析（DSP）的最佳实践框架，克服了传统空间转录组学平台在通量和转录组覆盖上的限制 | DSP方法不提供单细胞分辨率，且在样本分析数量上仍存在限制 | 提升空间生物学工具在药物发现和开发中的应用，优化组织分析 | 固体组织样本中的生物标志物分析 | digital pathology | NA | Digital Spatial Profiling (DSP) | NA | spatial transcriptomics and protein data | NA |
| 488 | 2025-04-25 |
Helicobacter pylori induces GBA1 demethylation to inhibit ferroptosis in gastric cancer
2025-Mar, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-024-05105-x
PMID:39283563
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研究论文 | 本研究探讨了幽门螺杆菌通过诱导GBA1去甲基化抑制胃癌细胞铁死亡的机制 | 揭示了幽门螺杆菌感染通过调控GBA1基因的甲基化状态和表达水平来抑制胃癌细胞铁死亡的新机制 | 研究主要基于细胞模型和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证 | 探索胃癌治疗的新靶点，特别是与铁死亡相关的基因 | 胃癌细胞系和小鼠皮下移植瘤模型 | 肿瘤生物学 | 胃癌 | NGS、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、EdU、FerrOrange、GSH、MDA、C11-BODIPY、质谱分析 | 细胞模型和小鼠模型 | 基因组数据、蛋白质数据、代谢数据 | 未明确说明具体样本数量，使用了TCGA-STAD数据库和单细胞数据集 |
| 489 | 2025-04-25 |
CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576317
PMID:38328105
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研究论文 | 介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于提高单细胞数据中细胞类型和状态检测的统计显著性 | CHOIR通过随机森林分类器和置换测试框架在层次聚类树上统计确定不同细胞群，解决了现有聚类工具缺乏统计推断测试的问题 | NA | 开发一种更有效的单细胞数据聚类方法，以准确识别生物学相关的细胞群 | 单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学分析 | 随机森林 | 单细胞数据 | 100个模拟数据集和4个真实数据集 |
| 490 | 2025-04-25 |
A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.636192
PMID:40027755
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research paper | 该研究通过单细胞转录组测序技术，构建了一个发育中抑制性神经元的转录组图谱，揭示了其多样化的扩展和收缩模式 | 开发了一个计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并构建了包含超过51,000个SST+神经元的Dev-SST-Atlas资源 | 稀有细胞类型在单细胞RNA测序数据集中代表性不足，可能限制了对它们发育轨迹的深入理解 | 研究大脑皮层中抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制 | 小鼠和人类胎儿的SST+抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 转录组数据 | 超过51,000个SST+神经元 |
| 491 | 2024-10-12 |
Correction to: Single-cell RNA sequencing comparison of CD4+, CD8+ and T-cell receptor γδ+ cutaneous T-cell lymphomas reveals subset-specific molecular phenotypes
2025-Feb-18, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljae374
PMID:39392468
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 492 | 2025-04-25 |
Integrated analysis reveals that EGR1 promotes epithelial IL33 production in T2 asthma
2025-Feb-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06116-y
PMID:39966984
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析和转录分析，揭示了EGR1在T2型哮喘中促进上皮细胞IL33产生的机制 | 首次发现EGR1作为上皮细胞来源的基因，直接调控IL33的转录，为T2型哮喘的发病机制提供了新的见解 | 研究主要基于体外细胞系和小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证EGR1与IL33的直接关系 | 探究过敏原暴露触发气道上皮细胞释放IL33的分子机制 | BEAS-2B细胞系和屋尘螨诱导的小鼠哮喘模型 | 生物信息学 | 哮喘 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-PCR, 双荧光素酶报告基因检测 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 493 | 2025-04-25 |
LMNA R482L mutation causes impairments in C2C12 myoblasts subpopulations, alterations in metabolic reprogramming during differentiation, and oxidative stress
2025-02-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-88219-6
PMID:39948343
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研究论文 | 本研究探讨了LMNA-R482L突变在转基因小鼠C2C12肌母细胞系中的特异性改变及其对代谢重编程和氧化应激的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究LMNA-R482L突变对C2C12细胞转录多样性的影响，并揭示了该突变与氧化应激和代谢异常之间的关联 | 研究仅基于体外培养的C2C12细胞系，未涉及动物模型或人类样本 | 探究LMNA-R482L突变对骨骼肌功能特性的影响机制 | 转基因小鼠C2C12肌母细胞系 | 分子生物学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序，bulk RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 转基因小鼠C2C12细胞系 |
| 494 | 2025-04-25 |
Immune-responsive gene-1: The mitochondrial Key to Th17 Cell Pathogenicity in CNS Autoimmunity
2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.24.573264
PMID:38234838
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研究论文 | 本研究探讨了免疫反应基因1（IRG1）在中枢神经系统自身免疫性疾病中对致病性Th17细胞的调控作用 | 首次揭示了IRG1通过NLRP3/IL-1β轴调控致病性Th17细胞极化的分子机制 | 研究主要基于动物模型，人类样本验证不足 | 阐明IRG1在自身免疫性疾病中对Th17细胞致病性的调控机制 | 实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型小鼠的免疫细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | RNA-seq，单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠模型 |
| 495 | 2025-04-25 |
Congestion Enriches Intra-hepatic Macrophages Through Reverse Zonation of CXCL9 in Liver Sinusoidal Endothelial Cells
2025-Feb-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101475
PMID:39923846
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研究论文 | 研究探讨了肝脏充血如何通过CXCL9的反向分区影响肝窦内皮细胞，从而富集肝内巨噬细胞，导致充血性纤维化和门静脉高压 | 揭示了CXCL9在肝窦内皮细胞中的反向分区及其在巨噬细胞募集中的作用，为充血性肝病和Fontan相关肝病的治疗提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类疾病的复杂性 | 探究肝脏充血对肝窦免疫细胞空间分布的影响及其在充血性纤维化和门静脉高压中的作用 | 肝窦内皮细胞和肝内巨噬细胞 | 肝脏病理学 | 充血性肝病和Fontan相关肝病 | 成像质谱流式细胞术(IMC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA原位杂交(RNAish) | 小鼠模型 | 组织图像和RNA测序数据 | 患者肝组织样本和小鼠模型 |
| 496 | 2025-04-25 |
SCEMENT: scalable and memory efficient integration of large-scale single-cell RNA-sequencing data
2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf057
PMID:39985442
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research paper | 提出了一种名为SCEMENT的可扩展且内存高效的大规模单细胞RNA测序数据集成方法 | SCEMENT通过扩展线性回归模型至无监督稀疏矩阵设置，实现了对大规模单细胞RNA测序数据的高效集成，显著提升了运行时间和内存使用效率 | 未明确提及具体限制，但暗示现有工具在处理大规模数据时可能因计算负担而牺牲准确性 | 开发一种能够高效集成大规模单细胞RNA测序数据的算法 | 大规模单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性回归模型 | 单细胞RNA测序数据 | 数十至数百个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 497 | 2025-04-25 |
Single-cell transcriptomic sequencing analysis of mechanistic insights into the IFN-γ signaling pathway in different tumor cells
2025-Feb, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-024-03574-6
PMID:39090422
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析，探讨了IFN-γ信号通路在不同肿瘤微环境中的作用机制及其与患者预后的关系 | 揭示了IFN-γ通路在泛癌组织中的双重功能，即抑制肿瘤细胞增殖和增强其免疫原性，并发现HMGB2在T细胞中作为肿瘤细胞增殖的潜在关键调控因子 | 研究主要基于公共数据库的RNA-seq和scRNA-seq数据，缺乏实验验证 | 探究IFN-γ通路在不同肿瘤微环境中的调控机制及其与预后的关系 | 不同肿瘤类型的微环境中的IFN-γ信号通路 | 生物信息学 | 泛癌 | RNA-seq, scRNA-seq | 单变量Cox回归模型 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的大量肿瘤样本 |
| 498 | 2025-04-25 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation
2025-Feb, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-024-02651-0
PMID:39103533
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研究论文 | 本研究利用MERFISH空间转录组学技术，分析了Trem2R47H突变对阿尔茨海默病风险基因在小鼠大脑不同区域细胞类型中的影响 | 首次在单细胞水平上揭示了Trem2R47H突变对神经元和非神经元细胞的转录组调控异常模式，并发现该突变独立于淀粉样蛋白病理对神经元BDNF信号通路的调控作用 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究Trem2R47H突变如何影响阿尔茨海默病相关脑区特定细胞类型的转录调控 | 野生型、Trem2突变、5xFAD及Trem2;5xFAD复合突变小鼠的19个脑切片样本 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | MERFISH空间转录组学 | 小鼠疾病模型 | 空间转录组数据 | 19个小鼠脑切片（包含4种不同基因型） |
| 499 | 2025-04-25 |
Arming AAV9 with a Single-Chain Fragment Variable Antibody Against PD-1 for Systemic Glioblastoma Therapy
2025-Feb, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-024-04406-y
PMID:39138760
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研究论文 | 本研究开发了一种利用AAV9载体系统递送抗PD-1单链抗体片段(scFv-PD-1)的新型靶向免疫治疗方法，用于治疗胶质母细胞瘤 | 首次将AAV9载体与抗PD-1单链抗体片段结合，实现系统性递送和局部表达，用于胶质母细胞瘤的靶向免疫治疗 | 研究仅在免疫活性小鼠模型中进行，尚未进行临床转化研究 | 开发针对胶质母细胞瘤的新型靶向免疫治疗方法 | 胶质母细胞瘤的肿瘤微环境(TME)和T细胞 | 肿瘤免疫治疗 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序分析，AAV9载体递送系统 | 免疫活性GBM小鼠模型 | RNA测序数据，免疫组化数据 | 未明确说明具体样本数量，使用免疫活性GBM小鼠模型 |
| 500 | 2025-04-25 |
LIM domain only 7: a novel driver of immune evasion through regulatory T cell differentiation and chemotaxis in pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-Feb, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01358-7
PMID:39143228
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研究论文 | 本研究发现了LIM domain only 7 (LMO7)在胰腺导管腺癌(PDAC)中通过调节Treg细胞分化和趋化作用驱动免疫逃逸的新机制 | 首次发现LMO7通过其LIM结构域直接结合并促进Foxp1的泛素化和降解，进而调控TGF-β和CCL5表达，促进Treg细胞富集并抑制CD8 T/NK细胞功能 | 研究主要基于单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据，需要进一步临床验证 | 揭示PDAC免疫微环境异质性并鉴定驱动免疫逃逸的分子机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)的免疫微环境 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、空间蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | 未明确说明样本数量，涉及体外和体内实验 |