单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-05-10	Therapeutic potential of p-coumaric acid in alleviating renal fibrosis through inhibition of M2 macrophage infiltration and cellular communication 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156507 PMID:39978279	研究论文	本研究探讨了对香豆酸（p-CA）在缓解肾纤维化中的治疗潜力及其通过抑制M2巨噬细胞浸润和细胞通讯的机制	首次揭示p-CA通过靶向M2巨噬细胞并破坏其与肾小管上皮细胞的相互作用来减轻肾纤维化的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	评估p-CA在肾纤维化中的治疗潜力并阐明其作用机制	肾纤维化模型中的M2巨噬细胞和肾小管上皮细胞	药理学	肾纤维化	LC-MS, CyTOF, scRNA-seq, 流式细胞术, WB, qRT-PCR, IHC, IF	NA	代谢组学数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据	UUO诱导的肾纤维化模型组织
482	2025-05-10	Spatial profiling of ANO7 in prostate tissue: links to AR-signalling-associated lipid metabolism and inflammation 2025-Apr, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6405 PMID:39978863	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探讨了ANO7在良性前列腺上皮中的作用及其与AR信号相关脂质代谢和炎症的关联	首次揭示了ANO7在前列腺中的异质性表达模式及其与AR信号和脂质代谢的关联，并提出了ANO7可能作为肿瘤抑制因子的新假设	研究样本仅来自局限性前列腺癌患者的前列腺切除样本，可能无法代表所有前列腺疾病状态	阐明ANO7基因在前列腺组织中的功能及其与前列腺癌的关系	ANO7基因在良性前列腺上皮中的表达模式及其相关分子机制	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学，RNA-seq	NA	转录组数据	来自局限性前列腺癌患者的前列腺切除样本（具体数量未明确说明），分析了18,676个蛋白质编码基因
483	2025-05-10	Single-cell transcriptomics reveals the immune mechanisms by which tonsillectomy improves clinical outcomes of recurrent Immuoglobulin A nephropathy after kidney transplant 2025-Apr, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.02.010 PMID:39985963	研究论文	通过单细胞转录组学揭示扁桃体切除术改善肾移植后复发性免疫球蛋白A肾病临床效果的免疫机制	首次使用单细胞转录组学分析扁桃体切除术对IgANR患者B细胞表型和功能的影响，揭示了IGHA1表达下调、记忆B细胞失活及相关通路改变在降低Gd-IgA1水平中的作用	样本量较小（29例患者），且仅分析了1例扁桃体组织和3例PBMC样本	探究扁桃体切除术治疗IgANR的细胞和分子机制	IgANR患者的扁桃体组织和外周血单个核细胞（PBMCs）	免疫学	免疫球蛋白A肾病	流式细胞术、单细胞mRNA测序	NA	单细胞转录组数据	29例IgANR患者、1例扁桃体组织样本、3例PBMC样本
484	2025-05-10	Dihydromyricetin regulates the miR-155-5p/SIRT1/VDAC1 pathway to promote liver regeneration and improve alcohol-induced liver injury 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156522 PMID:39986231	研究论文	探讨二氢杨梅素通过调节miR-155-5p/SIRT1/VDAC1通路促进肝脏再生并改善酒精性肝损伤的作用机制	首次揭示二氢杨梅素通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1正反馈环路改善肝脏炎症和细胞衰老，促进肝脏再生以改善酒精性肝病	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证相对有限	探索二氢杨梅素在酒精性肝病相关肝脏再生障碍中的治疗潜力及分子机制	酒精性肝病小鼠模型及临床样本	肝脏疾病研究	酒精性肝病	血清非靶向代谢组学、肝脏转录组学、单细胞测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、免疫荧光	NA	生化指标、组织病理学、多组学数据	小鼠模型及临床样本（具体数量未明确说明）
485	2025-05-10	Continuous replenishment of the dysfunctional CD8 T cell axis is associated with response to chemoimmunotherapy in advanced breast cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101973 PMID:39983715	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，分析了接受化疗和免疫检查点阻断治疗的转移性三阴性乳腺癌患者的免疫景观	揭示了晚期功能障碍性CD8 T细胞的持续补充与化疗免疫治疗反应之间的关联	样本量较小，仅包括27名患者	探索肿瘤免疫景观如何决定对化疗免疫治疗的免疫和临床反应	转移性三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	27名患者的40份活检样本
486	2025-05-10	Contribution of germline and somatic mutations to risk of neuromyelitis optica spectrum disorder 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100776 PMID:39986280	research paper	该研究通过全基因组关联分析和单细胞RNA测序，揭示了神经脊髓炎视神经谱系障碍（NMOSD）的遗传背景和体细胞突变风险	首次整合了种系和体细胞突变分析，发现CCR6风险变异和21q缺失在NMOSD发病机制中的新作用	样本量相对较小（240例患者和50,578例对照），且主要基于日本人群，可能限制结果的普适性	探究神经脊髓炎视神经谱系障碍的遗传和体细胞突变基础	日本人群中的NMOSD患者（240例）和对照（50,578例）	基因组学	神经脊髓炎视神经谱系障碍	全基因组关联分析（GWAS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	GWAS分析：240例患者和50,578例对照；scRNA-seq分析：25例患者和101例对照
487	2025-05-10	Single-cell transcriptomics reveals inter-ethnic variation in immune response to Falciparum malaria 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.01.020 PMID:39970911	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了非洲不同民族对恶性疟疾免疫反应的差异	首次在单细胞水平上比较了Fulani和Mossi民族对疟疾的免疫反应差异，并发现了民族特异性的免疫特征和遗传调控变异	研究样本仅来自布基纳法索农村地区的儿童，可能无法完全代表其他地区或年龄组的群体	探究非洲不同民族对恶性疟疾免疫反应差异的分子和细胞机制	126名感染和未感染的Fulani和Mossi民族儿童的外周血单个核细胞	单细胞转录组学	疟疾	单细胞转录组测序	单细胞表达数量性状位点(eQTL)分析	单细胞转录组数据	126名儿童(包含Fulani和Mossi两个民族，感染和未感染状态)，产生超过70,000个单细胞转录组
488	2025-05-10	Sustained NF-κB activation allows mutant alveolar stem cells to co-opt a regeneration program for tumor initiation 2025-Mar-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.011 PMID:39978341	研究论文	研究突变肺泡干细胞如何通过持续激活NF-κB信号通路来劫持再生程序以启动肿瘤发生	揭示了两种具有不同致瘤能力的AT2亚群，并发现IL1R1作为AT2重编程的共同激活因子，以及NF-κB持续激活在肿瘤发生中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究调控干细胞命运的失调信号如何导致肿瘤发生	小鼠野生型和KrasG12D突变型肺泡II型(AT2)干细胞	肿瘤生物学	肺癌	命运图谱技术、克隆分析、单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	数千个小鼠AT2干细胞
489	2025-05-10	Identifying gene expression and cellular pathways involved in glomerular AL-amyloidosis and correlation with experimental data: seeking novel therapeutic interventions 2025-Mar-04, Ultrastructural pathology IF:1.1Q4 DOI:10.1080/01913123.2025.2468708 PMID:39985165	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，探讨了肾小球AL-淀粉样变性中基因表达和细胞通路的变化，并寻找新的治疗靶点	首次在人类肾小球中应用空间转录组学技术，揭示了与肾小球淀粉样变性起始和进展相关的独特基因和细胞通路	样本量较小（仅5例肾活检样本），且仅针对AL-淀粉样变性进行研究	探索肾小球AL-淀粉样变性的分子机制并寻找新的治疗干预靶点	肾小球AL-淀粉样变性患者的肾活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	5例不同阶段的肾小球淀粉样变性活检样本和正常对照样本
490	2025-05-10	AsaruSim: a single-cell and spatial RNA-Seq Nanopore long-reads simulation workflow 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf087 PMID:39985444	研究论文	开发了一个名为AsaruSim的工作流程，用于模拟合成单细胞长读长Nanopore数据集，以模仿真实的实验数据	AsaruSim是首个能够有效模拟scRNAseq长读长数据集复杂性的高级模拟工具，填补了该领域的空白	未明确提及具体的局限性，但可能包括模拟数据与真实数据的潜在差异	评估和优化单细胞长读长研究的异构体检测方法	人类外周血单个核细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和Nanopore长读长测序	NA	RNA测序数据	人类外周血单个核细胞数据集
491	2025-05-10	Biases in machine-learning models of human single-cell data 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01619-8 PMID:39972066	评论	本文讨论了机器学习在人类单细胞数据分析中可能出现的各种偏差	全面分析了从样本收集到结果解释整个流程中可能出现的偏差，并提出了评估和缓解这些偏差的方法	未提出具体的解决方案，仅进行了问题分析和建议	探讨机器学习在单细胞数据分析中的偏差问题	人类单细胞数据	机器学习	NA	单细胞测序	弱监督或无监督ML模型	单细胞数据	NA
492	2025-05-10	Single-Cell Transcriptome Identifies a Proinflammatory B-Cell Subset in Hepatitis B Virus Associated Acute-on-Chronic Liver Failure 2025-Mar, Journal of viral hepatitis IF:2.5Q3 DOI:10.1111/jvh.70012 PMID:39976290	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭（ACLF）患者外周血中B细胞的免疫异常特征	首次在ACLF患者中鉴定出一群促炎性B细胞亚群，并发现幼稚B细胞的比例显著增加及其功能异常	样本量相对有限，且未深入探究B细胞功能异常的分子机制	探究ACLF患者中B细胞的免疫特征及其在疾病发生发展中的作用	ACLF患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	临床ACLF患者和健康对照者的外周血样本
493	2025-05-10	Intratumour oxidative hotspots provide a niche for cancer cell dissemination 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01617-w PMID:39984655	research paper	该研究开发了一种名为T-AP1的肿瘤靶向探针，用于追踪细胞外HO，揭示了肿瘤内氧化应激微环境（HO热点）如何通过p38-MYC轴激活促进癌细胞扩散	开发了T-AP1探针可视化肿瘤氧化应激微环境，揭示了HO热点通过p38-MYC轴激活促进癌细胞部分上皮-间质转化和迁移的新机制	未涉及NRF2高度激活肿瘤中p38反应缺失的具体分子机制	探究肿瘤微环境中氧化应激对癌细胞扩散的影响	肿瘤细胞（除NRF2高度激活肿瘤外）及正常上皮细胞	肿瘤微环境研究	癌症（泛癌种）	肿瘤靶向探针成像（T-AP1）	NA	分子成像数据	未明确样本量（涉及多癌种肿瘤细胞及正常上皮细胞）
494	2025-05-10	Insights and perspectives on the role of APOC1 inhibition in modulating immunotherapy outcomes in HCC: Commentary on Inhibition of APOC1 promotes the transformation of M2 into M1 macrophages via the ferroptosis pathway and enhances anti-PD1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025-Feb-25, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103564 PMID:40339430	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
495	2025-05-10	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing to identify a distinct tumor stem cells and construct a novel prognostic signature for evaluating prognosis and immunotherapy in LUAD 2025-Feb-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06243-6 PMID:39987127	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，识别了肺腺癌中的肿瘤干细胞特征，并构建了一个新的预后标志物模型	结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建TSCMS模型，并发现TAF10作为潜在治疗靶点	研究样本量未明确说明，且模型验证可能需更多独立队列	开发肺腺癌预后评估模型并探索免疫治疗反应	肺腺癌肿瘤干细胞及其基因特征	数字病理	肺腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, qRT-PCR, Western blot, 免疫组化	Lasso-Cox回归模型	RNA测序数据	NA
496	2025-05-10	NK cell immunopotentiators-loaded nanoliposomes enhance ADCC effect for targeted therapy against HER2-positive breast cancer 2025-Feb-22, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-02023-9 PMID:39987140	research paper	研究通过单细胞测序和生物信息学分析揭示了HER2阳性乳腺癌对曲妥珠单抗耐药的关键机制，并设计了一种新型纳米脂质体来增强NK细胞的活性和浸润，从而提高曲妥珠单抗的抗肿瘤效果	首次发现NK细胞在肿瘤微环境中的浸润和活性降低是导致曲妥珠单抗耐药的关键机制，并设计了一种靶向HER2的pH敏感纳米脂质体来递送NK细胞免疫增强肽	研究主要基于体外实验和HER2乳腺癌模型，尚未在临床患者中进行验证	增强HER2阳性乳腺癌对曲妥珠单抗的治疗响应	HER2阳性乳腺癌患者肿瘤组织和NK细胞	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	单细胞测序、生物信息学分析	HER2乳腺癌模型	测序数据、实验数据	NA
497	2025-05-10	Interferon-gamma receptor signaling regulates innate immunity during Staphylococcus aureus craniotomy infection 2025-Feb-22, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03376-9 PMID:39987156	研究论文	该研究探讨了干扰素-γ受体信号在金黄色葡萄球菌颅骨切开术感染中对先天免疫的调控作用	发现了IFN-γ在增强巨噬细胞和小胶质细胞抗菌活性中的关键保护作用，并提出了通过调控IFN-γ反应作为慢性颅骨切开术感染的新治疗策略	研究中使用的条件性敲除小鼠模型显示出功能冗余现象，可能影响结果的解释	开发针对颅骨切开术感染中免疫功能障碍的替代治疗策略	金黄色葡萄球菌生物膜感染模型和Ifngr1缺陷小鼠	免疫学	细菌感染	单细胞转录组学	Ifngr1缺陷小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用了野生型和Ifngr1缺陷小鼠
498	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2025-Feb-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57157-2 PMID:39987196	研究论文	介绍了一种名为sciRED的单细胞RNA测序数据分解方法，用于提高scRNA-seq因子分析的可解释性	开发了sciRED方法，通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、映射因子到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子，以及确定结果因子代表的基因和生物过程，改进了scRNA-seq因子分析的解读	NA	提高单细胞RNA测序数据因子分析的可解释性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）
499	2025-05-10	Human nasal turbinate stem cells with specific gene signatures (HAS2, CXCL1, KRTAP1-5, GSTT2B, and C4B) attenuate rheumatoid arthritis 2025-Feb-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90707-8 PMID:39987230	研究论文	本研究探讨了人鼻甲来源的干细胞（hNTSCs）对类风湿性关节炎（RA）小鼠的治疗效果，并鉴定了具有治疗效果的hNTSCs基因特征	首次鉴定了hNTSCs在RA治疗中的特定基因特征（HAS2、CXCL1、KRTAP1-5、GSTT2B和C4B），并揭示了其通过抑制效应辅助T细胞和破骨细胞生成来发挥治疗作用的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索hNTSCs对RA的治疗效果及其作用机制	人鼻甲来源的干细胞（hNTSCs）和胶原诱导的关节炎（CIA）小鼠模型	干细胞治疗	类风湿性关节炎	流式细胞术、TRAP染色、微阵列分析、RT-qPCR、单细胞RNA测序	CIA小鼠模型	基因表达数据	20名健康对照者的hNTSCs
500	2025-05-10	Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy 2025-Feb-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57047-7 PMID:39987255	research paper	开发了一种名为SenePy的分析算法，用于定义跨多种细胞类型和组织的细胞衰老特征	SenePy算法能够识别细胞类型特异性和通用的细胞衰老特征，优于体外衰老研究得出的特征	NA	研究细胞衰老在不同细胞类型和组织中的特征及其在健康和疾病中的作用	小鼠和人类的单细胞转录组数据	生物信息学	肿瘤发生、炎症、心肌梗死	单细胞转录组学	SenePy	单细胞RNA测序数据	72只小鼠和64个人类的单细胞转录组数据