单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-07-04	Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity 2025-Jul-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050 PMID:40601776	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学技术，构建了幼年特发性关节炎（JIA）滑膜组织的细胞图谱，揭示了与疾病严重程度相关的致病生态位	首次在治疗初期的JIA患儿中，通过多组学技术构建了滑膜组织的细胞图谱，并识别了与关节炎严重程度和疾病风险相关的效应细胞群	研究样本仅限于治疗初期的JIA患儿，可能无法代表疾病晚期或治疗后的情况	提高对幼年特发性关节炎滑膜炎症细胞基础的理解，以指导精准靶向治疗	幼年特发性关节炎（JIA）患儿的滑膜组织、滑液和外周血	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、空间转录组学	NA	基因表达数据、图像数据	未明确提及具体样本数量，但包括治疗初期的JIA患儿滑膜活检样本及匹配的滑液和外周血样本
482	2025-07-04	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase protects from experimental acute kidney injury 2025-Jul-02, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00138.2025 PMID:40602784	研究论文	本文研究了甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）在小鼠实验性急性肾损伤（AKI）中的保护作用	首次提出MTAP抑制可作为AKI的潜在治疗靶点，并通过转录组分析和人类单细胞RNA-seq数据验证了其机制	研究仅基于小鼠模型和人类单细胞RNA-seq数据，尚未进行临床验证	探索MTAP在急性肾损伤中的作用及其潜在治疗价值	小鼠模型和人类肾脏细胞	生物医学	急性肾损伤	RNA-seq	小鼠缺血再灌注和顺铂诱导的AKI模型	基因表达数据	小鼠模型和人类单细胞RNA-seq数据
483	2025-07-04	Pathogenic mechanism of extracranial arteriovenous malformations: insights from clinical, pathological, and genetic analyses 2025-Jul-02, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s00428-025-04158-7 PMID:40603544	研究论文	本研究通过临床、病理和遗传分析探讨了颅外动静脉畸形（AVMs）的致病机制	揭示了MAP2K1、KRAS和BRAF突变与AVMs的基因型-表型相关性，并发现MAP4K4在异常小血管中的高表达	样本量较小（30例患者），且为回顾性研究	阐明颅外AVMs的发病机制及其与基因突变的关系	30例颅外AVMs患者	血管病理学	动静脉畸形	免疫组织化学、空间转录组学	NA	临床数据、病理数据、遗传数据	30例颅外AVMs患者
484	2025-07-04	Pan-cancer multi-omics profiling of MS4A2 unveils its functional landscape in lung adenocarcinoma 2025-Jul-02, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002903 PMID:40607924	research paper	该研究通过整合多组学数据，揭示了MS4A2在肺腺癌中的功能景观及其预后价值	首次在四种生存指标（OS/DSS/PFI/DFI）上全面评估了MS4A2在肺腺癌中的预后分层，并揭示了其通过双趋化因子极化调控免疫抑制微环境的机制	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证MS4A2的功能机制	阐明MS4A2在肺腺癌中的功能角色和临床意义	肺腺癌（LUAD）患者	digital pathology	lung cancer	bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 甲基化表观遗传分析	Cox回归模型, Kaplan-Meier模型	转录组数据, 表观遗传数据, 药物敏感性数据	TCGA/GTEx数据库中的33种癌症数据及NSCLC队列的单细胞数据
485	2025-07-04	Single-cell transcriptomic analysis reveals therapeutic mechanisms of adipose-derived stem cell exosomes in sepsis-induced lung injury 2025-Jul-02, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002894 PMID:40607951	研究论文	本研究探讨了脂肪源性干细胞外泌体对脓毒症诱导的肺损伤的治疗效果及其潜在机制	首次使用单细胞转录组分析揭示ADSC外泌体通过调节免疫细胞功能和细胞间通讯网络治疗脓毒症肺损伤的新机制	样本量较小（每组仅2个样本进行单细胞RNA测序），且仅使用雄性小鼠模型	探索脓毒症诱导的急性肺损伤的新型治疗方法	脓毒症诱导的急性肺损伤小鼠模型	单细胞转录组学	脓毒症	单细胞RNA测序	小鼠盲肠结扎穿孔(CLP)模型	转录组数据	每组12只小鼠用于生存率分析，5只用于肺组织病理学分析，2只用于单细胞RNA测序
486	2025-07-04	FLI1 and GATA1 govern TLN1 transcription: new insights into FLI1-related platelet disorders 2025-Jul-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.286372 PMID:39744817	研究论文	本研究旨在阐明FLI1变异对人类巨核细胞和血小板的影响，揭示了FLI1与GATA1在TLN1转录调控中的新机制	发现FLI1变异通过影响与GATA1的协同转录活性导致talin-1缺乏，从而影响血小板功能，并提出talin-1可作为FLI1变异致病性的生物标志物	研究仅针对四种FLI1变异，可能无法涵盖所有相关变异的影响	阐明FLI1变异导致血小板功能障碍的分子机制	人类巨核细胞和血小板	分子生物学	血小板功能障碍	单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	患者巨核细胞和血小板样本
487	2025-07-04	Enhancing genetic transformation efficiency in cucurbit crops through AtGRF5 overexpression: Mechanistic insights and applications 2025-Jul, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.13912 PMID:40213927	研究论文	本研究通过过表达AtGRF5基因，提高了葫芦科作物的遗传转化效率，并揭示了其机制	发现AtGRF5过表达通过促进愈伤组织增殖和增加再生过程中的密集细胞来显著提高遗传转化效率，并开发了ABA诱导的AtGRF5表达系统以减少多效性影响	AtGRF5过表达可能引起生长缺陷，需要进一步优化以减少副作用	提高葫芦科作物的遗传转化效率并揭示其分子机制	葫芦科作物	植物遗传学	NA	DNSO方法、高分辨率时间序列转录组学、单细胞RNA测序、DAP-seq	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
488	2025-07-04	C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies 2025-Jul, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786 PMID:40287006	research paper	介绍了一种基于卷积神经网络的工具C-COUNT，用于自动评分红细胞集落	开发了C-COUNT工具，通过CNN自动识别和评分红细胞集落，提高了传统手动评分的效率和准确性	未明确说明工具在极端或复杂条件下的性能表现	提高红细胞集落形成实验（CFA）的评分效率和准确性	红细胞集落形成单位（CFU-e）	digital pathology	hematologic diseases	automated microscopy, convolutional neural network	CNN	image	未明确说明具体样本数量，但涉及多个实验条件下的红细胞集落
489	2025-07-04	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets on LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Jul, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了不同多能祖细胞（MPPs）在LPS诱导的紧急粒细胞生成早期阶段的转录变化及其作用	揭示了LPS暴露如何通过转录重编程影响MPPs的谱系输出，特别是发现炎症祖细胞群体的出现及其染色质可及性变化	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本或其他感染模型	探究MPPs在LPS诱导的紧急粒细胞生成中的作用及其分子机制	野生型小鼠的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、移植实验、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据	野生型小鼠的MPPs样本
490	2025-07-04	Differentiable graph clustering with structural grouping for single-cell RNA-seq data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf347 PMID:40511990	研究论文	提出了一种名为DGCSG的新型可微分图聚类方法，用于单细胞RNA测序数据分析，通过结合图聚类信息优化细胞亚群划分	设计了可微分聚类机制，将K-way归一化割从离散优化问题转化为可微分学习目标，并通过谱松弛联合优化GATE	未明确提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性	改进单细胞RNA测序数据中的细胞亚群聚类效果	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	生物信息学	NA	scRNA-seq	GATE (图注意力自编码器), AE (自编码器)	单细胞RNA测序数据	14个scRNA-seq基准数据集
491	2025-07-04	Putting AML Differentiation States on the BoneMarrowMap 2025-Jul-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0083 PMID:40294281	研究论文	本文介绍了一种名为'BoneMarrowMap'的新型计算工具，用于将白血病单细胞RNA测序数据集映射到造血分化状态	开发了BoneMarrowMap工具，发现了12种与预后和治疗相关的急性髓系白血病分化模式，并解析了患者个体内的白血病克隆结构	NA	研究急性髓系白血病的分化状态及其与预后和治疗的关系	白血病单细胞RNA测序数据集	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
492	2025-07-04	T-cell differentiation stage block bias confers hypermethylation and mediastinal preference in T-cell lymphoblastic lymphoma 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70380 PMID:40579780	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序，揭示了T-LBL中恶性T细胞主要阻滞在DN和DP阶段，并探讨了这种阻滞模式如何导致免疫抑制微环境和纵隔偏好	首次从分化阻滞的角度揭示T-LBL与T-ALL的异质性，并发现E2F2上调UHRF1表达导致肿瘤抑制基因高甲基化的新机制	研究样本量有限，且主要基于单中心数据	重新评估T-LBL和T-ALL之间的差异，并探索其分子机制	T细胞淋巴母细胞淋巴瘤（T-LBL）和T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）	肿瘤学	淋巴瘤	单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体测序，流式细胞术	NA	单细胞测序数据，表达阵列数据，流式细胞数据	NCH-TALL-LBL队列（具体样本数量未明确说明）
493	2025-07-04	Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment 2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70061 PMID:40579885	研究论文	本研究利用空间转录组技术揭示了人类烧伤伤口微环境中的基因表达空间模式	首次在烧伤组织中应用空间转录组技术，识别了不同烧伤深度区域的独特基因表达模式	提供了该技术在烧伤组织应用中的注意事项，需要未来研究进一步验证	探索烧伤伤口微环境的分子特征和再生潜力区域	人类烧伤组织	数字病理学	烧伤	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	未明确说明样本数量
494	2025-07-04	Technologies for Decoding Cancer Metabolism with Spatial Resolution 2025-Jul-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041553 PMID:39284668	review	本文讨论了三种新兴的代谢组学技术在解码癌症代谢空间分辨率中的应用	介绍了空间代谢组学、单细胞代谢组学和细胞器代谢组学三种新兴技术	未提及具体实验数据或案例研究	研究癌症细胞代谢途径的适应性和重编程	癌症细胞及其代谢物	癌症代谢研究	癌症	质谱技术、空间代谢组学、单细胞代谢组学、细胞器代谢组学	NA	代谢物数据	NA
495	2025-07-04	Spatially informed phenotyping by cyclic-in-situ-hybridisation identifies novel fibroblast populations and their pathogenic niches in systemic sclerosis 2025-Jul-01, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.06.002 PMID:40603206	研究论文	本研究利用循环原位杂交技术（cISH）进行单细胞空间转录组分析，识别了系统性硬化症（SSc）皮肤中新的成纤维细胞亚群及其致病性微环境	首次采用cISH技术实现单细胞分辨率下的原位转录组分析，并结合BANKSY算法进行空间信息聚类，发现了SFRP2+网状真皮成纤维细胞和CCL19+非血管周围成纤维细胞两个新亚群	研究样本可能不足以代表所有SSc亚型，且机制验证主要基于转录组数据	解析系统性硬化症皮肤纤维化过程中成纤维细胞亚群的时空特征与致病机制	系统性硬化症患者和健康人的皮肤成纤维细胞	数字病理学	系统性硬化症	循环原位杂交（cISH）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	BANKSY聚类算法	空间转录组数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（SSc患者和健康对照的皮肤样本）
496	2025-07-04	Innovative Single-Cell Sequencing Techniques for B-Cell Analysis and Their Implications for Rational HIV-1 Vaccine Design 2025-Jul-01, Current HIV research IF:0.8Q4 DOI:10.2174/011570162X362655250620115404 PMID:40605159	综述	本文综述了单细胞测序技术在B细胞分析中的最新进展及其在HIV-1疫苗设计中的应用	介绍了革命性的单细胞分析技术，能够以前所未有的方式探索免疫细胞多样性，特别是在B细胞反应方面的详细表征	NA	促进下一代疫苗的设计，特别是针对HIV-1的疫苗	B细胞及其在感染和疫苗接种中的反应	生物信息学	HIV-1感染	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
497	2025-07-04	Diversity of mast cell subpopulations in the tumor microenvironment of colorectal cancer and their prognostic implications 2025-Jun-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04119-8 PMID:40586903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其与预后的关系	首次揭示了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的功能异质性及其在肿瘤进展中的不同作用，并鉴定了亚群特异性标记基因	样本量相对较小（40例CRC肿瘤样本），且未进行实验验证	探索结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其预后意义	结直肠癌肿瘤微环境中的肥大细胞亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、生物信息学分析	非负矩阵分解（NMF）	RNA测序数据	40例CRC肿瘤样本（单细胞数据）及HMU、GEO和TCGA队列的批量RNA-seq数据
498	2025-07-04	Spatial Transcriptome Analysis of B7-H4 in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: A Novel Therapeutic Target for Anti-Immune Checkpoint Inhibitors 2025-Jun-30, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01815-w PMID:40586978	研究论文	本研究通过免疫组化和空间转录组学分析，探讨了B7-H4在头颈部鳞状细胞癌中的治疗潜力	发现B7-H4与PD-L1在肿瘤细胞中呈现互斥表达模式，并证实B7-H4与低CD8+ T细胞浸润显著相关	样本量较小（空间转录组学仅分析6例HNSCC），且未进行功能验证实验	探索头颈部鳞状细胞癌中B7-H4作为免疫检查点抑制剂耐药治疗靶点的潜力	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）组织样本	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组化（IHC）、空间转录组学（ST）	NA	组织微阵列图像、空间转录组数据	94例HNSCC、94例相邻鳞状上皮内瘤变、69例正常口腔黏膜（IHC）；6例HNSCC及其配对的瘤变和正常组织（ST）
499	2025-07-04	Low-dose radiotherapy enhances the efficacy of PD-L1 blockade and induces the abscopal effect 2025-Jun-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011487 PMID:40588370	research paper	该研究探讨了低剂量放疗（RT）如何增强PD-L1阻断的疗效并诱导远隔效应	研究发现低剂量RT与抗PD-L1联合治疗在远隔未照射肿瘤中产生与高剂量RT相当的远隔效应，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在此过程中的关键作用	研究仅在免疫健全小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索低剂量RT与免疫检查点抑制剂联合治疗在癌症治疗中的优化策略	携带MC38或CT26小鼠肿瘤模型的免疫健全小鼠	癌症治疗	癌症	单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据	使用不同剂量RT处理的小鼠肿瘤模型
500	2025-07-04	The CXCL16/CXCR6 axis is linked to immune effector cell-associated neurotoxicity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy 2025-Jun-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01498-6 PMID:40588764	research paper	该研究探讨了CAR T细胞疗法中免疫效应细胞相关神经毒性综合征(ICANS)的潜在机制，特别是CXCL16/CXCR6轴在其中的作用	首次揭示了CXCL16/CXCR6轴在招募细胞毒性CAR CD4+T细胞至中枢神经系统中的作用，并发现其与ICANS严重程度相关	样本量较小(n=11)，且部分数据来自单个死亡病例的尸检组织	探究CAR T细胞疗法中ICANS的发病机制	接受CAR T细胞治疗后出现ICANS的患者(11例)及其生物样本	免疫治疗	肿瘤免疫治疗并发症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、多模态空间转录组学、免疫荧光	NA	外周血和脑脊液样本、尸检脑组织	11例ICANS患者(不同严重程度分级)及对照组患者